genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  231  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65214704--65214809	42	2.5	42	98	1	203	40	14	12	33	1.83
65220048--65220082	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
65223214--65223389	46	3.8	45	77	10	185	20	21	29	28	1.98
65223210--65223382	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
65225992--65226158	40	4.2	40	77	4	151	22	26	23	27	2.00
65234000--65234164	40	4.2	40	79	4	158	24	26	23	26	2.00
65234016--65234125	39	2.8	40	84	8	136	23	29	24	22	1.99
65241318--65241485	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
65243963--65244036	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
65247279--65247483	40	5.2	40	88	2	281	24	22	26	26	2.00
65254893--65255029	42	3.1	44	90	5	215	34	21	18	25	1.96
65257282--65257329	24	2.0	24	84	8	62	6	43	0	50	1.27
65257717--65257748	3	10.7	3	93	0	55	37	0	28	34	1.57
65257853--65257905	15	3.5	15	70	14	54	41	15	0	43	1.46
65257844--65257906	31	2.0	31	100	0	126	41	15	0	42	1.47
65260850--65260988	39	3.5	40	88	6	196	19	22	27	30	1.98
65260880--65261006	39	3.2	40	82	7	145	18	20	29	32	1.96
65265770--65265810	20	2.1	20	86	13	59	58	0	7	34	1.26
65268564--65268640	40	1.9	40	94	0	136	22	20	27	29	1.98
65268649--65268760	40	2.8	40	87	4	156	25	24	26	24	2.00
65283504--65283602	40	2.3	44	86	8	143	28	21	24	26	1.99
65285127--65285195	30	2.3	31	82	7	79	47	17	8	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65288535--65288586	26	2.0	26	100	0	104	34	11	23	30	1.90
65299263--65299523	77	3.4	79	81	4	316	36	14	14	33	1.87
65299871--65299905	17	2.1	17	100	0	70	48	22	17	11	1.79
65301083--65301251	85	2.0	85	95	0	302	33	9	14	43	1.77
65302560--65302598	17	2.3	17	86	8	53	64	2	10	23	1.37
65304160--65304227	18	3.7	19	77	13	70	45	14	8	30	1.76
65304873--65304911	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
65305524--65305561	15	2.5	15	91	4	58	0	31	0	68	0.90
65308392--65308705	47	6.7	45	71	12	170	27	20	28	23	1.99
65309471--65309585	55	2.1	55	83	3	142	21	21	31	25	1.98
65309495--65309600	55	1.9	55	81	7	126	21	23	30	24	1.99
65309597--65309659	33	1.9	33	96	0	117	22	25	38	14	1.92
65312300--65312350	19	2.6	20	78	12	61	41	1	0	56	1.10
65312881--65312908	9	3.1	9	100	0	56	32	0	0	67	0.91
65314345--65314395	21	2.4	22	78	18	63	78	9	3	7	1.07
65314375--65314408	12	2.7	13	86	4	52	76	8	0	14	1.01
65315451--65315506	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
65318079--65318123	14	3.3	14	84	6	65	37	0	13	48	1.42
65320883--65321009	3	43.0	3	70	14	68	24	7	2	66	1.29
65320883--65321009	17	7.2	17	70	13	78	24	7	2	66	1.29
65320900--65321009	20	5.9	19	71	15	79	25	6	2	65	1.30
65320880--65320996	60	2.0	60	81	6	139	24	5	2	66	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65321041--65321088	21	2.2	21	88	3	69	25	4	0	70	1.04
65321086--65321131	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
65321210--65321303	3	31.3	3	80	4	73	26	3	4	65	1.26
65327160--65327185	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
65328216--65328254	20	1.9	21	84	5	53	35	15	25	23	1.94
65332177--65332227	25	2.0	24	82	14	59	27	5	7	58	1.49
65335373--65335431	25	2.4	25	97	0	109	40	23	6	28	1.80
65337765--65337826	27	2.3	27	82	0	79	30	19	32	17	1.95
65339051--65339144	47	2.0	47	91	2	154	34	10	21	34	1.88
65339268--65339359	17	5.4	18	70	23	58	51	3	3	42	1.34
65347026--65347063	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
65347293--65347463	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
65347288--65347460	46	3.7	46	77	11	192	30	27	19	21	1.98
65350474--65350501	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
65353379--65353439	20	3.2	19	75	13	70	49	1	4	44	1.33
65353402--65353477	10	7.8	10	68	26	56	53	0	2	43	1.14
