genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.134.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  134  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35293364--35293444	40	2.0	40	100	0	162	24	7	27	40	1.81
35296687--35296804	41	3.1	41	59	25	96	32	16	28	22	1.96
35296655--35296818	71	2.3	71	97	0	319	35	17	28	19	1.94
35305287--35305323	17	2.2	17	90	0	56	37	27	0	35	1.57
35309938--35310203	46	5.7	47	74	14	158	29	17	30	22	1.97
35309936--35310210	47	5.9	47	71	15	178	29	17	30	22	1.97
35324761--35324891	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
35324761--35324891	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
35329638--35329738	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
35337587--35337687	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
35353364--35353419	22	2.6	22	83	5	71	25	26	33	14	1.94
35353364--35353412	20	2.3	20	86	6	62	26	30	32	10	1.89
35354265--35354314	6	8.3	6	80	6	57	78	2	4	16	1.00
35358074--35358104	15	2.1	14	94	5	53	77	3	0	19	0.90
35362036--35362079	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
35362305--35362484	39	4.6	40	88	4	269	27	26	23	22	2.00
35362305--35362484	79	2.3	79	90	5	285	27	26	23	22	2.00
35370599--35370642	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
35370868--35371049	40	4.6	40	92	2	278	27	26	23	22	1.99
35376380--35376555	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
35376377--35376548	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
35382806--35383028	40	5.7	40	88	6	273	25	26	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35382834--35383028	40	4.9	40	90	8	278	24	26	21	28	1.99
35382834--35383028	78	2.5	79	86	11	283	24	26	21	28	1.99
35386065--35386202	42	3.3	42	74	6	127	30	24	14	30	1.95
35386046--35386212	42	4.0	40	72	9	109	31	25	13	28	1.94
35386046--35386200	84	1.8	84	84	2	204	30	26	14	28	1.95
35390414--35390492	22	3.5	21	72	11	59	27	13	17	40	1.88
35390410--35390504	46	2.1	45	84	5	120	25	15	17	41	1.89
35394945--35395091	27	5.8	25	74	10	95	63	4	4	27	1.35
35394939--35395091	26	6.0	25	72	16	91	62	4	4	28	1.35
35395109--35395245	50	2.8	50	73	14	133	56	4	7	32	1.47
35395099--35395280	47	3.7	47	75	11	136	57	4	7	31	1.46
35396805--35397088	49	5.7	49	89	1	325	25	19	27	27	1.99
35396805--35397080	51	5.5	49	90	1	336	26	18	27	27	1.98
35396805--35397088	99	2.8	100	83	3	347	25	19	27	27	1.99
35399315--35399341	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
35405457--35405490	16	2.1	17	88	5	52	41	11	11	35	1.78
35405637--35405779	50	2.9	50	95	0	250	29	26	18	25	1.98
35406899--35406940	18	2.4	18	80	4	50	38	9	14	38	1.78
35413975--35414017	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
35415549--35415581	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
35416121--35416326	45	4.6	45	90	3	294	27	29	21	21	1.98
35428462--35428637	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35428458--35428629	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
35431588--35431666	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
35431579--35431665	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
35434049--35434224	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
35434045--35434216	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
35440525--35440615	27	3.4	27	75	6	85	21	28	13	36	1.91
35444196--35444241	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
35459499--35459545	24	2.0	24	84	16	62	51	14	0	34	1.43
35469882--35469990	48	2.3	49	82	9	136	28	22	22	26	1.99
35471370--35471600	40	5.8	40	80	11	192	22	26	23	27	2.00
35471370--35471601	80	2.9	77	80	5	232	22	26	23	27	2.00
35471412--35471601	40	4.8	40	85	3	231	24	26	23	25	2.00
35471384--35471599	79	2.7	79	80	6	242	23	26	23	26	2.00
35480791--35480834	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
35481061--35481242	40	4.6	40	92	2	278	27	26	23	22	1.99
35483788--35483868	25	3.2	25	67	11	67	30	19	28	20	1.97
35484427--35484451	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
35485660--35485717	29	2.0	29	100	0	116	44	13	10	31	1.78
35486198--35486231	17	1.9	18	88	5	52	52	0	5	41	1.25
35489232--35489261	11	2.7	11	89	0	51	50	0	6	43	1.28
35495552--35495637	39	2.2	39	89	2	136	62	8	5	23	1.44
35495551--35495638	40	2.2	41	85	6	135	63	7	5	22	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35500548--35500589	21	2.0	22	90	4	68	66	0	0	33	0.92
35500924--35501226	159	1.9	159	90	0	489	35	7	16	39	1.78
35502298--35502396	22	4.5	22	69	3	74	25	26	13	35	1.92
35509820--35510041	40	5.6	40	87	1	313	24	22	24	29	1.99
35511722--35511754	12	2.8	12	95	0	57	24	48	18	9	1.76
35523786--35523886	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
35527897--35527925	14	2.1	14	100	0	58	37	6	20	34	1.80
35529584--35529674	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
35529714--35529845	48	2.8	48	95	0	237	31	30	6	31	1.84
35529811--35530227	96	4.4	94	88	4	555	28	29	8	32	1.87
35529837--35530231	49	8.2	49	89	2	613	29	29	8	32	1.87
35529834--35530231	145	2.8	145	95	0	710	29	29	8	32	1.87
35538642--35538778	50	2.7	50	89	0	211	25	17	27	29	1.97
35544820--35545155	49	6.9	49	97	0	631	32	8	29	30	1.87
35545242--35545332	37	2.4	37	92	1	155	23	17	32	26	1.96
35546891--35546935	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
35550800--35550831	6	5.3	6	100	0	64	81	0	18	0	0.70
35550766--35550851	42	2.0	42	80	8	95	70	1	23	4	1.12
35551115--35551208	47	2.0	47	87	0	134	29	24	9	36	1.87
35555240--35555402	39	4.2	39	90	0	254	23	20	32	23	1.98
35555257--35555438	39	4.6	40	86	0	154	22	22	32	22	1.98
35558619--35558785	40	4.2	39	77	5	149	23	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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35606979--35607154	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
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35658611--35658785	46	3.8	46	79	13	207	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35658608--35658778	93	1.8	92	94	1	306	21	21	29	28	1.98
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35673947--35674143	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
35678328--35678436	25	4.5	23	79	12	94	16	23	21	38	1.93
35678328--35678461	49	2.7	49	75	12	123	17	24	20	36	1.94
35678405--35678521	25	4.7	25	74	6	103	23	25	18	32	1.97
35678405--35678537	50	2.7	50	79	8	146	23	27	18	31	1.97
35678541--35678580	19	2.2	19	86	8	57	47	0	12	40	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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