genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6281804--6281897	3	31.7	3	72	14	70	32	5	2	59	1.32
6282279--6282303	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
6294317--6294406	27	3.2	27	83	13	112	32	24	23	20	1.98
6294507--6294576	28	2.5	28	84	9	97	31	12	25	30	1.93
6301760--6301821	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
6302395--6302427	12	2.7	12	95	4	57	0	15	0	84	0.61
6303531--6303662	42	3.1	41	88	5	174	20	12	36	31	1.89
6303551--6303662	42	2.6	42	92	1	179	23	12	34	29	1.91
6303764--6303855	5	17.0	5	78	14	60	77	0	4	18	0.94
6303777--6303860	30	2.7	32	73	14	86	77	0	5	16	0.96
6303765--6303856	7	14.7	6	82	11	73	78	0	4	17	0.91
6306466--6306533	33	2.1	33	94	0	118	10	16	10	63	1.52
6307649--6307710	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
6313807--6313889	31	2.8	29	74	12	80	46	3	2	46	1.33
6314040--6314185	40	3.6	40	73	8	118	32	21	21	25	1.98
6314257--6314350	40	2.4	41	78	10	106	29	21	21	27	1.98
6314865--6314907	21	2.0	21	82	8	52	23	0	39	37	1.55
6314905--6314970	29	2.3	28	84	7	87	28	1	33	36	1.67
6314960--6315027	35	2.0	34	82	2	82	29	1	39	29	1.66
6315022--6315156	7	18.7	7	71	14	60	20	0	31	47	1.51
6315122--6315163	15	2.8	15	82	13	59	11	0	35	52	1.38
6315065--6315142	21	3.6	21	78	11	86	20	0	35	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6315392--6315466	26	2.9	27	90	4	109	45	6	4	44	1.48
6316260--6316300	21	2.0	21	85	9	57	24	2	29	43	1.67
6318042--6318926	241	3.7	241	96	0	1637	34	17	14	33	1.90
6319046--6319137	9	10.2	9	80	0	103	46	22	1	29	1.59
6323673--6323754	31	2.5	33	82	7	105	14	6	19	59	1.56
6323830--6324029	43	4.7	43	86	1	267	26	29	21	23	1.99
6323830--6324027	85	2.3	86	85	2	256	26	29	20	23	1.99
6324862--6325026	68	2.4	68	80	2	179	35	11	10	42	1.76
6324860--6325052	34	5.7	34	75	2	154	34	10	11	43	1.77
6331691--6331731	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
6351782--6351818	19	1.9	19	89	10	58	62	13	2	21	1.44
6352922--6352959	16	2.4	16	95	0	67	63	0	5	31	1.17
6358365--6358412	24	2.0	24	100	0	96	50	8	8	33	1.63
6360219--6360269	21	2.4	21	93	0	93	15	29	29	25	1.96
6362014--6362132	56	2.2	55	89	6	179	25	0	10	63	1.31
6362091--6362132	20	2.3	19	88	12	61	26	0	4	69	1.08
6371060--6371260	26	8.1	25	65	19	73	30	4	5	59	1.41
6371078--6371123	21	2.2	21	81	11	51	30	4	4	60	1.35
6373387--6373426	21	1.9	21	89	0	62	27	0	25	47	1.52
6374143--6374176	16	2.1	17	88	5	52	29	0	0	70	0.87
6374143--6374178	17	2.1	17	90	10	56	30	0	0	69	0.89
6374574--6374683	26	4.2	26	96	0	193	33	6	24	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6376301--6376467	27	6.2	27	90	2	237	18	24	22	34	1.96
6377925--6377961	8	4.5	8	90	6	56	37	2	0	59	1.12
6377925--6377961	17	2.2	17	90	4	58	37	2	0	59	1.12
6379775--6379881	25	4.2	26	93	4	175	33	4	24	37	1.76
6388644--6388669	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
6394953--6394982	15	2.0	15	100	0	60	66	6	0	26	1.16
6395128--6395184	30	2.0	29	83	10	73	52	1	7	38	1.39
6395139--6395224	38	2.2	39	79	6	104	53	4	5	36	1.46
6395706--6395780	27	2.9	27	94	5	129	4	2	24	69	1.19
6396732--6397110	90	4.7	80	77	12	330	33	18	18	29	1.95
6396562--6397181	247	2.6	238	83	6	728	35	18	17	29	1.94
6396788--6397110	164	1.9	167	86	3	456	33	19	18	28	1.96
6396944--6397211	75	3.6	74	88	3	371	32	20	17	28	1.96
6397168--6397263	49	2.0	49	95	0	174	33	20	15	30	1.94
6397096--6397335	121	2.0	121	92	1	401	34	17	15	32	1.92
6397220--6397450	72	3.1	72	83	10	277	34	16	16	32	1.91
6397404--6397509	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
