genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.142.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  142  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38026767--38027187	47	9.0	47	89	0	617	26	29	11	31	1.92
38026767--38027166	94	4.3	94	93	0	683	26	29	12	32	1.92
38026767--38027166	141	2.8	141	91	0	683	26	29	12	32	1.92
38035572--38035605	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
38035625--38035868	130	1.9	132	83	9	320	47	6	4	41	1.49
38035889--38035945	30	1.9	30	85	7	80	42	12	8	36	1.74
38042897--38043013	57	2.1	57	100	0	234	39	6	33	20	1.79
38051381--38051559	46	3.9	46	81	10	220	20	21	30	27	1.98
38051380--38051552	93	1.9	93	93	0	301	20	21	30	27	1.98
38054472--38054551	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
38054463--38054550	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
38056927--38057103	46	3.8	46	81	10	216	20	21	29	28	1.98
38056927--38057096	93	1.8	93	93	0	295	20	21	30	27	1.98
38061973--38062082	43	2.5	44	77	15	129	24	19	28	28	1.98
38062424--38062459	18	2.0	18	94	0	63	33	8	8	50	1.63
38074210--38074464	55	4.8	54	79	9	260	35	17	25	21	1.95
38074217--38074417	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	22	1.96
38074661--38074691	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38082455--38082621	43	3.9	43	79	6	160	31	26	15	25	1.96
38086482--38086628	40	3.7	40	76	9	113	25	23	27	24	2.00
38092222--38092256	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
38092388--38092480	24	3.8	24	79	11	100	56	5	5	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38092476--38092609	25	5.6	25	72	13	102	55	2	5	35	1.40
38092558--38092609	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
38093057--38093215	30	5.3	30	92	0	273	18	5	49	26	1.69
38093851--38094340	87	5.4	87	73	14	274	37	17	15	28	1.91
38093994--38094181	101	1.8	102	87	4	281	38	18	15	27	1.91
38094093--38094450	92	3.9	91	81	8	374	36	17	17	27	1.93
38094252--38094284	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
38094095--38094429	183	1.8	179	83	6	442	35	18	17	28	1.94
38094356--38095281	75	12.3	75	80	7	896	34	21	16	27	1.95
38094356--38095176	222	3.7	221	83	7	958	32	22	16	27	1.96
38100969--38101059	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
38101155--38101369	49	4.4	49	95	0	394	30	31	8	29	1.88
38106466--38106525	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
38106582--38106650	2	35.5	2	75	16	56	55	0	4	40	1.20
38106557--38106629	37	2.0	37	83	5	94	54	2	5	36	1.38
38106594--38106725	25	5.6	24	74	10	103	55	2	6	36	1.37
38107198--38107251	18	3.3	18	66	28	57	22	7	48	22	1.75
38107198--38107261	30	2.1	30	94	0	110	18	6	50	25	1.70
38107861--38107955	33	3.0	32	90	7	149	74	14	5	5	1.17
38110482--38110517	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
38117379--38117800	70	6.2	69	75	13	385	24	14	22	38	1.91
38117212--38117803	262	2.3	256	94	2	1031	25	14	22	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38117641--38117806	72	2.3	71	87	4	235	22	15	20	41	1.89
38117735--38117994	140	1.9	140	90	5	418	25	18	20	35	1.96
38117871--38118031	87	1.8	89	90	5	265	26	20	19	33	1.97
38117936--38118526	87	7.2	76	72	18	379	27	16	18	37	1.92
38117936--38118317	79	4.8	74	77	11	260	27	17	18	36	1.93
38118299--38118357	30	2.0	30	90	6	93	22	10	25	42	1.84
38119182--38119278	32	3.1	31	85	8	126	76	13	4	6	1.12
38119803--38119841	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
38127458--38127543	3	28.3	3	72	17	63	63	1	4	30	1.21
38127458--38127540	12	6.8	12	76	11	71	63	1	4	30	1.22
