genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.418.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  418  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121285245--121285420	46	3.8	46	79	10	187	21	20	28	29	1.98
121285242--121285412	93	1.8	93	91	0	279	21	21	29	28	1.98
121288365--121288408	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
121300805--121300857	21	2.5	21	90	6	81	18	20	37	22	1.94
121302757--121302786	6	5.0	6	91	0	51	20	0	0	80	0.72
121305925--121305959	3	11.3	3	93	6	61	34	0	0	65	0.93
121309770--121309809	21	1.9	21	100	0	80	25	42	0	32	1.55
121317870--121317927	20	2.9	21	82	12	61	81	1	6	10	0.95
121317892--121317968	26	2.9	26	73	21	70	76	0	3	19	0.94
121317880--121317968	12	6.8	13	72	19	69	78	0	4	16	0.91
121317891--121318053	6	25.7	6	70	20	59	71	0	3	23	1.06
121317909--121318048	31	4.6	30	71	21	105	70	0	2	25	1.05
121317905--121317990	9	9.3	9	72	22	56	74	0	3	22	0.97
121317882--121317979	39	2.6	37	80	12	103	75	0	5	19	0.98
121321154--121321182	6	5.0	6	91	8	51	82	0	0	17	0.66
121326611--121326794	40	4.6	40	76	4	138	22	24	29	22	1.99
121331238--121331405	32	5.2	32	80	5	133	33	21	13	32	1.91
121331270--121331390	64	1.9	65	84	1	163	35	19	14	30	1.91
121331402--121331530	29	4.3	29	82	9	168	24	27	10	37	1.89
121334133--121334262	33	4.0	33	82	2	136	33	20	12	34	1.89
121334136--121334262	65	2.0	65	85	0	173	33	20	11	34	1.88
121334255--121334381	29	4.4	29	85	0	173	25	29	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121338360--121338395	18	2.0	18	100	0	72	44	16	16	22	1.86
121348276--121348323	21	2.2	21	96	3	87	35	12	12	39	1.81
121348905--121348963	30	2.0	30	83	6	75	11	28	35	23	1.91
121349811--121349862	13	4.1	12	85	11	68	0	13	0	86	0.57
121349812--121349856	10	4.7	9	81	13	54	0	13	0	86	0.57
121349812--121349862	7	7.7	7	78	12	63	0	13	0	86	0.58
121349812--121349862	20	2.6	20	82	14	70	0	13	0	86	0.58
121350823--121350879	6	9.7	6	84	3	71	77	3	3	15	1.05
121350825--121350857	17	1.9	17	100	0	66	87	0	0	12	0.53
121352973--121353013	21	1.9	22	85	5	57	65	0	31	2	1.05
121356424--121356467	22	2.0	22	86	8	63	68	2	2	27	1.14
121356433--121356488	20	2.6	22	78	16	64	66	3	7	23	1.33
121358366--121358463	50	2.0	50	84	6	128	65	10	11	13	1.48
121361663--121361709	16	2.8	17	83	6	60	34	31	19	14	1.92
121364818--121364850	16	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
121367162--121367267	50	2.1	51	82	3	124	45	18	4	31	1.70
121367332--121367438	35	3.1	34	75	2	99	44	22	8	24	1.80
121367235--121367395	70	2.3	70	76	3	162	41	18	8	31	1.81
121375119--121375219	35	2.9	35	77	0	112	45	22	7	23	1.79
121386216--121386253	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
121390012--121390115	27	3.9	27	87	3	138	38	23	8	29	1.84
121390012--121390171	54	3.0	53	78	5	153	36	23	8	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121390044--121390169	27	4.7	25	81	11	103	38	26	7	27	1.82
121390156--121390224	27	2.6	27	83	0	75	33	26	17	23	1.96
121390220--121390276	27	2.1	27	87	6	80	24	24	21	29	1.99
121390908--121390949	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
121396441--121396537	27	3.6	27	90	2	142	42	20	7	29	1.79
121396585--121396665	27	3.0	27	80	5	85	33	20	22	23	1.97
121396649--121396704	27	2.1	27	90	6	87	25	21	21	32	1.98
121397320--121397371	27	2.0	26	84	3	68	17	28	21	32	1.96
121397408--121397467	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
121405848--121405887	13	3.2	13	83	16	57	20	0	0	80	0.72
121406276--121406326	22	2.4	22	83	9	70	49	21	1	27	1.60
121406467--121406565	50	2.0	51	82	9	123	42	28	1	28	1.62
121410414--121410605	41	4.7	40	86	1	195	21	21	20	35	1.96
