genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.321.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  321  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92677812--92677860	15	3.2	16	86	13	68	36	0	0	63	0.95
92677803--92677872	19	3.8	18	78	14	72	32	1	1	64	1.11
92677900--92677977	25	3.1	24	72	22	63	30	2	5	61	1.31
92678241--92678306	28	2.4	27	73	12	62	33	4	0	62	1.16
92681168--92681219	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
92682702--92682809	25	4.2	26	95	2	184	37	24	4	34	1.76
92682702--92682809	51	2.1	51	93	3	182	37	24	4	34	1.76
92686949--92687000	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
92688482--92688589	25	4.2	26	95	2	184	37	24	4	34	1.76
92688482--92688589	51	2.1	51	93	3	182	37	24	4	34	1.76
92693144--92693209	23	3.0	23	82	6	91	42	22	18	16	1.89
92695996--92696103	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
92696667--92696699	15	2.3	15	89	5	50	54	12	0	33	1.37
92697355--92697385	14	2.2	14	100	0	62	32	6	19	41	1.77
92697786--92697914	46	2.8	46	92	0	204	44	20	6	27	1.77
92697810--92697875	22	2.9	23	70	22	66	45	22	6	25	1.75
92698864--92698924	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
92700429--92700468	15	2.7	15	92	0	62	42	12	15	30	1.83
92701190--92701221	7	4.6	7	92	0	55	46	0	3	50	1.17
92702869--92702968	27	3.7	28	82	9	109	40	20	10	30	1.85
92702869--92702975	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
92702971--92703175	27	7.6	27	88	3	270	27	20	9	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92703166--92703294	27	4.8	27	81	7	138	41	18	7	32	1.79
92703153--92703290	53	2.6	54	81	9	165	39	18	7	33	1.80
92703326--92703381	27	2.1	26	87	9	78	39	12	10	37	1.78
92703435--92703495	27	2.3	27	79	0	68	34	19	24	21	1.96
92704243--92704273	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
92704307--92704481	26	6.8	26	92	0	273	26	23	22	26	2.00
92704307--92704481	52	3.4	52	97	1	327	26	23	22	26	2.00
92704698--92704807	31	3.5	31	92	0	175	29	18	24	28	1.98
92705922--92705964	5	8.6	5	92	0	59	11	0	27	60	1.31
92705922--92705964	15	2.9	15	92	0	68	11	0	27	60	1.31
92707356--92707417	18	3.5	18	68	25	51	54	1	27	16	1.51
92707357--92707425	35	1.9	36	91	2	113	56	1	27	14	1.47
92707705--92707740	13	2.8	14	84	16	51	0	33	0	66	0.92
92707767--92707809	23	2.0	21	86	9	59	4	11	6	76	1.13
92707810--92707845	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
92707937--92708000	32	2.0	32	85	8	87	46	7	0	45	1.32
92708249--92708292	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
92717181--92717207	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
92721638--92721745	26	4.2	26	91	0	171	32	5	24	37	1.78
92722915--92722944	8	3.8	8	100	0	60	46	26	26	0	1.53
92723036--92723068	16	2.1	16	100	0	66	30	18	39	12	1.87
92723304--92723408	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92743294--92746110	206	13.7	206	92	0	4634	30	17	23	28	1.97
92747821--92747892	12	6.2	11	71	7	54	33	5	1	59	1.29
92748318--92748358	21	2.0	21	90	0	64	21	2	2	73	1.07
92752145--92752282	66	2.1	66	100	0	276	47	5	17	28	1.70
92752724--92752801	33	2.4	33	82	6	95	30	11	26	30	1.92
92756727--92756859	56	2.4	56	90	0	203	25	14	24	35	1.93
92756727--92756884	56	2.8	56	84	3	167	24	15	25	34	1.95
92758079--92758169	19	4.9	19	90	8	152	37	10	16	35	1.84
92758100--92758155	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
92758079--92758176	35	2.7	37	87	12	150	37	10	17	34	1.83
92758161--92758204	21	2.0	22	86	4	63	36	4	15	43	1.68
92758457--92758489	16	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
92763237--92763340	40	2.6	39	81	4	118	28	22	27	21	1.99
92770440--92770543	40	2.6	39	81	4	118	28	22	27	21	1.99
92779876--92780171	78	3.8	78	88	3	452	32	18	23	26	1.97
92780203--92780369	89	1.9	89	89	0	262	29	13	29	27	1.94
92780110--92780383	45	6.1	45	77	8	252	31	15	26	26	1.96
92780735--92780790	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
92780733--92780811	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
92780733--92780804	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
92792394--92792532	24	5.8	24	98	0	260	20	17	26	35	1.94
92792393--92792554	72	2.2	72	90	2	245	22	17	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92794418--92794563	29	5.1	28	84	8	181	26	31	14	27	1.95
92794418--92794563	57	2.6	55	85	11	188	26	31	14	27	1.95
92794631--92794666	18	2.0	18	89	10	56	25	38	11	25	1.88
92794773--92794831	16	3.7	16	88	0	91	13	23	15	47	1.81
92795152--92799353	593	7.0	593	88	4	6260	37	22	15	24	1.93
92797290--92797363	38	1.9	38	100	0	148	40	18	17	22	1.91
92811368--92811465	19	5.2	19	85	7	128	39	8	16	35	1.78
92811374--92811445	36	2.0	36	88	0	108	41	8	13	36	1.75
92817039--92817088	1	50.0	1	79	0	55	90	0	10	0	0.47
92817039--92817087	12	3.9	12	89	10	80	89	0	10	0	0.48
92817039--92817088	14	3.8	13	87	7	75	90	0	10	0	0.47
92818986--92819193	40	5.2	40	83	0	218	26	23	25	25	2.00
92821263--92821873	84	7.3	84	91	4	988	29	23	22	24	1.99
92821389--92821671	41	7.0	37	65	26	121	29	22	23	24	1.99
92821690--92821827	41	3.3	43	67	13	126	29	22	23	24	1.99
92821263--92821873	249	2.4	248	92	4	989	29	23	22	24	1.99
92822167--92822230	32	2.0	32	100	0	128	31	18	25	25	1.98
92822639--92822717	19	4.2	19	87	9	117	39	8	16	35	1.80
92822645--92822717	36	2.0	37	91	5	121	39	9	15	35	1.80
92824164--92824261	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
92824164--92824254	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
92824164--92824277	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
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92844544--92844858	145	2.2	142	81	6	350	36	13	24	25	1.92
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92852354--92852429	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92852444--92852579	50	2.8	48	86	8	211	36	7	26	30	1.84
92852443--92852600	50	3.2	50	81	13	200	32	7	28	31	1.85
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92871882--92871951	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
92874771--92874873	42	2.6	41	92	6	167	22	33	14	29	1.94
92880024--92880130	42	2.5	42	96	0	196	28	14	33	22	1.94
92880138--92880207	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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