38127458--38127544	27	3.4	27	70	13	76	64	1	4	29	1.21
38127841--38127889	25	2.0	25	88	8	73	53	24	2	20	1.56
38127875--38127921	23	2.2	23	85	11	64	55	29	2	12	1.49
38128003--38128061	25	2.5	22	75	15	73	22	11	47	18	1.81
38128389--38129460	44	24.4	44	72	8	700	26	23	18	31	1.98
38128546--38129519	132	7.4	131	94	1	1333	26	24	18	31	1.98
38128600--38129518	264	3.5	264	94	1	1583	26	24	18	31	1.98
38129567--38129758	66	2.9	68	85	6	259	25	22	21	30	1.99
38129838--38130720	86	10.2	87	72	13	529	20	21	21	35	1.96
38129838--38130720	43	20.4	42	72	15	356	20	21	21	35	1.96
38129870--38130731	259	3.3	259	91	4	1303	19	21	22	36	1.95
38130784--38130910	66	1.9	66	95	0	227	35	12	19	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38132088--38132123	6	6.3	6	87	12	58	0	36	13	50	1.43
38132089--38132122	11	3.1	11	91	0	59	0	32	14	52	1.42
38135985--38136016	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
38136253--38136332	3	26.3	3	74	14	67	65	1	3	30	1.18
38136249--38136329	12	6.5	12	77	9	74	64	1	3	30	1.19
38136253--38136332	38	2.1	38	84	9	101	65	1	3	30	1.18
38136660--38136739	22	3.6	22	75	5	72	55	32	1	11	1.43
38136793--38136852	25	2.6	22	75	14	75	21	11	48	18	1.80
38139174--38139216	18	2.4	18	88	7	61	34	2	0	62	1.08
38140759--38140821	16	3.8	16	78	12	72	52	0	0	47	1.00
38140769--38140825	12	4.8	12	71	28	50	54	0	0	45	0.99
38140759--38140828	35	2.0	35	100	0	140	54	0	0	45	0.99
38145581--38145606	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
38153166--38153194	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
38156561--38156594	13	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
38156743--38156983	50	4.8	50	78	6	220	26	14	25	32	1.95
38156794--38156976	99	1.8	99	88	2	276	27	15	25	31	1.96
38157181--38157210	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
38161681--38161783	51	2.0	51	100	0	206	26	9	29	34	1.88
38163870--38164011	40	3.5	41	77	9	141	23	27	23	24	2.00
38177637--38177807	39	4.4	39	89	5	168	25	26	21	26	1.99
38177637--38177859	40	5.7	40	87	6	262	25	26	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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38177665--38177859	40	4.9	40	89	5	265	25	26	21	27	1.99
38185815--38186033	75	2.8	78	82	9	277	25	26	21	26	2.00
38185813--38186033	40	5.6	39	86	8	222	25	26	21	26	2.00
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38196254--38196496	133	1.8	132	89	2	380	30	23	15	30	1.95
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38206767--38206931	79	2.1	79	79	4	172	27	18	26	27	1.98
38210961--38211092	50	2.6	51	82	3	176	37	12	15	34	1.85
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38219605--38219658	12	4.5	12	79	9	58	75	3	18	1	1.03
38219605--38219682	36	2.2	36	84	13	99	76	3	16	2	1.04
38219609--38219683	30	2.5	28	81	14	80	76	4	17	2	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38219632--38219682	10	5.1	10	72	9	50	80	3	13	1	0.94
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38221952--38222106	43	3.6	42	80	5	141	26	17	24	31	1.97
38226537--38226680	44	3.4	40	76	9	126	30	25	18	25	1.98
38236872--38236989	43	2.8	42	77	14	125	29	24	18	27	1.98
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38239755--38239933	99	1.8	95	86	10	245	25	28	19	26	1.99
38244841--38245019	40	4.4	40	84	2	207	26	23	26	22	2.00
38244879--38245045	80	2.1	80	79	3	176	28	23	25	22	1.99
38248069--38248249	40	4.6	40	82	4	206	24	24	26	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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