genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  292  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84360121--84360410	49	5.9	49	96	0	517	29	29	9	31	1.88
84371246--84371309	31	2.1	30	85	2	83	39	1	4	54	1.31
84373587--84373662	33	2.4	30	79	18	84	28	3	3	63	1.30
84377066--84377111	4	11.5	4	81	9	58	69	2	4	23	1.17
84377066--84377111	16	2.9	16	84	12	67	69	2	4	23	1.17
84379569--84379866	124	2.4	125	90	2	458	37	16	18	27	1.93
84381355--84381423	34	2.0	34	97	0	129	40	2	28	27	1.71
84382980--84383353	126	2.9	129	92	4	621	55	4	4	35	1.41
84383455--84383497	21	2.0	22	86	4	61	2	13	48	34	1.56
84383760--84383802	18	2.4	18	84	0	50	46	9	25	18	1.79
84384421--84384460	7	5.7	7	93	0	71	57	12	0	30	1.36
84385625--84385664	11	3.6	11	89	0	62	35	0	35	30	1.58
84388210--84388261	17	3.2	17	79	12	56	32	0	3	63	1.12
84400645--84400699	21	2.6	21	100	0	110	21	38	20	20	1.94
84402733--84402761	12	2.3	13	94	5	51	0	27	0	72	0.85
84402829--84402872	13	3.5	13	84	3	54	36	0	2	61	1.09
84406074--84406146	36	2.0	36	97	0	137	35	16	12	35	1.86
84419089--84419140	20	2.8	18	72	16	52	59	1	3	34	1.27
84422125--84422156	17	1.9	16	93	6	55	53	0	0	46	1.00
84422992--84423027	15	2.3	16	90	4	56	52	5	5	36	1.48
84433828--84433943	6	19.3	6	96	0	214	34	0	16	49	1.46
84434435--84434692	89	2.9	93	84	10	299	45	10	7	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84434675--84434725	24	2.1	25	96	3	95	29	15	3	50	1.62
84436616--84436664	20	2.5	20	89	0	71	22	24	0	53	1.47
84443278--84443319	21	2.0	21	90	0	66	40	2	7	50	1.43
84451965--84452012	25	1.9	25	82	0	60	20	27	33	18	1.96
84455767--84455810	24	1.9	23	90	9	72	43	0	9	47	1.35
84457458--84457670	46	4.5	45	78	15	193	27	16	31	23	1.96
84463685--84463819	49	2.7	50	83	3	166	25	30	18	25	1.98
84463819--84463862	22	2.0	22	95	0	79	22	25	22	29	1.99
84463852--84464022	46	3.7	45	79	6	189	21	27	21	29	1.98
84463855--84464025	94	1.8	92	87	5	254	22	27	21	29	1.99
84464614--84464860	123	2.0	123	91	0	404	30	12	17	39	1.86
84473049--84473073	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84478537--84478597	28	2.1	29	93	3	106	29	13	27	29	1.94
84480680--84480715	18	2.0	18	100	0	72	38	5	0	55	1.23
84480682--84480739	18	3.1	18	82	14	64	39	5	6	48	1.52
84481121--84481149	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
84485323--84485417	37	2.6	36	83	8	120	13	12	33	40	1.83
84488906--84489033	47	2.7	47	85	0	157	34	28	14	22	1.93
84489598--84489663	29	2.3	29	81	5	71	30	22	1	45	1.62
84490646--84490688	21	2.0	21	82	8	52	41	9	13	34	1.77
84502363--84502520	40	3.9	40	86	0	208	25	21	25	27	1.99
84502367--84502543	80	2.2	81	81	7	216	25	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84502374--84502539	40	4.1	40	81	6	167	24	21	25	28	1.99
84514964--84515074	43	2.6	43	76	12	113	33	24	18	24	1.97
84522144--84522310	46	3.6	45	74	9	147	23	28	20	28	1.99
84522097--84522321	46	4.9	45	72	14	131	24	28	20	26	1.99
84523803--84523970	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
84527798--84527962	40	4.2	40	79	5	167	24	27	21	26	1.99
84527814--84527921	39	2.7	39	83	9	123	23	29	23	24	1.99
84535805--84535972	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
84540491--84540581	42	2.1	44	87	4	132	36	25	15	23	1.94
84545409--84545519	27	4.1	26	85	9	132	36	22	22	18	1.94
84545409--84545519	55	2.0	54	86	5	152	36	22	22	18	1.94
84549867--84549899	8	4.0	8	96	4	57	63	24	0	12	1.28
84554295--84554328	16	2.1	16	100	0	68	23	38	0	38	1.55
84555168--84556470	651	2.0	651	99	0	2570	28	22	14	35	1.93
84558241--84558340	42	2.3	41	83	10	121	33	22	17	28	1.96
84558231--84558344	44	2.6	43	82	9	126	33	23	15	27	1.95
84562059--84562287	27	8.5	27	84	5	293	27	21	9	41	1.83
84562056--84562288	54	4.3	54	90	0	367	27	22	9	40	1.84
