Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  34  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8317747--8317871
57
2.2
57
86
0
169
7
20
47
25
1.75
8317796--8317853
18
3.2
18
85
0
71
3
18
51
25
1.62
8321827--8321858
4
7.8
4
96
3
55
75
3
0
21
0.95
8321805--8321853
16
3.0
16
85
14
57
71
0
2
26
0.97
8322339--8322448
26
4.2
26
96
0
193
33
4
24
37
1.76
8323931--8323983
26
2.0
26
82
7
63
37
20
15
26
1.92
8324231--8324516
137
2.1
136
96
0
518
25
18
24
31
1.98
8328186--8328223
18
2.1
18
85
9
51
13
26
44
15
1.83
8337749--8337856
51
2.1
51
92
0
180
30
19
15
34
1.93
8339532--8339562
16
1.9
16
93
0
53
29
16
12
41
1.85
8342842--8342902
31
2.0
30
84
12
79
36
6
13
44
1.69
8343304--8343346
11
3.4
12
81
18
52
0
20
0
79
0.74
8343303--8343337
17
2.1
17
88
0
52
0
17
0
82
0.66
8346564--8346631
3
22.0
3
88
5
84
35
0
0
64
0.94
8346832--8346884
24
2.3
23
87
6
81
33
3
7
54
1.46
8351000--8351051
8
6.5
8
82
8
52
63
3
1
30
1.23
8350999--8351055
24
2.4
24
77
19
73
63
3
3
29
1.28
8351105--8351134
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
8351225--8351289
25
2.8
24
83
6
80
52
6
7
33
1.55
8351302--8351380
2
41.5
2
73
14
51
58
1
2
37
1.20
8351308--8351390
30
2.8
30
77
0
94
56
2
4
36
1.34
8351406--8351450
20
2.2
20
84
7
56
60
0
4
35
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8351410--8351453
23
1.9
23
86
9
63
61
0
4
34
1.16
8352254--8352298
17
2.6
17
96
0
81
4
48
0
46
1.22
8366648--8366692
21
2.2
20
84
7
56
33
0
2
64
1.06
8366648--8366708
24
2.7
21
76
16
59
36
0
1
62
1.05
8366760--8367250
250
2.0
251
97
0
930
28
26
17
27
1.98
8370997--8371080
33
2.6
32
82
1
105
25
11
47
15
1.79
8371195--8371256
12
5.2
12
78
3
72
1
41
32
24
1.64
8372872--8372899
11
2.5
11
100
0
56
57
7
0
35
1.26
8373952--8374008
3
18.7
3
85
3
69
0
35
0
64
0.93
8378871--8378963
18
5.2
18
82
0
114
32
15
22
30
1.94
8378871--8378963
36
2.6
36
85
0
132
32
15
22
30
1.94
8385803--8385836
17
2.1
16
89
10
52
52
0
0
47
1.00
8386407--8386452
2
23.0
2
100
0
92
50
0
0
50
1.00
8387938--8388001
31
2.0
33
81
6
78
28
20
1
50
1.58
8387840--8388184
180
1.9
176
85
4
478
41
12
3
43
1.58
8390857--8390926
36
1.9
36
88
0
104
28
15
28
27
1.96
8390897--8391646
51
14.8
50
75
9
470
24
16
26
32
1.96
8391087--8391646
102
5.6
100
82
5
542
24
15
27
32
1.96
8392036--8392109
37
2.0
37
84
5
96
43
5
16
35
1.71
8392411--8392512
48
2.1
49
96
1
188
28
8
10
51
1.66
8395521--8395560
19
2.1
19
90
9
64
32
0
2
65
1.06
8395527--8395568
19
2.2
19
83
8
50
42
2
2
52
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8400066--8400124
23
2.6
23
94
0
100
49
40
1
8
1.43
8401615--8401650
5
7.0
5
93
6
63
61
0
0
38
0.96
8407732--8407773
16
2.7
15
85
10
57
28
7
2
61
1.35
8407865--8407908
15
3.1
14
81
9
54
40
2
0
56
1.11
8407979--8408019
22
1.9
21
90
5
64
29
9
0
60
1.28
8408011--8408044
15
2.3
15
90
10
52
35
5
0
58
1.22
8408998--8409271
136
2.0
137
95
0
496
32
24
18
24
1.97
8411058--8411166
26
4.2
26
95
1
175
36
22
5
34
1.78
8412521--8412588
29
2.3
29
80
5
75
39
0
1
58
1.07
8414857--8414901
22
2.0
22
83
8
56
57
2
4
35
1.31
8419067--8419128
17
3.5
17
75
18
54
22
32
0
45
1.53
8419241--8419287
17
2.8
17
76
20
53
36
2
8
53
1.44
8421009--8421106
51
1.9
51
87
4
144
22
22
36
18
1.95
8422016--8422054
2
19.5
2
100
0
78
51
0
0
48
1.00
8422776--8422803
14
2.0
14
100
0
56
35
0
21
42
1.53
8428282--8428312
9
3.3
9
91
