genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  191  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53319822--53319937	29	4.0	29	97	0	214	27	25	15	31	1.96
53319778--53319937	58	2.8	58	87	3	171	25	28	16	28	1.97
53319778--53319937	87	1.8	87	84	5	216	25	28	16	28	1.97
53323850--53323919	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
53323850--53323931	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
53336321--53336524	39	5.2	39	77	6	180	25	26	23	24	2.00
53336309--53336524	78	2.8	79	81	7	221	25	25	23	25	2.00
53339545--53339610	9	7.2	9	72	16	55	1	22	4	71	1.13
53339550--53339600	26	2.0	26	88	0	75	1	23	3	70	1.14
53339546--53339600	16	3.6	15	83	11	58	1	23	3	70	1.12
53339613--53339650	18	2.2	17	86	13	51	15	7	0	76	1.01
53339775--53339867	3	32.0	3	93	6	165	66	0	0	33	0.92
53340142--53340344	104	2.0	104	98	0	397	28	22	18	31	1.97
53341082--53341232	42	3.6	42	75	7	135	29	13	26	30	1.94
53343001--53343053	26	2.0	26	96	0	97	26	18	28	26	1.98
53343027--53343180	43	3.6	42	78	9	152	25	16	25	31	1.97
53344446--53344489	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
53345044--53345112	28	2.5	28	90	4	104	27	13	26	33	1.93
53350866--53351041	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
53350863--53351034	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
53358402--53358577	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
53358399--53358570	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53362434--53362467	15	2.3	15	90	5	52	0	35	0	64	0.94
53363192--53363246	23	2.3	23	93	3	92	69	3	10	16	1.32
53372022--53372073	26	2.0	26	85	7	70	38	5	13	42	1.68
53378140--53378181	18	2.3	19	83	4	50	45	2	7	45	1.44
53380645--53380704	30	2.0	30	93	0	102	28	18	28	25	1.98
53381793--53381968	40	4.4	40	84	2	212	30	14	26	28	1.95
53381793--53381968	79	2.2	80	85	3	230	30	14	26	28	1.95
53385489--53385711	43	5.2	43	86	4	324	25	17	27	30	1.97
53386825--53386858	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
53388349--53388456	38	2.8	38	94	1	189	23	22	14	39	1.91
53388372--53388473	31	3.1	31	88	9	132	23	21	15	39	1.92
53388666--53388783	23	5.0	24	87	7	161	25	22	23	28	1.99
53388665--53388782	47	2.5	46	87	6	157	25	22	23	28	1.99
53388840--53388916	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
53388836--53388918	20	4.2	20	96	0	157	32	19	12	36	1.88
53388836--53388907	11	7.1	11	70	17	66	31	19	12	36	1.89
53396563--53396681	25	5.0	24	84	12	147	26	21	21	29	1.99
53396748--53396806	11	5.7	11	73	15	63	32	20	11	35	1.89
53396744--53396817	20	3.7	20	96	0	139	33	20	10	35	1.87
53396744--53396815	9	7.3	9	71	17	54	34	20	9	34	1.86
53396852--53396898	24	2.0	24	82	0	58	25	17	23	34	1.96
53401231--53401280	25	2.0	26	88	7	77	30	4	14	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53401676--53401806	47	2.8	48	88	3	185	23	13	28	34	1.93
53413996--53414029	14	2.3	15	90	5	52	52	5	2	38	1.41
53416066--53416250	41	4.6	40	75	9	135	35	16	28	19	1.94
53416109--53416204	37	2.5	40	83	6	126	32	17	29	20	1.96
53416736--53416777	21	2.0	21	81	9	50	45	28	4	21	1.72
53422621--53422703	29	2.9	29	92	0	139	28	18	27	25	1.98
53424405--53424430	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
53426380--53426455	39	1.9	39	86	2	107	35	25	21	18	1.95
53426398--53426688	39	7.5	39	88	1	397	30	27	21	20	1.98
53426761--53426842	28	2.9	28	79	0	101	29	21	10	37	1.88
53428475--53428700	68	3.3	68	79	11	187	22	27	16	34	1.95
53428590--53428742	68	2.2	68	100	0	306	25	26	17	30	1.97
53436178--53436273	34	2.9	33	80	10	106	23	21	26	28	1.99
53436955--53436987	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
53438327--53438422	40	2.4	41	79	13	110	30	18	20	30	1.97
53438407--53438453	18	2.6	18	80	12	60	40	17	25	17	1.90
53442505--53442680	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
