Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  289  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83525069--83525121
28
1.9
28
84
3
72
28
18
26
26
1.98
83529067--83529103
19
2.1
19
85
10
51
8
16
0
75
1.02
83530409--83530453
20
2.3
20
88
3
65
28
17
26
26
1.98
83530482--83530534
28
1.9
28
84
3
72
28
18
26
26
1.98
83534185--83534244
29
2.1
29
84
6
77
35
20
1
43
1.62
83537388--83537503
50
2.3
51
83
1
135
24
19
26
29
1.99
83537436--83537564
51
2.5
51
82
0
141
27
19
25
27
1.99
83548705--83548762
22
2.6
22
100
0
116
34
8
0
56
1.30
83560508--83560551
21
2.1
21
95
0
79
36
9
6
47
1.62
83561109--83561230
64
1.9
64
84
0
163
21
16
22
39
1.92
83562730--83562975
49
5.0
49
87
3
321
28
27
17
26
1.98
83562730--83562976
101
2.5
99
85
2
343
28
27
17
26
1.98
83567304--83567330
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
83572668--83572746
13
5.8
13
70
18
54
31
1
0
67
0.99
83572666--83572739
25
2.8
26
75
15
71
32
1
0
66
1.00
83573328--83573362
18
1.9
18
88
0
52
40
40
8
11
1.72
83577170--83577202
15
2.2
15
100
0
66
12
6
0
81
0.85
83579711--83579752
19
2.1
21
86
8
61
28
7
0
64
1.20
83580255--83580441
88
2.1
88
85
5
245
37
20
6
34
1.79
83580482--83580526
19
2.3
20
92
3
74
57
0
0
42
0.98
83580486--83580533
19
2.5
20
78
21
66
58
0
0
41
0.98
83581522--83581570
26
2.0
26
88
8
75
65
6
0
28
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83582278--83582325
16
3.1
16
82
11
64
60
8
2
29
1.37
83582278--83582318
14
2.7
15
85
11
57
58
9
0
31
1.31
83584007--83584108
10
10.5
10
72
10
77
32
0
2
63
1.16
83584006--83584110
19
5.5
19
73
11
90
33
0
2
62
1.16
83583997--83584108
9
11.4
10
69
13
72
34
0
2
61
1.16
83583997--83584078
38
2.2
37
91
4
128
35
1
2
60
1.17
83584007--83584086
28
2.8
28
80
10
92
30
1
2
66
1.13
83584198--83584419
91
2.5
86
80
8
232
31
9
19
38
1.85
83587112--83587282
75
2.4
75
84
7
212
32
11
23
33
1.90
83587115--83587280
35
4.6
35
84
8
174
31
11
23
33
1.90
83594606--83594776
75
2.4
75
84
7
212
32
11
23
33
1.90
83594609--83594774
35
4.6
35
84
8
174
31
11
23
33
1.90
83597729--83597894
35
4.6
35
82
8
172
31
10
24
33
1.90
83597729--83597899
75
2.4
75
85
7
221
31
11
23
33
1.90
83605228--83605398
75
2.4
75
84
7
212
32
11
23
33
1.90
83605231--83605396
35
4.6
35
84
8
174
31
11
23
33
1.90
83611137--83611301
46
3.6
45
74
8
134
30
18
26
23
1.98
83612749--83612888
41
3.5
40
81
7
151
28
28
16
26
1.97
83616905--83616951
24
2.0
24
100
0
94
31
4
25
38
1.75
83618499--83618563
32
2.0
32
100
0
130
30
6
24
38
1.80
83620043--83620095
26
2.0
26
85
7
72
37
22
15
24
1.92
83621542--83621587
10
4.5
10
81
5
56
43
21
21
13
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83621543--83621590
21
2.3
21
89
3
71
45
22
18
12
1.83
83622569--83622606
20
1.9
20
88
0
58
39
0
5
55
1.23
83622698--83622735
18
2.1
18
90
0
58
34
2
0
63
1.09
83626696--83626740
23
2.0
23
90
0
72
53
15
4
26
1.61
83628471--83628521
26
2.0
26
84
7
68
41
25
13
19
1.88
83634410--83634451
21
2.0
21
95
0
75
35
4
7
52
1.50
83636650--83636730
37
2.2
38
77
16
91
37
7
0
55
1.28
83639023--83639052
15
1.9
16
93
6
53
70
0
0
30
0.88
83647586--83647616
15
2.1
14
94
5
53
77
0
12
9
0.99
83647579--83647620
21
2.0
20
86
4
57
76
0
16
7
1.00
83648295--83648471
95
1.9
95
83
2
230
25
21
21
31
1.98
83652674--83652743
27
2.6
27
88
2
104
31
25
14
28
1.95
83654112--83654142
11
2.8
11
100
0
62
38
9
22
29
1.86
83660662--83660731
27
2.6
27
88
2
104
31
25
14
28
1.95
83663035--83663078
18
2.4
18
81
11
54
47
11
15
25
1.79
83667517--83667646
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
83667533--83667684
