genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  223  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62683232--62683351	40	3.0	41	83	9	149	22	29	25	23	1.99
62692538--62692635	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62698519--62698616	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62700186--62700305	40	3.0	41	84	9	158	22	30	25	22	1.99
62702691--62702830	37	3.8	37	94	0	235	25	32	19	23	1.98
62702971--62703356	48	8.0	48	96	0	691	31	27	6	34	1.82
62706519--62706718	27	7.4	27	83	5	226	28	24	8	39	1.84
62706751--62706876	27	4.7	27	87	3	182	40	22	7	29	1.82
62706751--62706958	54	3.8	53	78	10	163	40	20	8	30	1.82
62706857--62706964	27	3.9	27	74	13	103	40	17	9	32	1.81
62707030--62707116	27	3.2	27	83	4	77	29	25	25	19	1.98
62707040--62707121	27	3.0	27	87	3	112	30	23	25	20	1.99
62707821--62707877	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
62707820--62707894	20	3.8	20	89	6	102	37	8	20	34	1.82
62707839--62707877	11	3.7	11	80	13	55	35	10	20	33	1.86
62707944--62708118	26	6.8	26	89	0	246	27	22	22	28	1.99
62707944--62708118	52	3.4	52	96	1	309	27	22	22	28	1.99
62708263--62708356	42	2.2	42	92	1	152	26	12	21	39	1.89
62708378--62708456	31	2.5	31	97	0	149	26	18	26	27	1.98
62709256--62709301	22	2.1	22	84	8	58	73	0	17	8	1.07
62710480--62710544	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
62717139--62717200	28	2.2	29	85	8	83	74	1	17	6	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62718373--62718434	29	2.2	29	91	2	99	32	17	25	24	1.97
62719960--62720068	27	4.1	27	86	1	139	33	14	21	30	1.93
62720058--62720420	27	13.4	27	80	4	248	40	19	9	30	1.84
62720313--62720398	28	3.1	28	80	11	90	40	16	12	30	1.86
62720650--62720768	41	2.9	41	89	0	157	22	19	28	29	1.98
62720915--62720979	22	3.0	22	77	8	78	23	23	18	35	1.96
62730234--62730388	29	5.3	29	88	1	238	34	10	28	25	1.90
62730234--62730388	59	2.7	58	90	1	247	34	10	28	25	1.90
62730383--62730487	32	3.2	32	91	1	156	31	11	21	35	1.89
62730393--62730609	33	6.6	33	88	3	253	35	10	20	33	1.87
62732927--62732969	22	1.9	23	85	4	61	23	0	51	25	1.49
62733006--62733079	34	2.2	33	81	11	96	24	22	27	25	2.00
62736363--62736454	45	2.0	45	93	0	157	50	8	23	17	1.74
62741897--62742084	40	4.7	40	87	1	252	23	21	28	26	1.99
62741893--62742100	80	2.6	80	85	0	281	23	21	28	26	1.99
62749991--62750197	40	5.2	40	89	2	294	23	20	28	27	1.99
62752848--62752998	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	22	2.00
62760881--62761010	40	3.2	40	81	2	163	23	23	28	24	2.00
62767046--62767217	46	3.7	46	72	14	156	23	20	25	30	1.99
62772113--62772294	27	6.7	27	84	1	213	31	25	7	36	1.83
62772330--62772480	27	5.6	27	83	4	180	42	22	6	28	1.78
62772330--62772479	81	1.9	81	90	2	239	42	22	6	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62772330--62772546	54	4.0	54	79	5	188	41	19	7	31	1.79
62772338--62772543	27	7.6	27	78	8	112	41	19	7	31	1.79
62772584--62772661	27	2.9	27	79	11	88	37	21	19	21	1.95
62774074--62774203	46	2.8	46	82	4	172	28	29	20	21	1.98
62774079--62774222	46	3.1	45	74	15	141	28	29	20	21	1.98
62776203--62776272	25	2.8	25	84	2	97	27	25	22	24	2.00
62776419--62776509	42	2.2	42	91	0	146	27	10	21	39	1.87
62776534--62776636	31	3.3	31	93	0	179	30	13	25	31	1.94
62778977--62779145	27	6.3	27	83	2	196	28	28	6	36	1.82
62778977--62779149	81	2.1	81	83	2	222	29	27	6	36	1.82
62779161--62779240	27	3.0	27	90	3	99	41	21	10	27	1.85
62779181--62779331	27	5.6	27	79	6	155	42	19	7	29	1.80
62779297--62779394	27	3.5	28	77	15	105	40	18	8	32	1.80
62780311--62780380	25	2.8	24	84	4	86	28	24	22	24	1.99
62780527--62780617	42	2.2	42	95	0	164	27	10	21	39	1.87
62780642--62780718	31	2.5	31	97	0	145	28	18	25	27	1.98
62794630--62795026	49	8.1	49	95	1	679	33	9	27	29	1.88
62795099--62795189	37	2.4	37	89	8	148	20	18	34	26	1.96
62799708--62799793	28	3.0	28	83	3	109	31	13	26	27	1.94
62801790--62801907	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
62801758--62801921	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
62809314--62809523	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62813385--62813492	39	2.8	37	84	8	121	24	29	21	25	1.99
62813354--62813492	39	3.6	37	80	9	120	24	29	20	25	1.99
62821388--62821491	39	2.7	37	86	5	129	22	29	25	23	1.99
62824373--62824432	24	2.6	22	89	7	84	25	11	31	31	1.91
62827399--62827445	20	2.4	20	82	13	62	17	31	10	40	1.83
62832615--62832652	19	2.0	19	85	10	51	18	23	39	18	1.92
62834283--62834458	40	4.4	40	76	5	167	25	25	24	25	2.00
62836491--62836561	20	3.5	20	72	0	61	15	23	23	36	1.94
62836721--62836785	34	1.9	34	84	6	87	21	23	24	30	1.99
62837564--62837733	45	3.8	45	84	4	175	34	13	24	27	1.93
62837610--62837775	45	3.7	45	80	6	133	37	16	22	23	1.93
62837852--62837903	27	1.9	27	84	0	68	40	21	21	17	1.91
62843934--62844053	43	2.8	42	77	2	141	25	16	25	33	1.96
62850257--62850407	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
62850254--62850439	40	4.7	40	76	6	137	25	24	27	22	2.00
62850254--62850449	80	2.4	79	77	6	180	24	23	28	22	1.99
62858346--62858496	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
62862790--62862907	43	2.8	42	70	7	103	22	15	25	36	1.93
62868404--62868430	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
62870556--62870709	67	2.3	66	84	7	186	32	16	29	22	1.95
62873577--62873757	40	4.6	40	90	2	267	22	21	30	25	1.99
62877738--62877864	47	2.7	47	82	1	148	35	30	12	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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62880539--62880738	54	3.7	54	87	1	267	39	8	25	27	1.83
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62885200--62885272	11	7.2	10	71	17	53	6	19	0	73	1.04
62885200--62885263	15	4.3	15	71	15	51	6	18	0	75	1.01
62896110--62896319	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62914410--62914595	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
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62924650--62924701	23	2.3	23	83	6	70	46	23	21	9	1.80
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62934356--62934580	124	1.8	124	86	1	326	33	23	11	32	1.90
62938383--62938460	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
62946229--62946306	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
62953176--62953305	40	3.2	40	83	4	165	23	29	25	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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