genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  255  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72869723--72870059	69	4.9	69	86	2	320	22	10	21	44	1.84
72870959--72871174	46	5.0	46	81	14	251	22	24	14	38	1.92
72871082--72871152	34	2.1	34	97	0	133	23	25	14	36	1.92
72873292--72873317	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72877401--72877476	27	2.8	27	87	0	98	25	15	21	38	1.92
72877411--72877478	27	2.5	27	90	0	100	25	13	23	38	1.91
72877432--72877489	27	2.1	27	83	0	71	32	8	15	43	1.77
72877486--72877838	27	13.1	27	86	1	456	28	10	22	37	1.88
72877443--72877838	54	7.3	54	83	2	386	29	10	22	37	1.87
72877443--72877838	81	4.9	81	84	3	424	29	10	22	37	1.87
72883671--72883874	40	5.1	39	92	2	291	24	19	27	28	1.98
72885374--72885463	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
72885374--72885463	27	3.2	28	79	7	103	20	24	23	32	1.98
72885384--72885474	27	3.2	28	79	4	85	21	26	19	31	1.98
72885374--72885488	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
72885923--72885959	19	1.9	19	88	0	56	18	2	5	72	1.15
72885933--72885963	13	2.3	14	94	5	55	22	3	0	74	0.96
72893034--72893098	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
72893214--72893289	27	2.8	26	80	9	89	21	26	19	32	1.97
72893214--72893303	27	3.2	28	79	6	85	21	26	20	32	1.97
72895075--72895118	19	2.4	19	85	7	56	54	4	6	34	1.47
72895890--72895942	14	3.6	14	81	16	63	9	5	13	71	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72895916--72895949	14	2.5	14	90	4	52	5	8	8	76	1.15
72896167--72896282	30	3.9	30	80	3	119	43	2	23	31	1.67
72896153--72896282	60	2.2	59	79	4	145	43	2	21	33	1.65
72896279--72896324	24	1.9	24	95	0	83	26	0	2	71	0.97
72896560--72896715	10	16.7	9	68	17	86	63	2	1	32	1.19
72896573--72896725	19	7.9	19	74	13	98	62	3	2	31	1.25
72896653--72896725	9	7.4	10	76	13	62	67	5	2	24	1.26
72896897--72897027	10	13.6	10	68	15	62	27	5	0	66	1.18
72896894--72896988	19	4.8	21	69	14	67	28	5	0	66	1.13
72897207--72897522	92	3.4	92	82	10	328	37	6	16	39	1.76
72897207--72897534	89	3.5	94	81	9	329	38	6	16	38	1.75
72900210--72900311	29	3.6	29	90	4	154	26	15	29	28	1.96
72903787--72903835	23	2.1	23	96	0	89	30	18	6	44	1.74
72905596--72905622	13	2.1	13	100	0	54	22	7	22	48	1.75
72917678--72917859	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
72917708--72917860	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
72921350--72921531	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
72921380--72921532	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
72929427--72929608	39	4.6	39	89	0	247	23	31	21	23	1.98
72929457--72929609	39	3.9	39	92	0	252	23	32	20	23	1.98
72942939--72942964	11	2.4	11	100	0	52	46	30	7	15	1.74
72944609--72944687	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72945328--72945367	2	20.0	2	84	0	53	42	5	2	50	1.37
72947825--72947865	21	2.0	21	85	0	55	21	17	41	19	1.90
72950861--72950910	25	2.0	25	100	0	100	24	4	36	36	1.74
72958429--72958684	66	3.9	65	74	13	215	24	29	16	30	1.96
72959114--72959183	34	2.1	34	100	0	140	42	17	8	31	1.79
72959375--72959435	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
72960462--72960492	15	2.1	15	93	0	53	12	0	3	83	0.75
72963166--72963191	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
72966180--72966350	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
72971860--72971911	13	3.8	13	73	9	50	44	7	3	44	1.51
72971861--72971920	28	2.1	28	100	0	120	36	8	6	48	1.60
72971874--72971921	15	3.3	15	71	11	55	35	8	8	47	1.64
72972328--72972361	14	2.4	14	90	9	52	41	0	0	58	0.98
72972375--72972491	32	3.4	33	79	15	114	52	0	2	45	1.14
72981828--72981955	40	3.3	39	73	5	123	19	21	25	32	1.97
72981837--72981938	38	2.6	39	78	4	107	22	23	22	31	1.98
72983096--72983196	28	3.4	27	72	19	78	24	27	20	26	1.99