121410414--121410605	82	2.3	82	84	5	228	21	21	20	35	1.96
121410721--121410758	20	1.9	20	94	0	67	47	0	5	47	1.24
121410722--121410791	20	3.5	20	78	3	61	45	7	5	41	1.55
121413440--121413514	31	2.4	31	80	4	89	29	17	8	45	1.77
121423501--121423547	20	2.3	20	100	0	94	48	0	4	46	1.21
121423691--121423748	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
121424471--121424587	41	3.0	41	72	8	116	22	19	26	31	1.98
121430445--121430488	13	3.3	14	81	12	65	56	2	0	40	1.11
121431074--121431100	6	4.5	6	100	0	54	0	29	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121433048--121433117	14	4.7	14	75	8	59	8	15	0	75	1.03
121439442--121439471	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
121440147--121440171	13	1.9	13	100	0	50	52	0	24	24	1.48
121443381--121443460	5	16.0	5	100	0	160	40	0	0	60	0.97
121444693--121444789	28	3.5	28	94	1	160	19	9	25	45	1.80
121446418--121446455	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
121452730--121452798	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
121454425--121454462	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
121459169--121459244	35	2.2	35	97	0	143	40	5	23	30	1.77
121465421--121465473	13	4.1	13	77	0	61	35	24	7	32	1.84
121471520--121471660	24	5.9	24	81	3	158	22	14	31	31	1.94
121471520--121471660	72	2.0	72	82	2	176	22	14	31	31	1.94
121481963--121482012	27	1.9	26	84	8	66	40	18	20	22	1.92
121482321--121482362	21	2.0	22	85	4	59	52	14	0	33	1.42
121486370--121486408	20	1.9	21	89	5	62	25	33	33	7	1.84
121486371--121486415	21	2.2	20	84	4	54	26	37	28	6	1.82
121487171--121487222	5	10.0	5	86	13	70	19	0	1	78	0.84
121487171--121487222	23	2.5	20	84	12	68	19	0	1	78	0.84
121487174--121487221	11	4.4	11	86	7	71	18	0	2	79	0.84
121487171--121487222	16	3.3	16	89	7	72	19	0	1	78	0.84
121488885--121488914	6	5.2	6	96	4	53	30	0	0	70	0.88
121491255--121491279	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
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121493458--121493557	27	3.7	28	82	9	118	39	21	10	30	1.86
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121493553--121493817	81	3.3	81	84	3	320	29	21	9	40	1.84
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121495389--121495451	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
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121498832--121498931	27	3.7	28	82	9	118	40	20	10	30	1.85
121498927--121499160	27	8.8	27	85	3	233	28	21	8	41	1.83
121498927--121499176	53	4.7	52	82	7	263	28	22	8	40	1.83
121499139--121499305	27	6.2	27	79	9	110	40	22	8	28	1.83
121498961--121499287	80	4.1	80	78	8	211	33	20	8	37	1.84
121499153--121499279	27	4.7	28	83	5	156	41	22	7	28	1.81
121499180--121499305	54	2.3	54	82	8	150	41	22	8	27	1.83
121499316--121499367	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
121499408--121499485	27	2.9	27	77	11	88	37	21	19	21	1.95
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121500722--121500784	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
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Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121500837--121501121	48	6.0	47	89	6	416	28	21	21	27	1.99
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121504274--121504511	54	4.4	54	87	1	316	28	21	8	41	1.83
121504274--121504511	81	2.9	81	87	1	334	28	21	8	41	1.83
121504274--121504513	27	8.9	27	86	4	254	28	21	9	40	1.84
121504298--121504538	81	3.0	80	86	2	320	29	20	8	41	1.82
121504490--121504629	27	5.2	27	81	8	151	40	22	8	28	1.84
121504308--121504639	81	4.1	80	81	5	238	33	20	9	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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