genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22657600--22657655	24	2.3	24	100	0	112	8	30	16	44	1.78
22660279--22660325	19	2.5	19	80	13	60	59	4	2	34	1.29
22661265--22661296	16	2.0	17	88	11	50	9	28	43	18	1.81
22662096--22662126	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
22662290--22662330	18	2.2	19	86	4	57	31	2	2	63	1.20
22673189--22673297	42	2.6	41	88	1	146	50	15	21	12	1.77
22674085--22674408	89	3.6	88	87	4	443	30	14	17	36	1.90
22674250--22674279	14	2.1	14	93	0	51	16	6	6	70	1.31
22676232--22676268	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
22676434--22676474	18	2.2	19	91	4	66	34	2	0	63	1.08
22676577--22676606	14	2.2	13	94	5	51	36	0	0	63	0.95
22678114--22678158	22	2.1	22	84	8	58	37	0	8	53	1.32
22678581--22678621	21	2.0	21	85	0	55	24	63	2	9	1.37
22678638--22678690	12	4.4	12	85	0	61	32	58	7	1	1.37
22678649--22678705	12	4.8	12	86	0	78	26	59	7	7	1.49
22678599--22678789	84	2.3	84	87	0	274	24	57	5	13	1.56
22678638--22678694	24	2.4	24	90	0	87	31	57	7	3	1.42
22678738--22678798	18	3.4	18	81	0	59	27	62	3	6	1.36
22678722--22678801	24	3.3	24	82	0	88	27	61	3	7	1.40
22678749--22678801	18	2.9	18	85	0	70	26	62	1	9	1.36
22678781--22679127	36	9.3	36	71	9	194	20	53	6	19	1.66
22678685--22678842	48	3.3	48	70	3	156	24	56	3	15	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22678794--22679041	114	2.2	114	95	0	442	20	53	6	19	1.68
22678896--22679113	72	2.9	72	80	9	240	20	55	6	17	1.64
22679118--22679164	24	2.0	24	95	0	85	27	59	8	4	1.45
22683622--22683665	20	2.3	19	80	11	54	47	13	6	31	1.69
22685727--22685780	5	10.8	5	77	15	58	38	20	3	37	1.70
22693373--22693400	13	2.2	13	100	0	56	53	10	7	28	1.62
22694867--22695404	137	3.9	137	89	0	781	25	18	20	35	1.95
22695382--22695425	21	2.1	21	100	0	88	36	11	22	29	1.89
22695403--22695506	45	2.3	45	96	0	190	28	21	20	29	1.98
22697227--22697434	40	5.2	39	81	5	211	25	22	25	25	2.00
22698836--22699048	45	4.7	45	74	12	193	26	22	20	31	1.98
22698801--22699053	137	1.8	137	97	0	479	26	20	20	32	1.97
22711703--22711730	13	2.2	13	100	0	56	53	10	7	28	1.62
22724033--22724059	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
22724279--22724312	16	2.1	16	100	0	68	11	5	11	70	1.32
22725800--22725838	20	2.0	20	90	10	62	41	20	2	35	1.66
22727997--22728146	41	3.7	41	81	1	194	28	26	22	22	1.99
22734285--22734341	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
22734738--22734826	21	4.3	21	89	1	135	14	28	25	31	1.95
22736639--22736672	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
22740717--22740773	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
22741159--22741257	21	4.7	21	87	3	137	14	26	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22744003--22744052	26	2.0	26	84	7	68	54	14	10	22	1.69
22746732--22746854	32	3.9	31	78	5	122	41	8	17	32	1.80
22746786--22746843	30	2.0	30	89	3	91	43	12	15	29	1.83
22748966--22749025	30	2.0	30	86	0	84	58	13	23	5	1.55
22748979--22749030	15	3.5	14	77	12	50	57	11	25	5	1.55
22749523--22749679	78	2.0	79	91	1	253	40	17	12	29	1.86
22760269--22760310	18	2.3	18	87	0	57	19	21	33	26	1.97
22761646--22761689	19	2.2	20	84	15	65	50	4	2	43	1.35
22761693--22761753	19	3.3	19	70	17	56	37	1	6	54	1.37
22773181--22773216	18	2.0	18	94	0	63	36	16	13	33	1.89
22782035--22782380	182	1.9	183	84	0	460	30	20	28	19	1.97
22784614--22784679	6	10.8	6	93	3	87	16	1	6	75	1.07
22784647--22784690	18	2.5	17	78	10	52	13	6	2	77	1.07
22794683--22794739	23	2.5	24	80	11	66	49	1	1	47	1.22
22794842--22794913	35	2.1	35	84	5	92	47	1	5	45	1.34
22795053--22795094	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
22795223--22795254	15	2.3	15	89	10	50	40	0	0	59	0.97
22796258--22796330	21	3.3	23	83	11	100	15	26	27	31	1.95
