Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr10 129486693 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129486693

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444   

This is table  108  of  444  ( 53255 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26998786--26998934
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
26998827--26998934
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
27006844--27007867
525
2.0
524
84
3
1344
37
20
13
29
1.90
27009388--27009563
46
3.8
46
79
12
207
21
21
28
28
1.98
27009385--27009556
93
1.8
93
94
0
308
21
21
29
27
1.99
27016921--27017096
46
3.8
46
75
12
180
21
19
28
30
1.97
27016918--27017089
93
1.8
93
91
0
281
22
19
29
29
1.98
27021290--27021330
19
2.2
19
86
8
57
26
7
0
65
1.18
27022858--27022901
13
3.4
14
81
15
58
22
4
0
72
1.02
27022857--27022902
14
3.4
14
76
11
51
21
4
0
73
1.00
27026642--27026908
134
2.0
134
96
0
498
39
15
13
31
1.86
27029650--27029697
22
2.2
21
82
17
55
62
2
12
22
1.40
27033211--27033280
27
2.5
28
95
2
124
28
14
27
30
1.95
27033211--27033292
27
3.0
27
85
8
78
29
15
24
30
1.96
27043623--27043694
36
2.0
36
100
0
144
33
11
22
33
1.89
27059338--27059386
21
2.3
22
80
16
59
22
10
2
65
1.34
27059472--27059517
5
8.3
6
95
4
64
17
0
0
82
0.67
27059478--27059520
21
2.0
21
86
8
61
18
0
0
81
0.69
27077484--27077512
3
9.7
3
100
0
58
0
31
0
68
0.89
27083870--27084040
93
1.8
93
93
0
297
27
29
21
21
1.99
27083862--27084037
46
3.8
46
79
10
205
28
28
21
21
1.98
27086398--27086461
15
4.4
15
84
11
89
60
12
15
10
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27089411--27089580
93
1.8
93
92
0
286
28
29
20
21
1.98
27089402--27089577
46
3.8
46
76
15
191
29
28
19
21
1.98
27096600--27096643
22
2.0
22
100
0
88
36
13
4
45
1.64
27099578--27100182
138
4.4
138
83
2
712
26
20
18
35
1.95
27099953--27100063
44
2.5
43
84
5
125
23
18
23
34
1.96
27100093--27100260
44
3.7
44
69
13
115
28
20
19
31
1.97
27099578--27100255
138
4.9
137
83
1
710
27
20
18
34
1.95
27100131--27100346
94
2.3
93
83
2
270
28
21
18
30
1.97
27101938--27102049
27
4.2
26
83
7
134
37
22
23
16
1.94
27101938--27102049
54
2.1
54
86
3
154
37
22
23
16
1.94
27108772--27109011
126
1.9
126
100
0
480
20
23
26
30
1.98
27112963--27113074
27
4.2
26
85
7
143
37
23
23
16
1.93
27112963--27113074
54
2.1
54
88
3
163
37
23
23
16
1.93
27114493--27114563
24
3.0
24
95
0
124
25
38
1
35
1.65
27120491--27120595
33
3.2
33
86
1
120
28
23
22
24
1.99
27120530--27120604
33
2.5
28
76
19
87
26
24
26
22
2.00
27120737--27120794
23
2.5
23
82
0
80
37
17
22
22
1.93
27120779--27120842
27
2.4
27
81
5
76
37
23
21
17
1.94
27123359--27123414
28
2.0
28
82
0
67
28
23
25
23
1.99
27123533--27123589
22
2.5
23
82
5
80
35
15
26
22
1.94
27124230--27124254
10
2.5
10
100
0
50
20
36
28
16
1.93
27125448--27125473
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27126704--27126754
26
2.0
26
100
0
102
41
15
7
35
1.76
27127153--27127246
43
2.2
43
86
3
127
30
28
15
24
1.96
27131800--27131839
17
2.4
17
86
0
53
42
0
10
47
1.37
27132706--27132755
21
2.3
21
83
10
57
8
50
16
26
1.72
27133176--27133204
13
2.1
14
93
6
51
55
10
0
34
1.34
27138224--27138248
7
3.6
7
100
0
50
40
16
12
32
1.84
27138310--27138451
9
16.0
9
72
7
94
35
0
18
45
1.55
27138451--27138508
14
4.7
11
73
22
53
56
1
0
41
1.09
27138463--27138520
14
4.4
14
75
20
61
56
5
0
37
1.21
27138450--27138501
14
3.9
14
81
18
67
55
1
0
42
1.10
27138451--27138514
25
2.6
24
82
7
76
56
1
0
42
1.09
27138450--27138529
39
2.1
39
92
2
135
55
3
0
41
1.18
27138681--27138729
16
3.3
15
73
26
50
48
0
2
48
1.12
27138673--27138730
29
2.0
30
93
3
100
53
1
1
43
1.21
27138691--27138737
15
3.2
15
77
11
53
57
0
0
42
0.98
27138681--27138737
15
3.8
16
71
