genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  240  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67971233--67971439	40	5.2	40	89	2	294	26	28	21	23	1.99
67972840--67972883	22	2.0	22	100	0	88	27	18	9	45	1.79
67974303--67974328	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
67991394--67991454	28	2.2	28	81	0	68	31	22	21	24	1.98
67991584--67991670	27	3.3	27	75	1	95	36	19	20	22	1.95
67991806--67991868	27	2.3	27	88	0	90	26	17	17	38	1.92
67991943--67991999	27	2.1	27	93	0	96	40	14	24	21	1.90
67994443--67994519	29	2.7	29	88	6	104	28	28	15	27	1.96
68001840--68002008	40	4.2	40	80	6	191	23	20	28	27	1.99
68004616--68004652	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
68011400--68011428	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
68012799--68012832	6	5.7	6	86	13	52	14	0	0	85	0.60
68012805--68012832	13	2.2	13	100	0	56	14	0	0	85	0.59
68014779--68014809	12	2.6	12	100	0	62	61	19	0	19	1.35
68016784--68016932	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68016825--68016932	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68024901--68025049	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68024942--68025049	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68028694--68028852	43	3.7	43	79	7	146	25	16	27	31	1.96
68031029--68031167	29	4.9	29	91	1	192	26	16	29	27	1.97
68032044--68032082	15	2.6	15	87	0	51	30	2	5	61	1.31
68032207--68032273	21	3.2	21	76	16	84	19	2	14	62	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68035561--68035664	29	3.6	28	86	7	138	25	15	30	27	1.96
68035574--68035684	58	1.9	57	87	1	159	27	17	29	26	1.97
68036711--68036745	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
68039981--68040156	46	3.8	45	78	7	185	21	19	28	30	1.97
68039977--68040148	93	1.8	93	88	4	267	20	19	29	29	1.97
68041441--68041620	48	3.8	46	76	6	155	28	18	28	23	1.98
68047287--68047445	43	3.7	42	77	5	142	25	16	25	31	1.97
68051655--68051845	39	4.9	39	90	1	267	25	31	19	23	1.98
68059576--68059768	39	4.9	39	90	0	269	25	32	19	22	1.97
68063573--68063890	48	6.6	47	75	6	262	28	19	28	23	1.98
68063573--68063847	96	2.9	96	82	5	322	27	19	29	23	1.98
68063574--68063842	144	1.9	144	86	4	391	28	18	29	23	1.98
68063573--68063890	96	3.3	95	80	6	313	28	19	28	23	1.98
68063576--68063890	144	2.2	144	83	5	379	28	19	28	24	1.98
68067239--68067603	47	7.7	49	71	11	217	22	29	20	28	1.98
68067245--68067602	141	2.5	138	79	7	346	22	29	20	28	1.98
68067240--68067603	94	3.8	93	76	6	324	22	28	20	28	1.98
68074711--68075077	47	7.8	46	72	12	214	22	28	20	28	1.99
68074716--68075069	141	2.5	138	78	7	322	22	28	20	28	1.98
68074711--68075073	93	3.8	94	77	8	321	22	28	20	28	1.99
68078995--68079033	19	2.1	19	100	0	78	10	10	28	51	1.68
68080527--68080736	27	7.7	27	76	4	134	30	9	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68080547--68080711	54	3.0	55	79	5	172	31	9	18	40	1.83
68080614--68080769	81	1.9	81	84	7	210	28	10	20	41	1.85
68080612--68080736	54	2.3	54	84	2	153	28	7	22	42	1.80
68080634--68080776	27	5.3	26	72	11	101	28	11	22	37	1.88
68080768--68080855	27	3.3	27	91	1	124	42	7	22	27	1.81
68081433--68081591	42	3.7	43	80	8	189	22	18	27	31	1.97
68092568--68092606	16	2.4	16	100	0	78	23	35	20	20	1.96
68093183--68093240	28	2.1	28	100	0	116	22	27	18	31	1.97
68094893--68094964	31	2.3	32	80	7	85	45	9	8	36	1.67
68096336--68096370	13	2.7	13	90	0	52	34	0	14	51	1.42
68099106--68099148	17	2.5	17	96	0	77	25	13	18	41	1.88
68103610--68103693	26	3.2	26	94	0	141	33	4	26	35	1.77
68105174--68105225	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
68105237--68105279	21	2.1	20	87	12	61	18	11	20	48	1.79
68107320--68107403	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
68110045--68110228	40	4.6	40	80	10	216	26	28	21	23	1.99
68110047--68110229	79	2.3	81	84	7	232	26	27	21	24	1.99
