genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  145  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38877825--38877949	44	2.9	44	78	9	114	35	26	16	22	1.94
38879231--38879328	24	4.0	24	93	1	160	35	5	38	20	1.75
38880952--38881032	33	2.4	34	75	8	85	28	19	22	29	1.98
38887084--38887181	24	4.0	24	93	1	160	35	5	38	20	1.75
38894650--38894719	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
38895627--38895796	54	3.1	55	82	5	186	32	8	18	40	1.81
38895610--38895858	27	9.2	27	76	8	159	30	9	20	39	1.84
38895848--38895993	27	5.4	27	86	0	211	41	8	22	27	1.83
38907164--38907232	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
38907155--38907242	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
38909619--38909752	46	2.9	48	80	12	179	20	20	29	28	1.98
38912444--38912495	14	3.6	14	78	2	50	15	0	26	57	1.38
38912456--38912513	21	2.9	21	73	21	52	15	0	27	56	1.39
38912662--38912727	7	9.6	7	79	9	55	18	0	33	48	1.48
38912658--38912727	28	2.6	28	82	8	83	20	0	31	48	1.50
38914640--38914920	140	2.0	140	99	0	553	39	24	14	20	1.91
38915536--38915640	29	3.7	29	72	6	88	25	27	14	32	1.94
38915713--38915759	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93
38915856--38915914	16	3.7	16	74	0	55	13	20	15	50	1.77
38918566--38918629	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
38918871--38918938	23	3.0	23	89	8	111	30	22	22	25	1.99
38918846--38918938	46	2.0	46	89	4	141	31	19	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38918822--38918940	25	5.0	24	82	11	138	28	20	21	30	1.98
38918995--38919056	20	3.1	20	90	0	106	30	19	14	35	1.92
38919093--38919142	25	2.0	25	88	0	73	26	20	24	30	1.98
38921354--38921538	40	4.6	39	84	4	208	28	22	25	23	1.99
38921353--38921559	80	2.6	80	83	4	238	26	21	26	25	2.00
38921352--38921559	40	5.2	40	83	4	204	26	21	26	25	1.99
38927591--38927775	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
38927590--38927796	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
38927589--38927796	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
38933776--38934050	42	6.5	42	76	3	160	22	15	28	33	1.95
38933777--38934078	43	7.1	43	74	8	206	22	14	28	33	1.94
38933777--38934078	85	3.5	84	77	6	277	22	14	28	33	1.94
38938406--38938532	47	2.7	47	81	7	141	26	30	18	24	1.98
38938400--38938759	46	7.6	45	75	13	232	24	30	18	26	1.98
38938397--38938759	94	3.9	94	75	17	324	25	30	18	26	1.98
38943680--38943766	43	2.0	43	84	0	111	26	11	26	35	1.90
38950988--38951014	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
38952706--38952757	26	2.0	26	96	0	95	36	19	17	26	1.94
38966358--38966639	48	5.8	48	75	3	244	28	19	26	25	1.98
38966359--38966639	96	2.9	96	89	1	409	28	19	26	25	1.98
38969681--38969802	64	1.9	64	91	0	199	35	24	16	23	1.95
38969680--38969818	64	2.2	64	85	0	197	33	25	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38974896--38974923	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
38975634--38975745	41	2.8	40	86	6	163	25	24	25	25	2.00
38975632--38975774	39	3.6	40	85	5	184	25	24	26	23	2.00
38983639--38983783	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
38990242--38990340	28	3.5	29	94	5	168	28	12	27	32	1.92
39004305--39004405	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
39006699--39006746	25	1.9	25	86	0	69	43	20	18	16	1.88
39015448--39015513	34	1.9	34	100	0	132	36	6	27	30	1.81
39015479--39015597	48	2.5	48	91	0	202	34	8	27	29	1.86
39015594--39015625	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
39015498--39015717	120	1.8	120	94	0	386	37	5	23	33	1.78
39015618--39016066	48	9.1	48	91	3	675	36	5	25	31	1.80
39015626--39016066	98	4.5	96	89	5	659	36	5	26	31	1.80
39015614--39016063	250	1.8	249	94	1	796	37	5	25	31	1.80
39016213--39016284	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
39018403--39018467	24	2.7	24	75	15	71	36	1	1	60	1.16
39018619--39018651	11	3.1	11	91	4	50	21	3	0	75	0.93
