genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  135  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35688074--35688257	67	2.8	64	75	13	171	28	16	29	25	1.96
35691071--35691124	27	2.0	27	100	0	108	25	11	18	44	1.83
35704183--35704215	17	2.0	17	88	5	50	54	0	9	36	1.32
35706398--35706448	22	2.3	22	96	0	93	19	25	11	43	1.85
35715130--35715199	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
35718093--35718153	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
35718888--35719071	67	2.8	64	75	11	178	28	16	30	24	1.96
35720992--35721174	39	4.7	39	94	0	321	26	20	29	22	1.99
35728095--35728277	39	4.7	39	94	0	321	26	20	29	22	1.99
35731950--35731990	16	2.4	16	88	8	55	60	2	4	31	1.30
35732713--35732754	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
35732818--35732875	30	2.0	30	82	3	73	46	12	8	32	1.71
35739052--35739126	35	2.1	34	97	0	123	40	17	5	37	1.72
35740390--35740436	18	2.3	21	75	20	55	42	2	4	51	1.33
35741883--35742132	40	6.3	41	80	5	221	26	25	22	25	2.00
35741883--35742132	80	3.2	80	82	5	249	26	25	22	25	2.00
35750122--35750371	40	6.3	40	77	9	201	27	25	22	24	2.00
35750122--35750371	80	3.2	79	80	6	265	27	25	22	24	2.00
35776569--35776758	39	4.8	40	84	5	233	25	22	27	25	2.00
35776569--35776758	79	2.4	79	84	5	240	25	22	27	25	2.00
35776569--35776799	39	5.8	39	80	10	195	26	22	26	23	2.00
35776569--35776799	79	2.9	79	79	9	238	26	22	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35783442--35783605	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
35785417--35785464	21	2.3	21	88	0	78	22	12	27	37	1.90
35787095--35787154	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
35796259--35796468	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
35804394--35804603	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
35810329--35810436	43	2.5	43	76	5	128	30	25	15	27	1.96
35814716--35814983	49	5.5	49	96	0	491	32	9	28	30	1.88
35815087--35815206	37	3.2	37	90	4	197	25	16	33	25	1.96
35816896--35816998	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
35824330--35824496	43	3.9	43	74	6	142	29	25	16	28	1.96
35827717--35827809	25	3.8	25	77	16	104	23	22	20	33	1.97
35832828--35832911	42	2.0	42	97	0	159	47	15	9	27	1.76
35832830--35832924	42	2.3	42	90	1	147	49	15	6	28	1.69
35832948--35832994	19	2.5	19	93	3	78	42	12	6	38	1.69
35836599--35836638	21	1.9	21	85	10	55	22	2	25	50	1.62
35848167--35848241	38	2.0	38	100	0	150	36	18	18	26	1.94
35853897--35853977	42	1.9	42	82	5	101	19	29	30	19	1.97
35859047--35859106	29	2.1	29	96	0	111	36	13	11	38	1.81
35860141--35860224	41	2.0	41	97	0	159	29	23	14	32	1.94
35860448--35860502	27	2.0	27	96	0	101	65	7	20	7	1.41
35863529--35863585	21	2.5	25	75	24	79	61	8	19	10	1.54
35863537--35863590	21	2.6	21	100	0	108	59	9	18	12	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35865522--35865555	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
35865678--35865741	30	2.1	31	88	8	96	57	9	3	29	1.45
35865772--35865802	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
35866215--35866327	29	3.8	29	75	9	95	37	7	7	46	1.62
35875491--35875543	19	2.7	19	75	11	54	54	1	1	41	1.22
35875512--35875596	10	8.9	10	73	12	54	58	1	1	38	1.13
35875516--35875598	27	3.0	27	76	11	80	59	1	1	38	1.13
35875537--35875607	37	1.9	36	88	2	106	60	2	1	35	1.20
35876816--35876848	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
35883154--35883198	15	3.0	14	87	9	54	20	2	0	77	0.87
35883172--35883220	20	2.5	20	89	0	71	24	4	0	71	1.03
35883156--35883220	20	3.0	22	78	21	66	21	4	0	73	1.00
35893343--35893388	20	2.3	22	75	21	55	47	2	0	50	1.13
35893350--35893387	10	3.9	10	82	3	51	55	2	0	42	1.14
35898691--35898727	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
