Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  396  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
114910031--114910161
30
4.5
30
86
8
171
32
13
25
28
1.94
114910031--114910161
58
2.2
58
86
4
174
32
13
25
28
1.94
114917985--114918115
30
4.5
30
86
8
171
32
13
25
28
1.94
114917985--114918115
58
2.2
58
86
4
174
32
13
25
28
1.94
114919582--114919675
49
1.9
49
84
0
125
43
8
21
26
1.81
114924762--114924932
40
4.3
39
77
10
159
28
21
26
23
1.99
114926997--114927098
46
2.2
46
94
1
179
33
11
15
39
1.84
114927162--114927440
85
3.2
86
78
3
229
34
14
19
31
1.92
114939233--114939335
29
3.6
27
78
5
89
29
32
16
22
1.96
114947159--114947260
29
3.6
28
80
7
116
30
32
15
21
1.95
114951511--114951556
19
2.4
18
86
13
58
30
21
0
47
1.51
114951656--114951713
23
2.5
23
97
0
107
46
41
3
8
1.51
114952215--114952246
15
2.1
15
100
0
64
50
12
0
37
1.41
114953442--114953477
4
8.5
4
88
11
54
0
30
0
69
0.89
114953441--114953476
9
4.1
9
92
7
65
0
33
0
66
0.92
114953441--114953477
13
2.8
13
84
15
58
0
32
0
67
0.91
114953535--114953566
13
2.5
13
100
0
64
15
6
0
78
0.95
114957942--114958075
43
3.1
42
77
6
119
27
16
24
31
1.96
114957940--114958095
85
1.8
85
79
5
181
26
17
26
30
1.97
114972310--114972455
40
3.7
40
84
0
175
24
27
21
26
2.00
114972342--114972493
40
3.8
40
84
5
164
23
25
22
28
1.99
114980414--114980559
40
3.7
40
84
0
175
24
27
21
26
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
114980446--114980597
40
3.8
40
84
5
164
23
25
22
28
1.99
114986331--114986412
43
1.9
43
82
7
105
29
18
20
31
1.96
114986331--114986412
42
1.9
42
82
7
103
29
18
20
31
1.96
114995244--114995282
21
1.9
20
89
5
60
46
20
0
33
1.51
115018119--115018220
40
2.5
40
84
3
125
23
17
25
33
1.96
115018214--115018287
27
2.7
27
76
2
76
32
13
27
27
1.94
115018214--115018299
28
3.1
28
77
1
93
32
13
26
26
1.94
115022615--115022650
2
18.5
2
94
5
65
50
0
0
50
1.00
115030340--115030406
34
1.9
34
84
6
89
44
14
2
37
1.61
115031618--115031797
34
5.3
34
75
5
148
41
12
14
31
1.84
115035523--115035671
33
4.4
33
75
6
129
42
16
13
26
1.85
115035523--115035671
67
2.2
67
83
3
192
42
16
13
26
1.85
115038874--115038903
3
10.0
3
100
0
60
66
0
0
33
0.92
115040359--115040392
15
2.2
16
94
5
61
58
0
0
41
0.98
115043299--115043334
4
9.0
4
100
0
72
50
25
0
25
1.50
115045721--115045775
27
2.0
27
92
0
92
58
0
9
32
1.30
115045723--115045787
27
2.3
27
86
5
85
56
0
6
36
1.24
115048876--115048935
30
2.0
30
86
3
84
61
1
1
35
1.16
115055043--115055162
59
2.1
58
98
1
231
35
6
9
48
1.61
115055220--115055307
44
2.0
44
100
0
176
43
0
9
47
1.35
115055755--115055983
43
5.3
43
90
0
332
27
29
18
24
1.98
115056253--115056299
19
2.5
19
76
10
51
72
4
2
21
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115060946--115060982
15
2.5
15
86
4
58
43
32
5
18
1.73
115060935--115061003
7
9.7
7
75
7
50
47
27
2
21
1.65
115061244--115061356
41
2.8
41
91
0
181
19
22
24
33
1.97
115061244--115061411
82
2.0
83
81
10
193
18
20
22
38
1.94
115061437--115061461
12
2.1
12
100
0
50
44
32
16
8
1.76
115064701--115065080
49
7.9
49
91
3
621
33
8
28
29
1.87
115064700--115065080
96
4.0
96
94
2
642
33
8
28
29
1.87
115065072--115065271
48
4.2
48
95
0
355
32
6
29
32
1.83
115065311--115065438
37
3.4
37
97
1
238
23
18
32
25
1.97
115067344--115067643
40
7.6
40
83
6
281
24
20
28
26
1.99
115071266--115071696
47
9.0
48
92
3
674
33
8
28
29
1.87
115071267--115071696
96
4.5
96
93
2
720
33
8
28
29
1.87
115071688--115071887
48
4.2
48
95
0
355
32
6
29
32
1.83
115071927--115072014
37
2.4
37
94
1
149
23
18
31
26
1.97
115074020--115074122
29
3.6
29
81
2
118
23
16
32
28
1.96
115077857--115077883
9
3.0
9
100
0
54
22
22
22
33
1.97
115090897--115090941
