genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.326.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  326  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94038812--94038970	27	5.9	27	83	11	193	34	22	24	18	1.96
94038830--94038970	54	2.6	54	94	2	248	34	24	24	17	1.95
94039075--94039148	28	2.8	26	85	4	85	32	9	21	36	1.86
94040574--94040681	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
94041118--94041158	21	2.0	21	95	0	73	34	7	21	36	1.82
94041647--94041731	12	7.1	12	73	15	50	75	0	17	7	1.02
94041658--94041731	6	12.3	6	72	18	57	74	0	20	5	1.01
94042953--94043017	22	3.0	22	81	4	69	10	26	27	35	1.90
94045705--94045745	21	2.0	21	90	0	64	12	29	36	21	1.90
94046107--94046132	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
94051296--94051391	48	2.0	48	95	4	176	38	16	19	25	1.92
94057831--94057918	44	2.0	44	97	0	167	42	25	14	18	1.88
94067691--94067808	39	3.0	39	98	0	227	22	16	22	37	1.94
94071729--94071861	55	2.4	54	83	3	169	39	19	21	19	1.93
94071767--94071912	55	2.7	55	79	2	143	40	18	23	17	1.91
94073162--94073252	45	2.0	45	95	0	164	24	25	24	26	2.00
94074636--94074679	19	2.2	20	80	4	54	45	6	6	40	1.57
94081610--94081668	29	2.0	29	100	0	118	37	16	13	32	1.88
94082976--94083039	30	2.2	29	91	2	101	26	18	21	32	1.97
94085767--94085984	40	5.5	40	97	0	402	26	25	23	24	2.00
94087495--94087520	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
94092581--94092786	40	5.2	40	94	0	333	23	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94106186--94106232	23	2.0	23	100	0	94	42	8	8	40	1.66
94111622--94111987	182	2.0	182	98	0	705	32	25	18	24	1.97
94113760--94113788	15	1.9	15	100	0	58	41	6	6	44	1.58
94117516--94117589	38	1.9	39	81	8	89	55	6	4	33	1.45
94117851--94117911	24	2.6	24	92	2	97	49	4	1	44	1.33
94121289--94121314	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
94121540--94121566	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
94132940--94133010	20	3.5	20	83	7	99	25	5	2	66	1.27
94132933--94133011	40	2.0	40	100	0	158	24	5	2	68	1.22
94137534--94138826	49	26.4	49	95	0	2298	31	8	30	30	1.86
94137818--94137900	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
94137965--94138047	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
94138210--94138292	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
94138602--94138684	27	3.3	27	61	22	70	31	3	30	34	1.75
94139272--94139316	19	2.4	19	96	0	81	28	17	15	37	1.91
94140847--94141167	40	8.0	40	96	0	570	24	22	28	25	1.99
94144955--94145512	49	11.4	49	96	0	1017	31	7	29	31	1.86
94145141--94145223	27	3.3	27	60	16	68	31	4	30	33	1.79
94147846--94147872	10	2.7	10	100	0	54	48	22	11	18	1.79
94149022--94149059	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
94149158--94149206	25	2.0	25	87	0	71	42	16	6	34	1.73
94153487--94153561	37	2.0	37	81	0	87	20	24	13	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94155137--94155312	46	3.8	46	77	12	198	21	21	28	28	1.98
94155133--94155305	93	1.9	93	93	0	301	21	21	29	27	1.99
94160815--94160858	22	2.1	22	83	8	56	75	9	11	4	1.19
94165473--94165526	12	4.6	11	79	4	54	50	0	22	27	1.50
94165866--94165917	22	2.4	22	96	3	97	40	0	23	36	1.55
94167751--94167885	45	3.0	45	97	0	252	30	21	29	18	1.97
94167977--94168068	24	3.9	24	77	11	100	38	18	25	18	1.93
94167977--94168068	47	1.9	48	85	10	127	38	18	25	18	1.93
94170172--94170207	18	2.0	18	88	0	54	41	22	0	36	1.54
94171841--94171937	25	4.0	25	82	7	119	18	26	21	32	1.97
