genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5594075--5594124	25	2.0	26	84	4	66	32	8	8	52	1.60
5594462--5594492	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
5595976--5596050	29	2.7	27	75	20	73	52	8	5	34	1.54
5596053--5596113	16	4.0	14	77	14	50	47	0	4	47	1.23
5596061--5596097	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
5597358--5598169	88	9.9	83	72	15	320	35	19	17	28	1.94
5597526--5597587	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
5597682--5597716	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
5597736--5598434	75	9.2	75	77	11	475	33	19	17	30	1.94
5597852--5598335	238	2.0	238	87	2	704	34	19	17	29	1.94
5597931--5598260	166	2.0	162	88	4	484	34	19	17	28	1.95
5597569--5598434	388	2.2	386	85	5	1100	33	19	17	29	1.94
5598391--5598486	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
5598440--5598580	72	2.0	72	100	0	282	32	18	16	32	1.93
5598321--5598558	121	2.0	119	94	1	422	33	18	16	31	1.93
5598440--5598661	72	2.9	78	86	8	224	32	19	16	31	1.94
5598630--5598734	53	1.9	55	83	7	135	39	19	14	27	1.90
5598714--5598747	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
5598586--5599071	139	3.5	139	96	2	886	37	20	17	24	1.93
5598769--5598874	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
5598908--5599013	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
5599004--5599169	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5599044--5599290	122	2.0	124	90	3	392	39	22	13	24	1.90
5599169--5599343	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
5609483--5609557	29	2.7	27	75	20	73	52	8	5	34	1.54
5609541--5609595	25	2.2	25	77	6	58	49	3	5	41	1.43
5609565--5609664	39	2.6	39	77	4	105	54	4	6	36	1.44
5611674--5611731	29	1.9	31	82	6	75	44	17	5	32	1.70
5613049--5613107	29	2.0	29	96	0	109	25	18	13	42	1.87
5615194--5615240	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
5618332--5618565	124	1.9	124	91	0	387	31	20	11	36	1.89
5621172--5621213	16	2.5	17	85	14	61	40	26	2	30	1.69
5621249--5621284	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
5621453--5621663	117	1.8	117	87	0	314	23	7	26	42	1.80
5622325--5622413	33	2.7	33	82	0	106	32	5	40	21	1.76
5622522--5622674	51	3.0	51	87	0	225	30	9	25	33	1.88
5624370--5624450	40	2.0	40	100	0	162	37	17	12	33	1.87
5625479--5625520	22	1.9	22	95	0	75	42	11	9	35	1.74
5626481--5626524	23	1.9	23	95	0	79	25	13	20	40	1.89
5628189--5628256	32	2.1	32	86	0	91	47	10	8	33	1.69
5641289--5641346	31	1.9	30	89	6	91	53	10	3	32	1.52
5641286--5641350	31	2.3	27	82	15	85	52	9	3	35	1.49
5646593--5646628	2	17.5	2	88	5	54	50	5	0	44	1.25
5648730--5648757	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5665645--5665694	23	2.3	20	80	16	55	32	4	0	64	1.12
5667728--5667773	22	2.1	22	87	0	65	36	10	2	50	1.50
5668756--5668801	22	2.1	22	100	0	92	43	17	17	21	1.88
5672035--5672067	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
5672143--5672192	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
5673238--5673386	39	3.9	39	90	2	212	46	4	19	29	1.68
5673238--5673386	76	1.9	78	86	2	212	46	4	19	29	1.68
5673880--5673945	24	2.7	24	75	11	62	39	6	4	50	1.48
5674828--5674852	12	2.1	12	100	0	50	48	20	16	16	1.82
5675735--5676448	205	3.5	205	81	6	888	29	17	21	31	1.96
5676546--5676631	45	1.9	45	85	0	118	30	12	32	24	1.92
5680106--5681069	210	4.6	210	84	6	1200	29	17	21	30	1.97
5681144--5681248	45	2.4	45	86	1	140	31	13	32	22	1.93
5681163--5681248	45	1.9	45	92	0	145	27	13	32	25	1.94
5682468--5682654	38	4.9	39	91	1	263	47	4	18	29	1.69
