genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  69  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16340178--16340221	22	2.0	22	86	0	61	65	4	0	29	1.12
16340275--16340325	24	2.1	25	85	10	70	60	9	1	27	1.39
16341992--16342287	45	6.5	45	75	11	196	30	20	16	32	1.95
16342029--16342347	45	6.9	44	72	15	205	30	21	16	32	1.95
16350361--16350398	14	2.7	15	88	8	53	50	5	21	23	1.69
16354497--16354572	29	2.7	28	74	6	73	61	5	3	28	1.35
16354539--16354582	22	2.0	22	86	0	61	65	4	0	29	1.12
16354636--16354686	25	2.1	24	82	17	61	58	9	3	27	1.47
16360742--16360793	26	2.1	25	89	7	79	57	0	9	32	1.31
16365586--16365640	27	2.0	27	86	6	76	30	30	21	16	1.95
16371249--16371465	6	35.8	6	73	17	164	48	14	16	20	1.81
16371249--16371465	30	7.4	30	84	9	270	48	14	16	20	1.81
16371278--16371465	85	2.2	85	93	1	315	47	14	17	21	1.82
16371583--16371648	27	2.5	26	85	7	87	39	21	22	16	1.92
16371583--16371656	27	2.8	27	78	13	82	37	20	24	17	1.93
16371607--16371664	27	2.1	27	81	6	64	37	25	20	15	1.92
16371965--16372047	27	3.1	26	84	5	103	37	20	21	20	1.95
16372246--16372433	27	7.0	27	86	1	225	25	20	19	35	1.96
16372274--16372441	54	3.1	53	89	4	248	25	18	19	36	1.94
16372356--16372469	54	2.1	54	80	7	126	32	14	15	36	1.89
16372450--16372936	27	18.0	27	84	3	586	40	9	22	27	1.85
16378887--16378957	35	2.0	35	100	0	142	26	33	25	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16379926--16379985	10	6.0	10	81	11	61	25	8	1	65	1.30
16382371--16382488	56	2.1	56	87	3	166	27	24	18	28	1.98
16382444--16382680	48	5.0	48	78	2	253	27	27	19	25	1.99
16382444--16382680	95	2.5	95	81	6	273	27	27	19	25	1.99
16384118--16384144	14	1.9	14	100	0	54	29	14	0	55	1.40
16385073--16385121	23	2.1	23	100	0	98	34	4	26	34	1.76
16388748--16388791	15	2.9	16	80	10	56	54	0	9	36	1.32
16398614--16398656	13	3.5	13	75	12	54	72	0	16	11	1.13
16398603--16398656	24	2.2	24	96	0	99	70	0	18	11	1.16
16404365--16404429	34	2.0	32	85	11	87	50	9	15	24	1.73
16409807--16409900	26	3.6	26	76	2	80	57	8	5	28	1.50
16409915--16409967	27	2.0	27	85	3	72	60	0	1	37	1.08
16411421--16411478	24	2.3	26	79	5	66	18	1	25	53	1.54
16418503--16418538	4	9.2	4	87	6	56	75	0	2	22	0.94
16421208--16421383	46	3.8	46	81	10	223	19	21	29	28	1.98
16421206--16421375	93	1.8	93	94	0	304	20	22	29	28	1.98
16425277--16425327	20	2.5	20	87	0	66	13	29	35	21	1.92
16426117--16426276	52	3.1	52	81	4	162	30	26	17	26	1.97
16433471--16433630	52	3.1	52	82	4	180	30	26	16	26	1.97
16435259--16435295	17	2.1	18	90	10	58	56	13	0	29	1.37
16437439--16437492	3	18.0	3	88	0	81	66	5	0	27	1.13
16442150--16442187	18	2.2	17	90	4	58	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16442159--16442212	24	2.2	25	87	9	76	50	1	0	48	1.11
16445670--16445707	20	1.9	19	85	15	51	60	10	2	26	1.43
16445878--16445931	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
16446960--16447013	23	2.5	23	82	8	60	61	9	0	29	1.27
16447231--16447270	15	2.5	17	92	8	66	65	0	7	27	1.20
16447235--16447317	15	5.5	14	76	13	60	63	0	8	27	1.23
16447238--16447333	29	3.3	28	76	20	74	63	1	8	27	1.29
16452487--16452524	5	7.8	5	94	5	69	81	0	18	0	0.69
16454590--16454642	16	3.5	15	74	10	54	43	7	1	47	1.42
16467563--16467689	66	1.9	66	93	0	218	34	20	10	34	1.86
16467793--16468479	86	8.0	86	95	0	1198	34	22	23	19	1.97
16468442--16468878	43	10.0	43	74	8	321	37	22	18	21	1.95
16467747--16468851	258	4.2	259	85	5	1139	35	22	22	20	1.96
16467793--16468653	172	5.0	171	92	2	1135	34	22	23	19	1.96
16468484--16469039	132	4.2	132	82	6	655	36	21	19	21	1.95
16468659--16469039	87	4.3	87	71	9	252	37	20	19	22	1.95
16469053--16469322	68	4.0	68	82	2	344	26	22	21	29	1.99
16469067--16469324	137	1.9	136	87	0	381	26	22	22	27	1.99
