genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  239  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67710624--67711337	27	26.4	27	77	4	238	32	8	22	36	1.84
67710812--67711320	271	1.9	269	82	5	650	33	8	22	35	1.85
67716461--67716589	40	3.2	40	93	0	222	27	29	19	23	1.98
67719896--67720017	29	4.2	29	88	2	156	31	15	27	24	1.96
67719897--67720017	57	2.1	58	85	1	163	32	15	28	23	1.95
67722677--67722808	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
67725263--67725335	30	2.5	30	89	8	107	31	13	24	30	1.94
67727746--67728804	523	2.0	528	94	2	1866	25	22	27	25	2.00
67733699--67733785	31	2.9	31	83	11	94	33	12	22	31	1.92
67733699--67733770	31	2.4	31	86	11	98	31	12	25	30	1.92
67738025--67738179	42	3.7	42	79	6	161	29	16	23	30	1.96
67742230--67742284	18	3.2	17	73	19	51	3	36	0	60	1.15
67743347--67743404	26	2.2	26	81	3	62	36	27	8	27	1.86
67743512--67743593	27	3.0	27	80	3	94	21	24	18	35	1.96
67746668--67746718	18	2.9	17	77	16	59	3	33	0	62	1.13
67747785--67747842	26	2.2	27	78	12	66	34	27	12	25	1.91
67747945--67748060	28	4.2	28	84	5	148	18	25	20	36	1.95
67747945--67748065	55	2.2	55	83	5	147	17	26	21	34	1.95
67753651--67753682	9	3.4	9	95	4	55	18	0	21	59	1.38
67753951--67753999	11	4.5	11	76	5	55	34	16	18	30	1.93
67757250--67757421	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67757242--67757417	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67759801--67759889	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
67759801--67759880	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
67759812--67759889	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
67762840--67763011	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
67762832--67763007	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
67769454--67769684	54	4.3	54	85	2	268	39	20	8	31	1.82
67769463--67769669	27	7.7	27	84	2	274	39	21	8	30	1.83
67769625--67769691	27	2.5	27	74	13	66	47	22	4	25	1.70
67769672--67769746	29	2.7	28	75	17	75	42	13	8	36	1.73
67769748--67769891	27	5.3	27	82	3	173	29	23	8	38	1.84
67769896--67770233	27	12.6	26	82	6	347	36	21	17	25	1.94
67770682--67770743	22	2.8	22	82	7	63	22	24	19	33	1.97
67770909--67771010	27	3.8	28	80	8	95	21	23	18	36	1.95
67771140--67771289	6	24.3	6	70	20	87	21	16	13	49	1.79
67771140--67771280	31	4.5	31	88	2	185	21	16	12	49	1.78
67774895--67775015	41	2.8	43	82	10	151	25	17	26	30	1.97
67775372--67775408	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
67779627--67779819	6	31.8	6	76	17	186	48	14	17	19	1.81
67779606--67779788	30	6.3	30	80	14	204	49	14	16	19	1.80
67779627--67779788	85	1.9	85	100	0	324	49	14	16	19	1.80
67779627--67779819	85	2.2	85	92	5	314	48	14	17	19	1.81
67779937--67780010	27	2.8	27	80	10	89	36	18	24	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67779961--67780018	27	2.1	27	81	6	64	36	25	20	17	1.94
67780175--67780233	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
67780321--67780403	27	3.1	26	84	5	103	37	20	21	20	1.95
67780603--67780797	27	7.2	27	84	0	219	25	18	18	36	1.94
67780603--67780797	54	3.6	54	85	0	246	25	18	18	36	1.94
67780802--67781210	27	15.1	27	84	3	464	41	8	22	27	1.83
67780802--67781211	81	5.1	81	86	2	547	41	8	21	27	1.83
67786839--67786917	28	2.8	28	88	0	113	31	12	27	27	1.93
67787326--67787366	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
67792298--67792438	56	2.6	56	83	2	169	28	30	26	14	1.95
67795009--67795192	63	2.9	64	75	12	162	28	15	31	25	1.95
67796278--67796314	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
67802544--67802676	29	4.6	29	92	0	212	29	23	15	31	1.95
67809535--67809609	28	2.7	28	82	0	96	33	12	24	30	1.91
67814604--67814668	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
