genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  263  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75316955--75317081	40	3.2	40	81	2	157	23	29	24	22	1.99
75316971--75317120	80	1.9	80	83	2	194	22	28	24	24	2.00
75320021--75320054	16	2.1	16	88	0	50	2	23	0	73	0.97
75325013--75325054	22	1.9	22	100	0	84	4	30	40	23	1.75
75325934--75326089	78	2.0	80	84	5	210	27	26	20	25	1.99
75325906--75326089	40	4.7	40	79	10	191	27	26	21	25	1.99
75327330--75327392	18	3.5	18	74	6	56	6	20	0	73	1.05
75329388--75329517	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
75331212--75331243	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
75334016--75334078	28	2.2	28	97	0	117	15	44	22	17	1.86
75336929--75337285	27	13.3	27	85	1	459	32	16	15	35	1.91
75337400--75337449	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
75339404--75339613	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
75361744--75361830	25	3.4	25	76	13	79	49	0	3	47	1.18
75361766--75361811	14	3.1	15	78	18	51	47	0	0	52	1.00
75362923--75362963	20	2.0	20	100	0	82	24	19	19	36	1.95
75362993--75363107	51	2.2	54	82	4	137	20	21	17	40	1.91
75363092--75363117	12	2.2	12	100	0	52	26	15	7	50	1.71
75363261--75363306	17	2.6	18	79	3	58	26	15	17	41	1.88
75364031--75364076	11	4.6	10	82	15	51	34	2	8	54	1.43
75365054--75365094	10	4.1	10	83	0	55	43	2	24	29	1.67
75365054--75365094	20	2.0	20	90	0	64	43	2	24	29	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75369840--75369925	43	2.0	43	86	0	118	23	22	29	25	1.99
75371178--75371232	28	1.9	29	85	3	76	16	23	41	18	1.89
75372678--75372744	28	2.4	28	84	2	80	22	29	13	34	1.92
75372956--75372991	16	2.2	17	95	5	65	5	19	19	55	1.62
75381398--75381966	47	12.1	47	90	0	888	32	12	28	26	1.92
75381425--75381500	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
75381517--75381592	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
75381398--75381966	141	4.0	141	96	0	1032	32	12	28	26	1.92
75381706--75381781	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
75381847--75381922	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
75382171--75382352	37	4.9	37	93	0	292	22	19	34	23	1.97
75385490--75385624	51	2.9	44	77	13	146	22	18	28	30	1.97
75386826--75386909	28	3.0	28	87	1	114	19	20	39	21	1.93
75391536--75391702	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
75398243--75398351	56	2.0	53	82	12	132	36	18	16	28	1.92
75399544--75399710	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
75401873--75402002	49	2.7	49	83	8	158	23	30	19	26	1.98
75401873--75402187	46	6.7	49	68	16	168	24	29	18	27	1.98
75402077--75402186	47	2.4	45	80	11	125	24	29	18	28	1.98
75409643--75409807	46	3.6	45	79	8	147	26	29	18	26	1.98
75412097--75412141	13	3.5	13	82	14	58	82	8	0	8	0.85
75415895--75415933	19	2.1	19	85	0	51	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75418529--75418570	17	2.5	17	96	0	75	30	0	19	50	1.48
75423424--75423567	52	2.7	53	79	5	159	43	3	11	41	1.58
75428621--75428656	14	2.6	14	95	0	63	38	25	11	25	1.88
75432949--75432983	10	3.4	10	84	7	52	8	22	0	68	1.16
75433937--75433986	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
75434619--75434672	20	2.7	20	76	0	54	37	14	20	27	1.92
75435459--75435497	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
75439399--75439462	28	2.3	28	91	0	110	15	29	26	28	1.96
75441085--75441236	55	2.8	54	77	6	148	26	21	15	36	1.93
75441222--75441343	47	2.6	47	97	0	226	25	24	13	36	1.93
75441478--75441561	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
75464596--75464839	122	2.0	122	97	0	461	37	11	16	33	1.86
75469910--75469968	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
75469914--75469968	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
75470019--75470090	24	3.0	24	83	6	92	27	20	23	27	1.99
75470282--75470345	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
75483979--75484488	49	10.6	49	75	13	332	28	19	29	23	1.98
75483979--75484494	99	5.4	99	79	7	496	28	19	29	23	1.98
75492003--75492065	22	2.9	22	82	0	90	38	19	23	19	1.93
75492561--75492805	27	9.1	26	83	8	217	29	11	21	38	1.87
75493702--75493734	10	3.3	10	100	0	66	51	30	18	0	1.46
75501944--75501977	18	1.9	17	94	5	59	23	5	5	64	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75501944--75501981	18	2.3	17	86	13	53	26	5	5	63	1.37
75511579--75511650	37	1.9	37	91	0	117	29	30	19	20	1.97
75511796--75512078	48	5.8	48	88	5	417	31	25	5	36	1.79
75511782--75512077	98	3.0	98	93	1	481	31	26	6	36	1.81
75512048--75512335	47	6.1	47	91	0	450	26	28	11	33	1.92
75512188--75512306	22	5.1	22	65	25	66	24	28	13	33	1.93
75512163--75512288	25	5.3	25	66	24	83	27	26	11	34	1.91
75517559--75517688	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
75526540--75526640	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
75526657--75526729	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
75528618--75528747	40	3.2	40	83	4	165	23	23	29	23	1.99
75537770--75537805	18	2.0	18	100	0	72	55	0	11	33	1.35
75540570--75540607	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
75543391--75543476	27	3.2	27	72	6	75	39	19	20	19	1.93
75543848--75544003	27	5.8	26	73	10	100	31	9	18	40	1.83
75543902--75544030	54	2.4	54	83	6	156	32	8	18	40	1.81
75543929--75544119	27	7.2	26	77	12	124	31	9	19	38	1.85
75543994--75544119	27	4.7	26	82	5	137	33	11	19	35	1.88
75543940--75544113	80	2.2	81	83	7	212	33	10	17	37	1.85
75555875--75555931	29	2.0	29	85	0	78	35	15	22	26	1.94
75555920--75555995	29	2.6	30	82	2	100	38	9	30	22	1.85
75555983--75556054	29	2.5	28	84	13	92	34	11	29	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75555985--75556174	30	6.3	30	76	10	113	38	12	25	23	1.90
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75572308--75572545	79	3.0	79	90	1	377	23	21	26	29	1.99
75572315--75572544	119	1.9	119	93	0	397	22	21	26	30	1.99
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75592523--75592623	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
75592552--75592627	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
75601056--75601156	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
75607672--75607737	28	2.4	28	92	0	105	33	13	24	28	1.93
75607672--75607746	28	2.7	28	85	4	89	37	12	22	28	1.90
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75612598--75612666	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
75612589--75612676	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
75615041--75615221	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
75615043--75615213	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75622734--75622815	28	3.0	28	85	3	105	37	10	23	28	1.88
75649021--75649173	29	5.4	29	75	12	140	26	14	31	27	1.95
75658209--75658431	79	2.8	79	85	8	290	25	22	27	25	2.00
75658210--75658433	119	1.9	120	84	8	305	25	22	27	25	2.00
75658209--75658433	40	5.6	41	85	10	281	24	22	27	25	2.00
75664503--75664601	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75672174--75672272	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
75675322--75675467	40	3.6	39	83	5	150	23	28	22	25	2.00
75680052--75680272	40	5.6	40	83	8	249	26	21	26	25	2.00
75680049--75680279	119	1.9	120	82	9	285	26	22	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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