genome.fa.s10.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  136  of  444  ( 53255 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36057596--36057656	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36060669--36060714	19	2.4	19	100	0	92	8	32	13	45	1.73
36062454--36062503	24	2.1	24	96	0	91	48	20	4	28	1.67
36063097--36063175	19	4.2	19	73	10	54	63	3	5	27	1.33
36063124--36063207	20	4.2	20	68	7	55	64	3	3	28	1.27
36063133--36063223	29	3.1	29	71	14	87	61	3	3	31	1.28
36063134--36063261	59	2.2	60	87	4	179	60	3	6	29	1.39
36063272--36063350	35	2.3	35	90	0	122	50	13	15	20	1.77
36063367--36063422	19	2.9	19	78	0	67	32	3	1	62	1.23
36063363--36063437	38	1.9	38	86	7	107	30	4	1	64	1.20
36063411--36063509	20	5.1	20	73	18	66	44	4	0	51	1.20
36063422--36063504	27	3.0	26	78	14	94	44	3	0	51	1.18
36063462--36063518	10	5.7	10	76	15	64	47	3	0	49	1.18
36063367--36063504	57	2.4	58	83	8	158	39	3	0	56	1.22
36063467--36063515	20	2.5	20	100	0	98	51	4	0	44	1.20
36063552--36063764	90	2.4	86	82	10	261	35	8	17	38	1.80
36067440--36067468	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
36077310--36077351	21	2.0	20	82	13	50	23	14	21	40	1.90
36095752--36095934	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
36103186--36103368	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
36110533--36110605	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
36112005--36112298	43	6.8	43	94	0	489	12	23	32	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36112467--36112625	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
36112496--36112650	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
36112464--36112632	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98
36116587--36116659	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
36118383--36118473	47	1.9	47	93	4	157	21	17	28	31	1.96
36128750--36128810	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36133168--36133228	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36163627--36163710	43	2.0	43	85	4	116	26	19	27	27	1.99
36181147--36181330	101	1.8	99	89	2	287	29	25	17	27	1.97
36184897--36184928	16	2.0	16	100	0	64	0	18	43	37	1.51
36190185--36190215	16	1.9	16	93	0	53	61	6	9	22	1.50
36197163--36197200	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
36198703--36198991	50	5.7	50	78	5	260	31	25	15	27	1.96
36198764--36198945	101	1.8	101	85	2	258	29	26	17	26	1.97
36198706--36198979	151	1.8	151	84	2	379	30	25	16	27	1.96
36208687--36208797	57	1.9	57	85	3	152	31	17	18	33	1.93
36209207--36209253	20	2.3	20	85	7	60	25	19	19	36	1.95
36211059--36211099	21	2.0	21	100	0	82	26	9	4	58	1.50
36212836--36212934	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
36220501--36220599	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
36222757--36222923	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
36222757--36222923	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36225097--36225266	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	24	1.99
36233099--36233269	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
36236673--36236819	48	3.1	47	78	3	159	29	21	20	28	1.98
36238972--36239040	33	2.1	33	86	7	97	17	7	2	72	1.20
36240991--36241021	12	2.6	12	94	0	53	16	19	6	58	1.59
36242751--36242917	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
36250748--36250914	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
36259362--36259415	9	5.5	10	75	16	51	37	9	18	35	1.83
36259359--36259407	5	10.2	5	75	16	50	36	6	20	36	1.78
36259359--36259415	20	2.9	21	90	10	86	36	8	19	35	1.83
36259601--36259664	31	2.1	31	90	0	101	37	14	25	23	1.92
36262774--36262824	24	2.1	24	92	0	84	15	33	29	21	1.94
36267458--36267521	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
36267713--36267854	24	6.0	24	90	5	200	26	22	21	28	1.99
36267713--36267853	46	3.0	48	88	7	198	26	22	21	28	1.99
36267905--36267958	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
