genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.353.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  353  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102243009--102243043	18	1.9	18	94	0	61	80	2	17	0	0.84
102244057--102244278	41	5.3	40	66	19	132	30	22	22	24	1.99
102244004--102244539	84	6.4	84	86	7	754	30	22	22	25	1.99
102244542--102245201	132	5.0	132	92	0	1027	31	16	23	28	1.96
102244600--102245217	44	14.1	44	74	7	502	32	16	23	27	1.96
102245789--102245850	19	3.2	19	90	4	97	37	9	16	37	1.81
102248317--102248357	19	2.2	19	86	8	57	68	0	7	24	1.15
102248637--102248666	5	6.0	5	92	0	51	76	0	0	23	0.78
102248734--102248879	3	49.3	3	75	2	125	61	2	6	29	1.33
102248837--102248901	29	2.4	28	82	7	71	63	0	1	35	1.04
102250429--102250485	29	2.0	29	89	0	87	57	3	5	33	1.38
102257430--102257480	18	2.6	21	85	11	65	72	0	27	0	0.85
102257440--102257482	16	2.8	15	82	6	59	74	0	25	0	0.82
102257440--102257482	15	2.8	16	86	6	63	74	0	25	0	0.82
102261264--102261348	37	2.3	37	100	0	170	22	7	28	42	1.79
102263446--102263499	19	2.7	20	75	18	58	42	12	7	37	1.72
102265001--102265069	34	2.0	34	97	0	129	34	1	5	57	1.31
102270151--102270344	97	2.0	97	89	2	300	29	25	15	28	1.96
102270248--102270584	134	2.5	131	83	3	451	28	23	18	29	1.98
102284895--102284934	21	1.9	21	89	0	62	22	0	12	65	1.26
102285265--102285319	27	2.0	27	82	6	67	50	1	3	43	1.30
102288063--102288245	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102288042--102288245	40	5.1	40	81	8	238	25	27	22	24	2.00
102289965--102290036	36	2.0	36	94	0	126	29	13	13	43	1.83
102289970--102290046	36	2.1	36	85	0	100	32	14	9	44	1.76
102290498--102290550	6	8.7	6	85	4	70	33	15	16	33	1.90
102290490--102290550	31	2.0	30	90	9	97	34	14	16	34	1.89
102293460--102293569	39	2.8	39	87	0	157	27	26	20	25	1.99
102293713--102293826	39	2.9	39	88	0	165	26	28	20	25	1.99
102293447--102293968	257	2.0	257	98	0	999	33	24	13	28	1.93
102298081--102298323	40	6.1	40	92	4	379	25	28	23	22	1.99
102298081--102298323	79	3.0	80	91	5	379	25	28	23	22	1.99
102298068--102298320	119	2.1	118	89	6	379	26	28	22	23	1.99
102307776--102307877	29	3.5	28	83	12	127	32	15	24	27	1.96
102315842--102315944	29	3.6	28	84	7	127	31	15	26	27	1.96
102317519--102317736	40	5.5	40	86	4	266	27	27	22	22	1.99
102322740--102322998	46	5.6	46	89	0	340	40	13	24	20	1.89
102333915--102333947	16	2.1	16	100	0	66	18	30	0	51	1.46
102333994--102334031	14	2.7	14	91	0	58	55	2	0	42	1.14
102336234--102336259	10	2.6	10	100	0	52	65	19	0	15	1.27
102337611--102337675	30	2.2	30	91	0	103	27	18	9	44	1.80
102342581--102342803	46	4.8	46	76	13	201	26	20	29	23	1.99
102350271--102350399	46	2.8	46	83	9	147	30	17	28	24	1.97
102350269--102350541	47	5.8	46	73	10	182	28	18	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102352005--102352248	49	4.9	49	81	5	265	29	27	18	25	1.98
102352010--102352085	25	3.2	23	66	10	62	30	27	18	23	1.98
102356514--102356683	90	1.9	90	88	0	259	31	11	24	33	1.90
102362056--102362102	20	2.3	21	92	3	78	6	4	40	48	1.48
102367113--102367159	23	2.0	23	100	0	94	34	4	4	57	1.38
102376026--102376147	54	2.3	54	89	1	192	17	31	22	28	1.97
102376026--102376151	53	2.4	54	87	1	164	17	32	22	27	1.96
102384927--102384987	30	2.0	30	100	0	122	19	16	26	37	1.93
102385219--102385640	36	11.4	36	80	6	382	30	15	19	34	1.93
102385302--102385640	109	3.1	108	85	4	430	30	16	19	34	1.93
102385274--102385637	145	2.5	146	87	2	505	29	16	19	34	1.94
102386611--102386644	17	2.0	17	88	0	50	44	8	0	47	1.34
102413801--102414166	46	7.9	47	92	3	523	21	24	15	38	1.92
102416304--102416355	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
102417844--102418114	47	5.8	46	79	8	210	23	29	18	28	1.98
102418031--102418128	47	2.1	48	84	5	128	26	31	19	22	1.98
102425109--102425136	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
