genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  148  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39849389--39849507	42	2.8	42	82	3	132	28	15	26	29	1.96
39850674--39850785	26	4.2	26	76	10	102	21	18	16	42	1.89
39850687--39850785	27	3.7	26	81	5	101	22	18	18	41	1.90
39850780--39850931	27	5.6	27	88	0	196	40	17	14	28	1.88
39859549--39859601	27	2.0	27	85	7	72	58	5	1	33	1.32
39867927--39868027	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
39875346--39875494	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
39875387--39875494	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
39882806--39882858	26	2.0	26	82	7	63	18	16	24	39	1.91
39884092--39884194	24	4.2	24	92	1	161	20	36	4	37	1.74
39902042--39902204	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
39909573--39909735	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
39916333--39916378	19	2.3	20	88	3	67	34	13	21	30	1.91
39916428--39916525	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
39916427--39916546	24	5.0	24	88	10	174	30	20	21	27	1.98
39916738--39916801	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
39917688--39917734	24	2.0	24	95	0	85	36	6	8	48	1.59
39918710--39918739	13	2.3	13	94	0	51	40	10	26	23	1.86
39925219--39925314	40	2.4	41	82	8	117	27	16	26	30	1.97
39929830--39929869	7	5.7	7	100	0	80	42	27	0	30	1.56
39940560--39940601	12	3.6	12	81	15	52	73	0	4	21	1.01
39940551--39940595	23	1.9	24	86	4	65	75	0	4	20	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39953884--39953969	40	2.2	40	89	0	127	25	23	26	24	2.00
39961802--39961947	40	3.7	40	80	3	141	26	24	26	22	2.00
39961840--39961963	40	3.1	40	84	2	142	24	25	28	22	2.00
39963960--39964004	22	2.0	22	100	0	90	26	8	13	51	1.70
39970037--39970162	62	2.0	62	93	0	216	45	19	11	23	1.83
39974164--39974245	42	2.0	42	90	0	128	34	19	15	30	1.93
39989228--39989277	20	2.5	20	96	0	91	22	38	30	10	1.86
39992043--39992492	49	9.2	49	97	0	819	30	8	30	30	1.86
39992561--39992647	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
39997778--39997896	43	2.8	42	81	6	141	27	26	16	28	1.97
40007702--40007814	43	2.7	42	78	5	120	30	26	15	28	1.96
40008901--40008932	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
40012938--40013007	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
40017007--40017105	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
40024686--40024784	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
40027295--40027613	101	3.0	109	89	7	519	35	7	16	40	1.77
40027977--40028046	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
40031336--40031623	47	6.1	47	91	0	459	33	12	28	26	1.92
40031361--40031436	22	3.3	22	65	28	59	28	13	32	25	1.93
40031593--40031727	48	2.8	48	91	0	216	32	8	28	30	1.86
40031876--40032055	37	4.9	37	93	0	297	23	18	32	25	1.97
40037357--40037436	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40045248--40045327	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
40050557--40050603	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
40050932--40051004	23	3.1	23	96	2	128	26	20	21	31	1.98
40050932--40051018	23	3.7	24	92	6	126	28	18	21	31	1.97
40051226--40051289	31	2.1	31	87	0	92	35	15	23	25	1.94
40057467--40057507	20	1.9	22	85	14	59	26	7	0	65	1.18
40057467--40057506	22	1.9	20	85	10	53	27	7	0	65	1.20
40060123--40060169	25	2.0	23	91	8	76	68	10	12	8	1.40
40061362--40061406	14	3.1	14	83	3	54	33	0	4	62	1.15
40061381--40061410	15	2.0	15	100	0	60	33	0	13	53	1.40
40062145--40062189	19	2.4	19	88	7	65	68	0	2	28	1.01
40069058--40069133	28	2.7	28	87	4	100	30	15	23	30	1.96
40076254--40076351	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