84562187--84562433	27	9.1	27	77	3	75	36	21	7	34	1.82
84562275--84562435	81	2.0	81	83	2	207	40	19	6	32	1.78
84562282--84562434	27	5.7	27	75	6	148	41	20	5	32	1.76
84562282--84562432	54	2.8	54	91	0	239	42	20	5	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84563070--84563138	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
84565698--84565783	36	2.4	35	80	7	91	16	17	11	54	1.70
84565919--84565972	27	2.0	27	96	0	99	29	3	27	38	1.74
84571682--84571893	43	5.0	43	82	6	243	26	15	25	32	1.95
84576766--84576825	30	2.0	30	96	0	111	21	13	26	38	1.90
84579348--84579479	43	3.1	43	86	2	167	23	13	24	38	1.91
84580453--84580491	16	2.4	16	86	4	51	76	10	2	10	1.10
84587958--84588011	23	2.3	23	81	6	56	42	18	18	20	1.89
84588037--84588074	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
84589703--84589771	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
84597671--84597739	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
84604000--84604037	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
84605665--84605733	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
84611988--84612025	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
84613652--84613720	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
84629798--84629824	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
84633487--84633536	25	2.0	25	100	0	100	56	8	8	28	1.57
84636787--84636961	49	3.6	49	78	2	165	25	27	20	26	1.99
84637511--84637558	20	2.6	17	81	15	51	37	16	0	45	1.48
84646378--84646526	43	3.6	43	91	4	243	31	33	23	11	1.90
84646386--84646546	43	3.9	39	88	5	146	32	33	22	11	1.90
84646519--84646601	37	2.2	38	86	2	123	32	27	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84651420--84651570	43	3.6	43	93	3	270	30	33	24	11	1.90
84651563--84651644	36	2.2	37	84	4	112	32	26	19	20	1.97
84659904--84659949	7	6.4	7	85	5	65	43	26	13	17	1.85
84659904--84659949	15	3.1	15	90	3	67	43	26	13	17	1.85
84660324--84660483	47	3.4	47	88	0	212	45	20	13	21	1.84
84664526--84664594	35	2.0	35	91	0	111	39	7	17	36	1.77
84666598--84666633	15	2.4	15	90	0	54	27	16	19	36	1.93
84673850--84673959	42	2.6	43	80	9	118	25	20	24	30	1.99
84673855--84673960	43	2.5	42	77	11	126	26	19	25	28	1.99
84676140--84676224	24	3.5	24	80	7	93	28	16	28	27	1.97
84683700--84683811	49	2.3	48	84	7	138	26	16	30	25	1.97
84683723--84683811	24	3.7	24	85	7	110	28	16	30	24	1.97
84683723--84683835	49	2.3	48	83	11	133	29	15	30	24	1.96
84686749--84686838	33	2.7	33	92	0	135	37	35	11	15	1.83
84691514--84691585	26	2.8	26	72	6	67	33	23	13	29	1.93
84691574--84691731	27	5.9	27	84	2	203	25	22	20	31	1.98
84691584--84691724	53	2.6	54	94	2	241	23	22	21	31	1.98
84691574--84691731	80	2.0	80	84	2	210	25	22	20	31	1.98
84694527--84694574	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
84694605--84694658	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
84694704--84694787	25	3.4	24	84	9	98	27	25	23	23	2.00
84694994--84695074	31	2.6	31	86	0	108	30	17	27	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84698672--84698928	40	6.5	40	90	4	364	26	27	22	23	2.00
84706172--84706240	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
84708029--84708072	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
84710431--84710499	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
84712288--84712331	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
84714313--84714366	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
84714413--84714482	25	2.8	25	84	4	79	28	24	20	27	1.99
84721218--84721267	24	2.1	24	96	0	91	34	16	16	34	1.90
84736034--84736255	124	1.8	122	83	3	293	31	11	23	32	1.90
84736214--84736364	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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