53442502--53442673	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
53445623--53445701	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
53445614--53445700	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
53448084--53448259	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
53448081--53448251	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53452453--53452490	18	2.1	19	90	5	60	34	15	0	50	1.45
53452679--53452798	41	2.8	43	86	5	172	31	26	15	25	1.96
53452677--53452828	43	3.6	42	81	9	166	31	25	17	26	1.97
53457311--53457518	40	5.2	40	81	1	220	25	25	22	25	2.00
53459286--53459329	22	2.0	22	100	0	88	27	9	27	36	1.87
53476471--53476633	70	2.3	71	97	1	310	19	28	18	34	1.95
53476471--53476667	70	2.8	70	90	4	249	20	28	17	32	1.96
53484007--53484170	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
53484007--53484204	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
53488226--53488309	38	2.2	37	95	2	150	29	23	4	41	1.75
53489651--53489709	5	11.4	5	74	16	50	77	1	18	1	0.93
53489646--53489709	21	3.1	20	84	10	76	78	3	17	1	0.96
53489661--53489710	15	3.2	16	83	8	68	78	2	18	2	0.95
53489755--53489787	13	2.6	13	95	4	59	45	12	15	27	1.81
53489789--53489813	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
53489780--53489833	18	3.0	18	80	0	63	66	1	18	12	1.33
53489789--53489887	30	3.3	30	74	2	83	63	1	24	11	1.33
53489849--53489887	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
53500011--53500050	20	2.0	20	100	0	80	40	30	15	15	1.87
53503034--53503090	31	2.0	27	83	13	69	68	1	26	3	1.15
53509810--53509967	43	3.7	43	76	15	166	30	24	18	25	1.98
53513694--53513849	40	3.9	40	95	0	269	22	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53521503--53521668	40	4.2	40	89	2	228	23	21	27	28	1.99
53521491--53521668	80	2.2	80	86	6	254	24	21	26	27	1.99
53533220--53533352	29	4.6	29	81	2	81	24	33	18	24	1.97
53533219--53533295	30	2.6	30	77	2	84	22	35	20	22	1.96
53533279--53533352	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
53539289--53539482	40	4.9	40	92	1	302	22	20	28	29	1.98
53544231--53544333	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
53549266--53549477	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
53549266--53549477	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
53557098--53557309	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
53557098--53557309	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
53570100--53570218	44	2.8	42	81	9	141	22	16	28	31	1.96
53570152--53570245	42	2.2	42	81	9	102	26	17	25	30	1.97
53572485--53572691	80	2.6	80	79	5	213	26	25	22	25	2.00
53572488--53572692	40	5.1	40	78	5	182	25	24	22	26	2.00
53576344--53576438	40	2.4	40	82	3	111	25	16	25	32	1.96
53576421--53576494	28	2.6	28	91	0	112	25	16	28	29	1.97
53576943--53577009	33	2.0	33	94	0	116	29	5	22	41	1.77
53583023--53583203	76	2.3	78	93	2	303	27	20	29	22	1.98
53583023--53583203	39	4.7	39	91	3	303	27	20	29	22	1.98
53591087--53591230	39	3.7	39	92	0	243	26	20	29	22	1.99
53591088--53591270	78	2.3	79	90	1	278	24	22	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53596188--53596288	53	1.9	53	100	0	202	35	10	18	34	1.86
53597903--53598135	49	4.7	50	80	2	254	24	18	27	29	1.98
53598008--53598091	28	3.2	28	65	25	74	22	16	29	30	1.96
53601021--53601089	28	2.5	28	92	2	113	20	10	27	42	1.84
53604552--53604696	24	6.0	24	97	0	272	17	15	28	38	1.90
53604561--53604717	72	2.2	72	90	2	244	19	16	28	36	1.93
53612400--53612567	24	7.0	24	98	0	320	17	16	28	38	1.91
53618649--53618682	18	2.0	17	88	11	52	26	14	17	41	1.88
53621552--53621738	39	4.8	39	96	0	338	22	28	25	22	1.99
53623548--53623649	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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