genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  176  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48904681--48904852	46	3.7	46	75	13	163	30	27	19	22	1.98
48907248--48907286	15	2.6	15	87	0	51	58	10	17	12	1.61
48912277--48912592	47	6.7	45	69	18	180	28	20	27	23	1.99
48912229--48912588	94	3.8	95	76	8	270	28	20	27	23	1.99
48915180--48915323	39	3.7	39	88	0	225	22	29	21	27	1.99
48915166--48915322	78	2.0	79	91	1	253	24	29	21	25	1.99
48918719--48918790	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
48926631--48926702	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
48932757--48932905	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
48932798--48932905	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
48940065--48940213	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
48940106--48940213	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
48944336--48944407	28	2.5	28	88	6	101	26	26	16	30	1.97
48947692--48947792	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
48955630--48955730	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
48964664--48964764	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
48972593--48972745	39	3.9	39	86	0	207	23	29	21	25	1.99
48972562--48972744	78	2.3	79	87	3	253	23	28	22	25	1.99
48974029--48974143	47	2.5	46	84	7	144	27	27	9	34	1.88
48976688--48976728	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
48977683--48977955	40	6.9	40	95	1	471	27	29	21	21	1.98
48977683--48977952	117	2.3	119	94	2	472	27	30	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48980339--48980423	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
48980494--48980602	47	2.3	46	87	7	150	27	29	10	33	1.89
48982947--48982974	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
48983161--48983201	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
48987846--48987966	47	2.6	47	79	11	140	29	17	29	23	1.97
48987949--48987999	25	2.0	26	92	3	86	27	25	29	17	1.98
48996514--48996683	46	3.7	45	75	13	157	24	17	25	31	1.97
49002936--49003118	40	4.6	40	92	4	282	24	27	22	24	2.00
49007404--49007576	46	3.8	44	76	13	161	21	19	28	30	1.98
49007399--49007569	93	1.8	93	88	0	261	21	19	28	29	1.98
49011200--49011338	43	3.3	42	79	11	149	29	25	18	25	1.98
49015649--49015795	51	2.9	51	92	2	242	28	25	13	32	1.94
49015831--49015877	24	2.0	24	95	0	85	27	19	14	38	1.91
49024188--49024272	43	2.0	43	100	0	170	30	18	12	37	1.89
49025104--49025223	44	2.6	47	74	7	122	25	20	30	25	1.99
49026877--49027095	49	4.4	49	78	5	251	28	26	18	25	1.98
49026877--49027095	101	2.2	98	83	4	269	28	26	18	25	1.98
49027348--49027401	27	2.0	27	88	0	81	38	16	7	37	1.77
49032602--49032689	43	2.0	43	95	0	158	38	12	12	36	1.81
49035026--49035153	51	2.6	49	87	2	175	28	25	19	26	1.99
49035030--49035153	49	2.5	51	86	2	171	29	25	19	26	1.98
49035411--49035464	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49037621--49037646	13	2.0	13	100	0	52	38	23	38	0	1.55
49041678--49041762	24	3.5	24	87	3	118	25	18	23	31	1.97
49050978--49051057	39	2.1	38	92	0	115	25	27	23	23	2.00
49055842--49056062	49	4.6	49	79	9	217	28	19	29	23	1.98
49055834--49056062	94	2.4	94	83	8	266	27	19	29	23	1.98
49056975--49057000	13	2.0	13	100	0	52	38	15	46	0	1.46
49061935--49062102	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
49069946--49070112	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
49071928--49071952	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
49072668--49072885	47	4.7	47	76	11	184	27	18	29	24	1.98
49076964--49077024	30	2.0	30	100	0	122	26	26	24	22	2.00
49078026--49078141	43	2.7	43	84	7	139	32	27	16	23	1.96
49083541--49083757	40	5.6	40	90	5	320	25	25	23	24	2.00
49083541--49083757	77	2.8	80	90	3	327	25	25	23	24	2.00
49083541--49083757	117	1.8	118	88	4	332	25	25	23	24	2.00
49089673--49089849	40	4.4	40	82	4	216	26	27	22	24	2.00
49097658--49097785	40	3.2	40	81	5	161	27	27	21	23	1.99
49101983--49102201	40	5.6	40	90	2	309	26	25	22	25	2.00
49108172--49108301	40	3.2	40	74	14	133	23	28	23	23	2.00
49108188--49108337	80	1.9	80	82	8	189	22	26	24	26	2.00
49113914--49114043	43	3.0	43	77	2	136	22	17	26	33	1.96
49116041--49116183	40	3.6	40	90	7	213	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49124024--49124327	40	7.6	40	92	2	479	24	22	26	26	2.00
49124024--49124327	81	3.8	81	92	1	499	24	22	26	26	2.00
49127721--49127836	45	2.6	45	82	8	146	17	18	18	45	1.85
49130114--49130165	22	2.4	21	78	18	54	59	9	7	23	1.54
49131352--49131434	42	2.0	42	83	9	107	19	30	24	26	1.98
49133094--49133192	49	2.0	49	100	0	198	34	10	16	39	1.82
49135484--49135613	40	3.3	39	83	4	154	23	27	25	23	2.00
49135500--49135634	40	3.4	40	82	2	119	22	26	24	26	2.00
49143324--49143537	40	5.4	39	89	4	261	24	25	22	28	2.00
49143340--49143537	80	2.5	80	86	8	294	24	25	21	28	1.99
49150118--49150259	40	3.6	40	91	6	220	24	22	27	25	2.00
49158176--49158358	40	4.6	40	93	4	291	25	22	26	25	2.00
49161230--49161303	37	2.0	37	97	0	139	17	28	8	45	1.77
49166052--49166222	93	1.8	93	93	0	297	21	22	28	28	1.99
49166056--49166227	46	3.7	46	77	13	199	21	22	27	28	1.99
49167092--49167136	21	2.1	21	83	0	54	48	2	2	46	1.26
49167581--49167758	67	2.7	67	80	8	186	21	30	14	33	1.93
49176314--49176526	40	5.3	40	87	2	284	25	25	22	26	2.00
49180546--49180580	17	2.1	17	88	0	52	28	31	25	14	1.95
49185377--49185405	14	2.0	15	93	6	51	3	0	55	41	1.17
49186843--49186887	23	1.9	24	86	4	65	26	4	46	22	1.70
49186915--49186954	18	2.2	18	90	0	62	20	20	17	42	1.89
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49206507--49206670	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
49206507--49206704	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
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49227082--49227168	26	3.3	26	70	9	70	16	29	22	31	1.96
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49247903--49248066	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
49247903--49248100	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
49253987--49254150	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
49253987--49254184	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49256984--49257098	27	4.3	27	79	2	70	31	24	7	36	1.84
49256984--49257098	54	2.1	54	82	3	142	31	24	7	36	1.84
49257001--49257113	27	4.2	27	84	0	163	27	23	8	40	1.84
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49257515--49257593	27	3.0	26	85	5	95	21	18	22	36	1.95
49257681--49257739	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
49257904--49257972	27	2.5	28	83	4	79	20	24	18	36	1.95
49258095--49258178	6	13.8	6	76	16	84	20	17	13	48	1.80
49258095--49258161	25	2.7	25	90	6	102	20	17	13	47	1.81
49258095--49258199	24	4.3	23	80	12	104	20	18	13	48	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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