genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  121  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31138527--31138984	178	2.6	177	87	1	623	29	22	19	28	1.98
31138587--31138984	177	2.2	178	89	0	609	28	22	19	29	1.98
31140345--31140516	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
31140337--31140512	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
31142895--31142983	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
31142895--31142974	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
31142906--31142983	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
31145931--31146102	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
31145923--31146098	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
31154767--31154799	9	3.8	9	92	8	59	81	0	18	0	0.68
31154768--31154798	8	3.8	8	91	8	53	80	0	19	0	0.71
31156683--31156708	3	8.7	3	100	0	52	0	69	0	30	0.89
31159852--31160095	50	4.8	50	79	3	247	25	18	26	30	1.98
31159903--31160103	101	2.0	101	92	0	330	24	19	26	29	1.98
31163034--31163064	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
31169095--31169121	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
31170527--31170561	17	2.1	17	88	0	52	42	5	5	45	1.51
31170805--31170830	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
31178262--31178291	11	2.7	11	94	0	51	56	3	0	40	1.16
31179260--31179309	10	5.0	10	83	9	66	66	2	10	22	1.32
31179964--31180152	99	1.9	99	87	2	281	32	25	12	28	1.93
31181291--31181364	5	13.6	5	80	16	60	78	0	4	17	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31181291--31181364	17	4.5	17	80	15	77	78	0	4	17	0.90
31182719--31182795	33	2.3	33	86	0	100	28	9	20	41	1.83
31184262--31184319	29	2.0	29	96	0	107	58	1	10	29	1.41
31187084--31187218	29	4.7	29	84	3	119	22	30	15	31	1.95
31187030--31187219	58	3.3	58	76	4	161	23	32	16	27	1.96
31193763--31193952	29	6.6	29	80	6	172	24	32	15	27	1.95
31203256--31203395	43	3.3	42	77	8	115	30	25	18	25	1.98
31204835--31204884	20	2.5	20	81	18	68	64	2	12	22	1.37
31204835--31204880	10	4.6	10	81	10	58	65	2	10	21	1.35
31204887--31204915	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
31206295--31206335	7	5.9	7	100	0	82	58	14	26	0	1.37
31209647--31209694	3	15.7	3	83	12	62	33	0	2	64	1.05
31209680--31209747	25	2.7	24	75	11	64	36	7	1	54	1.37
31209847--31209892	25	1.9	23	82	8	56	28	10	0	60	1.30
31210118--31210153	2	17.5	2	94	5	63	50	2	0	47	1.15
31222479--31222713	42	5.4	43	75	12	223	35	23	19	21	1.96
31222349--31222762	129	3.2	131	84	9	516	35	21	21	21	1.96
31222649--31222881	84	2.7	86	86	7	343	35	21	23	20	1.96
31230396--31230441	20	2.3	20	96	0	83	13	32	26	28	1.93
31237545--31237645	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
31239523--31239623	31	3.3	30	77	13	116	53	3	0	41	1.26
31239522--31239648	61	2.1	61	89	0	191	51	4	2	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31239657--31239690	17	2.1	16	89	10	52	44	5	2	47	1.42
31239986--31240026	21	1.9	21	85	14	57	19	26	41	12	1.87
31253995--31254170	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
31253991--31254162	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
31257154--31257197	6	7.3	6	92	7	72	18	0	0	81	0.68
31257204--31257302	49	2.0	49	100	0	198	29	4	12	54	1.55
31261041--31261134	47	2.0	47	100	0	188	38	14	21	25	1.92
31261164--31261290	66	1.9	65	84	7	168	11	24	21	43	1.85
31264053--31264228	37	4.8	37	95	0	298	26	31	18	23	1.98
31264361--31264756	48	8.2	48	90	1	621	31	25	6	36	1.81
31265918--31265946	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
31269716--31269754	15	2.6	15	95	0	69	51	5	12	30	1.62
31270145--31270211	35	1.9	35	93	0	116	37	5	11	44	1.66
31270501--31270534	16	2.2	15	89	5	50	11	2	2	82	0.89
31270721--31270748	13	2.2	13	100	0	56	42	7	7	42	1.59
31273769--31273845	20	4.1	20	68	21	67	38	2	32	25	1.70
