genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.338.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  338  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97672523--97672555	16	1.9	18	88	11	52	36	0	9	54	1.32
97673090--97673177	45	2.0	45	90	0	140	30	21	18	29	1.97
97673853--97673891	18	2.2	18	100	0	78	30	23	0	46	1.53
97675533--97675606	29	2.6	28	86	2	103	28	29	14	27	1.95
97675533--97675623	29	3.2	30	80	9	102	27	30	15	26	1.96
97676602--97676637	10	3.6	10	92	0	63	88	11	0	0	0.50
97677561--97677608	25	2.0	24	92	8	80	39	22	4	33	1.74
97682974--97683139	40	4.2	40	92	0	262	26	27	22	24	2.00
97684582--97684624	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
97684582--97684620	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
97690467--97690617	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
97690504--97690633	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
97690466--97690633	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
97698433--97698583	40	3.8	40	78	6	155	27	23	27	21	1.99
97698435--97698583	80	1.9	79	84	6	203	26	24	27	21	1.99
97708004--97708220	40	5.5	40	87	1	294	26	26	22	24	2.00
97708004--97708220	79	2.7	80	88	2	303	26	26	22	24	2.00
97716186--97716399	40	5.5	40	90	4	321	26	28	21	23	1.99
97716205--97716398	78	2.5	78	91	3	309	27	28	20	23	1.99
97719030--97719073	19	2.3	19	88	7	63	13	29	27	29	1.94
97719719--97719796	6	12.8	6	76	12	79	50	15	17	16	1.79
97719730--97719820	37	2.5	37	88	0	137	51	14	15	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97719742--97719849	31	3.3	31	79	10	92	50	13	14	20	1.77
97720023--97720054	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
97720393--97720802	27	15.2	27	86	1	489	41	7	20	29	1.80
97720780--97720975	27	7.3	27	87	2	214	30	9	21	38	1.85
97720401--97720910	81	6.3	80	82	3	281	39	8	20	31	1.83
97720780--97721002	54	4.1	54	83	4	227	30	10	21	38	1.87
97720780--97721002	81	2.8	81	80	4	252	30	10	21	38	1.87
97720964--97721040	27	2.9	27	82	0	91	27	19	18	35	1.95
97722723--97722778	21	2.7	21	89	10	80	69	7	17	5	1.31
97723327--97723365	6	6.5	6	84	0	51	17	15	17	48	1.81
97723327--97723365	18	2.2	18	90	0	60	17	15	17	48	1.81
97723502--97723545	17	2.5	18	81	3	54	29	9	15	45	1.77
97728629--97728674	14	3.1	15	78	18	51	47	0	2	50	1.13
97728827--97728883	22	2.7	22	86	10	75	70	7	17	5	1.29
97729424--97729462	6	6.5	6	93	0	60	17	23	15	43	1.87
97729413--97729462	18	2.7	18	84	3	64	16	26	18	40	1.90
97729570--97729604	18	1.9	18	88	0	52	31	14	14	40	1.86
97731888--97731926	19	2.1	19	100	0	78	38	25	0	35	1.56
97732129--97732442	48	6.6	49	73	13	187	24	29	17	28	1.97
97732083--97732442	92	3.8	94	75	10	252	25	29	17	28	1.97
97742183--97742250	34	2.0	34	88	0	100	29	20	23	26	1.99
97769213--97769321	29	3.5	29	82	16	146	23	22	14	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97769799--97769835	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
97783231--97783349	43	2.8	43	81	12	113	35	22	15	26	1.94
97783468--97783602	43	3.2	43	84	7	159	34	25	13	25	1.93
97783189--97783672	242	2.0	241	89	1	745	31	23	14	30	1.94
97797803--97797903	29	3.5	29	78	6	107	29	14	27	27	1.96
97805680--97805780	29	3.5	29	78	6	107	29	14	27	27	1.96
97809890--97809938	25	1.9	26	87	4	73	59	8	8	24	1.54
97822225--97822375	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
97822262--97822391	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
97822224--97822391	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
97825460--97825625	40	4.2	40	92	0	271	26	27	22	23	1.99
97827063--97827105	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
97827063--97827101	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
