genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.143.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  143  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38255704--38255751	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
38255795--38255849	20	2.8	20	97	0	101	34	12	20	32	1.90
38255903--38256020	24	5.0	24	88	10	172	29	21	21	27	1.98
38255907--38255999	47	2.0	47	95	4	170	27	21	20	30	1.98
38256213--38256276	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
38264569--38264699	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
38272552--38272682	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
38274563--38274700	57	2.4	57	78	9	147	32	21	14	31	1.93
38280907--38281038	29	4.6	29	85	3	149	24	30	15	30	1.95
38280882--38281038	58	2.7	58	80	0	170	24	32	15	28	1.95
38281686--38281980	143	2.1	141	98	1	563	38	29	10	21	1.87
38295128--38295668	47	11.5	47	92	0	866	27	30	8	32	1.87
38299430--38299520	29	3.2	28	90	1	137	26	14	30	28	1.95
38306936--38306973	16	2.4	16	90	0	58	50	15	18	15	1.79
38307183--38307272	29	3.1	29	85	7	121	24	14	32	28	1.94
38311207--38311313	43	2.5	43	81	0	115	33	15	24	26	1.95
38316755--38316878	46	2.7	44	85	7	151	23	27	20	29	1.99
38322242--38322343	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
38330103--38330204	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
38331701--38331793	38	2.5	37	89	3	141	25	30	19	24	1.98
38331941--38332433	48	10.1	48	87	8	690	32	25	6	36	1.81
38332426--38332462	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38332426--38332462	17	2.2	17	95	4	67	51	0	0	48	1.00
38331941--38332435	98	5.0	98	88	7	752	32	25	6	36	1.81
38332364--38332511	76	2.0	74	88	5	217	39	16	2	40	1.63
38332453--38332597	50	3.0	49	86	7	190	33	23	4	37	1.76
38336762--38336859	28	3.5	28	86	5	119	30	27	14	27	1.95
38340153--38340295	39	3.7	40	92	5	240	25	21	26	26	2.00
38340153--38340303	77	2.0	77	88	7	227	25	21	25	26	2.00
38340153--38340326	77	2.3	78	85	9	225	25	22	25	25	2.00
38346883--38346991	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
38348186--38348352	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
38362476--38362509	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
38364775--38364876	43	2.4	43	86	0	132	25	14	24	35	1.94
38373135--38373286	48	3.2	48	86	0	214	28	24	21	25	1.99
38375088--38375158	27	2.6	27	79	0	79	19	29	15	35	1.93
38376000--38376048	26	1.9	26	83	4	64	34	20	10	34	1.86
38376185--38376242	26	2.3	26	96	3	109	34	20	6	37	1.80
38378821--38378876	28	2.0	28	96	0	103	46	14	16	23	1.83
38379679--38379703	13	1.9	13	100	0	50	40	32	16	12	1.84
38381499--38381618	40	3.0	40	97	0	222	29	29	19	22	1.98
38386119--38386236	40	2.9	39	76	9	121	22	27	24	25	1.99
38387630--38387730	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
38391876--38392117	121	2.0	121	100	0	484	41	17	14	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38404544--38404657	43	2.7	43	75	5	122	30	15	22	30	1.95
38406797--38406928	45	2.9	44	83	10	142	24	21	18	36	1.95
38406796--38406929	68	2.0	69	80	7	157	23	21	17	36	1.95
38406805--38406958	23	6.6	23	75	10	125	24	20	18	36	1.95
38415544--38415671	48	2.7	48	83	3	168	25	16	31	27	1.96
38415546--38415721	48	3.7	49	81	6	164	24	16	29	29	1.96
38415693--38415808	42	2.8	42	74	2	108	30	16	25	28	1.97
38418612--38418667	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
38418601--38418667	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
38418717--38418870	24	6.4	24	94	0	263	29	20	22	26	1.99
38422246--38422542	49	6.0	49	96	1	551	34	8	26	31	1.86
38422476--38422569	44	2.2	42	77	5	107	35	7	26	30	1.84
38422623--38422695	37	2.0	37	97	0	137	21	19	32	26	1.97
38435181--38435356	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
38435178--38435348	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
38440783--38440952	43	4.0	42	77	7	146	31	29	15	23	1.96
38451537--38451590	27	2.0	27	81	0	63	40	7	12	38	1.72
38451836--38452076	49	4.8	50	80	2	252	26	18	26	28	1.98
38451836--38452112	150	1.8	150	84	4	380	27	18	25	27	1.98
38456682--38456850	40	4.2	39	83	10	128	24	26	23	26	2.00
38456709--38456893	40	4.6	40	88	2	237	24	27	21	26	1.99
38461404--38461454	25	2.0	25	81	7	59	29	19	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38461498--38461532	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
38461493--38461532	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
38461492--38461544	21	2.5	20	84	3	70	37	16	13	32	1.88
38461578--38461647	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
38461868--38461951	31	2.7	31	90	1	134	32	17	26	23	1.97
38463732--38463785	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
38464038--38464211	51	3.5	49	80	3	206	26	19	25	28	1.99
38464038--38464225	49	3.8	49	79	4	191	27	18	25	28	1.98
38464033--38464213	99	1.8	99	90	1	245	25	19	25	28	1.99
38469614--38469778	40	4.2	40	81	3	190	25	21	27	25	1.99
38471219--38471394	46	3.8	46	78	12	207	21	21	28	28	1.98
38471216--38471387	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
38474288--38474341	27	2.0	27	81	0	63	37	9	14	38	1.79
38474541--38474730	50	3.8	50	81	4	213	26	18	26	28	1.98
38476759--38476783	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
38486005--38486190	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
38486893--38486918	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
38495391--38495576	80	2.3	81	82	10	222	26	26	22	24	2.00
38495391--38495576	40	4.7	39	82	10	191	26	26	22	24	2.00
38498457--38498598	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
38498496--38498624	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
38500125--38500337	40	5.3	40	88	3	263	25	26	20	26	1.99
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38502901--38503031	43	3.1	42	75	8	124	29	26	16	27	1.97
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38515418--38515682	92	3.0	92	86	5	332	22	23	14	39	1.91
38515596--38515671	38	2.0	38	94	0	134	22	25	17	35	1.95
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38529410--38529453	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
38531247--38531315	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
38533920--38533996	28	2.8	28	93	0	136	38	22	7	31	1.82
38534117--38534206	28	3.2	27	84	7	110	21	24	22	32	1.98
38534128--38534217	27	3.2	28	78	7	76	23	27	18	30	1.98
38534117--38534231	55	2.1	56	80	11	130	20	25	20	33	1.97
38534659--38534699	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
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38540923--38541105	40	4.6	40	93	2	307	25	28	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38540923--38541105	79	2.3	79	92	1	305	25	28	21	24	1.99
38540923--38541218	119	2.5	118	81	8	318	26	28	20	23	1.99
38540951--38541225	40	6.9	40	84	8	154	27	28	20	24	1.99
38544265--38544672	49	8.4	49	95	0	604	29	29	9	31	1.89
38556850--38557001	43	3.6	41	70	15	112	32	28	15	23	1.95
38559100--38559242	6	23.3	6	72	14	105	48	13	16	20	1.80
38559109--38559219	43	2.6	43	88	0	150	48	14	16	20	1.80
38559115--38559238	37	3.4	37	76	12	119	49	13	16	20	1.80
38559163--38559242	31	2.6	31	93	0	133	50	15	16	18	1.79
38559667--38559791	27	4.6	27	84	5	155	24	19	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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