genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  46  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11216455--11216518	19	3.3	19	72	20	69	53	6	0	40	1.26
11216396--11216523	68	1.9	67	81	12	154	53	3	0	42	1.22
11218503--11218528	6	4.3	6	100	0	52	30	34	34	0	1.58
11218718--11218802	43	2.1	43	82	12	108	41	2	28	28	1.68
11218941--11219300	188	1.9	187	80	8	410	31	17	17	33	1.94
11219412--11219507	3	32.0	3	100	0	192	33	0	0	66	0.92
11219849--11219902	21	2.6	21	87	0	81	20	0	25	53	1.45
11219997--11220056	21	2.9	21	78	9	68	23	1	25	50	1.59
11221026--11221127	40	2.6	39	79	6	107	30	24	16	28	1.97
11222691--11222742	2	26.0	2	96	0	95	48	0	0	51	1.00
11223918--11224024	47	2.3	47	88	0	151	14	19	23	42	1.89
11224151--11224223	18	4.0	18	78	1	74	30	8	15	46	1.74
11224199--11224248	26	1.9	26	87	0	73	36	12	18	34	1.87
11225387--11225418	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
11227191--11227232	12	3.6	12	78	15	52	76	2	21	0	0.90
11234885--11234909	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
11236030--11236129	27	3.7	28	80	9	109	39	21	10	30	1.86
11236030--11236136	54	2.0	54	81	7	128	37	21	10	30	1.87
11236032--11236148	54	2.2	53	79	10	121	37	22	11	29	1.88
11236125--11236308	27	6.8	27	86	2	210	28	23	7	39	1.82
11236233--11236508	27	10.1	27	78	8	121	37	19	9	33	1.84
11236206--11236321	54	2.1	54	84	3	144	31	22	7	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11236222--11236426	54	3.8	54	81	3	162	35	20	8	35	1.83
11236168--11236336	81	2.1	81	80	4	189	30	21	8	40	1.82
11236287--11236508	54	4.1	53	77	10	182	39	20	9	31	1.83
11236300--11236517	27	8.0	27	79	6	163	38	18	10	32	1.84
11236557--11236634	27	2.9	27	77	7	86	41	20	17	20	1.91
11237877--11237927	20	2.5	20	93	0	84	35	11	21	31	1.90
11237974--11238139	23	7.1	23	89	2	260	28	22	21	27	1.99
11237974--11238141	47	3.6	47	93	0	275	28	22	21	27	1.99
11237972--11238139	70	2.4	70	91	2	266	28	23	20	27	1.99
11238281--11238372	42	2.2	42	86	3	123	27	10	21	40	1.87
11244300--11244352	6	8.8	6	91	0	79	15	3	1	79	0.96
11247224--11247248	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
11247717--11247869	47	3.2	47	73	5	137	38	15	18	27	1.91
11249225--11249254	16	1.9	15	93	6	51	26	6	10	56	1.57
11255073--11255123	15	3.5	14	92	7	84	62	19	5	11	1.49
11255072--11255124	14	3.5	15	92	7	90	64	18	5	11	1.46
11255663--11255691	13	2.1	14	93	6	51	51	6	13	27	1.66
11255684--11255718	16	2.2	16	94	0	61	82	2	0	14	0.77
11258516--11258565	24	2.1	24	88	7	75	22	22	12	44	1.85
11265908--11266510	72	8.0	73	86	7	733	32	16	18	32	1.94
11266041--11266211	84	2.0	85	91	1	281	29	15	17	37	1.90
11266143--11267637	78	18.4	78	77	13	811	30	17	19	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11266514--11267594	92	13.1	79	78	12	748	29	17	19	34	1.94
11266346--11266693	171	2.0	169	85	4	468	29	18	18	33	1.95
11266590--11266984	165	2.4	165	84	5	481	29	16	18	35	1.93
11266761--11266929	75	2.2	76	85	6	218	26	18	19	34	1.95
11267020--11267637	158	3.8	156	84	7	699	29	16	18	34	1.94
11266782--11267594	259	3.3	247	85	6	1008	29	17	19	33	1.95
11267043--11267188	75	1.9	75	87	2	213	26	18	22	32	1.97
11267118--11267365	81	2.8	90	76	15	273	28	16	20	35	1.94
11267187--11267588	80	5.0	80	87	3	576	30	16	18	33	1.94
11267187--11267639	80	5.7	79	84	6	519	31	16	18	33	1.93
11267187--11267684	238	2.1	238	85	5	650	30	16	18	34	1.93
11268160--11268200	16	2.6	16	88	0	64	70	14	2	12	1.26
11268738--11268771	16	2.1	16	89	10	52	52	8	11	26	1.67
11268738--11268772	17	2.1	16	89	5	52	54	8	11	25	1.64
11269005--11269037	17	1.9	17	88	11	50	33	9	3	54	1.47
11270567--11270637	29	2.4	29	88	2	97	26	7	26	39	1.82
11270583--11270641	29	2.0	29	100	0	118	23	6	23	45	1.76
11274238--11274286	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
