genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.393.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  393  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114069906--114069959	26	2.0	27	82	10	67	48	0	3	48	1.19
114074054--114074110	26	2.2	25	93	3	96	35	5	24	35	1.78
114075723--114075860	27	5.2	27	86	4	165	18	24	21	35	1.95
114075723--114075859	53	2.6	53	87	4	179	18	24	21	35	1.95
114079720--114079829	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
114081268--114081338	26	2.7	26	80	4	70	35	21	11	32	1.89
114081446--114081612	27	6.2	27	88	2	219	19	23	22	34	1.96
114084823--114085084	79	3.3	80	86	5	338	25	27	21	25	1.99
114084821--114085082	119	2.2	119	79	8	282	25	27	20	25	1.99
114084821--114085084	40	6.7	40	76	9	263	25	27	21	25	1.99
114086893--114086936	22	2.0	22	86	0	61	18	4	11	65	1.40
114086941--114086989	22	2.2	22	81	0	62	22	14	6	57	1.59
114088496--114088528	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
114088494--114088528	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
114088580--114088616	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
114089642--114089667	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
114091570--114091609	18	2.3	18	91	8	66	22	0	0	77	0.77
114095585--114095612	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
114097352--114097401	25	2.0	25	96	0	91	26	4	18	52	1.63
114097628--114097784	78	2.0	77	95	1	278	24	10	7	57	1.59
114105312--114105469	81	1.9	83	85	3	221	24	18	7	49	1.73
114106098--114106133	16	2.3	16	90	4	56	88	2	8	0	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114106129--114106166	17	2.3	17	81	4	51	60	31	0	7	1.25
114106979--114107008	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
114119703--114119913	71	2.9	70	80	13	214	31	16	23	28	1.96
114119940--114120073	71	1.9	71	90	0	214	30	16	23	29	1.96
114119782--114120230	158	2.8	160	89	5	640	29	16	22	31	1.96
114120099--114120402	70	4.5	70	80	13	264	31	16	22	28	1.96
114120251--114120362	59	1.9	58	92	1	188	27	16	25	29	1.97
114123256--114123361	26	4.2	26	91	2	171	36	24	5	33	1.79
114130315--114130422	26	4.2	26	95	0	198	35	25	7	32	1.84
114138991--114139057	10	6.5	10	72	17	57	50	2	0	46	1.16
114138991--114139057	21	3.2	21	77	10	75	50	2	0	46	1.16
114138962--114139058	39	2.4	40	81	3	115	53	3	2	41	1.28
114139634--114139931	145	2.0	147	86	5	413	30	5	19	45	1.72
114144593--114144657	31	2.1	31	85	5	87	41	4	15	38	1.68
114145743--114145779	18	2.1	18	94	0	65	43	10	13	32	1.79
114146706--114146766	18	3.4	18	74	0	59	29	6	21	42	1.78
114148706--114148746	21	2.0	21	90	0	64	41	7	14	36	1.74
114150177--114150308	15	9.3	15	73	20	81	31	3	2	62	1.22
114150428--114150508	5	16.6	5	71	14	53	35	2	2	59	1.24
114150427--114150508	14	6.0	14	73	18	66	36	2	2	58	1.24
114150639--114150666	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
114151687--114151760	35	2.1	34	85	2	103	39	9	14	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114152204--114152256	24	2.2	24	89	0	79	35	3	7	52	1.48
114165896--114165929	14	2.5	14	90	4	52	50	0	14	35	1.44
114166159--114166198	20	1.9	20	85	10	53	37	15	12	35	1.85
114167752--114167838	40	2.1	41	85	2	113	22	2	9	65	1.33
114172457--114172508	27	1.9	27	100	0	104	28	7	34	28	1.85
114178781--114178850	35	2.0	35	94	5	124	22	14	28	34	1.93
114180175--114180285	14	7.9	14	75	2	78	32	13	18	36	1.89
114182869--114182938	36	1.9	36	97	0	131	40	18	15	25	1.90
114186874--114186934	31	2.0	31	90	0	95	11	26	26	36	1.90
114191756--114191797	18	2.3	18	80	8	50	7	7	4	80	1.00
114193674--114193801	47	2.7	47	86	0	157	31	26	17	24	1.97
114201311--114201353	15	2.9	15	78	0	50	41	0	0	58	0.98