102429802--102429837	18	2.0	18	100	0	72	33	0	11	55	1.35
102430290--102430324	14	2.5	14	95	0	61	22	5	25	45	1.74
102435400--102435450	25	2.0	25	96	0	93	29	3	13	52	1.58
102435483--102435535	21	2.5	21	96	0	97	30	0	24	45	1.54
102448552--102448617	33	2.0	33	96	0	123	18	24	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102451567--102451677	40	2.8	39	83	9	127	21	28	25	24	1.99
102451567--102451716	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	1.99
102459537--102459666	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
102459553--102459703	40	3.8	40	79	6	155	21	27	23	27	1.99
102459553--102459701	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
102464005--102464093	44	2.0	44	91	0	142	35	12	6	44	1.68
102466823--102466874	24	2.2	24	100	0	104	44	7	21	26	1.79
102468274--102468314	20	2.0	20	90	4	64	17	4	4	73	1.19
102474487--102474515	6	5.0	6	95	4	51	48	0	17	34	1.47
102479739--102479875	47	2.9	47	76	7	145	22	14	18	44	1.86
102483319--102483504	40	4.7	40	88	5	227	25	26	21	25	1.99
102488998--102489051	26	2.1	26	85	0	72	14	16	27	40	1.88
102493383--102493517	29	4.8	28	75	8	103	25	30	16	28	1.96
102493406--102493522	29	4.0	29	82	0	126	27	29	15	28	1.96
102493407--102493517	58	1.9	58	83	0	141	27	27	16	28	1.97
102502834--102503202	199	1.9	199	87	3	555	26	24	31	18	1.97
102503217--102503441	15	14.6	15	71	14	88	24	2	0	72	0.99
102503217--102503426	18	10.2	21	72	18	101	25	1	0	72	0.97
102503330--102503449	24	5.2	23	78	19	92	19	2	0	78	0.87
102503417--102503468	21	2.4	21	84	12	70	7	11	1	78	1.02
102503329--102503442	18	6.3	18	82	11	99	20	1	0	78	0.85
102503304--102503426	6	19.2	6	80	14	131	22	0	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102503410--102503451	16	2.8	15	86	10	59	9	9	0	80	0.89
102503516--102503574	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
102505357--102505459	29	3.6	28	77	5	107	21	15	33	30	1.94
102511678--102511738	30	2.0	30	90	0	95	24	32	29	13	1.93
102521723--102521811	23	3.9	23	80	11	103	24	24	16	33	1.96
102522772--102522839	30	2.3	30	92	0	109	26	26	25	22	2.00
102526287--102526374	42	2.1	42	87	2	124	28	23	14	32	1.94
102528346--102528553	106	2.0	106	88	0	308	38	23	10	27	1.87
102532257--102532329	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
102533395--102533624	49	4.8	49	81	5	229	25	28	17	28	1.98
102533353--102533624	98	2.8	96	83	4	309	25	29	18	27	1.98
102534443--102534537	43	2.2	43	90	0	154	30	14	22	32	1.94
102536980--102537018	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
102540770--102540812	15	3.0	15	77	22	56	69	0	4	25	1.07
102540766--102540823	28	2.2	26	87	6	80	65	0	3	31	1.09
102545730--102545754	11	2.3	11	100	0	50	40	16	36	8	1.77
102550182--102550227	22	2.1	22	100	0	92	30	8	8	52	1.62
102552235--102552262	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
102555308--102555351	21	2.0	22	86	4	63	34	2	4	59	1.30
102556428--102556724	152	1.9	153	96	0	551	43	12	14	29	1.83
102563340--102563504	43	3.8	43	75	6	163	29	15	24	30	1.96
102565983--102566018	17	2.1	18	89	5	56	33	2	16	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102568751--102568814	21	3.3	19	75	24	62	29	34	9	26	1.88
102568742--102568814	38	1.9	38	94	0	128	30	32	9	27	1.89
102568742--102568797	17	3.1	17	75	25	60	30	32	8	28	1.88
102569838--102569872	18	1.9	18	88	0	52	8	8	5	77	1.13
102570615--102570672	21	2.8	21	84	5	73	15	32	27	24	1.95
102573614--102573648	18	1.9	18	88	0	52	8	8	5	77	1.13
102578063--102578090	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
102581016--102581188	46	3.7	47	80	8	151	23	31	19	26	1.98
102584096--102584168	36	2.0	36	100	0	146	39	19	5	35	1.75
102587474--102587507	8	4.4	8	92	3	52	14	5	0	79	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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