genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  192  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53631473--53631574	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
53634995--53635056	27	2.3	27	91	0	106	29	14	16	40	1.88
53635005--53635085	27	3.0	27	85	0	90	34	9	19	35	1.85
53639697--53639797	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
53654581--53654759	39	4.9	38	80	14	198	24	29	21	24	1.99
53654632--53654757	66	1.9	67	95	1	227	21	29	23	26	1.99
53657414--53657452	16	2.4	16	95	0	69	51	17	17	12	1.76
53657663--53657777	29	4.0	28	80	8	124	28	15	28	26	1.96
53661505--53661615	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
53661619--53661754	46	3.0	46	97	0	254	31	27	7	33	1.84
53664446--53664559	40	2.8	40	80	7	124	22	26	24	26	2.00
53665219--53665524	40	7.7	40	91	1	474	25	28	21	24	1.99
53665203--53665524	119	2.7	120	93	1	542	25	28	21	24	1.99
53665219--53665520	159	1.9	159	90	0	487	25	27	22	24	2.00
53668079--53668189	47	2.4	47	87	3	152	27	27	9	36	1.87
53668193--53668374	46	4.0	46	96	0	319	31	28	6	33	1.83
53678243--53678298	27	2.1	27	93	0	94	37	23	7	32	1.82
53678252--53678312	27	2.3	27	82	0	68	39	16	13	31	1.87
53678671--53678730	22	2.7	22	79	7	68	23	25	21	30	1.99
53679678--53679719	18	2.4	19	80	15	54	40	9	14	35	1.78
53679690--53679724	18	2.1	17	89	10	54	42	11	14	31	1.81
53682463--53682595	27	4.9	27	76	10	105	41	18	9	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53682464--53682593	54	2.4	53	79	9	147	42	18	9	30	1.81
53682492--53682607	27	4.3	27	73	6	92	42	18	10	29	1.83
53682845--53682939	50	1.9	49	84	2	127	28	21	27	23	1.99
53684903--53685000	29	3.4	28	83	9	117	26	18	28	26	1.98
53688477--53688503	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
53688978--53689112	59	2.3	58	93	1	225	37	15	22	24	1.93
53688981--53689112	29	4.5	29	94	1	219	37	15	23	24	1.93
53692147--53692219	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
53700110--53700182	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
53707747--53707847	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
53715706--53715806	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
53723271--53723480	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
53727768--53727933	86	1.9	85	92	1	278	39	15	9	36	1.79
53735922--53735991	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
53735922--53736003	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
53743845--53743914	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
53743845--53743926	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
53746690--53746741	26	2.0	25	85	14	70	38	3	26	30	1.74
53756342--53756471	43	3.1	42	81	8	165	24	16	26	32	1.96
53758013--53758234	40	5.5	39	82	10	245	26	25	22	25	2.00
53758013--53758234	82	2.8	80	83	8	258	26	25	22	25	2.00
53766535--53767381	27	31.0	27	82	6	965	27	23	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53767147--53767173	11	2.5	11	100	0	54	18	33	7	40	1.78
53767039--53767273	119	2.0	118	90	2	373	27	23	7	40	1.82
53767120--53767193	38	1.9	38	86	5	105	25	28	6	39	1.81
53766959--53767354	199	2.0	199	85	5	543	27	23	8	40	1.83
53766689--53767354	226	3.0	226	77	11	348	27	23	8	40	1.84
53767184--53767396	107	2.0	107	88	3	322	27	21	9	41	1.83
53767398--53767585	27	7.0	27	85	0	223	35	18	20	25	1.95
53767784--53767866	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
53768177--53768250	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
53768368--53768469	6	16.8	6	75	17	95	20	17	12	49	1.79
53768368--53768469	30	3.4	30	91	6	170	20	17	12	49	1.79
53769663--53769886	40	5.6	40	82	6	256	26	26	22	25	2.00
53769663--53769886	83	2.8	80	84	4	263	26	26	22	25	2.00
53780735--53780954	40	5.6	40	80	4	232	25	25	23	25	2.00
53782772--53782911	43	3.3	43	69	15	121	26	17	25	30	1.97
53788072--53788291	40	5.6	40	82	4	250	25	26	23	24	2.00
53795944--53796161	39	5.6	40	81	6	241	25	26	23	24	2.00
53795980--53796161	79	2.3	79	86	3	242	24	25	24	25	2.00
53803037--53803061	11	2.3	11	100	0	50	24	12	16	48	1.79
53811262--53811433	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53811254--53811429	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
53813806--53813855	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53813817--53813864	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
53816776--53816947	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
53816768--53816943	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
53820954--53821136	40	4.7	39	84	8	221	24	22	28	25	1.99
53820954--53821134	77	2.3	80	83	8	219	24	22	28	24	2.00
53824169--53824332	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
53824169--53824366	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
53831731--53831894	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
53831731--53831928	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
53837659--53837768	56	2.0	56	94	0	193	34	4	18	42	1.70
53840448--53840480	12	2.8	12	95	0	57	24	36	27	12	1.91
53841804--53841926	54	2.3	53	83	8	160	39	21	8	30	1.84
53841804--53841928	27	4.7	27	76	12	107	39	21	8	30	1.84
53841804--53841973	54	3.2	53	78	9	159	39	20	9	30	1.84
53841952--53842085	27	5.0	27	90	0	178	30	23	7	38	1.82
53841939--53842052	54	2.1	54	85	3	149	32	22	7	36	1.83
53842488--53842629	31	4.5	31	92	0	212	19	16	14	49	1.80
53842488--53842638	6	24.3	6	70	18	96	19	16	14	49	1.80
53842530--53842587	19	3.4	19	67	30	58	18	15	17	48	1.82
53846103--53846284	40	4.6	40	86	4	253	23	21	26	27	1.99
53851917--53852039	40	3.1	40	82	2	149	30	23	24	21	1.99
53851882--53852066	40	4.6	40	78	6	137	27	23	26	23	2.00
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53857214--53857437	54	4.2	54	78	6	213	39	20	8	30	1.83
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53863721--53863817	6	15.8	6	73	16	74	20	18	14	46	1.84
53863709--53863833	31	4.1	31	84	3	155	20	17	14	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53864819--53864859	20	2.0	20	85	0	55	12	17	9	60	1.57
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53868601--53868886	81	3.5	80	86	2	374	25	19	19	36	1.95
53873421--53873636	47	4.7	44	76	13	145	31	18	27	23	1.97
53875290--53875341	26	2.0	26	96	0	95	32	15	21	30	1.94
53879310--53879346	19	2.0	19	89	5	58	27	16	37	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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