genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  268  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76937263--76937314	23	2.3	23	96	0	95	7	26	28	36	1.84
76941513--76941538	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
76941522--76941905	192	2.0	192	98	0	741	16	22	28	31	1.96
76944005--76944145	40	3.5	40	85	2	187	24	20	30	24	1.99
76949770--76949794	13	1.9	13	100	0	50	0	28	8	64	1.22
76967624--76967873	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
76975798--76976007	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
76978456--76978519	20	3.0	20	82	11	67	26	3	23	46	1.67
76988417--76988449	16	2.0	17	88	5	50	45	6	18	30	1.73
76989560--76989593	15	2.3	15	100	0	68	20	26	14	38	1.91
76991978--76992006	14	2.1	14	100	0	58	41	20	31	6	1.79
77005684--77005741	30	1.9	30	86	6	82	25	32	22	18	1.97
77008547--77008657	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
77008661--77008842	46	4.0	46	97	0	337	31	27	7	34	1.84
77014524--77014691	40	4.2	40	76	15	170	25	22	27	25	2.00
77014526--77014691	80	2.1	80	87	4	237	25	22	27	24	2.00
77019357--77019524	40	4.2	40	76	15	161	25	22	27	25	1.99
77019359--77019524	80	2.1	80	86	4	228	24	22	28	24	1.99
77022441--77022644	102	2.0	102	98	0	390	27	5	23	43	1.77
77034232--77034263	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
77034493--77034577	42	2.0	42	86	0	116	34	24	14	27	1.94
77037972--77038192	40	5.6	40	90	3	324	21	28	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77040621--77040787	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
77045567--77045750	40	4.6	39	79	6	156	28	22	26	22	1.99
77049762--77050061	56	5.4	56	91	1	485	33	24	15	27	1.95
77051431--77051474	20	2.3	20	88	7	65	15	25	40	18	1.90
77051544--77051597	27	2.0	27	85	0	72	33	24	18	24	1.97
77051613--77051654	22	2.0	22	90	4	68	33	26	11	28	1.92
77051638--77051892	27	9.4	27	79	4	235	36	19	12	31	1.89
77051922--77052023	27	3.8	27	80	0	105	35	20	21	22	1.96
77052169--77052249	27	3.0	26	77	13	83	17	24	19	38	1.93
77061288--77061333	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
77061326--77061463	60	2.3	60	83	6	163	28	19	26	26	1.99
77061422--77061487	28	2.4	28	97	0	123	28	15	28	27	1.96
77065736--77065986	55	4.7	54	78	10	259	35	17	25	22	1.95
77065743--77065943	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	22	1.96
77066123--77066166	19	2.3	19	96	4	79	29	9	20	40	1.83
77066201--77066231	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
77068714--77068778	27	2.4	27	82	5	78	38	20	9	32	1.84
77068774--77069074	54	5.6	54	84	3	340	37	18	18	25	1.94
77068774--77069074	107	2.8	107	84	3	356	37	18	18	25	1.94
77068774--77069074	27	11.2	26	80	9	275	37	18	18	25	1.94
77069458--77069554	6	15.8	6	71	16	65	19	18	16	45	1.86
77069435--77069545	31	3.5	31	90	1	150	18	17	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77072362--77072430	34	2.0	34	100	0	138	28	20	20	30	1.97
77075860--77076113	55	4.8	54	79	10	260	36	16	25	21	1.94
77076282--77076312	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
77084770--77084843	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77092546--77092619	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77099929--77100002	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
77107077--77107112	18	1.9	19	88	5	56	41	25	0	33	1.55
77108189--77108352	42	3.9	42	87	1	211	29	23	15	31	1.95
77108953--77108979	13	2.1	13	100	0	54	37	22	0	40	1.54
77114770--77114808	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
77126185--77126360	46	3.8	46	80	7	205	20	19	30	28	1.97
77126181--77126352	93	1.8	93	91	4	285	20	20	31	27	1.97
77138297--77138399	40	2.5	40	90	4	154	22	16	27	33	1.95
