genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  209  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58293756--58293785	8	3.6	8	95	4	51	26	0	13	60	1.34
58296572--58296654	27	3.1	26	86	5	112	19	22	21	36	1.95
58304369--58304444	27	2.8	27	88	4	100	21	26	19	32	1.97
58310264--58310354	31	3.0	30	73	13	78	40	13	10	35	1.79
58311640--58312316	295	2.3	298	82	6	795	34	14	10	40	1.81
58314704--58314733	15	1.9	16	93	6	53	10	13	3	73	1.21
58315791--58315818	11	2.5	11	100	0	56	21	0	10	67	1.20
58316870--58316950	40	2.0	40	100	0	162	39	24	12	23	1.89
58319886--58319925	21	1.9	21	89	0	62	35	25	12	27	1.92
58326319--58326470	38	3.9	38	79	10	139	21	21	26	30	1.99
58326319--58326470	78	1.9	78	83	7	193	21	21	26	30	1.99
58326597--58326631	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
58330775--58330832	30	1.9	30	93	6	100	39	20	6	32	1.79
58330783--58330832	18	3.1	18	68	31	58	42	22	6	30	1.77
58336435--58336484	25	2.0	25	100	0	100	44	12	16	28	1.83
58341442--58341648	53	3.8	53	78	4	191	39	16	22	21	1.92
58345147--58345355	55	3.9	54	78	8	210	24	23	16	35	1.95
58346794--58346879	28	3.0	28	86	3	118	29	27	13	29	1.95
58353429--58353635	53	3.8	53	74	5	173	38	18	22	20	1.94
58356588--58356674	35	2.5	34	81	7	86	36	14	9	39	1.79
58357007--58357049	3	14.3	3	87	0	50	41	2	0	55	1.12
58358921--58358984	33	1.9	33	93	0	110	31	17	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58359601--58359632	17	1.9	16	93	6	55	12	12	21	53	1.71
58366783--58366812	15	2.0	15	100	0	60	26	0	53	20	1.46
58378870--58378956	44	2.0	44	97	0	165	34	5	22	36	1.78
58380647--58380688	21	2.0	21	85	0	57	33	21	14	30	1.93
58382192--58382284	40	2.3	41	82	8	104	26	15	30	27	1.96
58390269--58390349	42	1.9	42	82	5	101	19	29	27	23	1.98
58392203--58392310	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58400302--58400450	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58400343--58400450	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58402568--58402611	21	2.1	21	86	0	61	29	27	13	29	1.94
58402589--58402799	46	4.5	49	79	12	176	26	27	16	29	1.97
58402589--58402855	46	5.6	46	73	19	149	26	26	16	29	1.97
58415914--58415958	23	2.0	23	95	0	81	26	20	8	44	1.80
58418506--58418542	18	2.1	19	85	10	51	13	37	29	18	1.90
58426435--58426603	46	3.7	46	80	10	218	24	20	26	28	1.99
58426431--58426600	93	1.8	92	97	1	322	24	20	26	28	1.99
58431881--58432090	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
58440003--58440212	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
58446427--58446558	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
58448464--58448671	40	5.2	39	81	1	191	25	25	21	27	1.99
58448464--58448669	80	2.6	81	82	3	229	25	25	21	27	2.00
58455707--58455911	80	2.6	81	83	4	238	24	25	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58455723--58455911	40	4.8	40	84	3	211	23	25	23	27	2.00
58459595--58459724	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
58470802--58470830	15	2.0	15	93	6	51	0	13	0	86	0.58
58477041--58477149	41	2.6	43	82	8	134	29	26	16	27	1.97
58477017--58477175	43	3.7	43	79	3	169	29	23	15	30	1.96
58478849--58478882	13	2.4	14	90	9	52	50	2	17	29	1.61
58478935--58479057	9	14.0	9	75	9	85	43	17	1	36	1.59
58478958--58479057	45	2.3	45	91	5	161	44	18	1	37	1.56
58484884--58485065	27	6.8	27	85	2	206	38	15	13	32	1.86
58485024--58485079	27	2.1	27	83	6	69	37	17	16	28	1.91
58489177--58489245	24	2.9	24	85	8	88	8	18	17	55	1.67
58493206--58493232	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
58495997--58496079	27	3.3	27	61	22	70	37	3	25	33	1.73
58495971--58496271	49	6.1	49	94	2	532	34	7	26	30	1.85
58495971--58496291	148	2.2	149	94	0	563	34	8	26	30	1.86
