genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.412.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  412  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119608591--119608640	20	2.8	17	77	16	57	34	6	2	58	1.34
119611069--119611106	14	2.7	14	84	8	51	44	5	0	50	1.24
119611222--119611325	41	2.6	39	80	5	111	34	5	1	57	1.33
119611257--119611325	10	7.0	10	72	6	52	36	2	1	59	1.21
119611297--119611397	11	9.1	11	71	10	62	32	3	0	62	1.20
119613480--119613535	27	2.1	27	82	0	67	33	7	1	57	1.37
119624030--119624103	37	2.0	37	100	0	148	40	10	29	18	1.85
119625629--119625750	64	1.9	64	93	0	208	31	17	14	36	1.90
119625818--119626100	44	6.4	45	73	14	221	27	17	24	30	1.97
119625805--119626068	89	3.0	88	76	10	270	28	16	25	28	1.97
119625803--119625942	44	3.2	45	78	9	162	30	14	26	29	1.95
119626251--119626360	45	2.4	45	80	8	125	32	20	17	29	1.96
119627923--119627978	27	2.1	27	82	0	67	33	7	1	57	1.37
119628454--119628553	50	2.0	50	98	0	191	32	13	18	37	1.88
119634085--119634111	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
119635698--119636021	129	2.5	128	91	2	508	37	20	16	26	1.93
119636193--119636237	24	1.9	23	95	4	81	62	11	0	26	1.29
119641650--119641684	9	3.9	9	89	10	54	77	0	2	20	0.90
119646681--119646860	47	3.8	49	79	15	200	28	29	20	21	1.98
119646689--119646860	94	1.8	93	93	1	299	28	29	20	20	1.98
119648649--119648806	44	3.6	44	74	1	138	30	24	17	27	1.97
119648648--119648851	88	2.3	87	79	3	237	30	23	18	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119648938--119649081	43	3.3	43	69	3	144	29	18	18	34	1.95
119649199--119649312	44	2.6	44	81	1	138	28	21	21	29	1.98
119651330--119651362	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
119651643--119652050	46	8.9	46	87	3	527	21	23	14	40	1.90
119651648--119652053	92	4.4	92	91	1	584	21	23	14	40	1.89
119666519--119666558	21	2.0	20	90	5	62	0	15	0	85	0.61
119666522--119666558	19	1.9	19	89	10	58	0	13	0	86	0.57
119668757--119668878	37	3.3	37	96	0	217	21	32	19	26	1.97
119668980--119669241	47	5.5	47	94	2	429	29	31	8	29	1.87
119673900--119674009	44	2.5	44	91	2	168	26	24	19	30	1.98
119674023--119674119	45	2.2	44	81	7	106	28	18	17	35	1.94
119673944--119674291	178	2.0	178	88	1	518	29	20	18	31	1.96
119675750--119675789	20	2.0	20	95	0	71	25	22	10	42	1.84
119684461--119684503	19	2.3	19	84	8	52	39	6	23	30	1.81
119694682--119694750	18	3.9	17	74	22	54	47	1	2	47	1.25
119694964--119695007	12	3.6	12	81	3	52	75	0	25	0	0.81
119702600--119702649	13	3.8	13	74	10	57	34	26	8	32	1.85
119705282--119705318	18	2.1	18	94	0	65	10	27	43	18	1.83
119707539--119707574	18	2.0	18	100	0	72	38	11	33	16	1.84
119709588--119709703	47	2.5	47	87	1	153	29	26	16	27	1.97
119709729--119709846	31	3.8	31	90	0	182	26	27	19	26	1.99
119709822--119709950	50	2.5	51	87	2	179	27	23	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119711316--119711366	26	2.0	26	96	0	93	49	3	13	33	1.61
119717230--119718350	565	2.0	565	96	0	2064	42	17	11	27	1.84
119720301--119720359	21	2.7	22	84	5	84	40	0	1	57	1.09
119720439--119720484	21	2.2	21	84	0	56	39	0	4	56	1.19
119720455--119720497	16	2.6	17	88	3	70	37	0	0	62	0.95
119720451--119720490	21	1.9	21	100	0	80	35	0	0	65	0.93
119720452--119720490	5	7.6	5	88	5	60	35	0	0	64	0.94
119722204--119722316	45	2.5	45	80	5	147	20	16	20	42	1.89
119722294--119722324	6	5.2	6	100	0	62	16	16	16	51	1.77
119722499--119722672	36	4.8	36	76	6	165	37	11	13	37	1.81
119722488--119722618	54	2.4	54	87	2	174	40	11	12	35	1.80
119722500--119722672	18	9.6	18	75	7	136	37	11	13	37	1.81
119727044--119727408	46	8.0	46	92	1	554	38	14	24	22	1.91
119727972--119728081	26	4.2	26	95	2	177	34	5	23	36	1.78
119729702--119729841	27	5.2	27	87	2	174	17	23	22	35	1.95
