Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  272  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78264589--78264760
93
1.8
93
87
2
256
22
20
28
28
1.99
78267676--78267744
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
78267667--78267754
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
78282329--78282410
29
2.8
29
96
0
146
24
31
14
29
1.95
78286567--78286596
16
1.9
15
93
6
51
33
23
0
43
1.54
78286867--78287043
50
3.5
50
72
7
151
29
25
18
25
1.98
78291775--78291909
29
4.7
29
96
0
234
31
15
23
28
1.95
78298919--78299053
29
4.7
29
96
0
234
31
15
23
28
1.95
78302948--78302977
16
1.9
15
93
6
51
33
23
0
43
1.54
78303177--78303313
50
2.8
50
86
3
188
31
27
16
24
1.97
78303177--78303307
49
2.7
49
87
3
174
30
26
17
25
1.97
78303345--78303407
33
1.9
33
90
0
99
31
33
12
22
1.91
78305788--78305812
11
2.3
11
100
0
50
20
28
16
36
1.93
78309269--78309371
28
3.7
28
88
0
152
24
14
33
27
1.94
78326865--78327012
43
3.4
43
74
5
120
32
22
15
29
1.95
78332390--78332548
29
5.5
30
86
9
213
27
25
13
32
1.94
78332390--78332548
59
2.8
57
88
5
178
27
25
13
32
1.94
78338017--78338078
28
2.3
27
83
10
74
16
17
38
27
1.91
78338025--78338086
28
2.2
28
88
2
90
16
20
38
24
1.92
78341659--78341783
29
4.3
29
90
1
189
25
12
32
30
1.92
78344388--78344536
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
78344429--78344536
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78352479--78352627
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
78352520--78352627
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
78367969--78368097
40
3.2
40
80
3
154
23
24
27
24
2.00
78376503--78376706
46
4.5
45
81
11
188
23
30
20
25
1.98
78376546--78376762
92
2.4
91
82
4
249
22
31
19
26
1.98
78376546--78376754
46
4.6
44
79
11
181
22
31
19
27
1.97
78381176--78381342
40
4.2
40
79
6
169
25
21
27
25
1.99
78387753--78387918
40
4.2
40
78
8
171
25
21
27
25
1.99
78394059--78394276
40
5.5
40
92
2
343
24
28
23
23
2.00
78397052--78397076
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
78400231--78400412
67
2.8
63
79
10
183
30
17
29
23
1.96
78401490--78401514
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
78402778--78402914
56
2.4
56
89
4
213
35
23
16
25
1.95
78403599--78403627
14
2.0
15
93
6
51
51
20
0
27
1.47
78414502--78414652
40
3.8
40
84
6
166
23
28
25
23
1.99
78422186--78422218
15
2.1
16
88
5
50
30
18
0
51
1.46
78429572--78429602
16
1.9
16
100
0
62
51
9
6
32
1.60
78439984--78440008
13
1.9
13
100
0
50
32
16
8
44
1.76
78442413--78442444
2
16.0
2
93
0
55
46
0
0
53
1.00
78443108--78443145
9
4.2
9
89
0
58
36
34
7
21
1.82
78445852--78445895
19
2.2
20
80
4
54
9
13
4
72
1.24
78446364--78446428
29
2.3
26
76
20
69
44
9
16
29
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78446712--78446750
14
2.7
15
84
8
53
74
2
0
23
0.94
78448846--78448887
21
1.9
22
90
9
68
40
0
14
45
1.45
78449030--78449077
25
1.9
25
100
0
96
31
29
10
29
1.90
78449083--78449119
19
1.9
19
94
0
65
21
29
27
21
1.99
78451068--78451137
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
78451635--78451662
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
78454797--78454823
7
3.9
7
100
0
54
29
0
0
70
0.88
78454792--78454831
14
2.7
15
84
7
64
37
0
0
62
0.95
78456274--78456353
29
2.7
29
78
5
88
36
6
11
46
1.65
78456295--78456352
29
2.0
30
89
3
91
32
5
12
50
1.62
78457505--78457549
21
2.1
21
83
0
54
51
0
15
33
1.44
78457676--78458094
3
140.0
3
72
16
239
60
3
5
29
1.36
78457915--78457980
31
2.2
28
82
10
78
69
6
3
21
1.24
78459610--78459822
88
2.4
88
80
1
248
28
22
19
29
1.98
78459565--78459910
44
7.8
44
76
5
205
28
23
17
30
1.97
78459927--78460351