65353373--65353477	39	2.7	36	81	14	97	52	0	2	43	1.22
65353860--65353889	9	3.3	9	90	0	51	40	0	3	56	1.16
65355975--65356061	24	3.6	24	93	0	156	21	18	25	34	1.96
65355975--65356083	48	2.3	48	88	3	166	24	18	23	33	1.97
65369208--65369277	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
65369208--65369289	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65374502--65374685	94	2.0	94	97	0	350	27	21	15	35	1.93
65381512--65381551	20	2.0	20	85	0	53	15	22	15	47	1.82
65386261--65386416	50	3.1	50	84	3	172	30	8	19	41	1.82
65388135--65388260	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
65392922--65393079	43	3.7	43	81	5	149	32	24	14	28	1.95
65395915--65395984	3	23.3	3	88	5	106	34	0	0	65	0.93
65396096--65396135	20	2.0	21	85	5	55	62	0	0	37	0.95
65403378--65403544	40	4.2	40	80	5	169	23	26	22	26	2.00
65403394--65403542	80	1.9	79	84	6	203	22	27	23	26	1.99
65410915--65411081	40	4.2	40	80	4	169	23	26	22	26	2.00
65410931--65411040	39	2.8	40	84	8	136	22	29	24	23	1.99
65414054--65414217	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
65420055--65420203	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
65420096--65420203	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
65428170--65428318	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
65428211--65428318	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
65431298--65431325	10	2.8	10	100	0	56	32	7	0	60	1.24
65434954--65435107	46	3.5	44	71	22	126	29	17	27	24	1.97
65435045--65435163	46	2.6	45	82	9	152	26	19	28	25	1.99
65436002--65436042	20	2.0	20	86	9	57	2	21	46	29	1.64
65437081--65437339	27	9.6	27	76	7	120	40	20	9	30	1.84
65437081--65437366	81	3.6	80	81	6	305	39	19	10	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65437324--65437734	27	15.3	27	87	1	556	32	20	22	24	1.98
65437102--65437363	54	4.9	54	80	5	271	40	18	10	31	1.84
65438150--65438222	31	2.4	31	92	0	119	17	13	16	52	1.75
65438203--65438267	12	5.3	12	69	10	51	20	13	13	52	1.74
65438142--65438258	6	18.8	6	68	16	60	18	15	14	51	1.77
65438165--65438258	37	2.5	37	84	0	107	20	15	13	50	1.78
65442339--65442489	40	3.8	40	77	11	132	26	23	26	23	2.00
65442379--65442505	40	3.2	40	77	4	132	24	24	28	22	2.00
65447181--65447330	43	3.5	42	84	5	115	23	30	20	26	1.98
65447207--65447330	43	2.9	43	90	1	178	22	31	20	25	1.98
65449256--65449285	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
65453663--65453753	40	2.3	40	82	3	103	27	27	17	27	1.98
65453758--65453913	43	3.6	43	77	7	147	26	29	19	24	1.99
65458684--65458827	44	3.3	44	78	6	152	27	27	19	25	1.99
65471605--65471733	47	2.7	46	80	13	156	28	20	27	22	1.99
65471605--65471809	94	2.2	94	84	7	256	28	19	28	23	1.98
65472316--65472378	31	2.0	31	100	0	126	19	12	25	42	1.86
65473446--65473587	25	5.8	24	80	6	133	16	28	21	33	1.95
65473441--65473567	50	2.6	49	83	7	150	17	26	22	33	1.96
65473479--65473587	49	2.2	51	85	9	154	20	30	20	29	1.97
65473552--65473601	25	2.0	25	84	0	64	22	30	16	32	1.95
65475611--65475701	40	2.3	40	90	0	137	24	14	10	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65475624--65475703	40	2.0	40	95	0	142	23	13	10	52	1.71
65477723--65477766	22	2.0	22	81	0	52	56	4	4	34	1.40
65480064--65480271	40	5.2	40	81	2	195	26	26	20	25	1.99
65491163--65491242	25	3.2	25	78	1	90	13	27	20	38	1.90
65491131--65491267	49	2.8	48	81	7	141	18	27	18	35	1.94
65491618--65492541	461	2.0	464	96	1	1712	27	11	19	41	1.86
65495408--65495448	9	4.4	9	87	12	57	75	0	24	0	0.80
65495378--65495482	57	1.9	55	84	9	144	67	0	28	3	1.08
65495378--65495452	14	5.6	14	73	16	70	68	0	29	2	1.04
65495405--65495443	5	7.8	5	91	8	62	76	0	23	0	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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