genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.409.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  409  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118883046--118883112	14	4.7	14	92	3	107	35	19	8	35	1.83
118883046--118883112	29	2.4	28	94	2	116	35	19	8	35	1.83
118884169--118884276	43	2.5	43	81	3	119	25	12	22	39	1.88
118892956--118892998	21	2.0	21	86	0	59	41	0	0	58	0.98
118895204--118895270	27	2.4	28	83	11	84	35	0	1	62	1.04
118895203--118895276	25	3.0	23	75	14	76	35	0	1	63	1.03
118895852--118895891	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
118896001--118896030	16	1.9	15	93	6	51	36	0	6	56	1.26
118896120--118896192	27	2.7	27	76	0	65	27	21	27	23	1.99
118896228--118896285	27	2.1	27	90	6	91	68	0	0	31	0.89
118897646--118897678	16	2.1	16	94	0	57	36	0	27	36	1.57
118897873--118897902	14	2.2	13	94	5	51	73	0	0	26	0.84
118897899--118897967	11	6.6	10	73	14	59	49	1	0	49	1.09
118897878--118897968	41	2.2	43	88	4	141	54	1	0	43	1.07
118897970--118898022	25	2.1	25	85	0	70	39	1	3	54	1.29
118901998--118902042	11	3.9	11	88	11	72	35	0	0	64	0.94
118901993--118902048	24	2.3	24	93	3	94	37	0	1	60	1.07
118901993--118902048	11	4.5	13	78	19	66	37	0	1	60	1.07
118904191--118904307	46	2.6	45	86	6	148	42	13	23	19	1.87
118907950--118907986	17	2.2	18	90	9	60	35	0	0	64	0.94
118928890--118928958	36	1.9	36	81	0	84	18	31	23	26	1.97
118932958--118933855	242	3.7	245	78	11	832	45	7	9	37	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118933135--118933855	249	3.0	238	79	9	686	45	7	9	38	1.64
118934247--118934357	54	2.1	54	93	1	188	32	2	2	62	1.23
118934255--118934338	25	3.1	29	65	15	70	29	3	2	64	1.23
118934268--118934366	30	3.5	29	68	19	84	29	4	4	62	1.32
118935281--118935305	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
118937149--118937183	18	1.9	18	88	0	52	11	34	25	28	1.91
118940683--118940721	18	2.2	18	95	0	69	23	25	10	41	1.86
118944279--118944785	126	4.0	126	87	2	723	28	16	15	39	1.89
118944846--118944923	28	2.7	29	82	9	97	42	19	2	35	1.65
118944847--118944927	30	2.8	29	85	7	103	41	17	2	38	1.63
118944933--118944965	7	4.7	7	92	0	57	57	27	0	15	1.38
118944960--118944995	17	2.1	17	89	0	54	38	13	0	47	1.44
118945114--118945194	42	2.0	41	85	2	108	44	25	2	27	1.67
118954019--118954050	12	2.7	12	90	0	55	37	3	12	46	1.57
118955060--118955151	46	2.0	47	97	2	177	30	15	20	33	1.93
118956267--118956293	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
118960218--118960265	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
118960274--118960371	43	2.3	42	84	10	128	33	6	11	48	1.63
118964992--118965084	43	2.2	43	90	3	143	29	6	12	51	1.65
118965780--118965822	20	2.2	20	100	0	86	27	13	25	32	1.94
118970706--118970758	26	2.0	26	85	0	70	18	3	15	62	1.47
118970764--118970788	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118971157--118971189	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
118971316--118971374	30	2.0	30	89	0	91	52	11	5	30	1.59
118973584--118973728	43	3.4	43	81	10	154	33	28	16	22	1.95
118980109--118980175	19	3.4	19	77	10	55	65	2	1	29	1.16
118982656--118982769	23	4.6	24	71	13	81	34	7	0	58	1.25
118994468--118995378	206	4.5	206	90	2	1360	30	18	21	29	1.97
118997009--118997122	23	4.6	24	71	13	81	34	7	0	58	1.25
119000698--119000726	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
119001490--119001600	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
119005200--119005264	32	2.0	32	100	0	130	43	9	0	47	1.35
119006277--119006344	19	3.8	19	90	7	81	38	11	13	36	1.81
119006285--119006344	19	3.3	19	95	4	106	38	10	15	36	1.80
119014864--119015146	131	2.2	131	92	0	458	32	19	21	26	1.97
119015097--119015309	78	2.7	78	86	3	295	33	19	22	25	1.97
119015174--119015729	298	1.9	287	83	6	715	31	17	23	26	1.97
