genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.419.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  419  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121504530--121504656	27	4.7	26	78	13	100	41	22	8	27	1.83
121504532--121504657	54	2.3	54	82	8	150	41	22	8	27	1.83
121504668--121504719	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
121504772--121504864	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
121506106--121506162	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
121506104--121506166	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
121506219--121506506	24	12.0	23	90	7	400	29	21	21	27	1.99
121506698--121506761	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
121506748--121506775	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
121517471--121517506	17	2.0	17	89	10	54	5	44	0	50	1.25
121519276--121519319	6	7.2	6	89	5	70	47	15	18	18	1.83
121519299--121519405	45	2.4	45	89	6	155	41	17	19	21	1.91
121519297--121519415	45	2.4	49	76	21	124	41	17	20	21	1.91
121519388--121519421	12	2.8	12	86	0	50	41	14	26	17	1.88
121519628--121519706	41	2.0	40	84	2	104	37	16	10	35	1.82
121520060--121520106	5	9.0	5	82	17	60	61	0	0	38	0.96
121520060--121520099	8	5.0	8	88	11	64	62	0	0	37	0.95
121520065--121520106	13	3.2	13	90	10	68	61	0	0	38	0.96
121520759--121520815	30	1.9	30	85	0	78	10	24	35	29	1.89
121526197--121526393	21	9.6	21	70	10	131	44	17	21	17	1.87
121526247--121526293	19	2.5	19	89	0	67	44	19	23	12	1.85
121526202--121526390	42	4.6	42	75	11	185	44	17	21	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121528747--121528783	19	1.9	19	94	0	65	48	8	10	32	1.67
121530671--121530772	49	2.1	49	87	3	143	34	20	24	20	1.97
121530698--121530746	22	2.2	22	89	7	73	32	22	26	18	1.97
121530671--121530768	27	3.8	26	76	15	96	33	20	24	21	1.97
121530698--121530772	22	3.2	22	74	17	69	32	22	25	20	1.98
121532384--121532493	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
121536415--121536529	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
121536415--121536529	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
121538140--121538248	26	4.2	26	96	2	184	36	24	4	33	1.76
121538140--121538248	51	2.1	52	93	1	184	36	24	4	33	1.76
121540160--121540311	11	12.9	11	66	19	51	33	5	4	55	1.44
121540284--121540308	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
121540337--121540388	3	17.0	3	78	4	50	34	3	3	57	1.35
121540337--121540376	16	2.6	15	88	4	53	32	5	5	57	1.42
121540380--121540417	17	2.2	18	86	13	53	26	2	15	55	1.54
121540480--121540558	17	4.6	17	71	14	56	32	6	1	59	1.31
121540493--121540556	14	4.5	14	74	14	60	32	6	0	60	1.21
121540494--121540556	11	5.9	10	72	20	56	33	6	0	60	1.22
121542611--121542643	15	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
121545754--121545797	18	2.4	18	81	7	54	52	0	2	45	1.13
121548451--121548511	19	3.3	19	71	15	56	40	1	4	52	1.33
121551391--121551416	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121558461--121558512	24	2.2	24	86	6	70	57	7	0	34	1.27
121558579--121558617	15	2.6	15	95	0	69	43	7	15	33	1.75
121558814--121558853	15	2.7	15	100	0	80	27	0	10	62	1.27
121561360--121561400	22	2.0	20	85	9	55	43	0	2	53	1.13
121561353--121561399	23	2.0	23	83	0	58	44	0	4	51	1.21
121562442--121562483	21	2.0	21	90	9	68	40	2	4	52	1.35
121564087--121564148	31	2.0	31	87	6	90	20	1	25	51	1.57
121568264--121568290	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
121570268--121570434	35	4.6	35	82	8	165	31	10	23	33	1.89
121570268--121570438	75	2.4	74	82	9	201	32	11	23	33	1.90
121571787--121571826	19	2.1	19	90	0	62	27	5	25	42	1.75
121574573--121574701	50	2.5	51	88	2	188	34	16	23	25	1.95
121574677--121574794	31	3.8	31	89	0	182	27	16	27	27	1.97
121579418--121579610	39	4.9	39	89	0	269	23	20	31	24	1.98
121582710--121582742	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
