Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  105  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25904326--25904419
8
11.9
8
77
13
70
27
0
2
70
0.99
25904330--25904419
15
5.7
15
78
12
92
26
0
2
71
0.98
25904339--25904395
7
7.9
7
80
7
60
21
0
0
78
0.74
25904900--25904960
29
2.1
28
84
3
77
26
1
21
50
1.58
25904900--25904982
14
5.8
14
72
9
69
25
3
21
49
1.66
25904992--25905044
14
3.7
14
84
2
61
16
1
41
39
1.60
25905771--25905949
41
4.4
40
86
2
205
24
21
21
33
1.97
25905771--25905949
83
2.2
81
81
4
207
24
21
21
33
1.97
25912629--25912711
39
2.1
38
82
4
94
48
12
10
28
1.74
25912697--25912803
36
2.9
35
84
13
119
47
11
5
35
1.63
25913719--25913781
19
3.4
19
80
8
85
42
0
20
36
1.52
25913718--25913787
36
1.9
36
97
0
131
42
0
18
38
1.51
25919353--25919381
14
2.0
15
93
6
51
51
20
0
27
1.47
25922314--25922382
28
2.5
28
92
2
113
20
10
26
43
1.83
25923992--25924029
20
1.9
20
88
0
58
52
10
2
34
1.50
25929431--25929463
17
2.0
17
88
5
50
33
18
0
48
1.48
25939882--25939939
3
19.3
3
100
0
116
65
0
0
34
0.93
25939938--25939963
3
8.7
3
100
0
52
34
0
30
34
1.58
25940339--25940382
23
1.9
23
85
0
61
29
2
6
61
1.34
25946582--25946638
27
2.1
27
96
0
105
40
22
10
26
1.86
25947805--25947868
3
21.3
3
100
0
128
34
0
0
65
0.93
25966141--25966174
6
5.7
6
86
13
52
14
2
11
70
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25966146--25966188
18
2.4
18
88
0
59
23
4
9
62
1.44
25966141--25966178
12
3.2
12
88
0
58
15
2
10
71
1.25
25966204--25966299
6
16.0
6
83
4
68
22
6
15
55
1.63
25966204--25966299
18
5.4
17
76
7
75
22
6
15
55
1.63
25966205--25966321
6
19.8
6
77
10
62
22
6
17
53
1.66
25966805--25966850
15
3.1
15
83
0
56
26
6
30
36
1.82
25968507--25968615
40
2.7
40
84
0
146
22
7
22
47
1.75
25969808--25969832
7
3.6
7
100
0
50
48
0
28
24
1.52
25969909--25969951
16
2.7
16
100
0
86
32
23
18
25
1.97
25970130--25970213
36
2.3
36
85
4
105
41
22
13
22
1.88
25971158--25971315
75
2.1
75
84
8
205
54
10
0
34
1.39
25972225--25972267
20
2.2
20
91
0
68
25
11
11
51
1.72
25974276--25974315
12
3.6
12
77
16
50
32
0
0
67
0.91
25975437--25975480
22
2.0
22
82
8
54
34
11
29
25
1.91
25979367--25979499
54
2.5
54
89
0
203
28
16
24
30
1.96
25989211--25989269
30
2.0
30
96
0
109
38
22
10
28
1.86
25995233--25995278
20
2.3
20
92
0
74
34
17
26
21
1.95
25995233--25995279
10
4.7
10
83
0
58
34
17
27
21
1.95
25998676--25998919
54
4.5
53
93
1
389
25
19
25
29
1.98
26027182--26027236
24
2.3
24
80
0
56
60
9
1
29
1.38
26027261--26027312
22
2.4
22
83
0
59
42
0
34
23
1.54
26027666--26027698
16
2.1
16
88
11
50
45
6
3
45
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26029503--26029535
16
2.1
17
88
11
52
45
0
0
54
0.99
26032330--26032370
16
2.5
17
88
4
57
19
24
31
24
1.98
26033872--26033929
26
2.2
26
84
0
71
17
22
22
37
1.93
26034032--26034086
24
2.3
24
90
0
83
20
21
16
41
1.90
26034799--26034827
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
26039444--26039555
28
3.9
27
72
16
75
26
25
20
26
1.99
26039584--26039629
20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
26044912--26044964
28
1.9
27
84
3
70
26
26
18
28
1.98
26044926--26045060
60
2.2
59
83
8
157
25
25
20
27
1.99
26045053--26045098
20
2.3
20
82
14
60
28
28
17
26
1.98
26046395--26046449
28
1.9
29
85
10
78
70
0
18
10
1.15
26050892--26050917
8
3.2
8
100
0
52
88
0
0
11
0.52
26052136--26052188
27
2.0
27
96
0
97
33
7
20
37
1.81
26052753--26052794
21
2.0
21
100
0
84
42
19
19
19
1.89
26055391--26055421
2
16.0
2
93
6
55
48
0
0
51
1.00
26055876--26056049
44
4.0
44
88
3
253
23
21
29
25
1.99
