genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  43  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10561634--10561728	24	4.0	24	84	10	115	29	21	23	26	1.99
10561920--10562119	38	5.4	38	87	9	290	38	16	23	22	1.93
10575095--10575127	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
10575408--10575771	46	8.0	46	84	2	401	20	23	15	40	1.90
10575413--10575771	91	3.9	92	84	1	407	20	23	15	40	1.90
10575424--10575761	182	1.9	183	84	0	462	20	23	15	41	1.90
10577411--10577454	21	2.2	19	84	8	52	0	38	2	59	1.10
10581295--10581333	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
10583762--10583827	33	2.0	33	84	3	87	18	28	27	25	1.98
10583772--10583846	33	2.3	33	86	4	98	21	28	24	26	1.99
10597443--10597490	17	2.8	16	84	12	60	20	4	0	75	0.97
10597446--10597489	18	2.5	17	88	7	61	18	4	0	77	0.94
10609794--10609840	21	2.1	23	88	7	71	14	27	0	57	1.38
10613959--10613992	17	2.0	17	100	0	68	35	5	17	41	1.74
10624665--10624709	22	2.0	22	86	0	63	26	15	17	40	1.90
10627465--10627540	24	3.0	24	75	12	57	30	3	0	65	1.10
10631614--10631752	43	3.2	43	89	2	208	28	16	25	29	1.97
10631733--10631890	56	2.8	56	84	1	210	27	12	24	34	1.92
10631865--10631950	42	2.0	43	82	6	104	30	12	23	33	1.92
10635190--10635423	64	3.6	66	89	4	341	56	6	10	26	1.58
10640756--10640822	34	1.9	35	84	3	91	20	23	25	29	1.99
10647093--10647159	34	1.9	35	87	3	100	20	25	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10648128--10648179	2	26.0	2	92	0	86	50	3	0	46	1.20
10650923--10650952	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
10652024--10652086	31	2.0	31	87	6	92	38	12	7	41	1.73
10653650--10653765	55	2.1	55	98	0	223	37	12	12	37	1.81
10655034--10655076	13	3.3	13	76	0	50	37	23	2	37	1.68
10655160--10655385	93	2.4	93	89	2	348	21	23	14	41	1.89
10655160--10655388	46	5.0	46	94	1	352	21	23	13	41	1.89
10659225--10659249	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
10660868--10660995	39	3.3	39	84	0	175	31	19	27	21	1.98
10680367--10680568	93	2.2	93	88	3	291	31	13	35	18	1.90
10680888--10680985	30	3.3	30	85	0	124	22	7	51	19	1.71
10681219--10681434	111	1.9	111	88	0	324	25	14	39	19	1.91
10683784--10683813	16	1.9	16	93	6	53	66	6	6	20	1.38
10684456--10684572	59	2.0	59	98	0	225	25	17	12	44	1.84
10687903--10687927	11	2.3	11	100	0	50	0	32	0	68	0.90
10691066--10691091	6	4.3	6	100	0	52	34	30	0	34	1.58
10692022--10692084	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
10695769--10695820	24	2.2	24	96	0	95	26	26	11	34	1.91
10696135--10696195	28	2.2	28	87	0	86	31	6	31	31	1.83
10698747--10698777	13	2.4	13	94	0	53	41	3	19	35	1.67
10702897--10702933	19	2.0	20	89	10	60	37	2	0	59	1.12
10718294--10718609	44	7.2	44	90	0	488	27	30	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10721028--10721103	38	2.0	38	100	0	152	26	26	18	28	1.98
10729866--10729892	14	1.9	14	100	0	54	0	51	0	48	1.00
10731630--10731703	3	24.3	3	72	8	60	29	1	6	62	1.29
10731651--10731711	29	2.0	31	81	12	74	27	3	11	57	1.49
10731639--10731714	30	2.5	31	81	10	86	28	2	11	56	1.49
10731853--10731896	21	2.2	21	84	8	56	40	4	6	47	1.50
10739587--10739623	20	1.9	20	88	5	58	37	0	37	24	1.56
10739743--10739780	18	2.1	18	90	0	58	36	15	10	36	1.82
10749671--10749709	10	3.8	10	80	6	51	15	2	7	74	1.15
10750999--10751060	26	2.4	26	80	0	70	62	3	3	30	1.26
10751269--10751329	18	3.5	18	86	4	72	62	4	4	27	1.37
10751264--10751329	3	22.7	3	73	11	57	62	4	4	28	1.35
10753549--10753600	23	2.2	24	80	16	65	69	15	11	3	1.32
10755799--10755864	12	5.8	12	74	13	50	36	4	1	57	1.28
10755909--10756000	48	2.0	45	83	14	116	36	3	2	57	1.27
10755918--10756012	21	4.2	21	70	18	66	34	2	2	61	1.20
10756111--10756222	58	2.0	58	84	8	151	33	5	3	58	1.38