72983084--72983203	60	2.0	61	85	6	163	27	25	19	27	1.99
72983084--72983232	60	2.5	59	81	9	142	27	24	19	28	1.99
72983237--72983279	19	2.3	19	84	8	52	34	25	18	20	1.96
72983904--72983935	16	2.1	15	94	5	55	3	18	28	50	1.62
72985509--72985549	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72985956--72986059	52	2.0	52	100	0	208	32	9	17	40	1.82
72987403--72987446	18	2.4	18	81	7	54	25	47	9	18	1.77
72996181--72996220	21	1.9	21	84	0	53	45	0	5	50	1.23
73003411--73003490	6	13.2	6	89	4	117	16	1	2	80	0.90
73029001--73029049	2	25.0	2	87	4	73	55	0	0	44	0.99
73031644--73031746	48	2.1	48	82	3	118	17	27	22	33	1.96
73032903--73033211	38	8.1	38	89	0	456	31	23	22	22	1.98
73036166--73036199	16	2.1	16	94	0	59	38	0	26	35	1.57
73037361--73037482	37	3.5	37	79	15	141	50	13	17	19	1.78
73037397--73037482	6	14.0	6	74	13	77	50	15	15	19	1.79
73037406--73037482	31	2.5	31	86	0	118	49	14	15	20	1.79
73037409--73037479	25	2.8	25	79	10	74	47	15	16	19	1.82
73037387--73037447	19	3.3	19	80	13	72	49	14	18	18	1.80
73037601--73037652	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
73037660--73037698	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
73038017--73038533	27	19.2	27	88	0	649	40	7	22	29	1.82
73038376--73038679	54	5.6	54	77	8	170	34	8	21	35	1.84
73038513--73038679	27	6.2	26	76	8	113	29	9	20	40	1.84
73046425--73046527	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
73048926--73049008	41	2.0	41	93	4	141	39	4	20	34	1.74
73051677--73051748	33	2.1	34	92	2	119	51	18	12	18	1.76
73052683--73052735	27	2.0	27	84	0	70	16	26	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73052927--73053059	45	3.0	45	88	1	196	23	24	12	39	1.89
73052940--73053014	23	3.3	23	63	17	57	22	26	10	40	1.87
73052951--73053022	21	3.3	21	66	17	56	25	23	11	40	1.87
73052965--73053036	22	3.2	22	67	18	67	25	23	11	40	1.87
73056975--73057003	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
73068783--73068819	10	3.7	10	92	0	56	10	13	18	56	1.66
73073982--73074050	27	2.5	28	95	2	122	30	26	14	28	1.95
73080453--73080551	27	3.5	28	87	4	128	31	27	14	27	1.95
73089028--73089137	40	2.8	38	81	6	130	29	14	27	29	1.95
73091501--73091642	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
73091540--73091668	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
73099507--73099673	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
73107524--73107690	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
73111915--73111974	23	2.5	24	86	8	77	21	26	18	33	1.96
73113188--73113253	27	2.4	27	85	7	89	40	19	22	16	1.91
73113391--73113454	26	2.4	27	89	2	94	31	10	23	34	1.89
73113700--73113733	16	2.2	15	94	5	59	2	17	26	52	1.58
73117118--73117159	21	2.0	21	90	0	66	40	11	16	30	1.85
73127211--73127250	20	2.1	19	85	4	53	45	17	5	32	1.70
73129711--73129758	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
73129802--73129860	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
73129911--73130005	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73129912--73130005	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
73130197--73130359	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
73130221--73130336	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
73130197--73130336	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
73138063--73138110	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
73138154--73138212	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
73138263--73138356	23	4.0	24	84	8	122	28	20	24	26	1.99
73138264--73138356	47	2.0	48	85	10	129	27	20	24	26	1.99
73138548--73138710	38	4.4	38	83	11	223	38	17	22	22	1.93
73138572--73138687	31	3.5	31	79	15	133	42	14	19	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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