genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  275  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79300579--79300699	46	2.6	47	80	7	131	29	17	28	23	1.97
79307347--79307476	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
79315400--79315528	40	3.2	40	83	5	156	23	24	28	23	1.99
79318088--79318198	39	2.8	40	86	10	142	23	27	28	20	1.99
79318088--79318213	40	3.2	39	84	10	150	22	26	29	22	1.99
79326137--79326266	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
79335539--79335656	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
79335507--79335670	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
79343120--79343237	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
79343088--79343251	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
79344583--79344801	46	4.6	48	74	12	177	28	17	29	24	1.97
79344731--79344860	49	2.6	50	79	6	149	25	18	30	26	1.98
79347963--79348123	87	1.9	87	90	2	261	42	14	10	31	1.80
79356271--79356371	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
79356271--79356371	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
79358519--79358590	24	3.0	24	87	0	117	50	6	6	36	1.57
79361378--79361429	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
79363791--79363816	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79363851--79363902	27	2.0	26	84	3	68	36	19	26	17	1.94
79370967--79371078	27	4.2	26	82	7	125	17	23	22	36	1.95
79370967--79371078	54	2.1	54	86	3	154	17	23	22	36	1.95
79373766--79373829	34	1.9	33	84	9	85	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79387775--79387846	36	2.0	36	91	0	117	38	20	6	33	1.80
79388770--79388813	20	2.2	20	100	0	88	13	29	9	47	1.74
79391657--79391816	49	3.3	49	92	1	252	30	30	8	31	1.86
79394514--79394659	40	3.6	40	80	8	127	26	23	22	27	2.00
79395399--79395727	40	8.3	40	97	2	621	27	27	19	24	1.99
79397826--79397985	49	3.3	49	92	1	252	30	30	8	31	1.86
79401868--79401899	16	2.0	16	93	0	55	31	18	3	46	1.65
79402102--79402497	151	2.6	150	87	1	558	30	24	18	27	1.98
79402110--79402496	101	3.8	100	77	4	375	29	24	17	27	1.98
79402099--79402497	50	7.9	50	76	3	370	29	24	18	27	1.98
79407326--79407504	40	4.5	39	76	9	164	24	25	23	26	2.00
79407326--79407504	80	2.2	81	84	3	227	24	25	23	26	2.00
79407354--79407506	40	3.8	39	81	4	171	25	26	22	26	2.00
79415384--79415563	40	4.5	40	81	6	204	24	25	23	26	2.00
79415384--79415561	79	2.2	81	85	4	236	24	25	24	25	2.00
79426756--79426904	48	3.0	50	85	7	223	37	6	24	30	1.81
79426760--79426928	48	3.4	50	76	14	181	34	7	27	30	1.84
79427054--79427162	37	2.9	37	93	0	173	22	18	32	27	1.97
79429520--79429585	34	2.0	33	82	8	80	24	24	24	27	2.00
79434232--79436458	492	4.6	488	83	5	2664	35	16	19	28	1.93
79434232--79436366	969	2.2	967	89	1	3166	35	16	19	28	1.93
79440825--79441039	46	4.7	45	74	12	152	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79443097--79443280	54	3.4	54	82	5	219	37	17	24	20	1.94
79444944--79445013	28	2.4	29	95	2	124	30	27	11	31	1.91
79448132--79448235	23	4.4	24	92	3	158	29	23	19	27	1.98
79448291--79448331	20	2.0	20	95	0	73	34	21	9	34	1.87
79450069--79450255	40	4.7	40	82	4	180	28	23	25	21	1.99
79450069--79450222	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
79450073--79450255	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
79450073--79450290	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
79456527--79456616	40	2.2	41	84	9	123	25	26	23	24	2.00
79456543--79456654	40	2.8	40	84	0	134	22	26	23	27	1.99
79464471--79464622	40	3.8	39	84	1	151	23	26	23	26	2.00
79464471--79464622	80	1.9	80	83	5	200	23	26	23	26	2.00
79469235--79469420	40	4.7	40	82	4	171	29	23	25	22	1.99
79469239--79469420	80	2.3	80	81	0	211	28	23	26	21	1.99
79475897--79475985	46	1.9	46	100	0	178	40	14	26	17	1.89
79486168--79486256	46	1.9	46	100	0	178	40	14	26	17	1.89
79493705--79493793	46	1.9	46	100	0	178	40	14	26	17	1.89
79495341--79495444	23	4.4	24	92	3	158	29	23	19	27	1.98
79495500--79495560	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
79497471--79497624	80	1.9	80	87	0	227	27	22	27	22	1.99
79497471--79497678	40	5.2	40	82	0	200	27	23	26	22	1.99
79497591--79497904	159	2.0	158	87	1	459	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79517069--79517126	30	1.9	31	89	3	91	29	20	10	39	1.86
79522348--79522555	53	3.9	54	82	5	224	22	24	16	36	1.94
79522359--79522543	55	3.4	53	82	5	210	21	24	17	36	1.95
79522534--79522655	47	2.6	47	88	0	172	25	22	14	36	1.93
79522953--79522977	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
79528088--79528232	79	1.8	78	88	4	220	32	24	16	26	1.96
79541643--79541699	17	3.4	17	76	9	62	21	14	35	29	1.92
79549587--79549629	18	2.3	18	88	4	59	41	0	0	58	0.98
79551601--79551767	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
79558415--79558544	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
79558431--79558578	80	1.9	80	82	2	190	22	28	24	25	1.99
79566264--79566393	40	3.2	40	81	2	163	24	28	23	23	2.00
79566280--79566427	80	1.9	80	82	2	190	22	28	24	25	1.99
79569288--79569380	32	2.8	34	72	16	88	26	23	22	26	2.00
79570999--79571095	24	4.0	24	91	1	149	20	37	5	37	1.75
79580392--79580571	51	3.6	50	80	6	188	30	26	19	23	1.98
79580388--79580573	101	1.9	98	93	1	291	30	25	19	24	1.98
79583699--79583940	50	4.8	50	80	4	265	28	26	19	25	1.99
79583702--79583971	101	2.7	100	78	11	275	28	26	19	25	1.99
79586686--79586738	22	2.4	22	76	17	56	49	11	5	33	1.62
79589877--79590201	56	5.8	56	78	8	347	28	13	22	35	1.92
79589878--79590185	112	2.8	111	86	5	417	28	13	22	35	1.92
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79687841--79687971	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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