genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  33  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8111639--8111680	22	1.9	22	85	9	59	23	52	9	14	1.71
8111755--8111802	23	2.2	24	82	14	59	14	2	29	54	1.52
8112149--8112242	3	31.3	3	72	19	65	28	3	1	67	1.13
8112149--8112246	18	5.6	18	78	15	91	29	3	1	66	1.13
8112603--8112644	2	21.0	2	90	0	66	47	2	0	50	1.14
8112600--8112651	12	4.5	11	79	15	61	44	1	1	51	1.23
8114568--8114617	15	3.4	14	79	20	57	28	4	2	66	1.21
8118652--8118694	3	14.3	3	90	0	68	37	2	0	60	1.10
8120924--8120955	16	2.0	16	93	0	55	40	6	0	53	1.26
8123935--8123963	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
8126584--8126642	29	2.0	29	100	0	118	23	16	16	42	1.89
8129475--8129538	31	2.1	31	84	0	83	57	6	7	28	1.51
8132249--8132299	26	2.0	26	88	7	77	70	3	0	25	1.04
8140699--8140746	20	2.3	21	80	16	55	39	0	10	50	1.37
8148746--8148774	12	2.3	13	94	5	51	24	0	3	72	1.00
8163089--8163264	46	3.8	46	76	11	180	28	27	21	22	1.99
8163096--8163267	93	1.8	93	90	2	274	27	27	22	23	1.99
8163140--8163283	46	3.1	45	71	18	127	29	27	20	23	1.99
8171346--8171388	21	2.0	21	95	0	77	30	20	30	18	1.97
8171464--8172074	233	2.6	231	87	6	870	33	15	20	31	1.94
8172193--8172232	13	3.2	13	78	7	55	37	2	15	45	1.59
8172191--8172238	25	1.9	25	91	0	78	39	4	14	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8176826--8176876	25	2.0	25	84	0	66	43	5	15	35	1.71
8179814--8179905	43	2.2	43	90	5	143	52	13	6	28	1.65
8179927--8179965	18	2.2	17	86	9	51	41	15	2	41	1.61
8184540--8184631	42	2.2	44	90	5	145	52	14	6	27	1.66
8198655--8198973	165	1.9	164	95	0	575	32	17	23	27	1.96
8206692--8206754	29	2.2	28	81	13	76	44	23	0	31	1.54
8208944--8209020	17	4.7	17	73	16	65	35	33	18	12	1.89
8208959--8209036	35	2.2	35	82	8	88	35	32	17	14	1.90
8208993--8209036	18	2.5	17	85	10	54	36	34	18	11	1.86
8209009--8209073	29	2.2	30	86	2	87	30	29	23	16	1.96
8221475--8221738	69	3.8	68	83	5	300	60	3	7	28	1.40
8221481--8221738	142	1.9	135	83	7	338	60	3	7	28	1.39
8223177--8223298	43	2.8	44	82	2	129	28	21	20	29	1.98
8223387--8223522	44	3.1	44	81	0	146	29	17	16	36	1.92
8223653--8224128	96	5.0	95	77	9	481	31	18	15	34	1.92
8223758--8224130	45	8.1	44	72	11	201	30	18	15	35	1.93
8223654--8223891	45	4.9	51	71	15	189	32	18	14	34	1.91
8223958--8224130	44	3.9	44	82	1	193	30	17	16	35	1.92
8230579--8230692	57	2.0	57	96	0	210	29	8	21	40	1.83
8231225--8231252	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
8231237--8231460	73	3.2	66	77	12	227	61	0	8	28	1.32
8231271--8231390	35	3.3	35	68	19	93	60	0	9	29	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8231296--8231405	35	3.1	35	69	13	98	65	0	9	24	1.27
8231299--8231408	18	6.1	18	67	12	57	65	0	8	25	1.26
8231372--8231418	17	2.6	18	73	13	51	72	0	4	23	1.02
8231237--8231484	68	3.5	69	82	9	295	62	1	8	27	1.30
8231538--8231573	18	2.0	18	89	10	56	72	5	2	19	1.17
8233388--8233618	41	5.9	40	75	12	203	34	22	16	25	1.95
8233521--8233637	41	2.8	42	80	5	148	33	23	17	25	1.96
8233454--8233595	73	2.0	71	84	2	185	33	23	16	26	1.96
8233413--8233617	114	1.8	112	87	4	304	32	22	18	26	1.97
8233942--8233966	7	3.6	7	100	0	50	48	36	0	16	1.46
8233920--8234019	28	3.5	27	70	8	65	48	28	0	24	1.52
8237065--8237094	14	2.1	15	93	6	53	50	13	0	36	1.42
8240664--8240716	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
8242183--8242249	26	2.6	26	97	0	125	37	25	4	32	1.76
8246433--8246485	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
8247960--8248026	26	2.6	26	97	0	125	37	25	4	32	1.76