26059275--26059332
29
2.0
29
100
0
116
41
10
13
34
1.79
26065427--26065502
6
12.2
6
70
13
55
72
1
23
2
1.05
26065427--26065502
25
3.0
25
81
7
84
72
1
23
2
1.05
26065433--26065502
4
17.8
4
70
24
51
71
1
24
2
1.08
26065412--26065504
44
2.1
44
84
4
125
72
3
20
4
1.16
26071372--26071407
17
2.1
17
100
0
72
58
16
11
13
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26074808--26074836
14
2.0
15
93
6
51
24
6
20
48
1.74
26078468--26078656
94
2.0
95
85
1
254
55
15
14
14
1.71
26082412--26082452
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
26088253--26088277
7
3.6
7
100
0
50
28
0
12
60
1.32
26088852--26088889
18
2.1
18
95
0
67
23
26
10
39
1.87
26089135--26089190
21
2.6
22
80
8
71
30
44
16
8
1.78
26089276--26089560
139
2.0
141
90
1
448
37
3
6
51
1.46
26089457--26089577
54
2.2
55
84
7
149
42
1
8
47
1.43
26092605--26093123
126
4.1
126
87
3
731
29
17
16
37
1.91
26092605--26093123
251
2.1
252
89
1
783
29
17
16
37
1.91
26093728--26093777
25
2.0
26
84
4
66
56
26
2
16
1.51
26094370--26094409
12
3.3
12
89
0
53
62
7
7
22
1.47
26097889--26097933
22
2.1
21
84
8
56
6
24
4
64
1.37
26097954--26097993
16
2.4
17
87
8
64
45
2
0
52
1.14
26098013--26098060
22
2.1
23
84
3
62
39
16
8
35
1.79
26099007--26099109
38
2.7
38
93
0
179
37
33
20
8
1.83
26100315--26100356
13
3.2
13
96
3
75
54
28
0
16
1.42
26103671--26103797
45
2.8
45
80
3
148
43
11
22
23
1.85
26110432--26110467
16
2.2
16
100
0
72
36
5
22
36
1.78
26110927--26110982
24
2.3
25
87
3
78
30
25
14
30
1.95
26122840--26122902
3
21.0
3
100
0
126
33
0
0
66
0.92
26123879--26123912
6
5.7
6
96
0
59
17
20
14
47
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26124031--26124066
18
2.1
17
89
5
54
30
13
13
41
1.84
26127433--26127503
25
2.8
26
80
4
90
33
19
11
35
1.88
26127632--26127656
12
2.1
12
100
0
50
16
24
0
60
1.36
26127814--26127841
14
2.0
14
100
0
56
21
14
28
35
1.92
26129458--26129482
8
3.1
8
100
0
50
24
24
0
52
1.48
26130591--26130674
26
3.2
26
93
0
141
35
4
22
36
1.76
26132266--26132380
27
4.3
26
84
7
140
17
23
22
36
1.95
26132266--26132380
54
2.1
54
87
3
160
17
23
22
36
1.95
26132442--26132481
19
2.0
22
85
14
59
17
2
47
32
1.61
26136290--26136373
26
3.2
26
96
0
150
34
4
23
36
1.76
26137978--26138090
27
4.2
27
85
3
129
16
23
23
36
1.94
26137976--26138090
54
2.1
54
88
3
169
16
23
23
36
1.94
26138152--26138191
19
2.0
22
85
14
59
17
2
47
32
1.61
26140205--26140260
3
18.7
3
92
0
94
62
0
1
35
1.06
26140259--26140315
3
19.0
3
92
0
96
35
1
0
63
1.05
26147926--26147956
3
10.3
3
100
0
62
64
0
0
35
0.94
26147955--26148026
3
24.0
3
100
0
144
33
0
0
66
0.92
26155599--26155624
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
26158238--26158321
28
3.0
28
91
1
132
19
3
30
46
1.66
26158242--26158335
28
3.6
24
78
18
91
15
4
34
45
1.66
26158547--26158598
21
2.5
21
77
0
68
13
28
28
28
1.94
26165360--26165399
19
2.1
19
100
0
80
32
15
15
37
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26167758--26167790
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
26168181--26168243
30
2.1
30
82
8
76
36
11
1
50
1.47
26168320--26168378
29
2.0
30
86
6
84
59
0
5
35
1.20
26168864--26169398
262
2.0
263
87
1
777
45
19
12
21
1.84
26173546--26173957
171
2.5
164
85
8
496
23
18
22
35
1.95
26174506--26174565
8
7.8
8
73
14
54
18
10
25
46
1.79
26179576--26179683
26
4.2
26
90
0
171
37
23
6
33
1.80
26182648--26182701
15
3.5
15
82
2
72
20
12
24
42
1.87
26189671--26189759
12
6.9
12
74
12
70
4
4
19
71
1.20
26189703--26189759
24
2.5
22
83
10
78
5
5
15
73
1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444