94179388--94179579	40	4.8	40	91	0	294	24	20	29	25	1.99
94194601--94194769	87	1.9	87	95	0	302	30	20	26	23	1.98
94197695--94197959	46	5.7	46	72	15	240	29	27	19	23	1.98
94197746--94197911	47	3.6	47	76	8	203	29	27	18	24	1.98
94197700--94197963	93	2.8	93	94	0	465	29	28	19	23	1.98
94200051--94200092	22	1.9	22	95	0	75	30	21	23	23	1.99
94201165--94201189	13	1.9	13	100	0	50	56	0	16	28	1.41
94202519--94202570	21	2.5	21	84	12	63	71	5	13	9	1.30
94203633--94203691	26	2.3	24	82	11	64	69	1	3	25	1.13
94203730--94203798	32	2.2	33	86	5	97	65	4	5	24	1.33
94204097--94204142	19	2.5	19	82	6	51	36	2	4	56	1.31
94204512--94204558	17	2.8	17	72	15	53	38	4	0	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94204512--94204576	32	2.0	33	87	3	96	38	4	3	53	1.37
94205338--94205373	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
94205373--94205404	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94205611--94205742	39	3.4	39	87	0	192	22	27	19	30	1.98
94206763--94206813	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
94207912--94208026	60	1.9	60	96	0	212	46	15	8	29	1.76
94217065--94217263	39	5.1	39	88	0	218	24	31	21	23	1.98
94217070--94217263	78	2.5	79	87	1	255	23	30	21	24	1.99
94217101--94217263	39	4.2	39	91	0	245	23	31	20	24	1.98
94230595--94230770	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
94230592--94230762	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
94233712--94233761	15	3.5	14	81	13	50	14	14	10	62	1.55
94233706--94233769	13	4.6	14	76	16	62	10	14	14	60	1.58
94235689--94235862	46	3.8	46	77	8	183	21	19	29	29	1.97
94240098--94240283	40	4.7	40	88	5	236	25	22	26	25	2.00
94240098--94240316	80	2.8	80	80	11	245	26	21	26	25	2.00
94250923--94251015	25	3.7	25	84	4	107	23	22	20	33	1.97
94252158--94252205	21	2.3	21	86	13	64	16	35	29	18	1.93
94253866--94253924	29	2.0	30	83	3	75	40	6	23	28	1.80
94261764--94261802	20	2.1	19	90	9	62	38	20	0	41	1.53
94262445--94262479	18	1.9	18	88	0	52	0	31	0	68	0.90
94268531--94268661	45	2.9	45	87	3	176	22	21	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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94283233--94283420	40	4.7	40	93	3	326	24	27	22	25	2.00
94283200--94283420	80	2.8	80	90	4	333	23	27	22	26	2.00
94284961--94285015	20	2.8	20	100	0	110	40	23	0	36	1.55
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94323586--94323638	24	2.2	24	86	6	72	30	11	16	41	1.84
94324882--94324971	46	1.9	48	86	4	130	26	21	28	23	1.99
94324899--94325003	46	2.3	45	81	8	113	26	20	30	21	1.98
94326058--94326087	12	2.4	13	94	5	53	26	26	36	10	1.88
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94335774--94335988	46	4.6	46	86	5	256	29	16	29	24	1.97
94337153--94337193	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94337625--94337668	13	3.4	13	77	0	52	50	4	15	29	1.64
94340235--94340817	298	2.0	298	90	0	932	32	15	17	34	1.92
94342843--94342973	44	3.0	44	86	0	172	32	12	11	42	1.79
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94345780--94345865	45	1.9	45	85	0	118	32	20	24	22	1.98
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94356463--94356565	43	2.4	41	76	12	118	32	23	15	29	1.95
94364095--94364222	46	2.8	44	80	13	152	29	18	28	23	1.98
94371639--94371766	46	2.8	44	80	13	152	29	18	28	23	1.98
94378706--94378781	30	2.5	30	93	4	127	34	15	21	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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