21
2.1
21
84
8
56
75
0
2
22
0.91
115092402--115092626
40
5.7
40
88
4
273
25
25
21
26
2.00
115100571--115100793
40
5.7
40
86
6
246
25
26
21
26
1.99
115100571--115100793
78
2.8
79
82
8
242
25
26
21
26
1.99
115104642--115104811
47
3.7
45
82
11
202
25
30
17
27
1.97
115104640--115104811
92
1.9
93
87
8
262
25
30
18
26
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115106349--115106387
20
2.0
20
89
0
60
74
5
5
15
1.17
115108964--115109180
40
5.5
40
91
2
314
25
22
27
24
2.00
115108960--115109180
119
1.9
119
87
3
329
26
22
26
24
2.00
115111257--115111584
48
6.9
48
80
6
299
27
30
17
25
1.97
115111258--115111572
95
3.3
96
81
5
320
26
30
17
25
1.97
115111254--115111578
143
2.3
141
83
3
391
26
30
17
24
1.97
115125196--115125276
5
15.8
5
71
16
51
76
2
3
17
1.04
115125221--115125280
6
9.8
6
71
10
50
80
1
3
15
0.93
115125216--115125278
32
2.0
30
85
11
83
79
1
4
14
0.97
115125216--115125280
12
5.9
11
79
16
64
78
1
4
15
0.99
115125221--115125277
26
2.1
28
83
6
73
80
1
3
14
0.92
115125225--115125276
21
2.5
20
87
6
68
80
1
3
13
0.93
115125234--115125280
14
3.1
16
76
17
55
80
0
4
14
0.85
115127920--115128176
40
6.5
40
87
5
319
21
23
29
25
1.99
115132540--115132620
41
2.0
40
97
2
153
37
8
22
32
1.84
115133371--115133404
15
2.2
16
94
5
61
14
11
17
55
1.68
115135446--115135505
30
2.0
30
87
6
86
36
8
26
28
1.85
115136147--115136433
49
5.8
49
87
1
385
25
17
26
29
1.98
115136244--115136327
28
3.2
28
65
25
83
23
16
29
29
1.96
115162401--115162586
40
4.6
40
85
4
232
23
20
27
27
1.99
115162397--115162619
80
2.8
80
77
11
233
26
20
26
26
1.99
115170434--115170646
40
5.3
40
88
4
263
25
20
27
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115170434--115170679
80
3.1
78
84
8
293
26
20
27
26
1.99
115176969--115176995
13
2.1
13
100
0
54
29
14
25
29
1.95
115178733--115178765
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
115182140--115182184
21
2.2
20
88
4
63
28
26
26
17
1.98
115184053--115184093
11
3.8
11
84
15
50
14
4
0
80
0.87
115184057--115184125
6
13.0
5
80
17
61
20
4
0
75
0.97
115184056--115184104
6
8.5
6
88
4
66
16
4
0
79
0.88
115187028--115187060
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
115192892--115193099
40
5.2
39
84
1
218
25
25
22
25
2.00
115192892--115193097
80
2.6
81
84
3
247
25
26
22
25
2.00
115201038--115201245
40
5.2
39
84
1
218
25
25
22
25
2.00
115201038--115201243
80
2.6
81
84
3
247
25
26
22
25
2.00
115206803--115206832
5
6.0
5
92
0
51
80
3
0
16
0.85
115209368--115209400
13
2.4
14
95
5
59
0
12
0
87
0.53
115209374--115209407
10
3.3
10
91
4
50
0
14
0
85
0.60
115215892--115215924
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
115218992--115219147
67
2.3
66
81
9
174
32
15
30
21
1.94
115226432--115226608
67
2.6
67
80
8
184
31
14
31
22
1.94
115231169--115231249
12
6.6
11
77
14
54
18
3
3
74
1.12
115231169--115231229
6
10.0
6
81
10
52
16
1
4
77
1.03
115231169--115231229
25
2.4
25
84
10
72
16
1
4
77
1.03
115235208--115235367
33
4.8
33
89
0
203
38
21
6
33
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115235357--115235443
29
3.0
29
93
0
147
25
25
13
35
1.93
115235468--115235545
31
2.5
31
91
0
129
26
28
15
29
1.96
115237642--115237674
13
2.6
13
90
4
50
39
0
12
48
1.40
115249054--115249131
31
2.5
31
93
2
131
29
25
17
26
1.98
115249155--115249246
42
2.2
42
94
0
157
39
22
11
26
1.89
115249393--115249487
25
3.8
25
94
0
154
27
23
24
25
2.00
115249518--115249548
16
1.9
16
93
0
53
35
16
19
29
1.93
115250298--115250360
27
2.3
27
81
5
74
22
25
17
34
1.95
115250414--115250465
27
1.9
27
88
7
79
36
11
13
38
1.81
115250560--115250705
27
5.4
27
89
0
220
40
8
23
27
1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444