88
4.8
88
87
2
552
28
21
23
26
1.99
78460017--78460231
44
4.9
44
64
11
125
28
22
23
25
1.99
78460367--78461188
44
18.9
44
67
11
280
25
22
20
32
1.98
78460367--78460786
130
3.2
130
89
0
624
26
23
19
30
1.98
78460369--78461177
86
9.3
86
73
10
324
25
22
20
32
1.98
78460656--78461055
88
4.6
87
79
7
393
23
22
20
33
1.97
78460656--78461134
175
2.8
174
78
4
473
24
22
20
32
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78464732--78464764
17
1.9
17
88
11
50
66
3
0
30
1.06
78465022--78465097
22
3.7
21
75
15
59
39
17
6
36
1.75
78465051--78465148
35
2.7
37
87
12
150
35
16
10
37
1.82
78465058--78465148
19
4.9
19
92
8
161
36
15
10
37
1.83
78466459--78466629
46
3.8
46
73
17
178
20
21
29
28
1.98
78469542--78469610
15
4.6
15
83
0
84
11
17
13
57
1.64
78469533--78469620
30
3.0
30
81
8
99
10
17
15
56
1.66
78472005--78472180
46
3.8
46
81
10
232
20
21
29
28
1.98
78472001--78472172
93
1.8
93
96
0
317
20
22
30
27
1.98
78473587--78473627
21
2.0
21
85
0
55
9
2
14
73
1.19
78473849--78473973
46
2.7
46
82
1
153
28
26
15
30
1.96
78473846--78473957
46
2.5
45
86
2
161
29
27
14
28
1.95
78473990--78474284
78
3.8
78
90
1
448
25
24
18
31
1.97
78474365--78474727
78
4.7
78
91
1
550
25
25
17
31
1.97
78473873--78474649
365
2.1
368
88
2
1166
25
25
17
31
1.97
78473990--78474873
443
2.0
442
91
1
1448
26
24
17
32
1.97
78475516--78475618
52
2.0
52
100
0
206
33
11
7
47
1.69
78483334--78483368
18
2.0
18
88
5
54
68
0
0
31
0.90
78483623--78483698
22
3.7
21
76
15
68
40
17
6
35
1.75
78483652--78483749
35
2.7
37
87
12
150
35
16
10
37
1.82
78483659--78483749
19
4.9
19
92
8
161
36
15
10
37
1.83
78487874--78488109
3
77.3
3
72
12
151
59
2
6
31
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78490059--78490100
15
2.7
15
88
7
57
59
2
38
0
1.10
78490760--78490784
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
78495395--78495430
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
78502954--78503081
45
2.9
45
89
2
188
26
28
21
23
1.99
78503546--78503580
2
18.0
2
94
5
63
51
0
0
48
1.00
78507378--78507771
55
7.5
53
76
10
360
23
23
17
35
1.95
78507378--78507771
108
3.7
108
88
5
531
23
23
17
35
1.95
78507657--78507827
47
3.5
47
73
13
182
26
21
14
37
1.92
78507387--78507826
101
4.2
104
90
4
488
24
23
16
35
1.94
78512472--78512514
22
2.0
22
85
0
59
69
0
4
25
1.07
78514747--78514785
18
2.2
18
86
9
53
38
5
2
53
1.37
78519008--78519107
32
3.2
32
72
13
100
28
5
6
61
1.41
78520848--78520890
21
2.2
20
88
12
63
46
0
0
53
1.00
78522992--78523055
31
2.1
31
100
0
128
42
18
10
28
1.84
78533154--78533233
30
2.7
30
76
7
90
26
21
11
41
1.86
78533184--78533287
30
3.5
30
71
15
81
25
25
15
33
1.95
78533184--78533315
60
2.2
60
80
9
144
24
25
13
36
1.92
78533333--78533402
29
2.4
29
82
0
95
22
28
14
34
1.93
78535350--78535701
176
2.0
175
99
0
695
28
27
17
26
1.98
78536874--78536941
35
1.9
35
100
0
136
58
16
7
17
1.59
78546452--78546485
2
17.5
2
87
6
52
47
2
0
50
1.16
78547024--78547056
17
1.9
17
93
0
57
57
9
12
21
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
78547509--78547556
21
2.3
22
78
10
55
25
31
6
37
1.81
78552454--78552567
40
2.8
40
95
0
210
27
26
21
24
2.00
78552421--78552567
80
1.8
79
88
4
224
25
25
21
26
2.00
78556240--78556309
27
2.6
27
95
2
122
30
27
14
28
1.95
78564177--78564273
28
3.5
28
84
6
110
30
27
14
26
1.95
78572094--78572190
27
3.5
27
83
8
115
30
27
14
26
1.95
78572904--78573116
39
5.5
40
90
5
314
23
22
28
25
2.00
78581009--78581224
39
5.5
40
91
3
325
23
22
28
25
1.99
78590159--78590271
39
2.9
39
87
1
163
23
21
31
23
1.98
78590159--78590302
39
3.6
39
84
0
162
22
22
31
22
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444