36267905--36267963	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
36268006--36268053	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
36275564--36275627	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
36275819--36275960	24	6.0	24	90	5	200	26	22	21	28	1.99
36275819--36275959	46	3.0	48	88	7	198	26	22	21	28	1.99
36276011--36276064	11	5.4	11	70	20	55	31	20	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36276011--36276069	19	3.0	20	95	5	111	33	20	10	35	1.86
36276112--36276159	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
36278360--36278432	18	4.0	20	75	20	61	38	8	19	34	1.81
36278377--36278419	16	2.7	15	89	10	68	34	9	20	34	1.85
36278481--36278603	48	2.6	47	89	6	194	30	20	21	27	1.98
36278482--36278610	23	5.4	24	88	5	199	31	20	21	27	1.98
36278482--36278624	72	2.0	72	85	8	193	30	20	21	27	1.98
36278818--36278881	31	2.1	31	87	0	92	37	12	25	25	1.91
36284395--36284421	14	1.9	14	100	0	54	44	0	11	44	1.39
36285493--36285555	20	3.2	20	67	24	62	33	1	41	23	1.64
36285495--36285558	21	3.2	21	67	24	66	34	1	43	20	1.61
36285491--36285567	38	2.0	38	100	0	154	36	2	40	20	1.67
36285501--36285561	19	3.2	19	66	25	56	39	1	37	21	1.63
36285495--36285576	38	2.2	38	93	0	137	36	1	45	17	1.56
36295132--36295207	21	3.5	21	66	16	55	36	27	13	22	1.91
36295116--36295203	45	2.0	45	95	0	158	37	27	12	22	1.90
36299222--36299397	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
36299218--36299389	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
36307400--36307541	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
36307439--36307567	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
36316269--36316410	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
36316308--36316436	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36324799--36324852	26	2.0	26	85	3	72	38	20	24	16	1.92
36325057--36325189	27	5.3	27	72	20	108	22	22	22	32	1.98
36325073--36325161	45	2.0	45	82	8	110	22	22	25	29	1.99
36327082--36327119	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
36327347--36327517	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
36327342--36327514	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
36334600--36334637	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
36334867--36335037	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
36334862--36335034	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
36340885--36340928	22	2.0	22	90	0	70	22	29	34	13	1.93
36343338--36343383	22	2.1	22	88	8	67	39	19	23	17	1.92
36346742--36346899	42	3.7	42	83	3	183	30	13	24	31	1.94
36350122--36350195	24	3.2	24	63	27	59	22	25	14	36	1.93
36349886--36350209	46	6.9	46	84	6	391	21	23	13	40	1.89
36352313--36352351	19	2.1	19	85	9	53	71	5	0	23	1.05
36355227--36355926	46	14.7	47	82	6	774	22	23	13	41	1.89
36355227--36355929	97	7.4	97	86	4	914	22	23	12	40	1.88
36355227--36355929	287	2.5	287	94	0	1203	22	23	12	40	1.88
36357592--36357638	21	2.1	21	84	11	58	14	29	0	55	1.40
36362847--36362874	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
36364603--36364646	18	2.5	18	89	10	65	59	2	0	38	1.10
36391289--36391325	15	2.5	15	86	4	58	75	2	5	16	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36396194--36396243	24	2.1	23	82	10	57	42	0	12	46	1.41
36396284--36396310	13	2.1	13	100	0	54	37	7	7	48	1.59
36402309--36402333	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
36404935--36404967	3	11.0	3	93	0	57	30	33	3	33	1.73
36405103--36405172	3	23.3	3	97	0	131	0	31	0	68	0.90
36417653--36417774	46	2.6	47	82	5	138	27	22	14	35	1.94
36424607--36425001	27	14.7	27	81	6	237	38	20	8	32	1.83
36424727--36425084	54	6.6	54	74	8	278	39	20	8	30	1.83
36424727--36425001	81	3.4	80	82	8	299	41	21	8	29	1.81
36425012--36425063	27	1.9	27	88	7	79	38	13	13	34	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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