35900664--35900763	40	2.5	40	86	3	139	26	22	26	26	2.00
35904233--35904587	46	7.7	46	90	1	462	38	16	24	20	1.92
35904189--35904587	183	2.2	176	83	4	485	38	16	24	21	1.93
35904238--35904617	137	2.8	136	84	5	363	38	15	24	21	1.92
35908800--35908846	24	2.0	24	86	0	67	40	17	23	19	1.91
35908790--35908933	74	1.9	75	79	9	161	38	21	22	17	1.93
35908787--35908947	25	6.5	26	73	12	88	39	21	22	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35912334--35912367	9	3.8	9	88	0	50	17	0	38	44	1.49
35914743--35914928	93	2.0	93	95	0	336	37	3	17	42	1.65
35916047--35916124	20	3.8	20	75	14	63	15	32	20	32	1.94
35916065--35916125	20	3.0	21	81	15	74	16	32	21	29	1.95
35919276--35919460	40	4.6	40	83	2	237	25	23	26	24	2.00
35920718--35921731	506	2.0	506	99	0	1992	25	20	18	35	1.95
35924293--35924372	40	2.0	40	100	0	160	42	15	15	27	1.86
35926781--35926946	44	3.8	44	79	9	189	30	25	18	25	1.98
35940962--35940998	17	2.1	18	90	5	58	29	2	8	59	1.40
35942458--35942633	46	3.8	46	79	10	205	21	19	29	30	1.97
35942455--35942624	93	1.8	93	94	0	304	21	20	28	29	1.98
35945289--35945330	20	2.1	20	86	8	59	52	9	9	28	1.65
35946060--35946131	32	2.2	32	85	4	92	34	37	19	8	1.82
35950811--35950885	39	1.9	39	86	5	107	29	14	25	30	1.95
35966881--35967203	50	6.6	49	80	10	261	24	30	19	25	1.98
35966876--35967200	145	2.2	147	86	3	442	24	30	19	25	1.98
35966923--35967214	50	5.9	50	84	7	375	23	29	19	27	1.98
35971162--35971207	22	2.0	23	87	4	67	47	0	6	45	1.28
35971378--35971434	28	2.0	28	86	6	80	56	7	0	36	1.27
35972887--35972936	15	3.3	15	75	10	57	46	0	0	54	1.00
35972870--35972936	30	2.2	31	83	2	91	47	1	0	50	1.10
35972895--35972942	17	2.6	18	80	16	53	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35973025--35973054	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
35973036--35973110	30	2.6	29	80	16	75	54	0	2	42	1.14
35973094--35973119	6	4.3	6	100	0	52	61	0	0	38	0.96
35978377--35978504	44	2.9	42	76	13	123	28	16	29	25	1.97
35978540--35978645	45	2.3	45	87	6	151	33	12	28	25	1.92
35978405--35978792	138	2.8	131	76	12	336	29	17	28	24	1.97
35978299--35978870	47	12.4	47	71	13	225	30	17	29	23	1.97
35978299--35978870	93	6.2	92	72	12	325	30	17	29	23	1.97
35981643--35981760	38	3.2	38	65	26	99	55	7	3	33	1.45
35981619--35981765	72	2.0	72	94	0	258	53	6	3	36	1.45
35983354--35983561	40	5.1	40	85	3	211	38	19	22	20	1.94
35983385--35983561	81	2.2	81	86	2	241	36	20	22	19	1.95
35984612--35984702	16	6.1	15	82	6	60	52	0	3	43	1.17
35984658--35984703	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
35986391--35986567	40	4.5	40	88	2	225	24	23	26	25	2.00
35990223--35990335	39	2.9	40	89	8	173	39	20	11	28	1.87
35994083--35994152	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
36000615--36000684	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
36013473--36013501	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
36014644--36014681	19	2.0	20	89	5	60	76	2	0	21	0.91
36016679--36016822	55	2.6	55	78	0	153	13	28	29	27	1.95
36030377--36030511	40	3.4	39	79	4	135	25	22	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36043829--36043926	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
36045576--36045607	15	2.1	15	94	0	55	12	28	6	53	1.62
36045745--36045789	22	2.0	22	100	0	90	17	8	8	64	1.47
36046287--36046328	19	2.3	18	84	12	50	64	4	9	21	1.42
36046901--36046936	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
36046990--36047048	24	2.5	24	94	5	102	45	0	37	16	1.48
36049408--36049533	49	2.6	49	83	3	146	22	26	21	30	1.99
36049553--36049672	48	2.5	48	86	8	156	25	25	19	30	1.98
36049729--36049761	16	2.1	16	100	0	66	24	36	12	27	1.91
36055567--36055595	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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