genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  257  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73467101--73467144	22	2.0	22	90	0	70	31	6	6	54	1.53
73470304--73470386	26	3.2	26	94	1	141	33	4	25	36	1.77
73472164--73472449	136	2.1	137	98	0	547	24	18	25	31	1.98
73477485--73477567	26	3.2	26	94	1	141	33	4	24	37	1.77
73479044--73479095	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
73479343--73479618	137	2.0	137	98	0	534	25	19	24	31	1.98
73481865--73481904	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
73483618--73483669	26	2.0	26	92	0	86	38	11	3	46	1.59
73487416--73487455	21	1.9	21	84	0	53	22	12	2	62	1.42
73488621--73488652	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
73489459--73489496	16	2.3	17	81	4	51	7	0	31	60	1.25
73489492--73489526	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
73490171--73490747	88	7.0	83	70	16	283	36	18	16	27	1.93
73490339--73490400	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
73490495--73490529	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
73490547--73491079	72	6.8	73	74	14	397	33	18	17	30	1.95
73490744--73491222	165	2.9	168	89	4	711	31	20	18	29	1.96
73490918--73491079	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
73491083--73491222	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
73491287--73491452	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
73491327--73491574	121	2.0	126	86	5	355	40	22	13	23	1.90
73491452--73491645	72	2.8	70	83	5	232	39	23	13	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73491288--73491818	193	2.8	194	92	1	834	37	22	14	25	1.92
73491645--73491818	70	2.5	71	84	4	203	33	21	14	30	1.94
73498614--73498645	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
73499104--73499146	13	3.4	13	74	6	52	81	4	11	2	0.93
73499457--73499491	15	2.3	15	90	0	52	8	0	28	62	1.24
73499487--73499521	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
73502341--73502377	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
73507302--73507365	25	2.7	22	81	13	74	35	0	7	56	1.28
73507314--73507364	23	2.2	23	86	6	68	35	0	5	58	1.22
73507448--73507503	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
73507560--73507596	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
73507664--73507700	18	2.1	18	89	0	56	40	0	2	56	1.13
73507769--73507804	15	2.3	16	90	4	56	50	0	5	44	1.25
73507924--73507993	37	1.9	35	81	18	81	30	12	0	57	1.36
73508100--73508155	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
73515619--73516016	93	4.4	89	82	9	400	35	19	16	28	1.93
73515839--73515871	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
73515619--73516036	91	4.6	88	81	7	396	36	18	16	28	1.92
73515684--73516018	181	1.9	180	84	4	460	34	19	17	28	1.95
73516034--73516524	170	3.0	162	77	10	453	33	19	17	29	1.95
73516275--73516451	90	1.9	92	84	4	234	33	21	20	24	1.97
73516474--73516579	54	1.9	55	84	5	144	38	18	13	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73516559--73516592	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
73516432--73516692	140	1.9	141	91	2	436	36	20	16	26	1.94
73516664--73516838	71	2.5	69	85	3	226	34	22	14	28	1.93
73528809--73529127	106	3.0	106	89	3	457	28	17	18	35	1.94
73530945--73531138	106	1.8	106	82	8	252	36	18	16	29	1.92
73538915--73538969	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
73541224--73541276	28	1.9	27	84	3	70	26	26	18	28	1.98
73541238--73541372	60	2.2	59	83	8	157	25	25	20	27	1.99
73541365--73541420	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
73543560--73543616	23	2.4	25	75	24	61	50	10	1	36	1.47
73544001--73544171	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.98
73543996--73544168	46	3.7	46	77	13	192	29	27	20	21	1.98
73545484--73545524	13	2.9	14	76	23	50	63	4	0	31	1.15
73545481--73545530	18	2.8	17	82	11	55	64	4	0	32	1.12