121582687--121582820	58	2.4	56	84	10	168	44	1	2	51	1.26
121582988--121583042	16	3.4	16	87	0	74	36	21	1	40	1.64
121582998--121583057	16	3.7	17	84	8	72	31	26	5	36	1.78
121585086--121585387	105	2.9	104	87	1	424	45	12	6	35	1.68
121588560--121588586	13	2.1	13	100	0	54	25	7	29	37	1.83
121603367--121603391	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
121607569--121607623	22	2.4	23	81	6	67	45	5	5	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121608114--121608147	8	4.2	8	96	0	59	35	0	0	64	0.94
121611171--121611232	32	1.9	32	100	0	124	32	22	9	35	1.87
121611612--121611675	21	3.0	21	100	0	128	28	34	28	9	1.88
121611612--121611692	42	1.9	41	87	9	119	28	33	25	12	1.92
121612628--121612702	34	2.2	34	92	2	134	26	22	22	28	1.99
121613160--121613195	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
121613162--121613195	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
121613191--121613225	15	2.3	15	90	9	54	62	28	0	8	1.24
121613191--121613226	16	2.3	15	90	4	54	63	27	0	8	1.23
121613145--121613273	59	2.2	59	82	8	147	72	16	5	5	1.22
121613514--121613560	19	2.5	20	75	6	53	6	12	6	74	1.20
121615796--121615831	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
121621015--121621278	71	3.7	69	83	6	332	25	14	22	37	1.92
121621157--121621402	122	2.0	123	91	2	397	24	13	22	39	1.91
121621105--121621637	193	2.6	204	81	9	601	26	16	22	35	1.95
121621278--121621442	71	2.3	71	87	6	244	22	15	21	41	1.90
121621507--121621810	76	3.9	75	69	19	215	28	19	22	30	1.98
121621666--121621810	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
121621507--121622141	164	3.9	164	81	12	695	29	17	19	32	1.95
121621840--121622346	72	6.5	73	75	12	406	29	16	19	34	1.94
121621839--121622556	88	9.0	76	73	14	427	28	16	19	35	1.94
121622198--121622233	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121622328--121622389	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
121621979--121622557	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
121623184--121623269	16	5.7	16	72	15	58	69	22	3	4	1.22
121623203--121623238	17	2.2	17	90	5	56	88	2	8	0	0.59
121623205--121623238	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
121623234--121623268	15	2.3	15	90	9	54	62	28	0	8	1.24
121623188--121623316	59	2.2	59	82	8	147	72	16	5	5	1.22
121626561--121626595	16	2.1	17	89	5	54	45	5	0	48	1.26
121627169--121627202	15	2.3	15	100	0	68	41	11	0	47	1.40
121627465--121627505	20	2.0	20	85	0	55	29	26	0	43	1.55
121627913--121627990	30	2.6	32	75	17	78	50	1	2	46	1.23
121627903--121627989	28	3.1	26	73	15	68	49	2	2	45	1.27
121634073--121634107	16	2.1	17	89	5	54	45	5	0	48	1.26
121634685--121634724	15	2.6	15	92	4	62	42	10	0	47	1.37
121635385--121635423	21	1.9	20	85	15	53	15	2	2	79	0.95
121635431--121635469	5	7.4	5	88	11	60	58	0	0	41	0.98
121635435--121635469	12	3.1	12	84	16	56	60	0	0	40	0.97
121635431--121635473	17	2.5	17	96	3	77	58	0	0	41	0.98
121642607--121642654	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
121645021--121645074	27	2.0	27	96	0	99	38	11	12	37	1.79
121651346--121651445	43	2.3	43	86	6	132	24	16	27	33	1.95
121651563--121651648	31	2.7	31	85	3	100	55	20	10	12	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121654099--121654141	21	2.0	21	100	0	86	51	9	9	30	1.65
121655634--121655659	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
121657368--121657482	9	13.7	9	72	15	59	39	0	14	46	1.45
121657407--121657477	25	3.0	25	76	10	78	40	0	12	46	1.42
121662858--121662902	14	3.2	14	74	0	54	40	31	2	26	1.68
121663382--121663435	27	1.9	29	88	7	85	55	33	0	11	1.35
121663383--121663443	27	2.1	29	82	8	72	59	27	0	13	1.35
121670789--121670822	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
121671939--121671987	25	2.0	25	88	8	73	38	10	4	46	1.57
121673737--121673783	22	2.2	22	84	3	60	44	19	4	31	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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