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
83667533--83667682
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
83673537--83673666
40
3.3
39
76
8
136
23
27
23
24
2.00
83673553--83673704
40
3.8
40
78
6
148
22
26
23
27
1.99
83673553--83673702
80
1.9
80
83
8
198
22
26
24
27
1.99
83674680--83674890
64
3.2
64
62
20
142
29
26
18
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83674646--83674932
137
2.1
137
96
0
529
31
24
18
25
1.98
83675180--83675232
26
2.0
26
82
7
63
26
15
20
37
1.92
83677298--83677399
29
3.5
28
78
12
100
30
16
25
27
1.97
83677326--83677400
29
2.6
29
86
0
105
29
16
25
29
1.96
83681273--83681375
29
3.6
28
81
7
118
30
15
26
28
1.96
83683877--83683934
26
2.2
26
90
0
89
37
22
5
34
1.76
83692711--83692879
40
4.2
40
80
4
173
23
26
21
28
1.99
83696736--83696775
18
2.3
18
86
4
55
57
7
0
35
1.27
83696827--83696861
18
1.9
18
88
0
52
60
2
2
34
1.26
83699782--83699846
3
21.7
3
100
0
130
33
0
0
66
0.92
83714372--83714579
48
4.4
48
76
11
200
28
19
27
24
1.98
83714367--83714589
94
2.4
94
84
3
279
28
19
27
24
1.99
83714605--83714707
49
2.1
49
83
0
125
31
21
28
19
1.97
83724581--83724638
30
1.9
30
85
0
80
39
8
24
27
1.84
83725055--83725102
21
2.3
21
96
0
87
8
29
31
31
1.87
83726107--83726165
28
2.1
28
100
0
118
38
18
10
32
1.84
83726468--83726598
45
2.9
44
73
10
120
32
22
17
26
1.96
83728068--83728114
14
3.1
15
79
17
53
46
0
2
51
1.13
83728116--83728388
149
1.8
149
79
4
318
43
4
10
41
1.60
83728566--83728604
13
3.1
12
85
10
51
76
5
15
2
1.06
83729767--83729902
60
2.3
59
86
6
177
17
16
19
45
1.85
83730061--83730102
18
2.3
18
91
0
66
33
11
11
42
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83730143--83730191
18
2.8
17
79
14
55
30
12
22
34
1.91
83731454--83731592
27
5.2
28
85
7
157
36
23
22
17
1.95
83731454--83731592
54
2.6
54
86
3
174
36
23
22
17
1.95
83733208--83733314
26
4.2
26
89
7
166
37
23
4
34
1.76
83733208--83733314
49
2.1
52
93
5
184
37
23
4
34
1.76
83737238--83737376
27
5.2
28
87
7
166
35
22
23
18
1.96
83737238--83737376
54
2.6
54
87
3
183
35
22
23
18
1.96
83738989--83739097
26
4.2
26
92
2
184
36
22
4
35
1.75
83738989--83739097
51
2.1
52
93
1
184
36
22
4
35
1.75
83747461--83747518
30
1.9
30
96
0
107
44
12
13
29
1.80
83748480--83748570
40
2.3
38
81
7
119
34
31
18
15
1.92
83748490--83748568
40
2.0
40
92
0
131
34
31
17
16
1.93
83759076--83759351
48
5.8
48
88
0
374
23
17
31
28
1.97
83759076--83759351
144
1.9
144
88
1
419
23
17
31
28
1.97
83759454--83759522
34
2.0
34
100
0
138
36
17
23
23
1.95
83762732--83762771
19
2.1
19
86
9
55
57
5
2
35
1.34
83763174--83763311
72
2.0
68
84
8
179
40
4
5
49
1.47
83764012--83764051
19
2.1
19
90
9
64
57
5
0
37
1.21
83765142--83765279
41
3.4
41
83
4
163
27
15
26
31
1.96
83765454--83765479
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
83767322--83767481
49
3.3
48
72
13
128
28
18
25
26
1.98
83767322--83767502
98
1.9
97
81
3
220
30
17
24
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
83776072--83776156
42
2.0
42
88
0
125
20
23
21
35
1.96
83779370--83779419
11
4.5
11
82
0
64
62
12
8
18
1.53
83779362--83779429
22
3.1
22
80
0
73
63
11
8
16
1.52
83783607--83783677
27
2.5
28
76
13
74
53
2
5
38
1.39
83807026--83807076
26
2.0
26
100
0
102
35
11
19
33
1.88
83812750--83812827
38
2.1
38
97
0
147
44
6
7
41
1.58
83812753--83812845
38
2.5
37
87
7
116
44
9
6
39
1.63
83813166--83813379
9
22.3
9
67
16
60
62
2
4
29
1.29
83813203--83813306
49
2.1
49
81
12
124
65
2
3
27
1.24
83813250--83813306
29
2.0
29
86
6
80
66
3
3
26
1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444