58498268--58498551	40	7.1	40	93	0	444	27	19	26	27	1.99
58498268--58498551	119	2.4	120	90	0	453	27	19	26	27	1.99
58501764--58501895	29	4.6	29	79	1	122	23	17	34	25	1.96
58509696--58509827	29	4.6	29	79	1	122	23	17	34	25	1.96
58520580--58520732	40	3.8	40	81	7	184	24	26	22	25	2.00
58520580--58520730	80	1.9	81	87	4	225	24	27	23	25	2.00
58521431--58521462	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58526130--58526221	23	3.7	26	81	11	95	27	30	15	27	1.96
58526133--58526199	27	2.6	24	86	9	80	28	28	14	28	1.96
58528654--58528720	30	2.3	29	92	2	107	32	25	14	26	1.95
58535695--58535795	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
58538736--58538769	17	2.0	17	100	0	68	23	23	35	17	1.95
58538753--58539162	49	8.7	49	87	6	591	29	9	32	28	1.89
58538795--58539160	47	8.0	40	79	14	194	29	9	32	28	1.89
58538842--58539177	47	7.0	47	91	0	492	30	9	31	28	1.89
58541750--58542092	40	8.6	40	91	0	544	24	20	27	27	1.99
58545071--58545551	49	10.0	49	92	1	769	30	9	31	29	1.88
58547629--58547706	40	2.0	40	97	0	147	26	1	30	41	1.64
58555109--58555134	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58555514--58555627	27	4.2	27	85	2	149	25	19	18	36	1.94
58555514--58555627	54	2.1	54	88	0	165	25	19	18	36	1.94
58564014--58564122	37	2.9	37	93	0	173	27	30	18	23	1.98
58564268--58564452	48	3.8	48	90	4	291	31	27	6	35	1.82
58564268--58564451	98	1.9	97	91	4	300	30	27	6	35	1.82
58564422--58564614	47	4.1	47	89	0	280	26	29	10	33	1.90
58572435--58572569	45	3.0	45	87	0	198	22	22	28	27	1.99
58579525--58579604	26	3.2	26	63	22	62	27	16	26	30	1.97
58579518--58579696	98	1.8	99	90	1	288	26	17	26	29	1.97
58579518--58579709	49	3.9	49	84	2	251	27	17	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58581411--58581470	14	4.3	14	82	0	75	35	5	33	26	1.78
58586472--58586556	19	4.6	18	73	16	57	48	12	18	20	1.81
58586472--58586556	6	13.8	6	77	14	75	48	12	18	20	1.81
58586478--58586556	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
58586674--58586733	27	2.3	26	85	2	75	35	18	21	25	1.96
58587071--58587481	27	15.2	27	83	0	435	40	7	21	31	1.80
58587444--58587627	27	6.8	26	83	7	172	29	8	21	39	1.83
58587405--58587580	81	2.2	81	78	8	189	33	9	19	37	1.84
58587443--58587627	81	2.3	82	81	7	200	30	8	21	39	1.83
58589478--58589571	6	15.3	6	75	16	86	48	14	17	19	1.81
58589489--58589571	37	2.2	37	89	0	121	49	14	16	19	1.80
58589792--58589843	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
58591413--58591594	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
58591411--58591594	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
58599447--58599669	40	5.7	40	85	6	287	25	26	22	25	2.00
58599447--58599669	117	1.9	120	85	6	312	25	26	22	25	2.00
58601387--58601688	27	11.2	27	83	2	365	41	6	21	30	1.78
58601387--58601688	81	3.7	81	85	4	412	41	6	21	30	1.78
58601680--58601786	27	4.0	27	82	4	119	29	11	21	37	1.88
58601680--58601785	54	2.0	54	83	7	135	29	11	21	37	1.88
58601677--58601805	27	4.8	26	81	5	114	31	10	22	35	1.89
58601767--58601832	27	2.4	27	84	0	78	30	10	21	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58603913--58604084	46	3.7	46	76	10	188	29	27	20	22	1.98
58603920--58604091	93	1.8	93	91	0	281	28	27	21	22	1.99
58609980--58610102	46	2.6	48	83	2	151	30	18	29	21	1.97
58610121--58610252	49	2.7	49	77	5	124	28	21	26	22	1.99
58609984--58610246	142	1.9	138	81	6	314	27	19	28	23	1.99
58615686--58615751	10	6.5	10	76	1	60	22	25	18	33	1.97
58615686--58615751	20	3.2	20	89	2	96	22	25	18	33	1.97
58616706--58616768	30	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
58616960--58617102	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
58616960--58617101	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444