119729702--119729841	54	2.6	55	88	2	194	17	23	22	35	1.95
119742009--119742085	29	2.7	28	73	13	77	41	0	2	55	1.13
119742101--119742182	18	4.6	18	68	18	55	28	1	1	69	1.03
119746191--119746234	24	2.0	21	86	13	61	36	13	15	34	1.87
119756673--119756721	25	2.0	25	95	0	89	36	8	14	40	1.75
119762046--119762143	45	2.2	43	85	10	142	28	3	12	56	1.51
119762981--119763020	7	5.4	7	88	11	62	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119763453--119763493	15	2.7	15	100	0	82	43	4	14	36	1.67
119763881--119763944	21	3.0	22	68	9	60	20	18	23	37	1.94
119775660--119775769	26	4.2	26	91	2	159	35	23	5	35	1.78
119783771--119783993	115	2.0	113	94	3	394	21	18	13	47	1.82
119784118--119784190	36	2.0	36	94	0	128	38	15	16	30	1.89
119786608--119786642	13	2.7	13	95	0	61	14	11	25	48	1.77
119795120--119795168	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
119795155--119795197	21	2.0	22	81	4	52	69	9	2	18	1.26
119804246--119804323	41	1.9	41	84	5	104	25	20	25	28	1.99
119804250--119804754	154	3.3	154	96	0	938	26	20	24	27	1.99
119804904--119804954	14	3.6	14	71	12	50	45	25	3	25	1.71
119805189--119805226	16	2.5	15	87	8	51	23	0	31	44	1.54
119805444--119805526	7	11.6	7	75	5	67	22	2	37	37	1.68
119805436--119805593	80	2.0	80	82	2	192	23	3	34	39	1.71
119805467--119805621	80	1.9	81	88	1	231	23	3	35	37	1.71
119808907--119809272	64	5.7	64	96	0	651	37	10	4	47	1.57
119809008--119809095	21	4.1	21	63	18	56	38	11	4	45	1.61
119810423--119810490	24	2.8	24	88	0	100	27	17	7	47	1.74
119810626--119810851	9	24.6	9	76	8	143	47	12	0	38	1.48
119810626--119810851	18	12.3	18	75	9	161	47	12	0	38	1.48
119810654--119810875	114	1.9	114	86	3	313	47	12	0	38	1.48
119816497--119816547	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119816802--119816868	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
119816943--119817279	43	7.6	43	89	6	496	24	32	18	24	1.97
119816996--119817271	139	2.0	139	95	0	498	23	33	18	24	1.97
119817982--119818020	14	3.0	13	82	10	53	17	12	7	61	1.54
119818560--119818621	27	2.3	27	94	0	106	29	17	16	37	1.92
119827969--119828030	21	3.0	21	83	4	83	16	25	16	41	1.88
119829345--119829395	26	2.0	26	84	0	66	68	7	1	21	1.25
119830955--119831012	31	1.9	29	86	6	80	34	13	13	37	1.85
119831204--119831274	31	2.4	31	88	4	110	39	19	14	26	1.90
119850096--119850230	41	3.4	40	79	5	132	31	24	20	24	1.98
119851107--119851161	6	9.2	6	76	7	58	1	21	0	76	0.88
119851109--119851171	12	5.1	12	82	9	74	1	23	0	74	0.90
119851134--119851197	17	3.4	18	75	14	58	3	17	3	76	1.04
119851106--119851211	37	2.7	40	80	19	114	2	19	1	75	1.02
119851106--119851211	12	9.0	12	73	19	57	2	19	1	75	1.02
119851162--119851205	22	2.0	23	86	4	63	4	15	4	75	1.14
119851111--119851212	17	6.5	16	72	11	52	2	18	1	76	1.01
119856690--119856732	21	2.0	21	82	13	52	30	2	9	58	1.42
119861024--119861098	18	4.2	17	74	19	64	73	10	5	10	1.24
119872491--119872569	39	2.0	39	92	0	131	41	13	12	31	1.82
119875289--119875348	29	2.0	30	90	3	95	31	11	13	43	1.80
119875775--119875808	15	2.2	16	94	5	61	20	0	0	79	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119876663--119876715	26	2.0	26	100	0	106	62	15	0	22	1.32
119878158--119878222	32	2.0	33	88	8	98	60	6	13	20	1.55
119888474--119888631	82	1.9	82	94	2	282	29	17	16	37	1.91
119897141--119897273	27	4.9	27	92	0	158	27	21	28	21	1.99
119897141--119897273	54	2.5	54	88	0	185	27	21	28	21	1.99
119897155--119897299	27	5.0	32	86	8	131	26	22	28	22	1.99
119897119--119897273	81	1.9	81	83	0	202	29	21	27	21	1.99
119904331--119904508	96	1.8	97	85	1	250	41	15	31	12	1.84
119907467--119907532	24	2.8	24	76	0	69	30	24	21	24	1.99
119908704--119908775	32	2.2	32	87	4	101	45	11	6	36	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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