genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  97  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23551412--23552001	151	3.9	151	81	8	675	30	21	17	30	1.96
23562637--23562743	24	4.5	24	67	21	71	53	4	9	32	1.54
23562612--23562683	36	2.0	36	81	10	85	50	1	8	40	1.41
23562727--23562769	11	3.9	11	81	0	50	60	4	0	34	1.17
23564304--23564346	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
23565396--23565442	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
23565703--23566014	46	7.0	46	87	7	419	22	24	15	38	1.92
23565928--23566003	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
23568780--23568838	21	3.0	20	80	11	59	15	6	10	67	1.39
23568839--23568879	3	14.3	3	85	10	59	65	0	0	34	0.93
23572349--23572445	48	2.1	46	88	3	140	36	14	23	25	1.93
23577604--23577762	41	3.9	41	84	2	194	32	20	20	26	1.97
23578141--23578169	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
23578512--23578553	19	2.2	19	100	0	84	28	0	21	50	1.49
23579427--23579474	17	2.7	18	75	15	55	37	33	0	29	1.58
23581637--23581750	57	2.0	57	98	0	219	41	10	4	43	1.59
23581800--23581870	24	3.0	24	87	0	106	29	16	7	46	1.74
23582044--23582116	28	2.6	29	95	2	130	46	1	0	52	1.09
23582044--23582127	15	5.8	15	73	18	88	45	1	0	53	1.08
23582240--23582491	9	28.4	9	79	6	210	48	13	2	35	1.57
23582251--23582491	44	5.5	44	83	4	245	48	13	2	35	1.57
23582240--23582438	53	3.8	53	84	2	283	48	13	3	35	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23584358--23584382	12	2.1	12	100	0	50	32	8	28	32	1.86
23588084--23588139	21	2.7	21	85	0	76	30	23	46	0	1.53
23588390--23588456	31	2.2	31	83	0	80	17	7	17	56	1.63
23588526--23588612	44	2.0	44	90	0	138	26	20	21	31	1.98
23593433--23593470	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
23594133--23594166	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
23594279--23594347	29	2.3	29	83	14	79	28	15	14	40	1.87
23595460--23595494	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
23597460--23597537	30	2.6	30	91	4	122	10	32	37	20	1.86
23602115--23602365	123	2.0	123	93	1	432	23	24	19	32	1.97
23603013--23603072	10	6.0	10	81	11	70	20	8	3	68	1.30
23603794--23603827	18	1.9	18	94	5	61	26	8	5	58	1.51
23606674--23606736	5	13.0	5	75	18	62	22	1	0	76	0.88
23606674--23606731	24	2.4	25	80	11	66	22	1	0	75	0.89
23606674--23606736	14	4.4	14	82	13	74	22	1	0	76	0.88
23607480--23607665	96	1.9	97	91	3	304	29	15	24	30	1.96
23608302--23608357	10	5.7	9	87	8	58	23	5	3	67	1.27
23608304--23608361	30	1.9	30	86	13	84	20	6	3	68	1.27
23611782--23611833	27	1.9	27	92	0	86	30	11	15	42	1.82
23615453--23615482	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
23616149--23616177	12	2.3	13	94	5	51	24	3	0	72	1.00
23622006--23622030	11	2.3	11	100	0	50	56	12	8	24	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23625739--23625869	3	43.3	3	70	15	83	29	5	3	62	1.32
23626396--23626446	17	3.0	18	76	21	56	29	13	7	49	1.70
23636607--23636780	46	3.8	46	72	7	172	22	18	28	30	1.97
23636601--23636772	93	1.8	93	90	2	274	22	19	29	29	1.98
23643782--23644236	73	6.1	72	84	7	581	29	16	22	31	1.96
23643789--23644196	150	2.8	147	87	4	572	29	16	23	30	1.96
23644154--23644387	88	2.7	88	80	4	249	29	17	19	34	1.95
23644492--23644545	21	2.6	21	81	0	63	29	12	31	25	1.93
23646134--23646201	26	2.6	26	77	9	68	22	11	1	64	1.34
23646263--23646316	3	18.0	3	79	7	56	31	3	1	62	1.23
23646374--23646427	18	3.1	17	82	12	56	35	3	1	59	1.26
23647012--23647066	17	3.2	18	79	7	60	32	10	7	49	1.65
23647443--23647591	39	3.8	39	79	1	120	26	18	20	34	1.95
23649106--23649140	15	2.3	15	90	0	52	28	0	2	68	1.04
23649132--23649197	20	3.2	20	80	4	78	25	4	3	66	1.25
23649148--23649215	20	3.4	20	83	4	75	29	2	2	64	1.22
23649132--23649215	41	2.1	41	82	4	100	28	3	3	64	1.27