68114079--68114273	39	4.9	39	87	0	255	23	21	32	23	1.98
68122134--68122296	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
68122134--68122327	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
68129512--68129615	39	2.6	40	86	1	138	28	26	18	25	1.98
68129484--68129665	40	4.6	40	79	8	183	28	26	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68139813--68139941	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
68147196--68147324	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
68154098--68154226	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
68161884--68162034	40	3.8	39	78	10	128	22	26	23	27	2.00
68161884--68162033	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
68169641--68169797	38	4.0	38	80	5	145	32	24	20	22	1.98
68169641--68169797	78	2.0	78	81	7	185	32	24	20	22	1.98
68170550--68170576	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68176633--68176667	18	1.9	18	88	0	52	48	5	20	25	1.71
68180983--68181114	39	3.3	40	86	8	171	28	25	20	25	1.99
68180985--68181130	40	3.7	40	89	2	163	28	24	19	27	1.99
68189113--68189243	40	3.3	39	81	7	138	29	25	18	26	1.98
68189177--68189259	40	2.1	40	93	0	139	33	21	14	30	1.93
68199227--68199378	40	3.8	39	79	9	155	26	23	26	23	2.00
68199265--68199394	40	3.3	39	77	15	140	23	23	26	25	2.00
68200842--68200900	29	2.0	29	100	0	118	33	23	10	32	1.88
68210342--68210377	16	2.2	17	90	5	56	55	33	2	8	1.44
68211681--68211908	110	2.1	111	93	5	390	28	23	3	44	1.71
68213307--68213367	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
68214973--68215043	29	2.5	28	81	2	79	28	15	29	26	1.96
68218991--68219029	16	2.4	16	91	0	60	48	23	20	7	1.75
68219269--68219329	28	2.1	29	84	3	79	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68225156--68225341	79	2.4	78	82	9	218	24	20	30	24	1.99
68225156--68225346	39	4.8	40	84	8	214	23	20	30	25	1.99
68235120--68235184	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
68242966--68243030	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
68244591--68244726	43	3.2	43	77	10	136	28	24	19	27	1.98
68254080--68254124	5	8.6	5	90	9	72	17	0	0	82	0.68
68258719--68258776	25	2.4	25	85	2	82	34	6	6	51	1.55
68259631--68259726	40	2.4	39	82	3	111	34	23	19	21	1.97
68259871--68259986	40	3.0	38	82	8	128	29	19	24	26	1.99
68260651--68260704	22	2.5	22	85	8	67	48	24	1	25	1.61
68261142--68261289	21	7.0	21	76	6	129	18	1	35	43	1.59
68261177--68261283	28	3.6	28	70	22	92	16	1	38	42	1.59
68261155--68261274	63	1.9	63	89	3	188	20	1	34	44	1.61
68261216--68261300	28	3.0	28	76	10	84	15	1	37	45	1.54
68261553--68261812	84	3.1	84	84	6	262	33	17	22	27	1.96
68261622--68261812	84	2.3	83	89	3	292	32	19	22	25	1.97
68262171--68262203	16	2.1	16	100	0	66	12	12	18	57	1.64
68264157--68264263	50	2.1	51	84	5	137	38	11	4	45	1.61
68264657--68264687	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
68264686--68264742	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
68265176--68265205	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
68265207--68265292	9	9.6	9	74	9	68	43	19	3	33	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68270414--68270442	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
68271139--68271205	31	2.2	31	88	0	98	16	5	19	58	1.58
68271277--68271359	43	2.0	41	88	4	121	26	22	18	32	1.97
68272672--68272728	26	2.3	24	82	14	71	50	3	12	33	1.57
68276944--68276995	28	1.9	27	84	7	70	42	11	3	42	1.59
68279578--68279631	2	28.5	2	78	10	51	55	1	0	42	1.10
68279577--68279622	9	5.2	9	82	15	60	54	2	0	43	1.12
68281443--68282075	87	7.3	86	82	4	738	19	23	21	35	1.96
68281500--68282075	44	13.3	43	66	11	190	20	22	21	35	1.96
68281541--68282040	44	11.5	43	66	16	210	19	23	21	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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