39032097--39032260	40	4.1	40	80	6	179	25	20	28	26	1.99
39032097--39032274	80	2.2	80	82	4	200	25	20	27	26	1.99
39036370--39036455	36	2.5	34	87	7	136	40	9	11	38	1.74
39037788--39037812	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
39039250--39039332	41	2.0	41	100	0	166	39	19	19	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39046009--39046120	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
39046009--39046120	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
39053993--39054104	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
39053993--39054104	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
39065173--39065223	27	1.9	26	92	4	84	37	11	17	33	1.86
39070014--39070064	20	2.5	20	93	0	84	15	33	33	17	1.92
39075051--39075234	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
39075091--39075279	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
39083153--39083336	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
39083193--39083381	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
39096972--39097231	130	2.0	130	94	0	457	30	22	16	30	1.96
39101775--39101882	54	2.0	54	88	0	162	24	12	23	40	1.88
39106748--39106878	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
39114732--39114862	29	4.5	29	88	0	163	29	15	31	23	1.95
39116740--39116876	56	2.4	56	78	10	145	32	21	14	31	1.93
39119366--39119466	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
39127317--39127417	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
39132726--39132840	27	4.3	26	89	5	158	18	22	23	35	1.95
39143452--39143508	20	2.8	20	86	2	69	10	29	17	42	1.83
39146538--39146613	29	2.6	29	85	4	91	19	19	25	35	1.95
39147515--39147681	46	3.6	46	75	10	169	21	19	27	31	1.98
39147506--39147676	93	1.8	93	87	0	252	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39154614--39154786	46	3.7	46	77	10	181	21	20	28	29	1.98
39154611--39154781	93	1.8	93	89	0	270	21	20	29	28	1.98
39158084--39158274	40	4.8	39	82	6	224	24	28	21	24	1.99
39158068--39158275	79	2.6	79	81	9	237	25	27	21	25	1.99
39165776--39165876	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
39165805--39165876	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
39169196--39169382	40	4.7	40	83	5	227	25	27	21	25	2.00
39169196--39169381	79	2.3	81	82	8	229	25	27	22	24	2.00
39172908--39173240	164	2.0	165	95	0	596	37	14	23	25	1.92
39176248--39176320	27	2.7	27	82	4	85	61	6	4	27	1.40
39176376--39176445	27	2.6	29	80	17	87	60	1	7	31	1.33
39176444--39176618	24	7.3	23	66	16	72	56	4	6	32	1.46
39176966--39177011	3	15.7	3	82	13	60	69	0	2	28	1.00
39181400--39181476	29	2.7	29	91	0	127	18	16	28	36	1.93
39185263--39185357	34	2.8	34	77	6	111	28	25	22	24	1.99
39194509--39194653	24	6.0	24	97	0	272	38	28	15	17	1.90
39196316--39196390	29	2.6	29	87	4	98	26	17	30	25	1.97
39202868--39202922	27	2.0	27	100	0	110	25	10	29	34	1.90
39204203--39204304	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
39212063--39212164	29	3.5	29	90	0	150	23	33	15	27	1.95
39215422--39215479	31	2.0	30	83	10	75	48	0	1	50	1.11
39215448--39215485	20	1.9	20	88	0	58	50	0	5	44	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39215692--39215722	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
39216780--39216818	20	2.0	20	85	10	53	48	0	2	48	1.15
39219656--39219713	20	2.9	20	92	0	98	34	10	20	34	1.87
39219772--39219923	24	6.4	23	87	4	196	28	21	21	28	1.98
39219777--39219916	47	3.0	46	91	2	208	27	22	21	29	1.99
39219784--39219923	71	2.0	72	92	1	237	27	22	21	28	1.99
39220132--39220194	31	2.0	31	90	0	99	34	15	23	25	1.95
39221956--39222137	98	1.9	98	92	0	310	58	14	12	14	1.64
39225089--39225212	44	2.8	44	85	4	144	38	12	21	26	1.90
39225351--39225472	47	2.6	47	93	0	208	36	13	23	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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