genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6907663--6907698	14	2.6	14	86	0	54	36	0	2	61	1.11
6912175--6912199	10	2.5	10	100	0	50	48	8	0	44	1.32
6916850--6916896	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
6918281--6918319	19	2.1	19	100	0	78	38	15	10	35	1.81
6918447--6918481	15	2.2	16	90	5	54	48	5	0	45	1.26
6918618--6918664	23	2.0	23	84	8	60	48	2	2	46	1.25
6927814--6927863	25	2.0	26	84	11	68	48	4	8	40	1.51
6928348--6928407	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
6929265--6929333	35	2.0	35	94	0	120	20	8	50	20	1.74
6932977--6933017	21	2.0	21	85	9	57	56	4	2	36	1.34
6933027--6933067	21	1.9	21	85	5	55	68	12	4	14	1.36
6939466--6939536	23	3.0	24	87	4	117	39	4	0	56	1.19
6941233--6941263	16	1.9	16	93	0	53	35	6	0	58	1.24
6941715--6941762	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
6945289--6945643	18	19.3	18	75	7	248	36	14	11	37	1.83
6945368--6945643	90	3.1	90	90	2	394	36	13	11	38	1.82
6945895--6945921	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
6945807--6945915	45	2.4	45	93	0	191	44	20	17	18	1.88
6947132--6947177	15	2.8	17	80	16	60	8	26	6	58	1.52
6957213--6957257	24	1.9	23	81	4	54	46	4	11	37	1.60
6962746--6962786	2	21.5	2	87	9	59	53	2	0	43	1.13
6962899--6962987	23	3.8	24	76	19	73	57	6	5	30	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6962899--6962967	22	2.9	24	74	22	65	57	8	5	27	1.51
6963003--6963032	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
6965213--6965302	45	2.0	45	82	4	110	31	26	17	24	1.97
6965417--6965588	87	2.0	88	88	4	258	35	21	18	25	1.95
6965503--6965945	74	5.9	72	85	9	559	32	22	18	26	1.97
6965961--6966653	73	9.2	73	79	9	709	32	21	17	28	1.96
6966260--6966294	14	2.5	14	90	0	52	54	2	22	20	1.58
6965495--6966584	313	3.5	308	88	5	1498	32	21	18	27	1.96
6966185--6966348	89	1.8	89	96	0	301	32	19	18	28	1.96
6965495--6966653	147	7.6	147	82	10	1248	32	21	18	27	1.96
6967506--6967549	4	9.8	5	92	7	53	0	18	0	81	0.68
6967501--6967544	4	10.5	4	90	9	54	0	20	0	79	0.73
6967501--6967550	26	1.9	26	88	8	75	0	18	0	82	0.68
6977517--6977561	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
6977590--6977696	28	3.7	27	73	23	74	26	19	28	26	1.99
6977585--6977726	61	2.3	61	82	8	155	28	19	25	26	1.99
6982002--6982073	36	2.0	36	97	0	135	41	11	9	37	1.74
6982740--6982790	2	26.5	2	88	7	70	54	1	0	43	1.11
6982911--6982975	22	2.7	24	79	18	73	58	7	4	29	1.46
6982988--6983066	11	7.5	11	74	18	53	51	3	3	40	1.38
6986974--6987080	28	3.6	29	74	12	92	57	1	1	38	1.20
6987012--6987052	21	2.0	21	85	0	55	53	2	4	39	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6987535--6987644	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79
6989415--6989701	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
6993446--6993553	26	4.2	26	97	1	184	32	5	25	37	1.79
6993446--6993553	51	2.1	51	93	3	182	32	5	25	37	1.79
6995323--6995609	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
6998260--6998293	16	2.1	16	94	0	59	0	11	2	85	0.71
6998599--6998629	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
6998616--6998684	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
7001550--7001706	27	5.8	27	77	11	153	36	22	22	17	1.94
7001586--7001706	54	2.2	54	91	0	188	36	24	23	15	1.94
7002631--7002686	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
7004170--7004217	24	2.0	25	83	4	62	39	20	14	25	1.91
7009198--7009278	26	3.2	26	98	1	155	30	7	25	35	1.84
7010758--7010809	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
7012936--7012991	26	2.2	26	90	0	85	39	23	5	32	1.77
7018406--7018459	21	2.6	20	75	18	56	3	12	5	77	1.07
7018764--7018831	21	3.3	20	71	17	68	54	7	1	36	1.37