40078054--40078143	42	2.1	44	85	8	123	25	16	26	31	1.97
40085787--40085869	41	2.0	41	97	0	157	40	14	18	26	1.88
40090293--40090357	32	2.0	32	96	0	121	26	10	20	43	1.84
40093096--40093230	30	4.5	30	83	1	148	26	46	3	22	1.69
40093725--40093846	25	5.0	25	71	10	74	36	4	2	57	1.31
40093788--40093846	25	2.4	25	85	0	82	35	3	0	61	1.13
40093870--40093928	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
40093886--40093934	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
40094088--40094138	8	6.5	8	78	13	52	29	1	1	66	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40094088--40094134	16	3.1	15	87	9	60	29	2	2	65	1.15
40094093--40094135	15	2.9	14	89	10	59	30	0	2	67	1.03
40103300--40103355	27	2.2	25	93	6	94	33	5	25	35	1.79
40104905--40105090	40	4.7	41	86	3	220	22	23	28	25	1.99
40112830--40112936	55	1.9	55	96	0	196	28	19	23	28	1.98
40116256--40116500	49	4.9	49	79	4	267	27	26	18	27	1.98
40116727--40116780	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
40124523--40124581	30	1.9	31	86	10	86	35	3	11	49	1.56
40129160--40129213	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
40129439--40129668	49	4.6	50	81	2	284	26	18	25	29	1.98
40137128--40137250	45	2.7	45	85	0	174	26	22	17	34	1.96
40155822--40155980	55	2.9	53	82	9	196	23	25	16	34	1.95
40155970--40156083	47	2.4	47	94	0	192	25	22	14	37	1.92
40156059--40156223	45	3.5	47	77	4	163	23	23	18	33	1.97
40157462--40157513	27	1.9	27	96	0	95	50	17	1	30	1.57
40160483--40160550	31	2.3	29	80	11	77	33	5	10	50	1.61
40160884--40160908	10	2.5	10	100	0	50	72	0	0	28	0.86
40160884--40160922	12	3.5	11	86	13	53	69	0	0	30	0.89
40161304--40161342	2	19.5	2	94	0	69	51	0	48	0	1.00
40164495--40164774	129	2.2	129	80	5	305	37	10	11	41	1.75
40176388--40176608	39	5.6	39	89	1	309	23	30	21	24	1.99
40176388--40176608	116	1.9	119	86	2	322	23	30	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40176388--40176609	77	2.8	78	88	2	311	22	31	21	24	1.99
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40184561--40184617	28	2.1	28	96	3	107	19	29	22	28	1.98
40190278--40190418	38	3.9	33	84	14	174	22	29	21	26	1.99
40190278--40190418	71	2.0	72	97	1	266	22	29	21	26	1.99
40190204--40190418	39	5.6	39	83	8	255	23	29	22	25	1.99
40193542--40193593	27	2.0	27	96	3	97	34	15	26	23	1.94
40193541--40193600	27	2.2	27	88	5	95	31	18	28	21	1.97
40201519--40201630	29	3.9	29	91	0	161	31	14	29	25	1.94
40201522--40201654	29	4.6	29	87	1	97	30	15	29	24	1.96
40204538--40204596	20	2.9	20	75	17	59	67	1	28	1	1.10
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40213240--40213463	54	4.1	54	67	18	156	50	10	3	35	1.53
40213846--40213904	16	3.8	16	90	2	93	55	0	5	38	1.22
40213846--40213901	3	18.0	3	81	7	58	57	0	3	39	1.16
40215745--40215822	35	2.2	35	83	0	102	21	16	25	35	1.94
40216448--40216902	42	11.0	42	88	2	597	34	23	20	21	1.97
40222305--40222616	49	6.4	49	93	0	498	32	7	29	30	1.85
40222685--40222771	37	2.3	36	92	5	138	20	18	33	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40226512--40226565	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
40234290--40234343	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
40240316--40240354	14	2.6	14	84	8	51	79	0	5	15	0.90
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40251503--40251527	12	2.1	12	100	0	50	24	8	24	44	1.80
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40268308--40268532	49	4.5	49	88	2	297	29	27	17	25	1.98
40268295--40268539	99	2.5	100	85	2	314	28	27	18	25	1.98
40268295--40268540	101	2.5	99	85	2	332	28	27	18	25	1.98
40271261--40271334	28	2.6	28	91	4	114	29	13	24	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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