genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  267  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76658589--76658695	27	4.0	27	85	0	142	34	18	20	26	1.96
76658681--76658847	27	6.2	27	79	5	158	41	20	8	29	1.83
76658667--76658803	54	2.5	53	78	4	121	39	20	11	28	1.88
76658681--76658847	54	3.1	53	84	3	199	41	20	8	29	1.83
76658877--76658949	27	2.7	27	89	0	101	28	23	26	21	1.99
76660217--76660395	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
76660217--76660449	81	2.9	80	82	5	272	40	21	8	30	1.82
76660379--76660453	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
76660445--76660761	160	2.0	162	87	2	460	28	23	8	39	1.85
76660445--76660761	27	11.8	27	88	2	433	28	23	8	39	1.85
76660432--76660805	81	4.6	81	82	3	252	29	23	9	37	1.85
76662082--76662138	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
76662080--76662142	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
76662196--76662385	24	8.0	23	90	4	274	28	23	21	26	1.99
76662196--76662363	47	3.6	47	93	2	293	29	23	20	26	1.99
76662196--76662384	71	2.7	70	89	6	274	28	23	21	26	1.99
76662575--76662638	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
76665421--76665599	27	6.7	27	89	1	254	41	20	7	30	1.79
76665421--76665653	81	2.9	80	82	5	272	40	21	8	30	1.82
76665583--76665657	27	2.8	27	87	4	107	38	24	10	26	1.88
76665649--76665964	27	11.8	27	88	2	433	28	23	8	39	1.84
76667283--76667345	20	3.2	20	90	0	108	34	12	20	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76667399--76667588	24	8.0	23	90	4	274	28	23	21	26	1.99
76667399--76667566	47	3.6	47	93	2	293	29	23	20	26	1.99
76667399--76667587	71	2.7	70	89	6	274	28	23	21	26	1.99
76667780--76667843	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
76669001--76669052	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
76673758--76673864	27	4.0	27	86	0	142	32	19	20	27	1.97
76673850--76674001	27	5.6	27	86	0	178	39	21	10	28	1.86
76673821--76673970	54	2.8	54	82	2	140	38	18	13	29	1.89
76674048--76674119	27	2.7	27	84	0	81	31	22	22	23	1.98
76674833--76674870	2	19.0	2	100	0	76	50	50	0	0	1.00
76674890--76674948	26	2.3	26	85	5	75	22	22	20	35	1.96
76677495--76677629	43	3.1	43	77	11	134	26	17	23	31	1.97
76684443--76684789	86	4.1	85	85	2	428	32	13	10	44	1.77
76684724--76684863	72	1.9	72	84	2	183	28	15	14	42	1.85
76689128--76689219	27	3.4	27	89	4	132	40	25	7	27	1.82
76689128--76689272	27	5.4	26	77	7	101	40	23	6	29	1.81
76689937--76689988	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
76696672--76696776	27	3.9	27	87	3	140	38	22	9	29	1.86
76696672--76696831	54	3.0	54	83	1	187	38	23	7	30	1.82
76696678--76696831	27	5.7	27	78	9	116	39	24	6	29	1.80
76697576--76697635	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
76705025--76705069	17	2.6	17	96	0	81	35	15	20	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76707401--76707551	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
76707438--76707567	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
76714569--76714602	17	2.0	17	88	0	50	17	20	17	44	1.87
76715411--76715561	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
76715448--76715577	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
76728822--76729010	55	3.5	53	84	5	227	21	25	19	33	1.97
76728997--76729118	47	2.6	47	94	0	208	26	23	13	36	1.93
76735587--76735637	20	2.5	20	100	0	102	11	33	37	17	1.86
76736728--76736884	78	2.0	78	98	0	305	27	8	19	45	1.78
76736913--76736955	17	2.6	17	81	3	52	32	4	20	41	1.73
76743500--76743567	27	2.5	28	85	7	104	44	25	10	20	1.83
76747006--76747074	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
76752547--76752603	22	2.6	22	88	0	96	12	35	29	22	1.91
76759927--76760041	56	2.1	56	86	0	158	14	27	13	44	1.82
76762244--76762286	20	2.1	20	83	12	52	48	18	9	23	1.76
76772162--76772187	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