114201881--114201922	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
114202185--114202229	21	2.1	21	84	8	56	62	4	2	31	1.27
114202876--114202946	32	2.2	32	85	5	90	26	2	5	64	1.29
114203194--114203253	29	2.1	29	84	9	79	36	5	11	46	1.62
114203539--114203623	30	2.8	30	78	7	91	41	9	1	48	1.43
114203932--114203990	21	2.8	21	85	12	68	62	1	3	32	1.21
114206048--114206093	20	2.3	21	77	7	51	47	10	0	41	1.38
114210048--114210085	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
114211515--114211562	26	1.9	24	83	8	60	31	4	0	64	1.12
114219553--114219660	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114226557--114226664	26	4.2	26	91	2	173	36	23	7	33	1.83
114229831--114229860	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
114231487--114231533	24	2.0	22	88	8	67	46	4	14	34	1.64
114232223--114232253	15	2.1	15	100	0	62	19	6	38	35	1.77
114237784--114237821	15	2.5	15	87	12	51	52	0	13	34	1.40
114238216--114238261	24	2.0	22	83	8	56	45	6	15	32	1.71
114239988--114240048	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
114240661--114240687	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
114246437--114246478	17	2.5	17	80	3	50	64	7	26	2	1.32
114247269--114247308	17	2.3	18	84	16	57	47	0	15	37	1.45
114247685--114247729	22	2.0	22	86	0	63	40	8	20	31	1.83
114251562--114251712	39	3.9	39	92	1	241	23	21	31	22	1.98
114259575--114259751	39	4.5	40	88	2	234	23	23	31	22	1.98
114267799--114267837	20	1.9	21	89	5	62	38	0	20	41	1.53
114275342--114275380	20	1.9	20	84	5	51	38	0	17	43	1.50
114279206--114279255	18	2.6	20	73	17	52	54	20	2	24	1.55
114281234--114281261	12	2.3	12	100	0	56	25	32	0	42	1.55
114282019--114282571	290	1.9	289	89	1	858	36	12	13	37	1.83
114284978--114285049	29	2.5	28	78	10	83	27	18	31	22	1.97
114290577--114290699	40	3.1	40	83	0	129	37	17	13	31	1.89
114294794--114295162	185	2.0	185	96	0	684	34	19	12	34	1.89
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114297183--114297409	48	4.7	48	80	3	251	26	29	20	23	1.99
114299378--114299468	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
114299508--114299659	48	3.2	48	97	0	277	32	27	6	33	1.83
114299651--114300080	49	8.9	49	92	3	719	29	27	9	34	1.88
114299651--114300080	145	3.0	144	95	1	745	29	27	9	34	1.88
114299651--114300082	96	4.5	94	94	3	702	29	27	9	34	1.88
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114306588--114306656	16	4.3	15	81	7	66	28	23	5	42	1.77
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114307821--114307860	20	2.0	20	85	4	55	47	5	15	32	1.66
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114311708--114311816	37	3.1	37	62	17	97	28	10	17	44	1.81
114311682--114311816	67	2.0	67	100	0	270	28	11	18	41	1.86
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114329230--114329376	40	3.7	40	83	6	158	26	27	20	25	1.99
114329251--114329432	78	2.3	80	85	6	237	25	27	21	24	2.00
114329249--114329432	40	4.7	40	85	8	243	26	27	21	24	1.99
114338290--114338330	19	2.2	19	91	4	66	24	4	0	70	1.06
114338375--114338439	24	2.7	24	80	15	71	43	1	0	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114344444--114344508	32	2.0	32	96	0	121	36	26	9	27	1.87
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114351049--114351102	20	2.6	21	82	8	67	59	5	0	35	1.21
114351047--114351151	43	2.5	43	78	9	117	55	7	0	37	1.29
114351264--114351294	16	1.9	16	93	0	53	29	6	16	48	1.70
114352420--114352452	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
114352574--114352636	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
114354482--114354518	19	1.9	19	89	10	58	37	5	2	54	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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