5682468--5682654	77	2.4	77	88	2	270	47	4	18	29	1.69
5683146--5683211	24	2.7	24	75	11	62	39	6	4	50	1.48
5683374--5683429	26	2.2	26	84	12	71	35	5	5	53	1.47
5683374--5683444	26	2.8	23	76	17	61	35	7	5	52	1.52
5692531--5692560	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
5693137--5693328	47	4.0	47	79	7	199	37	5	23	33	1.77
5693132--5693306	47	3.7	49	79	7	207	38	4	23	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5693132--5693325	96	2.0	96	88	0	289	37	5	24	32	1.77
5694478--5694504	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5695580--5695753	89	2.0	89	83	0	222	28	17	11	43	1.83
5700407--5700472	31	2.1	31	86	5	89	48	10	13	27	1.75
5703925--5703958	13	2.6	13	90	0	50	61	0	14	23	1.33
5707239--5707288	9	5.7	9	77	11	50	38	4	0	58	1.17
5709554--5709581	13	2.2	13	100	0	56	85	0	14	0	0.59
5710816--5711092	3	91.7	3	67	16	76	27	6	4	61	1.42
5711011--5711087	23	3.2	24	81	15	81	31	5	2	61	1.32
5710846--5711092	3	82.7	3	67	16	77	25	7	4	61	1.43
5711171--5711231	3	20.3	3	89	0	95	32	3	1	62	1.21
5711452--5711719	132	2.0	133	83	0	340	28	16	19	35	1.93
5715196--5715234	14	2.7	14	88	4	60	89	0	10	0	0.48
5715196--5715234	19	2.2	17	90	9	60	89	0	10	0	0.48
5716999--5717131	66	2.0	66	91	2	214	31	20	12	35	1.90
5717349--5717874	68	7.8	68	87	1	684	26	21	22	29	1.99
5718071--5718601	44	12.2	44	88	1	748	30	13	28	27	1.94
5720318--5720477	72	2.3	69	81	3	185	26	12	18	42	1.86
5721464--5721777	40	7.9	40	87	5	381	24	23	25	26	2.00
5721466--5721849	119	3.2	119	84	4	454	24	23	25	26	2.00
5721624--5721828	39	5.2	39	85	2	169	22	24	25	27	2.00
5721466--5721835	40	9.3	39	87	2	305	24	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5721483--5721849	79	4.6	79	82	3	373	24	23	25	26	2.00
5723159--5723349	27	7.2	26	87	6	240	34	23	25	17	1.96
5723159--5723349	52	3.6	53	90	3	260	34	23	25	17	1.96
5724952--5725061	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
5729014--5729151	27	5.2	28	87	9	166	35	22	23	18	1.95
5729014--5729147	52	2.5	54	86	4	175	35	22	23	18	1.96
5730767--5730876	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
5733405--5733681	3	91.7	3	67	17	76	27	6	4	61	1.41
5733404--5733452	13	3.8	12	79	12	53	36	0	0	63	0.95
5733416--5733448	17	1.9	17	93	0	57	33	0	0	66	0.92
5733600--5733676	23	3.2	24	81	15	81	31	5	2	61	1.32
5733435--5733681	3	82.7	3	67	16	77	25	7	5	61	1.43
5733759--5733804	3	15.3	3	86	0	65	32	4	2	60	1.28
5734035--5734292	132	2.0	132	84	0	345	26	17	19	36	1.94
5737767--5737800	9	3.7	9	92	7	59	88	0	11	0	0.52
5737766--5737805	10	4.0	10	83	9	55	85	0	15	0	0.61
5739560--5739692	66	2.0	66	94	0	230	31	20	12	35	1.90
5739902--5740433	68	7.9	67	87	2	714	26	22	21	28	1.99
5739910--5740433	134	3.9	135	88	2	750	26	22	22	28	1.99
5740633--5740984	44	8.1	44	86	2	444	30	13	27	28	1.94
5742667--5742860	72	2.8	69	79	6	201	28	11	17	43	1.83
5742701--5742860	69	2.3	69	81	3	176	28	11	18	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5743849--5744219	40	9.4	40	85	2	387	24	23	25	26	2.00
5743866--5744219	79	4.5	79	81	6	387	23	24	25	26	2.00
5746108--5746217	26	4.2	26	96	0	175	35	24	6	33	1.81
5747971--5748017	22	2.1	22	88	7	69	25	8	34	31	1.86
5748751--5749012	3	86.7	3	66	17	73	27	6	4	61	1.40
5748931--5749007	23	3.2	24	81	15	81	31	5	2	61	1.32
5748781--5749012	3	77.7	3	66	17	74	25	7	4	62	1.41
5749090--5749138	3	16.3	3	91	0	80	32	2	2	63	1.17
5749968--5750029	30	2.1	30	100	0	124	12	48	19	19	1.81
5750370--5750409	18	2.1	20	86	9	57	37	7	0	55	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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