genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.358.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  358  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103898619--103898772	43	3.6	42	75	14	145	33	26	16	24	1.96
103902718--103902888	22	7.4	22	64	24	75	33	12	28	25	1.92
103902905--103902980	22	3.3	22	68	28	68	36	10	27	25	1.89
103902645--103902983	47	7.2	47	91	0	507	34	11	28	26	1.90
103902997--103903087	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
103911554--103911601	25	1.9	25	95	0	87	18	22	18	39	1.92
103912122--103912288	43	3.9	42	82	8	185	23	17	25	33	1.96
103914539--103914790	125	2.0	125	95	0	450	25	22	21	30	1.99
103916076--103916169	46	2.1	46	84	4	129	30	27	19	22	1.98
103918540--103918619	30	2.7	30	82	7	99	56	15	17	11	1.67
103918540--103918610	15	4.7	15	81	6	90	57	12	18	11	1.64
103918542--103918619	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
103921525--103921695	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	20	1.98
103921517--103921692	46	3.8	46	80	12	216	28	29	21	20	1.98
103929239--103929291	24	2.2	24	86	3	72	32	20	30	16	1.95
103929403--103929468	27	2.5	27	85	9	91	34	19	25	19	1.96
103933203--103933281	32	2.5	32	85	0	104	26	29	20	24	1.99
103946771--103946941	93	1.8	93	88	2	263	29	28	20	21	1.98
103946766--103946938	46	3.7	46	77	11	174	30	27	20	21	1.98
103955186--103955328	27	5.3	27	82	1	128	27	13	19	39	1.89
103955253--103955743	81	6.2	81	75	10	345	30	8	20	40	1.83
103955226--103955743	27	19.7	27	73	10	281	30	8	20	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103955490--103955624	49	2.8	48	88	4	198	29	8	23	38	1.84
103958814--103958872	16	3.7	16	88	0	82	52	18	16	11	1.74
103967311--103967356	19	2.5	19	86	6	60	43	8	0	47	1.34
103973477--103973576	50	2.0	50	96	0	182	32	24	12	32	1.91
103975539--103975736	30	6.5	30	75	9	154	37	12	26	23	1.90
103975542--103975766	91	2.5	90	81	4	238	36	12	26	24	1.91
103975514--103975809	121	2.5	120	82	3	355	36	13	25	24	1.92
103975514--103975785	30	9.0	29	73	10	138	36	12	25	25	1.92
103975728--103975796	30	2.3	30	87	5	95	37	11	26	24	1.89
103980476--103980629	39	3.9	39	90	0	227	24	19	31	24	1.98
103982182--103982377	39	5.0	39	89	1	268	28	18	30	22	1.98
103988555--103988612	23	2.5	23	88	0	89	29	31	27	12	1.92
103988705--103988767	28	2.2	28	94	0	108	17	42	22	17	1.89
103991821--103991951	29	4.5	29	86	0	154	23	34	16	25	1.95
104008839--104008878	21	1.9	21	85	10	55	22	2	0	75	0.93
104010671--104010716	20	2.3	20	92	0	74	34	10	15	39	1.82
104011046--104011224	40	4.4	39	80	9	164	26	15	25	32	1.95
104011046--104011224	81	2.2	80	82	6	200	26	15	25	32	1.95
104011046--104011224	41	4.4	41	80	5	177	26	15	25	32	1.95
104013582--104013751	67	2.6	64	73	14	152	22	30	17	29	1.97
104014467--104014527	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
104016898--104017031	39	3.4	39	91	4	207	23	27	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104019218--104019277	17	3.4	17	68	17	50	31	1	25	41	1.65
104019206--104019276	36	2.0	36	97	0	133	30	1	26	40	1.65
104028779--104028836	25	2.3	25	85	11	75	62	1	15	20	1.42
104030781--104030881	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
104038734--104038834	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
104041987--104042140	39	3.9	39	94	0	263	24	32	20	22	1.98
104051063--104051232	46	3.7	46	76	14	188	22	18	29	29	1.98
104051057--104051227	93	1.8	93	93	2	299	21	19	29	28	1.98
104055982--104056021	19	2.1	19	100	0	80	67	10	5	17	1.37
104056111--104056199	44	2.0	44	97	0	169	42	17	12	26	1.85
104056452--104056560	56	1.9	56	88	3	166	34	22	12	29	1.92
104057826--104057989	30	5.5	30	74	7	145	38	12	25	23	1.90
104057799--104058019	60	3.7	60	76	7	225	37	12	25	23	1.91
104057799--104058019	90	2.5	89	81	5	232	37	12	25	23	1.91
104057964--104058049	30	2.9	30	82	0	100	38	13	22	25	1.91
104060537--104060567	13	2.4	13	88	0	53	32	0	16	51	1.44
104065924--104065964	14	2.7	15	82	17	50	14	4	0	80	0.87