23654243--23654283	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
23655784--23655823	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
23657533--23657650	57	2.1	58	86	1	166	27	21	6	44	1.77
23659600--23659624	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
23662673--23662756	26	3.2	26	96	0	150	34	4	23	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23664375--23664487	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
23664373--23664487	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
23668592--23668645	28	1.9	28	100	0	108	40	9	11	38	1.73
23669022--23669070	25	1.9	26	95	4	91	42	10	14	32	1.79
23672520--23672581	32	1.9	32	100	0	124	33	19	12	33	1.90
23672943--23673003	31	2.0	31	90	0	95	24	24	16	34	1.95
23673210--23673337	24	5.4	24	90	4	206	28	21	20	29	1.98
23673217--23673336	23	5.1	23	91	3	195	29	20	20	29	1.98
23673217--23673337	47	2.6	47	95	0	215	28	20	20	29	1.98
23673386--23673452	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
23673386--23673441	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
23673489--23673536	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
23676884--23676959	26	2.9	26	78	3	91	30	21	11	36	1.89
23677298--23677360	30	2.1	30	93	0	108	58	12	1	26	1.43
23689625--23689681	26	2.2	26	84	6	71	12	17	26	43	1.84
23692733--23692759	14	1.9	14	100	0	54	29	18	29	22	1.97
23699401--23699571	46	3.7	46	73	14	154	29	28	19	23	1.98
23699407--23699577	93	1.8	92	92	1	288	28	28	20	23	1.99
23701933--23701964	15	2.1	16	88	11	50	34	0	15	50	1.45
23708849--23708930	41	2.0	41	95	0	146	35	6	6	52	1.51
23709974--23710007	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
23720273--23720306	7	4.9	7	96	0	59	23	29	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23720273--23720313	21	2.0	21	85	0	55	24	29	2	43	1.67
23722163--23722188	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23722213--23722249	19	1.9	19	100	0	74	70	2	0	27	1.01
23728727--23728885	27	5.9	27	75	11	139	35	21	23	19	1.96
23728727--23728885	54	3.0	54	84	6	207	35	21	23	19	1.96
23729275--23729304	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
23730485--23730592	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
23731064--23731115	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
23732162--23732226	33	2.0	33	81	0	76	35	18	15	30	1.92
23734037--23734152	57	2.0	57	91	3	189	39	12	8	39	1.73
23740933--23740966	5	6.6	5	96	3	59	61	0	0	38	0.96
23748580--23748615	5	7.0	5	93	6	63	61	0	0	38	0.96
23750318--23750350	17	1.9	17	100	0	66	30	33	0	36	1.58
23754322--23754362	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
23760976--23761027	27	1.9	27	88	7	79	38	1	5	53	1.36
23760985--23761041	27	2.1	27	83	6	71	45	3	3	47	1.37
23767030--23767101	26	2.8	26	82	2	83	33	18	8	40	1.80
23767250--23767284	18	1.9	18	88	0	52	14	22	2	60	1.48
23780719--23780748	12	2.5	12	94	0	51	83	0	16	0	0.65
23781670--23781715	23	2.0	23	83	8	58	54	13	4	28	1.57
23782807--23782855	24	2.0	24	84	7	64	30	0	4	65	1.11
23782973--23782997	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23785028--23785080	21	2.5	21	100	0	106	18	15	32	33	1.92
23785303--23785343	21	2.0	20	85	4	55	58	26	0	14	1.37
23785653--23785684	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
23785654--23785684	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
23790097--23790128	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
23790098--23790128	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
23793953--23793988	17	2.1	17	89	0	54	41	8	0	50	1.33
23804281--23804325	18	2.5	18	88	0	72	40	0	33	26	1.57
23808326--23808435	26	4.2	26	93	4	177	37	24	4	33	1.76
23810410--23810456	24	2.0	24	83	8	60	63	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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