22811516--22811556	20	2.0	22	85	9	59	53	0	0	46	1.00
22819035--22819193	43	3.7	43	77	10	155	25	19	23	31	1.98
22819943--22820024	33	2.5	33	95	0	146	24	2	23	50	1.62
22823285--22823451	46	3.6	44	77	12	156	30	18	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22823327--22823501	48	3.7	46	76	8	156	29	21	25	23	1.99
22823517--22823646	49	2.6	49	85	3	163	26	20	30	22	1.98
22832372--22832436	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
22832542--22832631	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
22832542--22832656	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
22833718--22833751	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
22839959--22839988	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
22840407--22840496	28	3.2	27	84	7	110	20	23	23	33	1.97
22840407--22840521	55	2.1	56	82	8	137	19	23	21	35	1.96
22840416--22840536	56	2.2	54	79	8	127	23	24	19	33	1.97
22841770--22841951	99	1.9	95	84	6	240	29	18	29	22	1.97
22841779--22842136	49	7.5	47	74	13	270	28	17	27	26	1.97
22841871--22842182	141	2.2	140	90	2	491	26	16	28	28	1.97
22841952--22842190	43	5.3	43	72	14	135	25	14	28	31	1.95
22842062--22842205	43	3.3	43	73	11	114	27	15	26	29	1.96
22844936--22845117	78	2.3	81	83	6	221	23	27	24	24	2.00
22844927--22845117	40	4.8	39	79	6	179	23	28	24	24	2.00
22852969--22853150	78	2.3	81	83	6	221	23	27	24	24	2.00
22852960--22853150	40	4.8	39	79	6	179	23	28	24	24	2.00
22857458--22857525	28	2.4	28	80	4	66	36	16	22	25	1.94
22858404--22858490	43	2.0	43	100	0	174	31	13	6	48	1.69
22858414--22858507	43	2.2	43	86	3	127	26	20	6	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22863558--22863770	46	4.5	46	77	10	182	30	19	26	23	1.98
22863558--22863770	94	2.3	94	83	3	259	30	19	26	23	1.98
22863789--22863913	49	2.5	49	81	3	144	28	18	31	22	1.97
22873361--22873493	67	2.0	67	96	0	248	24	24	11	39	1.88
22880791--22880831	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
22881654--22881755	49	2.1	48	81	5	116	28	29	19	22	1.98
22882113--22882150	14	2.9	13	85	11	51	18	7	10	63	1.50
22889239--22889346	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
22891113--22891159	24	1.9	25	86	4	69	6	12	6	74	1.20
22909425--22909652	46	5.0	46	90	1	323	39	14	24	21	1.91
22924781--22924822	21	2.0	21	85	0	57	38	11	4	45	1.62
22927405--22927523	57	2.1	58	90	1	186	27	20	8	43	1.80
22932695--22932785	44	2.1	44	95	0	164	27	13	13	46	1.80
22934071--22934108	7	5.4	7	90	0	58	0	28	2	68	1.03
22936734--22936769	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22937517--22937569	26	2.0	26	82	13	65	49	13	1	35	1.53
22943831--22943897	33	2.0	33	97	0	125	20	16	16	46	1.84
22944612--22944649	7	5.4	7	90	0	58	0	31	0	68	0.90
22950297--22950466	87	2.0	87	96	0	313	34	12	17	35	1.88
22952374--22952409	18	2.0	18	94	0	63	27	8	16	47	1.75
22957838--22957878	3	13.7	3	94	0	73	0	34	34	31	1.58
22960692--22960748	19	3.1	19	72	7	55	56	5	0	38	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22960741--22960771	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
22960692--22960764	36	2.1	36	84	7	96	52	4	0	43	1.20
22970904--22970944	20	2.0	20	100	0	82	39	14	4	41	1.67
22970906--22970953	20	2.4	20	92	0	78	35	20	6	37	1.78
22972600--22972672	20	3.7	20	76	10	69	39	15	8	36	1.77
22973111--22973166	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
22975553--22975595	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
22977586--22977639	24	2.4	22	78	9	56	44	16	18	20	1.87
22987155--22987202	16	2.8	18	84	9	57	66	12	0	20	1.24
22987358--22987414	21	2.7	21	86	5	71	66	21	5	7	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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