16469478--16469733	88	2.9	88	94	1	435	30	18	25	26	1.98
16469376--16469785	132	3.1	131	83	6	443	31	17	24	26	1.97
16469376--16469790	44	9.4	44	74	9	317	30	17	24	26	1.97
16469375--16469778	220	1.8	220	92	1	684	30	17	24	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16469763--16469955	44	4.4	44	87	0	242	31	15	30	23	1.95
16476547--16476621	31	2.4	31	93	0	123	25	13	16	45	1.83
16477286--16477315	6	5.0	6	95	0	51	50	3	0	46	1.18
16478026--16478200	96	1.8	97	86	1	253	43	2	13	40	1.57
16478258--16478796	126	4.3	126	90	0	819	33	17	21	26	1.96
16479438--16479521	26	3.2	26	94	0	141	34	5	23	35	1.80
16484907--16485086	55	3.2	55	70	20	170	48	7	2	41	1.46
16484893--16485161	116	2.3	116	94	0	475	47	8	3	40	1.51
16485546--16485588	18	2.4	18	92	0	68	44	11	27	16	1.82
16485649--16485706	30	1.9	30	86	6	82	8	13	44	32	1.75
16487317--16487346	15	2.0	15	93	0	51	70	0	6	23	1.11
16487374--16487423	20	2.4	22	90	10	86	42	0	28	30	1.56
16487378--16487425	11	4.5	11	79	10	55	47	0	27	25	1.52
16494173--16494260	42	2.1	43	89	2	133	25	12	27	35	1.92
16500078--16500244	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
16500078--16500244	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
16501070--16501115	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
16510013--16510058	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
16517019--16517185	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
16517019--16517185	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
16518011--16518056	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
16521174--16521300	45	2.9	45	85	8	147	23	28	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16521691--16521968	38	7.3	38	84	4	371	29	25	22	22	1.99
16521702--16521968	77	3.5	75	88	5	351	28	25	22	22	1.99
16521690--16521968	115	2.4	115	86	3	375	29	25	22	22	1.99
16525479--16525614	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
16527102--16527154	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
16530146--16530185	18	2.2	18	86	0	53	22	17	12	47	1.81
16531366--16531391	10	2.6	10	100	0	52	80	0	0	19	0.71
16531371--16531422	22	2.3	23	83	9	63	67	1	0	30	1.02
16533564--16533660	42	2.3	42	78	1	104	26	18	23	30	1.98
16536090--16536184	42	2.2	42	81	1	109	26	18	24	30	1.98
16537730--16537802	3	25.0	3	71	15	55	35	2	1	60	1.20
16537739--16537793	20	2.7	20	81	16	67	38	3	1	56	1.28
16538086--16538129	8	5.1	8	79	15	52	79	0	6	13	0.92
16538083--16538129	13	3.5	13	80	5	58	78	0	6	14	0.93
16538759--16538860	45	2.3	45	82	3	116	23	17	17	41	1.90
16542900--16542932	16	2.1	16	100	0	66	24	12	36	27	1.91
16544917--16544985	20	3.5	20	77	13	72	39	1	1	57	1.16
16545266--16545312	13	3.5	14	82	5	62	76	0	8	14	1.01
16545270--16545324	18	3.1	18	81	2	58	74	1	10	12	1.15
16545935--16545959	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
16545937--16546043	45	2.4	45	85	3	144	22	18	17	41	1.91
16547825--16547875	23	2.2	23	82	6	59	43	3	1	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16547824--16547875	24	2.2	23	86	3	68	42	3	1	51	1.31
16547915--16547948	18	1.9	17	94	5	59	52	0	2	44	1.16
16560638--16560678	17	2.4	18	76	12	50	14	7	2	75	1.12
16562327--16562878	276	2.0	276	97	0	1032	28	21	12	37	1.90
16568197--16568240	20	2.4	18	88	11	63	0	34	0	65	0.93
16574792--16574848	25	2.4	25	85	5	82	52	19	17	10	1.73
16577032--16577094	25	2.5	25	76	2	63	34	12	4	47	1.63
16577466--16577493	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
16579199--16579500	144	2.1	144	91	1	480	23	22	19	34	1.97
16583043--16583081	3	13.3	3	83	5	53	66	2	2	28	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444