73545503--73545569	18	3.7	18	68	24	52	53	11	1	32	1.47
73545578--73545614	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
73545671--73545726	24	2.3	24	82	14	62	57	8	3	30	1.47
73545698--73545772	30	2.5	30	81	10	82	56	6	2	34	1.40
73545833--73545866	17	2.0	17	88	11	52	52	8	0	38	1.33
73550596--73550668	37	1.9	39	91	5	123	52	8	16	23	1.70
73564206--73564238	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
73565724--73565775	26	2.0	26	84	0	68	36	19	5	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73565916--73566002	25	3.5	25	76	1	68	34	20	21	22	1.97
73571883--73571908	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
73576022--73576073	23	2.3	23	83	6	61	5	3	23	67	1.29
73576031--73576075	23	2.0	23	91	4	74	6	4	20	68	1.29
73576039--73576098	26	2.4	25	88	5	93	3	3	15	78	1.01
73576031--73576098	26	2.9	22	78	16	73	5	2	19	72	1.19
73576858--73577454	72	7.8	73	82	7	572	31	18	16	33	1.93
73577434--73577468	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
73577369--73577545	91	2.0	89	86	5	248	32	20	19	28	1.97
73577133--73578197	167	6.9	161	79	12	910	31	19	16	31	1.94
73576858--73578197	543	2.5	526	83	8	1667	31	19	16	32	1.94
73577452--73578197	72	9.9	74	86	5	876	32	19	16	31	1.94
73578261--73578285	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
73578123--73578802	140	4.9	140	93	1	1118	37	19	17	25	1.93
73578305--73578410	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
73578123--73578945	280	3.0	280	88	6	1150	37	19	16	25	1.93
73578445--73578550	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
73578585--73578689	54	1.9	53	86	7	149	38	20	14	27	1.91
73578895--73579082	71	2.6	71	84	5	252	35	22	15	26	1.94
73578809--73579251	185	2.3	194	82	7	523	35	22	15	26	1.94
73588639--73588701	26	2.4	27	86	7	85	6	3	15	74	1.15
73588660--73588714	24	2.2	26	93	6	96	3	3	16	76	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73594036--73594082	23	2.0	23	95	0	85	36	23	12	27	1.91
73597077--73597106	4	7.2	4	96	3	51	76	0	23	0	0.78
73603493--73603533	18	2.2	19	91	4	66	56	9	7	26	1.58
73604108--73604167	26	2.3	26	85	5	77	38	8	18	35	1.81
73604590--73604623	17	2.0	17	100	0	68	35	0	23	41	1.55
73606354--73606379	8	3.2	8	100	0	52	50	11	11	26	1.73
73613289--73613367	34	2.3	34	82	6	88	29	10	16	44	1.80
73613320--73613389	34	2.1	34	88	0	104	27	10	12	50	1.72
73616006--73616044	20	1.9	20	84	5	51	66	0	5	28	1.12
73617787--73617822	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
73617795--73617828	15	2.3	15	89	0	50	52	0	0	47	1.00
73618457--73618518	13	4.8	13	75	13	56	37	0	1	61	1.06
73623296--73623760	234	2.0	224	82	8	571	31	14	24	28	1.95
73624310--73624334	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
73625066--73625148	22	3.5	24	75	17	68	53	3	3	39	1.36
73625342--73625535	3	62.0	3	74	13	119	60	5	2	31	1.32
73626013--73626056	22	2.0	22	86	0	61	38	0	61	0	0.96
73626013--73626047	11	3.2	11	95	0	61	42	0	57	0	0.99
73626159--73626201	13	3.2	13	83	6	50	25	0	4	69	1.07
73627865--73627925	22	2.7	24	75	17	67	60	3	8	27	1.41
73628446--73628555	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
73630033--73630084	25	2.0	26	85	3	70	36	23	13	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73631440--73631538	53	1.9	51	84	12	130	59	4	2	34	1.28
73631441--73631524	33	2.6	32	80	12	91	59	4	2	33	1.31
73631440--73631538	51	1.9	53	84	12	134	59	4	2	34	1.28
73631338--73631538	26	8.1	25	67	23	97	56	3	4	34	1.38
73631493--73631538	20	2.4	19	82	13	58	58	2	2	36	1.22
73631373--73631540	16	10.9	16	63	24	51	55	2	4	36	1.36
73632150--73632189	19	2.1	19	100	0	80	15	30	40	15	1.87
73632150--73632196	19	2.5	19	92	0	67	14	31	38	14	1.87
73633476--73633746	55	5.0	55	90	1	413	38	18	13	29	1.88
73633476--73633746	109	2.5	110	92	1	431	38	18	13	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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