6397360--6397986	140	4.5	140	95	2	1125	37	20	17	25	1.93
6397685--6397790	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
6397823--6397928	54	1.9	54	85	9	144	38	19	14	27	1.90
6397919--6398084	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
6397959--6398205	122	2.0	124	89	3	383	38	22	14	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6398084--6398257	70	2.5	69	84	6	208	33	23	14	28	1.94
6403386--6403421	12	3.0	12	95	0	63	41	2	25	30	1.69
6405244--6405273	15	2.0	15	100	0	60	66	6	0	26	1.16
6405432--6405462	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
6405401--6405534	39	3.3	40	75	10	121	52	4	5	37	1.44
6406013--6406087	26	3.0	26	92	3	118	4	2	25	68	1.21
6406733--6406792	21	2.8	22	82	7	79	68	3	0	28	1.05
6406736--6406780	9	4.6	10	80	20	51	68	2	0	28	1.01
6409984--6410010	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
6413647--6413710	34	1.9	33	90	3	101	26	6	6	60	1.44
6417165--6417249	28	3.0	28	87	6	109	54	1	2	42	1.21
6417311--6417361	18	2.7	19	84	9	68	66	0	0	33	0.92
6417311--6417361	10	5.4	9	80	15	59	66	0	0	33	0.92
6417333--6417374	22	1.9	22	85	0	57	69	0	4	26	1.08
6417847--6417927	31	2.6	30	81	14	92	50	16	6	27	1.68
6419336--6419399	30	2.1	32	85	5	87	51	6	0	42	1.27
6444912--6444960	25	2.0	25	100	0	98	20	4	10	65	1.39
6445485--6445514	11	2.6	11	94	5	51	16	3	0	80	0.85
6446441--6446509	24	3.0	24	70	12	63	47	0	1	50	1.09
6446446--6446537	47	2.0	47	80	8	107	45	0	1	53	1.07
6448513--6448552	16	2.5	16	84	11	55	55	2	0	42	1.13
6449821--6449858	20	1.9	20	100	0	76	65	5	0	28	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6449821--6449866	20	2.2	20	92	3	74	65	8	0	26	1.21
6451384--6451445	31	2.0	31	100	0	124	22	12	38	25	1.90
6452054--6452095	11	3.8	11	78	9	50	23	2	2	71	1.10
6460257--6460287	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
6460480--6460522	18	2.4	17	81	14	50	60	0	11	27	1.31
6460510--6460551	17	2.4	17	80	11	50	54	2	2	40	1.26
6460535--6460590	26	2.2	25	84	9	69	55	3	1	39	1.28
6461302--6461409	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
6462759--6462893	26	5.2	26	92	1	227	33	5	24	37	1.78
6462759--6462893	51	2.6	52	95	2	245	33	5	24	37	1.78
6464369--6464420	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
6464667--6464953	137	2.1	137	98	0	556	24	19	25	31	1.98
6471376--6471482	26	4.2	26	91	2	180	32	7	23	36	1.83
6471376--6471482	51	2.1	52	94	1	189	32	7	23	36	1.83
6476045--6476447	88	4.6	86	81	8	309	36	18	16	28	1.92
6476349--6476377	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
6476361--6476761	74	5.2	73	75	13	342	33	20	17	27	1.96
6476283--6476690	164	2.5	162	88	3	581	34	19	17	28	1.95
6476524--6476761	74	3.2	73	87	4	343	33	22	16	27	1.96
6476672--6476836	89	1.8	90	90	1	269	35	20	18	26	1.95
6476763--6476926	73	2.2	73	82	2	193	37	18	14	28	1.91
6476836--6477174	87	3.9	87	83	5	448	36	19	15	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6476836--6477170	177	1.9	176	93	0	571	37	19	15	28	1.92
6477250--6477630	75	5.0	74	82	10	466	33	20	16	28	1.95
6476607--6477803	652	1.9	628	85	6	1648	35	20	16	28	1.94
6476200--6477878	487	3.5	474	80	11	1587	35	20	16	28	1.94
6477414--6477638	71	3.1	72	85	5	319	32	19	16	31	1.94
6477283--6477878	248	2.5	238	84	7	766	34	19	16	29	1.94
6477556--6477820	85	3.0	86	83	7	331	38	20	15	25	1.91
6477727--6477874	75	1.9	76	86	2	208	35	16	16	31	1.91
6484329--6484371	18	2.4	17	81	14	50	60	0	11	27	1.31
6488131--6488170	20	2.0	20	95	0	71	32	22	10	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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