11275183--11275234	19	2.5	20	78	12	61	63	7	0	28	1.22
11279021--11279123	52	2.0	52	100	0	206	46	12	1	38	1.53
11280219--11280351	27	4.9	27	90	3	180	34	21	24	18	1.96
11281964--11282073	26	4.2	26	96	0	175	35	24	6	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11284727--11284762	18	2.1	18	89	5	56	27	0	5	66	1.13
11285189--11285296	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
11286607--11286653	19	2.5	19	96	0	85	38	12	29	19	1.89
11288487--11288526	12	3.3	12	92	0	62	15	20	50	15	1.79
11293408--11293515	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
11293641--11293671	12	2.6	12	100	0	62	58	0	41	0	0.98
11296443--11296468	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
11296573--11296634	19	3.1	20	88	6	90	20	9	3	66	1.35
11296577--11296633	10	5.7	10	81	6	53	22	10	1	64	1.34
11296875--11296910	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
11297067--11297153	27	3.3	27	63	15	72	48	11	4	35	1.60
11297044--11297153	53	2.1	54	98	1	213	49	12	3	34	1.59
11300256--11300310	3	18.3	3	92	7	94	34	0	0	65	0.93
11305108--11305168	30	2.0	30	100	0	122	27	26	19	26	1.99
11316374--11316504	47	2.8	47	88	1	181	22	17	27	32	1.97
11316876--11317109	117	2.0	117	94	0	414	23	8	26	41	1.83
11321787--11321834	7	6.9	7	95	0	87	56	16	0	27	1.41
11326409--11326456	22	2.2	22	100	0	96	29	8	8	54	1.60
11327773--11327829	21	2.7	22	76	15	59	29	5	3	61	1.35
11331746--11331789	18	2.5	17	85	7	61	56	18	13	11	1.66
11337266--11337304	20	2.0	20	94	0	69	20	10	38	30	1.86
11337271--11337314	20	2.2	20	83	0	52	20	13	36	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11338221--11338266	23	2.0	23	82	4	56	30	2	15	52	1.55
11348195--11348253	17	3.4	17	71	17	50	66	1	1	30	1.12
11348362--11348394	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
11348464--11348511	16	3.2	16	69	19	50	64	2	4	29	1.23
11348457--11348529	28	2.6	28	82	6	85	60	2	4	32	1.30
11348520--11348608	14	6.6	14	71	13	62	65	1	2	31	1.12
11348471--11348615	7	20.7	7	68	19	54	62	2	3	31	1.23
11348464--11348635	38	4.5	37	73	11	125	62	1	4	30	1.25
11348620--11348709	24	3.6	24	73	19	62	48	0	5	45	1.25
11348653--11348703	26	2.1	23	82	10	57	49	0	5	45	1.26
11351493--11351524	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
11356180--11356219	12	3.4	12	86	3	55	65	0	0	35	0.93
11362851--11362927	37	2.1	37	100	0	154	23	7	20	48	1.76
11370967--11371032	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
11370984--11371045	19	3.2	19	95	4	106	35	17	9	37	1.83
11371449--11371884	206	2.1	205	92	0	710	30	22	17	29	1.97
11371708--11372044	165	2.0	165	95	0	602	28	22	18	30	1.97
11372078--11372571	44	11.2	44	75	9	380	28	24	16	30	1.97
11372093--11372448	132	2.7	132	95	0	631	27	24	16	31	1.96
11372179--11372571	175	2.2	176	90	0	608	27	23	16	31	1.96
11373423--11373464	14	3.1	14	80	16	52	4	14	0	80	0.86
11373439--11373493	20	2.8	20	88	5	85	0	14	0	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11373425--11373493	19	3.4	18	84	15	75	1	14	0	84	0.70
11379125--11379190	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
11379142--11379228	19	4.6	19	91	8	142	36	16	9	37	1.80
11379164--11379220	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
11379142--11379228	36	2.3	37	92	7	140	36	16	9	37	1.80
11379806--11379853	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
11379802--11379857	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
11379802--11379853	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
11380004--11380068	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
11380085--11380177	27	3.3	28	75	14	75	56	3	6	33	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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