104065925--104065994	20	3.2	20	86	12	77	18	5	0	75	0.99
104065926--104065974	26	1.9	25	87	4	71	16	6	0	77	0.96
104068816--104068848	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
104087128--104087323	39	5.0	39	91	1	286	27	19	31	21	1.98
104092730--104092785	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104092730--104092785	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
104092835--104092943	25	4.4	25	86	6	134	29	18	22	29	1.97
104108478--104108510	14	2.4	14	94	0	57	48	24	9	18	1.76
104110713--104110864	51	2.9	50	83	5	126	17	21	38	23	1.93
104110731--104110864	51	2.6	51	88	2	189	17	21	37	23	1.94
104118212--104118341	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
104131118--104131247	40	3.2	40	81	4	156	22	23	28	25	1.99
104143913--104144011	28	3.5	28	84	4	101	28	27	15	29	1.96
104144112--104144144	16	2.0	17	88	5	50	36	24	0	39	1.56
104147180--104147309	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
104157617--104157747	40	3.3	40	86	4	149	26	25	19	27	1.99
104157645--104157802	40	4.0	40	85	6	180	26	25	20	27	1.99
104163034--104163198	46	3.6	45	76	15	165	23	27	19	29	1.98
104175568--104175640	24	3.0	24	83	4	92	28	32	15	23	1.95
104183241--104183314	24	3.0	24	84	4	94	28	33	14	22	1.94
104187109--104187143	16	2.1	18	89	10	56	28	17	0	54	1.43
104187988--104188065	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
104195818--104195895	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
104207902--104207970	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
104210320--104210363	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
104212152--104212220	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
104235988--104236069	40	2.0	40	95	0	146	35	12	25	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104235989--104236084	40	2.4	39	87	6	131	35	12	27	25	1.92
104247279--104247402	45	2.8	44	84	8	151	31	27	20	20	1.98
104247400--104247480	38	2.1	38	90	0	126	34	24	20	19	1.96
104248869--104248969	28	3.5	29	82	6	98	27	26	14	30	1.95
104250532--104250621	38	2.4	38	88	3	128	34	24	17	23	1.96
104252706--104252769	31	2.1	31	93	0	110	23	20	15	40	1.90
104252961--104253127	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
104252960--104253127	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
104253178--104253237	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
104253280--104253327	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
104254564--104254854	27	10.8	27	88	3	345	40	7	21	29	1.82
104254807--104255082	27	10.3	27	84	2	238	31	8	20	39	1.83
104254565--104254908	81	4.3	79	82	6	309	38	8	22	30	1.83
104254932--104255099	27	6.3	26	87	2	174	31	7	19	42	1.78
104257884--104257908	7	3.6	7	100	0	50	32	16	0	52	1.44
104257895--104257989	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
104258181--104258323	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
104258181--104258322	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
104258180--104258323	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
104258374--104258433	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
104258476--104258523	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
104259761--104260052	27	10.8	27	87	2	336	41	7	21	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104260005--104260278	27	10.3	27	83	3	236	31	8	20	39	1.83
104259762--104260052	81	3.6	81	85	4	372	41	7	21	29	1.81
104260130--104260296	52	3.2	52	88	5	212	31	7	18	42	1.77
104260130--104260295	27	6.3	26	85	3	172	31	7	18	42	1.77
104261677--104261725	2	25.0	2	91	4	82	48	0	0	51	1.00
104263986--104264039	24	2.2	24	84	12	67	29	38	16	14	1.89
104270877--104271064	40	4.7	39	85	2	223	33	26	20	19	1.96
104270877--104271064	80	2.4	79	87	2	261	33	26	20	19	1.96
104276619--104276720	40	2.5	39	85	7	132	31	26	18	23	1.98
104281693--104281725	11	2.8	12	86	4	50	42	18	0	39	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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