97839866--97839955	37	2.4	37	86	0	117	40	16	16	26	1.90
97842441--97842576	43	3.2	43	75	13	118	33	23	16	25	1.96
97842441--97842562	43	2.9	43	75	14	126	33	23	16	26	1.96
97852572--97852614	22	2.0	22	100	0	86	51	20	4	23	1.66
97860134--97860160	8	3.4	8	100	0	54	77	11	11	0	0.99
97864482--97864599	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
97864450--97864613	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
97872052--97872169	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
97872020--97872183	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97883201--97883365	56	2.9	56	92	0	276	33	29	16	20	1.94
97884232--97884262	16	1.9	16	100	0	62	0	19	3	77	0.90
97884323--97884399	31	2.6	28	76	21	70	53	1	2	42	1.23
97884862--97884904	12	3.5	12	84	15	61	41	16	11	30	1.83
97885338--97885385	17	2.8	17	90	0	78	20	41	20	16	1.90
97886290--97886323	12	2.8	12	95	0	59	11	32	23	32	1.91
97887343--97887410	30	2.3	29	94	2	118	23	16	25	35	1.95
97894156--97894186	16	1.9	16	100	0	62	35	19	12	32	1.90
97900087--97900254	88	1.9	89	83	3	223	29	15	29	26	1.96
97908223--97908263	13	3.2	13	96	0	73	17	31	31	19	1.95
97917747--97917931	79	2.3	81	83	7	227	23	27	24	24	2.00
97917740--97917931	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
97925788--97925972	79	2.3	82	83	7	229	23	27	24	24	2.00
97925781--97925972	40	4.8	39	76	8	163	23	28	23	24	2.00
97929002--97929172	46	3.7	46	76	10	159	30	19	26	22	1.98
97933308--97933518	46	4.5	47	77	12	175	28	17	29	24	1.97
97933349--97933566	47	4.6	48	70	12	132	27	16	31	24	1.96
97933305--97933550	94	2.6	93	77	11	222	29	17	29	24	1.97
97940942--97941106	40	4.1	40	79	4	170	24	27	21	25	1.99
97940942--97941106	81	2.0	80	81	3	188	24	27	21	25	1.99
97944235--97944264	12	2.6	12	94	5	53	16	6	0	76	0.99
97950587--97950643	14	4.0	15	82	8	75	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97950580--97950633	25	2.3	22	84	12	72	0	27	0	72	0.85
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97958105--97958249	43	3.4	42	78	7	123	29	26	19	24	1.98
97962247--97962397	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
97962283--97962413	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
97977390--97977581	40	4.8	39	83	5	181	24	23	28	23	2.00
97977390--97977581	79	2.4	81	83	6	232	24	23	28	23	2.00
97977390--97977607	79	2.7	78	78	7	199	25	22	27	24	2.00
97983285--97983420	43	3.2	42	73	10	114	30	26	19	23	1.98
97984585--97984613	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
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98002025--98002115	23	3.8	24	74	11	80	36	18	19	25	1.95
98002036--98002124	23	3.8	23	72	7	72	33	19	20	26	1.96
98005271--98005321	26	2.0	26	92	0	84	50	5	11	31	1.62
98007911--98007961	26	2.0	26	92	0	84	60	5	5	27	1.43
98008270--98008374	50	2.1	52	92	3	178	51	4	10	33	1.57
98014732--98014904	27	6.4	27	87	2	249	29	25	6	38	1.82
98014732--98014904	81	2.1	81	92	2	285	29	25	6	38	1.82
98014718--98015057	27	12.7	26	75	9	130	35	23	7	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98014894--98014994	52	1.9	53	83	2	132	37	21	8	31	1.85
98015042--98015352	27	11.3	27	84	6	356	35	20	19	23	1.96
98015015--98015190	54	3.3	53	84	4	167	37	21	18	22	1.94
98015050--98015317	143	1.9	143	89	1	421	35	21	20	23	1.96
98015094--98015267	89	2.0	89	96	0	321	35	21	21	21	1.96
98015067--98015294	116	2.0	116	89	0	348	36	20	20	22	1.95
98015778--98015839	22	2.8	23	76	13	67	17	20	24	37	1.94
98016000--98016101	27	3.8	27	81	5	116	20	21	21	36	1.95
98016258--98016383	6	20.8	6	79	13	143	19	18	14	48	1.81
98016233--98016383	30	5.2	30	80	14	165	18	18	15	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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