10756138--10756249	28	4.0	28	73	15	88	31	5	3	59	1.37
10756234--10756347	26	4.6	25	78	7	90	35	6	6	51	1.52
10756234--10756302	25	2.7	25	84	2	84	36	7	5	50	1.54
10756385--10756424	11	3.9	11	78	18	50	37	2	7	52	1.43
10756439--10756518	25	3.2	24	78	7	79	36	3	5	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10756466--10756512	24	2.0	24	86	0	67	31	4	6	57	1.43
10756631--10756657	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
10756806--10756918	25	4.7	24	75	18	92	31	7	6	53	1.55
10759057--10759359	127	2.4	126	86	1	417	26	17	19	35	1.94
10759044--10759380	127	2.6	125	78	7	372	27	16	20	36	1.94
10760090--10760120	7	4.4	7	100	0	62	74	0	0	25	0.82
10761602--10761632	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
10771961--10772046	42	2.0	42	100	0	172	34	27	9	27	1.88
10772302--10772369	36	2.0	34	83	11	86	52	14	11	20	1.73
10772645--10772702	29	2.0	29	100	0	116	20	24	17	37	1.93
10773793--10773950	80	2.0	80	88	5	239	34	6	35	23	1.80
10776492--10776527	18	1.9	19	88	5	56	41	16	0	41	1.48
10778611--10778670	29	2.1	28	84	3	75	36	5	0	58	1.20
10780582--10780628	3	15.7	3	90	0	58	42	34	23	0	1.54
10780574--10780631	12	4.8	12	84	0	80	46	32	20	0	1.51
10780946--10780971	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
10783358--10783388	16	1.9	16	93	0	53	61	3	6	29	1.37
10783425--10783458	16	2.1	16	88	0	50	50	14	11	23	1.76
10784405--10784441	18	2.1	18	100	0	74	27	16	5	51	1.66
10786436--10786489	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
10786426--10786494	30	2.3	30	94	0	129	26	52	5	15	1.66
10786961--10787009	15	3.2	15	77	11	55	36	2	0	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10787029--10787087	25	2.4	25	80	5	66	35	10	3	50	1.53
10787114--10787176	25	2.5	24	84	7	72	30	4	6	58	1.43
10787238--10787293	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
10788230--10788260	5	6.2	5	100	0	62	22	0	0	77	0.77
10793487--10793557	37	1.9	37	100	0	142	60	11	8	19	1.56
10793811--10793854	21	2.0	23	86	13	65	72	0	0	27	0.85
10794075--10794136	27	2.2	30	88	8	94	37	0	1	61	1.06
10797290--10797363	35	2.1	36	97	2	141	27	0	5	67	1.12
10797815--10797845	14	2.1	15	94	5	55	29	0	0	70	0.87
10797975--10798069	31	3.1	30	76	13	95	49	1	6	43	1.35
10797975--10798092	61	1.9	61	81	6	141	49	0	6	43	1.35
10801778--10802114	167	2.0	167	100	0	674	32	15	16	35	1.90
10804772--10804800	14	2.0	15	93	6	51	37	0	0	62	0.96
10804777--10804809	16	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
10818699--10818778	40	2.0	40	100	0	160	17	22	17	42	1.89
10820837--10820881	24	1.9	23	86	4	63	57	0	17	24	1.40
10834884--10834922	19	2.0	20	85	5	53	76	5	17	0	0.96
10870634--10870661	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
10872629--10872667	20	2.0	20	90	10	62	66	10	12	10	1.44
10874949--10874996	25	2.0	24	84	12	62	29	22	0	47	1.51
10874949--10874988	19	2.2	17	86	8	53	30	22	0	47	1.52
10875150--10875213	21	2.9	23	80	15	89	42	25	15	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10875587--10875644	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
10875590--10875648	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
10875800--10875827	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
10875827--10875866	2	20.5	2	89	5	64	50	0	0	50	1.00
10876654--10876695	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
10879562--10879603	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
10882789--10882948	81	2.0	80	85	3	214	47	6	6	39	1.56
10891097--10891163	18	3.7	18	81	0	80	34	17	11	35	1.87
10891864--10891905	19	2.2	19	95	0	75	0	35	0	64	0.94
10893208--10893257	23	2.1	24	88	3	75	52	2	2	44	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
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