76772182--76772219	20	1.9	20	89	10	60	52	13	5	28	1.61
76774237--76774270	16	2.1	17	88	5	52	67	0	0	32	0.91
76774687--76775857	593	2.0	589	86	4	1649	22	14	19	43	1.87
76778700--76778732	16	1.9	18	88	11	52	33	0	0	66	0.92
76778683--76778738	18	3.1	18	74	25	55	28	0	3	67	1.07
76782576--76782636	31	2.0	30	90	9	97	59	9	3	27	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76803758--76803791	18	1.9	18	88	5	52	55	29	11	2	1.50
76806132--76806410	131	2.1	132	83	1	344	30	19	17	32	1.95
76806162--76806468	131	2.3	131	82	3	332	28	20	18	33	1.96
76806227--76806649	131	3.2	130	77	4	361	28	21	16	34	1.94
76809696--76809727	16	2.0	16	100	0	64	37	25	6	31	1.81
76811518--76811542	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
76811859--76811884	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76812702--76812754	24	2.3	23	87	12	74	49	1	3	45	1.31
76815417--76815445	14	2.1	14	93	6	51	55	3	0	41	1.17
76819905--76820145	47	5.1	47	89	0	347	33	10	28	27	1.90
76819952--76820030	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
76819934--76820198	141	1.9	139	83	6	338	34	10	27	27	1.90
76820115--76820251	50	2.8	48	88	8	222	35	6	26	31	1.82
76820398--76820505	37	2.9	37	97	0	198	24	19	31	25	1.98
76824006--76824041	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
76824166--76824368	39	5.2	39	93	2	293	32	26	21	19	1.97
76836031--76836065	12	2.9	12	100	0	70	25	17	31	25	1.97
76836296--76836333	20	1.9	20	88	0	58	15	36	26	21	1.93
76838150--76838227	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
76846002--76846129	28	4.6	28	75	10	104	24	17	34	24	1.96
76848799--76848876	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
76856635--76856712	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76860635--76860817	79	2.3	81	82	7	214	24	21	27	26	2.00
76860635--76860819	40	4.7	40	83	5	216	24	21	27	26	1.99
76860636--76860850	79	2.7	79	76	14	210	26	21	26	25	2.00
76864924--76864954	8	4.0	8	91	8	55	74	0	0	25	0.82
76864924--76864954	15	2.0	16	93	6	55	74	0	0	25	0.82
76867226--76867330	32	3.3	32	69	7	79	31	20	20	27	1.97
76867399--76867460	22	2.8	22	85	0	79	38	20	20	19	1.93
76867870--76867936	27	2.5	27	85	0	80	29	19	16	34	1.94
76867916--76867974	27	2.2	27	84	0	73	27	10	28	33	1.89
76867927--76868085	27	5.9	27	80	5	160	32	7	20	40	1.80
76867926--76868085	81	2.0	81	87	4	234	31	7	20	40	1.80
76868776--76868883	38	2.8	38	91	1	180	23	21	14	40	1.90
76868837--76868900	31	2.1	30	94	2	110	23	20	15	40	1.90
76869091--76869209	24	5.0	24	83	9	145	26	24	21	27	1.99
76869091--76869209	47	2.5	48	87	8	163	26	24	21	27	1.99
76869260--76869319	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
76869260--76869314	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
76869362--76869409	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76871108--76871189	26	3.1	27	79	13	98	31	10	19	37	1.87
76879163--76879334	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
76879155--76879330	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
76883328--76883361	16	2.1	16	100	0	68	50	0	5	44	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76883365--76883399	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
76891718--76891827	27	4.1	27	79	8	116	40	22	14	21	1.90
76908475--76908543	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
76910357--76910400	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
76912929--76913007	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
76920384--76920558	46	3.8	46	76	15	191	20	20	29	29	1.97
76920381--76920551	92	1.8	93	92	3	292	21	20	29	28	1.98
76927949--76928124	45	3.9	44	78	13	194	20	20	29	29	1.98
76931365--76931443	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
76932088--76932129	2	21.0	2	85	0	57	42	4	2	50	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444