77141185--77141210	12	2.2	12	100	0	52	53	15	7	23	1.67
77150735--77151010	135	2.0	136	83	3	342	23	21	34	20	1.97
77151065--77151101	19	1.9	19	89	10	58	10	21	40	27	1.86
77153330--77153371	20	2.1	20	82	8	50	23	28	21	26	1.99
77153408--77153461	21	2.6	21	96	0	99	31	20	20	27	1.97
77168662--77168768	40	2.6	42	82	5	130	32	27	14	25	1.95
77174017--77174257	39	6.2	39	93	0	383	12	28	23	36	1.90
77183128--77183166	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
77185081--77185325	49	4.9	49	78	3	265	26	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77185185--77185268	28	3.2	28	65	30	76	25	19	28	27	1.98
77185083--77185324	100	2.4	101	82	3	258	26	20	24	28	1.99
77189282--77189402	43	2.8	43	83	2	127	26	16	24	32	1.96
77189687--77189796	57	1.9	57	98	0	211	27	13	16	42	1.85
77190362--77190402	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
77190746--77190839	42	2.2	42	90	0	143	23	27	29	19	1.98
77192452--77192550	28	3.5	28	89	5	139	31	27	12	29	1.92
77200113--77200209	28	3.5	28	86	10	130	31	27	12	27	1.93
77204401--77204469	25	2.8	25	86	4	77	24	23	23	28	1.99
77207668--77207853	40	4.7	40	86	5	227	25	25	21	27	1.99
77210633--77210739	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
77215694--77215737	20	2.3	18	84	7	52	13	36	27	22	1.92
77218262--77218490	40	5.8	39	87	5	302	24	21	27	26	1.99
77218262--77218489	78	2.9	79	85	7	304	24	21	27	26	1.99
77218262--77218487	118	1.9	120	84	8	311	24	21	26	26	1.99
77220873--77220902	16	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
77221114--77221395	50	5.6	50	76	5	237	32	24	16	27	1.96
77222039--77222072	16	2.1	16	100	0	68	50	11	5	32	1.63
77239309--77239349	21	2.0	21	85	0	55	14	19	19	46	1.84
77243158--77243343	40	4.7	40	87	5	227	25	22	26	25	2.00
77243158--77243376	80	2.8	80	77	14	229	26	22	25	25	2.00
77244805--77244871	30	2.2	30	97	0	125	22	34	26	16	1.95
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77245205--77245250	24	1.9	24	95	0	83	43	26	2	28	1.66
77247977--77248015	21	1.9	20	84	5	51	46	20	2	30	1.64
77251456--77251679	40	5.6	39	84	3	245	24	21	27	26	2.00
77251456--77251679	79	2.8	80	80	11	237	24	21	27	26	2.00
77251524--77251702	79	2.3	79	81	7	204	26	21	26	25	1.99
77262292--77262367	29	2.6	29	82	0	89	25	34	18	22	1.96
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77267370--77267408	19	2.0	20	90	10	62	33	7	28	30	1.85
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77270458--77270676	80	2.8	80	83	8	270	25	21	26	26	1.99
77278596--77278764	80	2.1	80	81	9	195	25	20	26	27	1.99
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77292964--77292999	18	2.0	18	100	0	72	22	5	27	44	1.75
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77305419--77305602	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
77305459--77305647	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
77309573--77309607	18	2.0	17	94	5	61	45	0	2	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77310321--77310346	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
77311689--77311786	43	2.3	43	83	0	115	28	19	17	34	1.94
77312159--77312340	85	2.1	86	84	1	240	27	29	17	25	1.98
77312159--77312386	43	5.3	43	79	3	212	28	28	16	25	1.97
77312159--77312386	85	2.7	85	80	7	221	28	28	16	25	1.97
77317441--77317490	22	2.3	22	100	0	100	50	22	4	24	1.66
77317441--77317517	22	3.6	22	85	3	86	45	27	3	23	1.70
77317480--77317531	14	3.7	14	78	0	59	44	30	1	23	1.64
77317720--77317766	15	3.2	15	81	6	60	40	40	0	19	1.51
77317714--77317808	36	2.6	36	86	0	127	42	35	0	22	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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