7020568--7020622	26	2.1	27	86	6	78	23	14	23	38	1.92
7022102--7022209	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
7025296--7025325	3	10.0	3	92	0	51	33	0	3	63	1.11
7027784--7027828	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
7027857--7027970	28	3.9	28	71	19	81	26	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7027849--7027993	61	2.4	61	85	8	179	26	20	26	26	1.99
7031554--7031605	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
7033088--7033195	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
7036544--7036610	26	2.6	26	75	11	66	23	26	14	34	1.94
7036577--7036694	24	4.8	24	74	10	87	19	27	18	34	1.95
7036698--7036744	25	1.9	25	87	12	71	25	21	19	34	1.96
7038032--7038067	19	1.9	19	88	5	56	38	5	0	55	1.23
7038386--7038459	37	2.0	37	100	0	148	48	5	8	37	1.56
7041337--7041374	20	2.0	20	90	10	62	63	0	0	36	0.95
7046158--7046265	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
7046702--7046778	3	25.3	3	92	2	127	68	0	0	31	0.90
7047113--7047219	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
7047151--7047215	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
7047153--7047213	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
7047235--7047265	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
7047240--7047270	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
7047574--7047680	17	5.9	18	87	6	155	36	14	11	38	1.81
7047574--7047680	35	3.0	35	95	4	187	36	14	11	38	1.81
7048285--7048917	121	5.3	120	91	2	979	31	18	16	33	1.93
7048284--7048940	239	2.7	238	88	4	959	31	18	15	33	1.93
7048909--7049035	44	2.9	43	71	13	107	25	23	19	31	1.98
7062208--7062260	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7063728--7063860	25	5.2	25	92	6	214	36	24	5	33	1.78
7069548--7069683	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
7072764--7072862	29	3.4	28	79	8	108	38	2	1	58	1.16
7072783--7072823	21	2.0	21	85	0	55	39	4	2	53	1.35
7076180--7076239	24	2.4	26	75	13	63	61	6	5	26	1.42
7079381--7079427	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
7081314--7081750	46	9.5	46	83	4	506	37	23	5	33	1.79
7081314--7081760	23	19.4	23	77	9	396	36	23	5	33	1.79
7082139--7082188	12	4.2	12	73	14	50	42	24	0	34	1.55
7083397--7083426	15	2.0	15	100	0	60	53	13	26	6	1.64
7084980--7085264	136	2.1	136	97	0	534	31	24	18	24	1.97
7087044--7087177	26	5.2	25	96	2	223	36	24	4	34	1.76
7087053--7087178	25	5.1	22	92	3	108	37	25	3	33	1.75
7089581--7089685	25	4.2	25	96	3	185	36	25	6	31	1.82
7097302--7097438	60	2.3	60	83	8	163	26	24	19	29	1.98
7097431--7097486	19	2.9	19	81	2	58	32	23	17	26	1.97
7097794--7097865	27	2.7	27	89	2	92	33	13	18	34	1.90
7097807--7097865	27	2.2	27	96	0	109	35	11	18	33	1.88
7100362--7100443	26	3.2	26	91	0	137	36	24	6	32	1.80
7101740--7101868	7	18.1	7	70	9	73	37	40	0	22	1.54
7101911--7101995	21	3.9	21	75	11	89	44	25	1	28	1.61
7101895--7101984	46	2.0	46	97	0	171	42	25	2	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7101950--7102003	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
7102159--7102279	41	3.0	41	88	0	170	20	21	23	33	1.97
7116889--7116919	12	2.5	12	94	5	53	90	0	9	0	0.46
7117824--7118127	132	2.3	132	93	0	509	31	17	23	27	1.97
7117824--7118127	44	6.9	44	73	5	274	31	17	23	27	1.97
7118232--7118535	87	3.5	86	69	13	244	32	17	21	28	1.96
7118089--7118497	175	2.3	175	88	0	613	33	19	20	27	1.96
7118127--7118438	88	3.6	88	67	12	221	34	18	18	27	1.95
7118939--7119000	19	3.2	19	90	4	97	38	8	17	35	1.80
7121401--7121460	15	4.0	16	77	16	58	45	0	6	48	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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