119015472--119015854	78	4.8	78	85	8	527	31	18	24	25	1.97
119014966--119015766	375	2.1	375	88	3	1207	32	18	23	26	1.97
119015608--119015921	88	3.6	88	83	11	434	31	18	24	25	1.97
119015530--119015916	166	2.3	166	94	1	666	31	17	25	25	1.97
119015794--119016067	45	6.1	45	77	6	268	31	16	27	25	1.96
119015868--119016067	89	2.2	90	85	3	278	32	15	28	24	1.95
119016378--119016474	19	5.3	19	88	7	155	38	9	15	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119025341--119025373	17	1.9	17	93	0	57	27	0	24	48	1.51
119034805--119034858	2	26.5	2	83	10	56	40	3	5	50	1.44
119034805--119034858	20	2.6	21	82	5	74	40	3	5	50	1.44
119046380--119046404	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
119047371--119047450	39	2.1	39	95	0	142	46	5	20	28	1.71
119048667--119048748	43	1.9	43	84	0	110	23	23	17	36	1.94
119051747--119051799	26	2.2	22	87	12	70	60	13	5	20	1.53
119051754--119051805	26	2.0	26	100	0	104	57	11	7	23	1.59
119053714--119053799	39	2.2	39	79	2	102	11	20	48	18	1.79
119055102--119055329	46	5.0	46	92	1	350	22	24	15	38	1.92
119060624--119060691	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
119063457--119063489	16	2.0	17	88	5	50	45	3	0	51	1.16
119067232--119067291	19	2.7	24	65	24	58	1	21	15	61	1.42
119068018--119068052	16	2.2	16	89	0	52	82	11	0	5	0.82
119069607--119069686	31	2.7	31	76	14	89	40	6	3	50	1.46
119070912--119070945	17	1.9	18	94	5	61	29	0	0	70	0.87
119070909--119070999	9	9.9	9	73	14	62	36	3	1	59	1.21
119072310--119072357	25	1.9	25	83	8	62	20	6	8	64	1.43
119072316--119072357	20	2.1	20	86	8	59	19	4	9	66	1.38
119074050--119074094	24	1.9	23	82	13	56	60	2	4	33	1.29
119076531--119076825	131	2.3	131	83	8	363	28	15	17	37	1.91
119083869--119083902	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119084084--119084109	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
119084081--119084109	12	2.3	13	88	11	51	75	0	0	24	0.80
119089223--119089274	22	2.4	22	74	6	52	17	13	34	34	1.89
119089315--119089565	68	3.7	68	83	0	297	36	17	22	24	1.95
119093804--119093833	14	2.1	14	100	0	60	33	0	0	66	0.92
119095256--119095386	69	1.9	69	82	0	163	29	16	19	34	1.94
119098669--119098703	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
119099726--119099773	22	2.3	20	82	7	60	54	2	2	41	1.24
119101347--119101381	13	2.5	14	86	13	54	40	17	8	34	1.80
119106769--119106814	20	2.3	20	85	7	58	52	0	13	34	1.40
119106794--119106824	14	2.1	15	94	5	55	51	0	9	38	1.35
119110249--119110273	11	2.3	11	100	0	50	48	24	0	28	1.52
119114612--119114658	10	4.8	10	76	5	51	29	0	2	68	1.02
119116064--119116142	21	3.7	21	74	12	79	36	22	12	27	1.91
119116085--119116152	23	3.0	22	76	17	70	39	20	11	27	1.88
119116064--119116152	44	2.0	44	97	0	169	38	22	12	26	1.90
119118271--119118350	27	3.2	27	63	26	75	33	3	20	42	1.70
119118271--119118370	48	2.1	48	96	0	182	37	5	16	42	1.70
119124794--119124855	31	2.0	31	100	0	124	41	16	12	29	1.85
119132849--119132992	72	2.0	72	100	0	288	37	6	19	36	1.79
119133623--119133659	16	2.2	17	90	4	58	48	2	0	48	1.15
119144187--119144211	13	1.9	13	100	0	50	4	32	56	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119145199--119145253	19	2.9	19	78	2	67	36	1	3	58	1.26
119145247--119145292	24	2.0	22	83	8	56	32	10	2	54	1.47
119145428--119145497	3	23.0	3	83	13	90	31	4	1	62	1.23
119157790--119158407	44	14.3	44	89	3	914	30	17	30	21	1.96
119157790--119158380	215	2.7	219	90	4	932	29	17	30	21	1.96
119159827--119159880	25	2.2	25	83	6	65	27	5	0	66	1.13
119160181--119160253	23	3.2	22	83	9	85	36	1	2	58	1.21
119160202--119160250	18	2.8	18	76	14	57	36	0	4	59	1.17
119160454--119160502	3	16.3	3	91	0	80	30	2	2	65	1.15
119167073--119167102	15	2.0	15	93	0	51	20	6	30	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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