genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.330.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  330  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95209254--95209486	22	10.4	22	67	21	64	35	4	6	53	1.46
95209337--95209373	19	1.9	19	88	0	56	37	2	2	56	1.28
95209434--95209499	24	2.8	24	81	6	80	39	6	4	50	1.48
95209508--95209611	45	2.3	45	75	18	108	32	5	4	56	1.44
95209623--95209666	21	2.1	21	87	4	63	34	9	6	50	1.61
95220197--95220275	6	13.3	6	89	2	124	79	1	2	16	0.90
95222765--95222894	40	3.3	40	87	5	176	24	29	22	23	1.99
95230807--95230972	39	4.3	39	83	10	191	25	28	20	24	1.99
95230842--95230972	35	3.5	37	85	9	158	24	29	21	25	1.99
95239074--95239257	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
95239114--95239302	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
95241669--95241748	39	2.1	39	100	0	160	43	25	12	18	1.85
95249811--95249973	43	3.9	42	77	10	163	28	26	19	25	1.98
95252715--95252778	3	21.0	3	96	3	119	32	67	0	0	0.91
95257703--95257910	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
95257703--95257908	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
95264942--95264966	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
95266081--95266239	43	3.7	44	68	10	112	25	16	26	31	1.96
95268748--95268775	12	2.3	12	100	0	56	14	28	28	28	1.95
95278607--95278645	20	2.0	20	85	9	55	2	25	17	53	1.56
95287155--95287238	28	3.0	28	71	10	73	29	26	14	29	1.95
95298218--95298442	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95298437--95298566	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
95303125--95303296	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
95303118--95303293	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
95310651--95310822	46	3.7	46	79	13	208	29	29	20	20	1.98
95310658--95310829	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
95316221--95316416	39	5.0	39	79	4	166	22	21	27	28	1.99
95321725--95321947	40	5.6	40	86	4	297	24	23	26	26	2.00
95329935--95330158	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
95329939--95330158	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
95336099--95336224	39	3.2	39	89	0	189	21	19	29	29	1.98
95336099--95336262	78	2.1	78	80	5	181	21	21	28	28	1.98
95338803--95339016	46	4.6	44	74	10	153	24	27	19	28	1.99
95341007--95341063	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
95341005--95341075	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
95341016--95341070	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
95341122--95341288	23	7.1	23	93	2	271	28	22	20	28	1.98
95341121--95341295	24	7.4	23	92	2	260	29	21	21	28	1.99
95341120--95341288	47	3.6	47	91	3	277	28	22	20	28	1.98
95346668--95346730	12	5.4	11	76	16	56	77	0	3	19	0.90
95346693--95346740	16	3.1	14	80	16	51	83	0	2	14	0.74
95352064--95352096	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
95361047--95361080	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95362073--95362216	43	3.4	41	77	8	146	29	24	18	27	1.98
95365037--95365203	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
95373048--95373214	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
95378387--95378412	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95384101--95384224	42	2.9	42	75	7	115	30	23	12	33	1.92
95385343--95385625	41	6.9	40	84	2	217	35	22	21	20	1.96
95385366--95385625	82	3.2	81	85	1	306	35	23	21	20	1.96
95385405--95385625	123	1.8	122	84	3	300	34	23	21	20	1.97
95385954--95385997	21	2.1	21	83	8	54	18	0	45	36	1.49
95386279--95386309	7	4.4	7	95	0	53	12	0	45	41	1.42
95386279--95386314	14	2.5	14	86	4	54	13	2	47	36	1.58
95386323--95386364	15	2.7	16	92	7	77	45	38	0	16	1.48
95387008--95387051	19	2.2	20	96	4	81	68	4	4	22	1.27
95387038--95387071	6	5.3	6	89	10	50	76	0	0	23	0.79
95387045--95387069	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
95387045--95387086	15	3.0	14	86	6	50	71	0	4	23	1.05
95387294--95387340	6	7.8	6	95	0	67	0	57	0	42	0.98
95389975--95390022	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
95390166--95390272	43	2.5	43	85	0	151	25	15	27	31	1.96
95393018--95393093	27	2.8	28	86	6	93	35	21	19	23	1.96
95394075--95394141	28	2.4	27	73	9	64	28	7	14	49	1.71
95399119--95399219	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95407278--95407438	29	5.6	29	87	1	198	26	16	31	26	1.96
95414524--95414655	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
95416803--95416903	28	3.5	29	86	6	125	29	26	13	29	1.94
95426331--95426396	28	2.4	28	94	2	116	34	19	21	24	1.96
95427375--95427399	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
95428475--95428500	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
95433103--95433148	22	2.1	22	83	0	56	26	39	6	28	1.81
95440284--95440467	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
95440324--95440512	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
95450787--95450884	27	3.5	29	80	8	96	28	25	16	29	1.97
95450787--95450884	28	3.5	26	82	8	97	28	25	16	29	1.97
95453243--95453546	40	7.6	40	90	2	430	24	23	26	25	2.00
95463130--95463185	29	1.9	29	82	7	69	42	8	0	48	1.34
95467385--95467476	36	2.6	36	100	0	184	22	28	23	25	2.00
95468203--95468239	19	1.9	19	88	0	56	27	8	5	59	1.48
95467971--95468286	3	103.7	3	71	18	192	32	5	3	59	1.35
95468868--95468925	23	2.5	23	81	10	73	39	12	3	44	1.58
95476626--95476792	40	4.2	41	80	5	164	24	26	22	26	2.00
95477614--95477659	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
95488706--95488871	40	4.2	40	81	3	176	24	27	22	26	2.00
95488722--95488832	39	2.8	39	86	6	136	23	28	23	24	1.99
95488722--95488871	79	1.9	78	83	6	196	23	27	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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95504144--95505256	148	7.3	148	83	8	1312	30	16	21	31	1.95
95504583--95505256	151	4.5	148	88	4	942	30	16	21	31	1.96
95504140--95505256	540	2.1	520	87	6	1589	30	16	21	31	1.95
95504596--95505256	225	2.9	223	88	5	972	30	16	22	30	1.96
95507212--95507315	9	11.9	9	72	19	51	33	8	1	55	1.41
95506988--95507300	3	102.7	3	71	17	193	32	5	2	58	1.36
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95546325--95546604	143	2.0	141	87	4	402	31	18	23	27	1.97
95546466--95546607	74	1.9	74	89	2	221	31	19	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95546463--95546913	169	2.7	167	88	3	656	31	18	20	30	1.96
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95546811--95547352	277	2.0	266	84	7	705	29	15	19	35	1.93
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95548045--95548099	19	2.8	19	86	5	74	60	34	0	5	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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