31273800--31273845	21	2.2	20	92	3	74	43	2	30	23	1.66
31273808--31273852	20	2.2	21	88	4	65	53	2	24	20	1.57
31273919--31274021	40	2.5	41	81	9	129	29	13	18	38	1.89
31278821--31278861	12	3.3	12	90	6	64	2	12	2	82	0.86
31279020--31279081	31	2.0	31	87	6	90	29	24	3	43	1.70
31284117--31284194	31	2.8	26	77	20	86	34	20	1	43	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31297958--31298010	13	4.1	13	87	0	79	16	33	30	18	1.94
31308314--31308440	48	2.6	48	80	2	166	31	22	20	25	1.98
31308314--31308463	48	3.1	47	76	5	149	31	22	20	26	1.98
31309512--31309673	38	4.2	38	84	3	191	27	25	24	22	2.00
31309500--31309683	76	2.4	77	79	7	210	29	25	22	22	1.99
31315038--31315256	46	4.7	46	84	10	252	23	30	18	27	1.98
31321478--31321515	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
31321745--31321915	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
31321740--31321912	46	3.7	46	79	10	199	30	27	20	21	1.98
31322334--31322394	30	2.0	30	83	3	77	34	24	4	36	1.77
31334878--31335061	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
31334918--31335106	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
31342995--31343178	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
31343035--31343223	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
31345525--31345555	5	6.2	5	100	0	62	80	0	19	0	0.71
31351172--31351210	6	6.7	6	97	2	71	71	0	0	28	0.86
31364734--31364787	25	2.0	28	82	10	69	33	3	20	42	1.70
31364876--31365147	48	5.7	48	78	7	268	27	19	29	23	1.98
31364863--31365146	143	2.0	144	84	4	369	27	19	29	23	1.98
31365848--31365938	45	2.0	45	93	0	155	27	23	21	27	1.99
31369969--31370016	21	2.3	21	89	3	71	18	37	20	22	1.94
31370592--31370632	22	2.0	21	86	13	59	48	24	2	24	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31386004--31386143	39	3.6	39	94	0	226	25	20	29	24	1.99
31386004--31386172	39	4.3	39	92	2	223	24	21	28	24	1.99
31390944--31391034	5	17.8	5	76	17	82	76	1	3	18	0.98
31390994--31391034	14	2.9	14	92	7	66	80	0	0	19	0.71
31390944--31391034	19	4.9	19	75	17	86	76	1	3	18	0.98
31390944--31391033	24	3.5	24	76	19	85	76	1	3	18	0.98
31396313--31396345	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
31398702--31399001	150	2.0	150	99	0	591	23	29	19	28	1.98
31407411--31407440	13	2.4	12	94	5	51	90	0	10	0	0.47
31411361--31411437	17	4.5	17	68	20	52	29	31	19	19	1.96
31411839--31411886	20	2.4	20	96	0	87	39	18	10	31	1.85
31413200--31413233	15	2.3	15	100	0	68	58	5	23	11	1.55
31413489--31413551	31	2.0	31	90	0	99	30	20	7	41	1.81
31425810--31425885	30	2.6	29	82	14	77	32	1	2	63	1.17
31425825--31425903	31	2.5	31	72	15	72	35	1	2	60	1.18
31426246--31426270	13	1.9	13	100	0	50	56	24	0	20	1.43
31426504--31426541	20	1.9	19	89	5	58	50	0	7	42	1.31
31426636--31426663	6	4.7	6	100	0	56	0	17	0	82	0.68
31438725--31438842	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
31438693--31438856	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
31446306--31446423	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
31446274--31446437	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31451791--31451925	35	3.7	37	78	10	143	31	11	23	32	1.91
31454646--31454671	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
31455594--31455642	20	2.5	20	93	0	80	20	32	28	18	1.96
31459352--31459400	20	2.4	21	86	6	66	38	0	4	57	1.18
31459386--31459434	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
31459390--31459428	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
31459386--31459427	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
31461532--31461749	46	4.7	46	86	1	294	41	14	24	19	1.89
31461532--31461744	92	2.3	92	89	0	327	41	14	24	19	1.88
31467838--31467895	28	2.1	28	100	0	116	32	10	13	43	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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