8
53
19
3
0
77
0.90
8434551--8434599
21
2.4
21
82
3
64
63
12
0
24
1.29
8435507--8435540
8
4.4
8
88
7
52
2
11
0
85
0.71
8435507--8435540
7
4.6
7
92
7
50
2
11
0
85
0.71
8435507--8435540
15
2.3
15
94
0
59
2
11
0
85
0.71
8437297--8437323
11
2.5
11
100
0
54
18
0
0
81
0.69
8437658--8437687
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8437767--8437955
102
1.9
102
100
0
378
26
19
18
35
1.94
8440006--8440056
24
2.1
24
88
0
75
62
1
3
31
1.24
8440006--8440163
6
26.5
6
68
16
62
61
3
6
28
1.38
8440112--8440163
9
5.8
9
78
17
54
63
0
5
30
1.18
8440512--8440713
3
67.3
3
79
13
195
62
3
1
31
1.22
8440652--8440713
26
2.6
23
80
12
63
59
8
0
32
1.26
8443565--8443617
20
2.8
18
77
8
61
1
13
13
71
1.22
8446337--8446372
11
3.3
11
92
0
54
52
5
16
25
1.65
8447740--8447778
18
2.4
16
80
19
53
41
0
5
53
1.23
8447745--8447794
19
2.7
18
87
9
73
36
0
6
58
1.23
8447745--8447795
20
2.7
19
90
6
77
35
0
5
58
1.22
8447953--8447991
14
2.6
15
80
12
53
43
17
10
28
1.82
8448115--8448139
13
1.9
13
100
0
50
20
24
8
48
1.76
8457082--8457117
18
1.9
19
88
5
56
75
0
5
19
1.00
8457993--8458030
2
19.0
2
94
0
67
47
0
0
52
1.00
8461369--8461676
152
2.0
152
99
0
607
47
17
9
25
1.77
8469935--8469983
11
4.7
11
75
14
59
53
0
0
46
1.00
8469939--8469977
19
2.0
20
85
5
53
53
0
0
46
1.00
8477277--8477427
53
2.8
53
88
4
196
29
28
16
25
1.97
8482974--8483236
46
5.7
46
88
0
348
38
15
25
21
1.92
8482925--8483236
138
2.3
130
84
5
383
37
15
25
22
1.93
8483498--8483543
23
1.9
25
82
8
60
54
0
17
28
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8485330--8485372
20
2.2
20
87
4
61
37
0
6
55
1.27
8485868--8485902
16
2.2
16
100
0
70
40
17
22
20
1.92
8490951--8490981
10
3.1
10
95
0
53
29
6
9
54
1.57
8491071--8491135
28
2.3
28
97
0
121
46
16
6
30
1.72
8493300--8493374
37
2.0
37
100
0
150
46
10
21
21
1.81
8497678--8497746
31
2.2
31
89
0
102
33
13
8
44
1.74
8498790--8498857
33
2.0
34
97
2
129
42
8
5
42
1.60
8502396--8502432
17
2.1
18
90
5
58
35
0
0
64
0.94
8510943--8511000
31
1.9
31
85
3
82
51
0
0
48
1.00
8510941--8511000
16
3.8
16
78
12
70
51
0
0
48
1.00
8513558--8513781
111
2.0
111
94
0
394
41
19
12
26
1.87
8519156--8519202
2
24.0
2
91
4
78
51
0
0
48
1.00
8521103--8521150
10
4.5
10
77
12
51
8
12
2
77
1.08
8521103--8521150
22
2.2
21
82
10
53
8
12
2
77
1.08
8522921--8522946
2
13.0
2
100
0
52
50
0
50
0
1.00
8527282--8527332
25
2.0
25
100
0
102
27
15
31
25
1.96
8527516--8527569
26
2.1
26
96
0
99
18
24
24
33
1.97
8530328--8530380
21
2.5
21
93
0
88
30
37
9
22
1.86
8532618--8532778
51
3.2
51
93
0
250
29
21
14
34
1.94
8535646--8535677
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
8543257--8543303
19
2.4
19
79
17
51
53
0
0
46
1.00
8543370--8543408
19
2.1
19
85
0
51
43
10
0
46
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8545905--8545989
30
2.8
29
84
7
116
49
18
27
4
1.67
8545905--8545980
15
5.1
15
69
6
64
48
18
27
5
1.69
8545908--8545992
15
5.7
14
68
10
53
50
18
25
4
1.66
8547614--8547680
31
2.1
32
86
2
91
38
11
5
43
1.66
8548731--8548776
2
23.0
2
100
0
92
50
0
0
50
1.00
8549032--8549061
2
15.0
2
92
0
51
46
0
3
50
1.18
8551084--8551154
24
3.0
25
80
13
62
46
1
4
47
1.30
8551219--8551254
15
2.4
15
90
9
56
66
0
0
33
0.92
8553621--8553688
32
2.2
30
81
5
73
42
11
2
42
1.56
8558046--8558086
10
3.8
10
84
15
55
36
2
12
48
1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444