15
50
52
0
1
45
1.11
27138973--27139019
24
2.0
24
86
0
67
46
6
17
29
1.72
27139551--27139631
42
1.9
42
100
0
162
44
7
14
33
1.73
27141291--27141516
114
2.0
114
80
11
257
34
19
18
27
1.95
27142053--27142103
20
2.5
20
77
3
57
23
0
43
33
1.54
27142148--27142191
16
2.8
16
86
3
54
22
2
31
43
1.66
27147181--27147324
72
2.0
72
95
0
261
29
4
29
36
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27149422--27149477
9
6.8
9
75
19
50
71
1
25
1
1.05
27149433--27149491
3
20.0
3
78
3
66
66
1
32
0
1.02
27150640--27150708
21
3.3
21
77
4
59
15
15
33
34
1.90
27150658--27150710
21
2.5
21
81
0
61
13
13
35
37
1.83
27151226--27151269
20
2.2
20
87
0
61
31
31
11
25
1.91
27151355--27151558
82
2.5
81
77
2
201
44
26
9
20
1.81
27159550--27159694
43
3.4
43
83
9
181
28
26
17
26
1.98
27161473--27161611
40
3.4
42
76
9
135
32
25
15
26
1.95
27161575--27161651
40
1.9
40
84
5
102
28
22
18
31
1.97
27165536--27165577
21
2.0
21
86
4
59
26
2
14
57
1.50
27166186--27166240
29
1.9
28
92
3
92
18
16
29
36
1.92
27177267--27177343
30
2.6
30
95
2
138
33
14
12
38
1.84
27178389--27178420
16
2.0
16
100
0
64
37
25
18
18
1.94
27179620--27179691
31
2.3
30
77
15
83
47
1
2
48
1.25
27181153--27181210
26
2.4
24
80
11
64
27
0
5
67
1.12
27181997--27182071
2
38.5
2
94
5
136
52
0
0
48
1.00
27183058--27183095
19
2.0
20
84
5
51
7
15
13
63
1.51
27184847--27184906
2
31.5
2
75
9
54
48
6
45
0
1.29
27187579--27188017
44
9.6
44
74
9
312
22
29
20
27
1.98
27187577--27188060
91
5.3
91
88
4
656
22
29
20
27
1.99
27187579--27188060
181
2.6
181
88
4
677
22
29
20
27
1.99
27189885--27189912
13
2.2
13
100
0
56
32
7
14
46
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27193976--27194014
6
6.5
6
93
0
69
15
2
0
82
0.79
27193980--27194021
12
3.5
12
93
0
66
19
4
0
76
0.96
27193983--27194024
18
2.4
17
84
7
57
19
4
0
76
0.96
27194931--27194977
23
2.0
23
91
0
76
31
29
12
25
1.93
27199551--27199751
39
5.2
39
94
1
332
23
20
31
23
1.98
27207560--27207757
39
5.2
39
91
4
305
24
20
31
24
1.98
27207560--27207786
78
2.9
78
87
5
277
24
20
30
24
1.98
27207571--27207786
117
1.9
114
83
8
285
24
21
30
23
1.99
27225356--27225803
47
9.7
46
68
14
210
22
27
20
29
1.99
27225285--27225797
91
5.6
91
84
3
570
23
27
20
29
1.98
27225315--27225757
47
9.7
44
69
10
221
23
27
20
29
1.99
27233551--27233650
42
2.4
42
89
0
146
23
27
26
24
2.00
27239415--27239550
40
3.4
40
78
10
145
28
26
16
28
1.97
27239808--27239834
14
1.9
14
100
0
54
25
14
22
37
1.93
27246827--27246899
29
2.5
29
86
0
92
21
16
34
27
1.95
27257769--27257800
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
27257770--27257800
9
3.3
9
95
4
53
80
0
0
19
0.71
27258564--27258611
19
2.5
19
80
13
53
8
14
14
62
1.53
27261717--27261763
22
2.1
23
84
4
60
19
0
8
72
1.10
27261796--27262010
115
1.9
115
83
9
273
27
2
16
53
1.56
27263235--27263277
21
2.0
22
90
9
70
16
0
9
74
1.06
27269238--27269457
66
3.4
66
88
4
295
23
31
16
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27273387--27273416
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
27274465--27274539
38
2.0
38
91
0
123
21
22
26
29
1.99
27274516--27274702
43
4.4
43
91
3
292
12
23
34
29
1.92
27275019--27275126
45
2.5
42
85
8
128
23
24
26
25
2.00
27278691--27278750
30
2.0
30
83
3
77
31
23
6
38
1.81
27283155--27283282
64
2.0
64
93
0
220
31
17
13
37
1.89
27283400--27283788
45
8.8
45
72
7
179
29
19
23
28
1.98
27283357--27283644
133
2.2
132
89
1
423
28
18
23
29
1.98
27283581--27284016
44
9.8
44
69
6
214
29
20
21
28
1.98
27284091--27284174
43
1.9
45
82
4
109
34
14
22
28
1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   426   427   428   429   430   431   432   
          433   434   435   436   437   438   439   440   441   442   443   444