67814774--67814863	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
67814774--67814888	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
67821455--67821484	16	1.9	15	93	6	51	53	20	20	6	1.67
67821737--67821800	28	2.3	28	91	0	101	34	26	7	31	1.85
67821921--67821987	27	2.5	27	85	9	84	25	22	19	32	1.97
67821916--67822006	29	3.2	29	80	13	84	24	24	19	31	1.98
67826947--67827296	179	2.0	178	87	1	513	32	20	8	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67827864--67828198	50	6.6	50	79	2	314	31	26	15	26	1.96
67827866--67828152	150	1.9	151	84	2	380	30	26	16	26	1.97
67834029--67834125	47	2.1	47	96	0	176	28	20	21	28	1.98
67834008--67834126	24	5.0	24	90	5	179	27	21	21	28	1.99
67834172--67834242	20	3.5	20	90	0	115	32	19	11	36	1.87
67834177--67834231	11	5.4	11	70	16	55	30	18	12	38	1.88
67836579--67836686	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
67836538--67836686	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
67840197--67840226	12	2.5	12	94	0	51	50	20	20	10	1.76
67846648--67846713	29	2.3	29	86	5	89	27	13	31	27	1.94
67857056--67857128	24	3.0	24	93	0	128	19	27	9	43	1.81
67860117--67860258	40	3.5	40	82	1	124	27	24	26	21	1.99
67860155--67860284	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
67862283--67862403	40	3.0	40	86	1	154	20	19	32	27	1.97
67864163--67864232	27	2.6	27	88	2	104	31	25	14	28	1.95
67864241--67864347	42	2.5	42	96	0	196	23	32	14	29	1.94
67872196--67872268	26	2.7	27	93	4	130	32	24	15	27	1.95
67872196--67872289	26	3.6	25	79	12	91	31	25	14	27	1.95
67872248--67872298	26	2.0	25	85	7	68	33	23	13	29	1.93
67877747--67877910	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
67877747--67877944	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
67880613--67880669	12	4.8	12	77	12	55	28	40	21	10	1.86
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67884964--67885153	95	1.9	98	85	5	260	24	30	17	27	1.97
67887361--67887424	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
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67887764--67887810	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
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67890575--67890682	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
67897841--67897909	27	2.5	27	90	2	102	30	24	14	30	1.95
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67906261--67906290	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
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67908277--67908354	27	2.9	27	82	0	75	26	23	17	32	1.97
67908547--67908645	33	3.0	33	76	5	101	29	22	22	26	1.99
67915809--67916115	27	11.4	27	87	0	434	24	19	19	36	1.95
67915943--67916256	27	11.7	27	81	9	166	26	11	20	40	1.87
67916133--67916256	27	4.6	27	88	4	171	25	6	22	45	1.76
67922444--67922620	40	4.5	40	83	4	180	23	25	22	28	1.99
67930385--67930496	37	2.9	37	85	9	136	24	27	22	25	2.00
67930355--67930495	40	3.7	38	83	8	144	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67937947--67937997	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
67944016--67944085	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
67951810--67951879	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
67955749--67955824	27	2.8	27	76	4	64	28	18	21	31	1.97
67956981--67957071	46	2.0	46	84	0	119	27	30	6	35	1.82
67957088--67957209	22	5.3	22	65	30	67	24	27	13	34	1.93
67957051--67957330	47	6.0	47	92	0	445	25	28	12	34	1.92
67959985--67960192	40	5.2	40	83	5	235	27	28	19	25	1.98
67964120--67964220	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
67964149--67964224	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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