8249355--8249411	24	2.4	24	87	0	78	31	14	7	47	1.70
8249367--8249422	24	2.3	24	90	6	87	28	19	5	46	1.72
8249599--8249653	15	3.8	15	80	9	78	47	0	0	52	1.00
8249758--8249983	9	24.6	9	76	8	143	47	12	0	38	1.48
8249758--8249983	18	12.3	18	75	9	161	47	12	0	38	1.48
8249786--8250007	114	1.9	114	86	3	313	47	12	0	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8254045--8254177	25	5.2	26	93	5	218	33	5	24	36	1.78
8254045--8254177	50	2.6	51	96	1	241	33	5	24	36	1.78
8255792--8255931	27	5.2	27	88	2	183	17	24	22	35	1.96
8255792--8255931	54	2.6	55	89	2	203	17	24	22	35	1.96
8259880--8260012	26	5.2	25	95	3	214	33	5	24	36	1.78
8261626--8261764	27	5.2	26	87	6	179	17	24	23	35	1.95
8261626--8261764	53	2.6	55	89	3	203	17	24	23	35	1.95
8263331--8263521	72	2.7	70	81	9	219	25	15	22	37	1.93
8263546--8263878	88	3.8	88	88	3	470	25	18	21	34	1.96
8263775--8263809	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
8263790--8264110	75	4.1	73	71	15	241	27	20	21	30	1.98
8263713--8264901	161	7.3	161	80	10	1186	28	18	19	33	1.95
8263968--8264110	74	1.9	73	88	5	216	28	20	23	27	1.99
8264043--8264213	92	1.8	92	82	3	218	26	21	21	31	1.98
8264114--8264290	77	2.3	77	84	3	212	27	19	18	34	1.95
8264270--8264304	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
8264193--8264542	91	4.0	89	83	10	431	28	17	16	37	1.92
8264455--8265110	86	8.2	75	70	18	350	28	16	18	36	1.93
8264455--8264735	154	1.9	146	82	5	355	29	17	17	34	1.93
8264754--8264783	14	2.1	14	93	0	51	23	13	6	56	1.60
8264472--8264767	154	2.0	149	81	5	344	30	17	18	33	1.95
8264694--8265114	88	5.0	83	71	15	281	27	16	18	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8264883--8264941	30	2.0	30	90	6	93	20	8	28	42	1.81
8265762--8265808	17	2.8	16	84	9	67	68	25	0	6	1.13
8265762--8265809	18	2.9	17	90	9	73	66	27	0	6	1.15
8266571--8266645	19	3.7	19	71	22	64	33	5	4	57	1.40
8267366--8267398	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8267462--8267531	23	2.9	23	72	25	63	51	1	14	32	1.51
8267682--8267741	24	2.4	27	76	21	67	53	5	10	31	1.56
8268039--8268083	16	2.8	17	83	6	58	62	2	2	33	1.20
8268359--8268394	3	12.7	3	88	11	58	63	0	0	36	0.94
8277986--8278046	23	2.7	23	75	9	65	55	4	0	39	1.21
8279444--8279527	31	2.8	31	82	7	93	28	11	4	54	1.57
8285869--8286164	146	2.0	146	97	0	556	36	14	19	30	1.91
8286829--8286908	38	2.1	38	88	0	115	36	23	10	30	1.88
8293961--8293988	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
8296580--8296605	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8297065--8297100	6	6.0	6	93	0	63	19	33	13	33	1.91
8303048--8303096	25	1.9	26	83	4	64	59	20	2	18	1.48
8307212--8307306	3	31.7	3	84	0	127	34	6	0	58	1.23
8307263--8307411	71	2.1	69	84	10	196	29	5	2	63	1.28
8310636--8310778	3	47.0	3	75	12	105	27	5	3	62	1.34
8310924--8310985	18	3.1	21	74	21	53	35	0	1	62	1.05
8310952--8310979	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8311090--8311132	19	2.5	17	82	17	61	20	6	0	72	1.08
8311231--8311278	18	2.7	18	80	0	60	31	12	4	52	1.58
8311232--8311330	3	32.3	3	69	4	54	29	8	2	60	1.36
8311341--8311383	15	2.9	14	83	13	50	27	6	0	65	1.18
8311521--8311567	21	2.3	20	82	7	58	29	12	0	57	1.36
8311625--8311660	15	2.4	15	86	13	56	22	5	0	72	1.05
8311688--8311759	31	2.3	31	81	11	85	18	11	1	69	1.25
8315467--8315516	25	2.0	25	84	7	66	16	10	2	72	1.21
8317730--8317847	18	6.4	18	78	5	92	6	19	47	26	1.74
8317672--8317847	75	2.4	74	83	3	210	7	19	47	25	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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