genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  154  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41894766--41894890	27	4.7	27	81	4	146	41	19	15	24	1.89
41894766--41894868	52	2.0	52	92	0	170	39	20	16	23	1.92
41898198--41898232	18	1.9	18	94	0	61	48	17	17	17	1.81
41898549--41898658	27	4.0	27	77	11	105	40	16	16	27	1.89
41898549--41898658	57	2.0	55	80	8	125	40	16	16	27	1.89
41901288--41901358	36	2.0	36	83	5	90	40	9	22	26	1.85
41903371--41903415	18	2.3	20	81	7	58	44	8	0	46	1.34
41905340--41905396	19	3.0	19	87	5	80	38	0	5	56	1.22
41905335--41905401	19	3.6	19	84	7	77	38	0	4	56	1.19
41909298--41909375	38	2.1	38	97	0	147	48	15	11	24	1.78
41913025--41913077	26	2.0	26	85	0	70	56	5	13	24	1.58
41913970--41914501	28	19.2	28	71	5	220	26	14	29	28	1.95
41914080--41914245	83	2.0	82	82	1	197	26	15	29	28	1.96
41914338--41914497	83	1.9	82	81	7	189	23	11	33	31	1.91
41914709--41914930	81	2.8	81	88	2	313	31	22	13	32	1.92
41916772--41916828	29	2.0	29	96	0	105	31	15	21	31	1.94
41916718--41917164	150	3.0	149	91	1	704	36	20	11	31	1.88
41916922--41916978	29	2.0	29	89	0	87	35	12	21	31	1.90
41917066--41917124	29	2.0	29	90	0	91	33	20	20	25	1.97
41918750--41918879	40	3.3	40	87	5	176	24	29	22	23	1.99
41926789--41926918	40	3.3	40	87	5	176	24	29	22	23	1.99
41938151--41938188	13	3.1	13	92	7	62	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41946129--41946161	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
41948150--41948196	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
41948598--41948664	31	2.2	31	88	0	98	44	11	10	32	1.75
41949295--41949339	20	2.3	20	88	3	65	42	0	4	53	1.21
41958210--41958234	11	2.3	11	100	0	50	24	12	24	40	1.88
41958410--41958496	42	2.0	43	95	2	158	37	4	19	37	1.73
41960300--41960432	68	1.9	69	92	1	223	40	3	5	51	1.40
41962524--41962683	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
41962524--41962683	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
41975324--41975496	46	3.7	46	76	17	196	21	17	28	31	1.97
41975318--41975487	93	1.8	93	94	2	306	21	18	28	31	1.97
41976928--41976958	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
41980465--41980687	46	4.9	46	80	4	245	33	24	16	25	1.96
41980464--41980687	92	2.5	91	84	5	283	33	24	16	25	1.96
41981504--41981558	20	2.8	19	76	15	58	45	7	1	45	1.41
41983753--41983814	30	2.1	30	87	0	88	30	16	16	37	1.90
41985069--41985110	14	2.9	14	82	3	57	21	0	19	59	1.38
41989497--41989552	29	1.9	29	85	0	76	17	17	35	28	1.93
41989508--41989594	41	2.1	41	82	2	113	17	18	37	26	1.92
41989602--41989659	24	2.4	24	82	5	73	17	17	41	24	1.90
41992372--41992555	40	4.6	40	89	3	257	22	22	28	26	1.99
41999714--41999896	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42003473--42003650	40	4.5	40	89	3	245	24	23	28	23	2.00
42005450--42005662	47	4.7	47	78	15	216	24	27	17	30	1.97
42005457--42005626	88	1.9	88	96	2	315	25	29	15	30	1.96
42005676--42005804	47	2.7	47	78	14	149	22	30	19	27	1.98
42007315--42007349	18	1.9	18	88	0	52	25	14	20	40	1.90
42007346--42007401	24	2.3	24	84	0	76	39	1	14	44	1.55
42007606--42007655	19	2.7	18	81	9	55	14	4	18	64	1.44
42008335--42008391	28	2.0	28	86	0	78	22	24	21	31	1.98
42009877--42009918	22	1.9	22	85	9	59	30	38	0	30	1.58
42012751--42012933	40	4.6	39	74	8	129	26	23	27	22	1.99
42025269--42025352	22	3.7	22	80	6	87	23	23	19	33	1.97
42038631--42038695	32	2.0	32	100	0	130	15	27	15	41	1.87
42049876--42049978	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
42055388--42055431	18	2.4	18	100	0	88	31	0	29	38	1.58
42055485--42055771	47	6.1	47	87	4	380	32	11	30	26	1.91
42055562--42055634	23	3.2	22	64	21	60	30	13	32	23	1.93
42055514--42055771	140	1.8	143	88	5	398	31	12	30	24	1.93
42055745--42055881	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
42057368--42057538	40	4.3	40	97	0	315	26	19	26	26	1.99
42057368--42057563	80	2.5	80	91	2	288	27	20	25	27	1.99
42057570--42057695	57	2.2	57	80	9	150	21	19	30	27	1.98
42061222--42061604	47	8.1	47	90	2	532	32	10	29	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42061578--42061714	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
42065007--42065065	27	2.3	25	80	8	73	40	3	18	37	1.68
42078206--42078394	40	4.7	39	86	5	211	28	25	21	24	1.99
42085902--42086127	40	5.7	40	92	5	329	26	27	22	23	1.99
42085921--42086127	78	2.6	80	91	5	325	27	27	22	23	1.99
42092306--42092447	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
42092345--42092473	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
42096792--42096971	54	3.3	53	79	7	184	40	17	15	27	1.89
42096792--42096972	27	6.7	27	71	7	134	40	17	15	27	1.89
42097257--42097343	20	4.3	20	88	0	120	20	28	27	22	1.99
42097457--42097495	16	2.4	16	82	0	51	10	30	12	46	1.75
42098523--42098548	10	2.6	10	100	0	52	42	23	0	34	1.54
42099733--42099836	38	2.7	38	78	0	136	35	17	13	33	1.89
42102056--42102093	16	2.4	16	95	0	67	31	2	23	42	1.68
42107224--42107346	43	2.9	43	82	2	131	25	16	26	32	1.96
42108773--42108873	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
42116722--42116822	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
42131723--42131788	13	4.8	13	71	14	53	22	4	0	72	1.02
42138000--42138214	39	5.5	40	90	6	298	23	27	23	25	2.00
42146068--42146255	40	4.7	40	92	3	317	25	27	22	24	2.00
42146035--42146255	119	1.9	119	87	5	331	24	27	22	25	2.00
42149056--42149227	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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42156611--42156786	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
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42191973--42192029	29	2.0	29	86	6	82	1	19	1	77	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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42209090--42209272	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
42209091--42209307	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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